Le nouveau coronavirus : SARS-CoV-2 

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Par Adrien Cartier, Clémence Venoux, publié le 25/02/2020, mise à jour le 26/02/2020

Contributeurs : Chloé Journo

Fiche de synthèse sur le coronavirus de Wuhan et l'épidémie de COVID-19. Les données présentées ont été mises à jour fin février 2020, date à laquelle la situation évolue encore rapidement. 

Résumé de la situation

Le 31 décembre 2019, l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) est informée par les autorités chinoises d’une épidémie de pneumonie d’allure virale dans la ville de Wuhan (province de Hubei, Chine).
Le 09 janvier 2020, la cause de cette épidémie est identifiée : il s'agit d'un nouveau coronavirus (puisque jamais décelé chez l’être humain), appelé alors le 2019-nCoV, et renommé depuis SARS-CoV2. La maladie est nommée quelques semaines plus tard COVID-19.
Le 30 janvier 2020, l’OMS décrète l'urgence de santé mondiale. Cette mesure n'avait été décrétée que cinq fois depuis sa création : pour Ebola (deux fois), la grippe H1N1, Zika et la poliomyélite.
On ne connaît pas encore, avec certitude, l’origine de la contamination humaine.

Chiffres clés au 25 février 2020

Dans le monde (source ECDC) :

• 79 360 cas confirmés d’infection par SARS-CoV2 ont été signalés (20 pays d’Asie hors Chine, 9 pays d’Europe, 2 pays d’Amérique, 1 pays d’Océanie, 1 pays d’Afrique et 691 cas sur un bateau de croisière au large du Japon) ;
  
• dont 77 169 cas en Chine et 2 191 cas hors de Chine ;
  
• 2 618 décès dont 2 592 en Chine et 26 hors de Chine : 8 en Iran, 7 en Corée, 3 sur le bateau de croisière au large du Japon, 2 à Hong-Kong, 2 en Italie, 1 à Taïwan, 1 aux Philippines, 1 au Japon et 1 en France.
  

Cas reportés selon les définitions de cas en vigueur dans chaque pays. La définition de cas en Chine a été mise à jour les 13 et 20 février 2020. Source : ECDC.

En France : 

• 12 cas confirmés dont 5 cas groupés ;
  
• 1 décès.
  

A titre de comparaison, la grippe touche 2 à 6 millions de personnes en France chaque année. Le taux d’incidence des consultations pour syndrome grippal en France, pour la seule semaine 07 de 2020 (du 10 au 16 février 2020), est estimé à 296 pour 100 000 habitants, soit près de 200 000 nouveaux cas. Le nombre attribuable à la grippe est ainsi estimé à près de 150 000 nouveaux cas en une semaine sur le territoire français.
Depuis le 4 novembre 2019, date du début de la surveillance pour la saison 2019-2020, 530 cas graves de grippe ont été signalés (admission en réanimation)
Source : Santé publique France, bulletin hebdomadaire du 19/02/2020.
Cependant, il faut rester prudent quant aux comparaisons, qui ne doivent pas faire oublier que l’évolution de l’épidémie de COVID-19 reste encore incertaine.

Symptômes, traitements et contamination interhumaine

L'infection par ce nouveau coronavirus se traduit par des symptômes proches de ceux d’une grippe : fièvre, signes respiratoires comme la toux, douleurs musculaires et fatigue, avec une période d’incubation* pouvant aller de 2 à 14 jours. Dans les cas plus graves, l’infection peut entraîner une pneumonie, un syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), une insuffisance rénale, voire la mort. A ce jour, les cas les plus graves semblent concerner les individus les plus vulnérables (personnes âgées, personnes souffrant de maladies associées). La maladie est désormais appelée COVID-19.
Il n’existe pas de traitement spécifique contre la maladie. Certains traitements spécifiques sont à l’étude et seront testés dans le cadre d’essais cliniques. Cependant, de nombreux symptômes peuvent être traités.
Il n’existe pas de vaccin contre ce nouveau coronavirus.
Le coronavirus peut se transmettre d’une personne à une autre, généralement par contact étroit avec une personne infectée par le biais de gouttelettes respiratoires produites lors des toux et éternuements ou par des gouttelettes de salive ou des sécrétions nasales. Le coronavirus survit jusqu’à 3 heures dans le milieu extérieur, sur des surfaces inertes sèches. En milieu aqueux, ce virus peut survivre plusieurs jours.
Il est important que chacun observe de bonnes règles d’hygiène respiratoire : se couvrir la bouche et le nez avec le pli du coude ou avec un mouchoir en cas de toux ou d’éternuement et jeter le mouchoir immédiatement après dans une poubelle fermée. Il est également très important de se laver les mains régulièrement avec une solution hydroalcoolique ou à l’eau et au savon.
Ce virus est bien plus contagieux que celui du SRAS ou du MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient), mais semble moins virulent, avec un taux de mortalité moindre :

• SARS-CoV2 : 2 %
  
• SARS-CoV : 10 %
  
• MERS-CoV : 37 %
  

Les coronavirus

Les coronavirus sont des virus à ARN très répandus chez les mammifères et les oiseaux. Leur nom provient de la conformation des spicules* qui recouvrent les particules virales, leur donnant un aspect de couronne.


A. Des particules libres du virus SARS-CoV2 photographiées en microscopie électronique en coloration négative.

B. Les particules virales à la surface des cellules de l’épithélium respiratoire des patients infectés sont désignés par des têtes de flèches. Source : Zhu et al. NEJM, 2020 (DOI:10.1056/NEJMoa2001017)

La première identification d’un coronavirus remonte à 1931 aux États-Unis, avec le coronavirus responsable de la bronchite infectieuse aviaire.
Depuis, de très nombreux autres coronavirus ont été identifiés et sont aujourd’hui classé en 4 groupes :

• Alphacoronavirus
  
• Betacoronavirus
  
• Gammacoronavirus
  
• Deltacoronavirus.
  

Les betacoronavirus sont pour le moment les seuls coronavirus décrits pour être à l’origine de zoonoses*. Ainsi, Le SARS-CoV2 est un betacoronavirus comme ceux responsables du SRAS et du MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient).
La dernière épidémie sévère de SRAS remonte à 2003, touchant la Chine et le Canada. Dans ce cas, les chauves-souris était les animaux réservoirs. Concernant le MERS, l’épidémie date de 2012, est a touché principalement le Moyen-Orient. L’animal réservoir était le dromadaire.
Du point de vue évolutif, les coronavirus de type alpha et beta semblent provenir des chauves-souris. Les types gamma et delta proviendraient eux des oiseaux :


Évolution des coronavirus et réservoirs animaux. Source : Woo et al. Journal of Virology, 2012 (DOI:10.1128/JVI.06540-11)

L’origine de la contamination humaine

On ne connaît pas encore avec certitude l’origine de la contamination humaine mais le marché de fruits de mer de Wu han a joué un rôle important dans la propagation initiale de l’épidémie :

• des tests sur les animaux du marché ont montré que certains été bien contaminés par ce virus ;
• les premières personnes infectées ont fréquenté ce marché.

Mais l’animal qui a propagé chez l’Homme le virus reste pour le moment un mystère. Les chauves-souris apparaissent comme le réservoir primaire du virus, mais elles ont pu le transmettre à d’autres animaux, comme les civettes, qui ont pu jouer le rôle de réservoir secondaire dans la contamination humaine.

Le séquençage du génome du nouveau coronavirus SARS-CoV2

 « La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d’intervention potentielles », souligne Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence (CNR) virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur de Paris.
Une vingtaine de séquences du génome du nouveau coronavirus a été établie dans le monde : en France, le 29 janvier 2020, l’Institut Pasteur, en charge de la surveillance des virus respiratoires en France, a séquencé intégralement le génome du SARS-CoV2.
Le séquençage du génome du SARS-CoV2 montre que sa séquence est identique à 96,2 % de celle du coronavirus RaTG13 présent chez les chauves-souris (le SARS-CoV2 ayant seulement 79,5% de similitude avec le coronavirus responsable du SRAS). Les analyses suggèrent que RaTG13 et SARS-CoV2 partageaient un ancêtre commun il y a 25 à 65 ans (estimation faite à partir de la différence de nucléotides entre les virus et le taux présumé de mutation chez d’autres coronavirus). Il aura ainsi fallu plusieurs décennies pour que les virus RaTG13 et SARS-CoV2 divergent à partir de cet ancêtre commun.

Phylogénie des betacoronavirus de type SRAS, y compris le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2). Source : https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?c=host, consultée le 25/02/2020.
Les analyses des séquences de SARS-CoV2 isolé de différentes personnes infectées montre une différence d’au plus quelques nucléotides. Cela suggère que la transmission chez l’Homme s’est faite très récemment puisque plus un virus circule dans une population humaine, plus il a le temps d’accumuler des mutations. Cela suggère aussi que le SARS-CoV2 n’a pas eu besoin de muter pour s’adapter et se propager.

LEXIQUE

Spicules : glycoprotéines de surface permettant au virus de reconnaître la cellule-cible.
Période d’incubation : c’est le temps qui s’écoule entre l’infection et l’apparition des symptômes cliniques de la maladie.
Zoonose : maladie infectieuse des vertébrés transmissibles à l'être humain (ex. la rage).

SOURCES :

https://www.sciencemag.org/tags/coronavirus
https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
http://www.afas.fr/epidemie-de-wuhan-virus-proche-a-96-coronavirus-present-chez-chauve-souris/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v2
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/epidemie-de-coronavirus-2019-ncov-au-depart-de-wuhan-chine
https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/institut-pasteur-sequence-genome-complet-du-coronavirus-wuhan-2019-ncov