vendredi 6 mars 2015

§ Comment les organes reproducteurs fonctionnent-ils ?

Introduction anthropologique

Si vous vouliez décrire l'humain, en combien de parties le « découperiez »-vous ?
Anthropologie chrétienne : corps, esprit & âme
5 dimensions de la personne : physique, affective, sociale, intellectuelle, spirituelle
index « spice » de naprotechnologie : spi, phy, intell, communicative et émotionelles
FAQ : toutes questions sont permises ...

3/ Sexualité & Procréation

§ Comment les organes reproducteurs fonctionnent-ils ?

Quelles différences Homme / Femme ?

31/ Phénotypes sexuels

311/ Phénotypes sexuels macroscopiques

A1/ Anatomie des appareils & ♂ / schémas©

Avant de faire le malin, faites un dessin de l'appareil reproducteur ♀ & ♂ de face + profil
© \sex-anatomie.odt
testicule, prostate, vésicule séminale, canal déférent = spermiducte, épididyme,
ovaire, vagin, utérus, col, trompe = oviducte, pavillon,
rein → uretère → vessie → urètre

A2/ Dissections virtuelles des appareils ♀ & ♂/ souris, humain www

TP dissection souris mâles et femelles : http://espace-svt.ac-rennes.fr/applic/dissect/souris/souris17.htm
Visible human (s'inscrire pour consulter) : http://visiblehuman.epfl.ch/index.php

B311/ Appareils reproducteurs ♀ & ♂

Les gonades, testicule chez l'homme, ovaire chez la femme, sont les organes producteurs des gamètes. Les gamètes, cellules reproductrices, ou germinales, sont évacués par des canaux : spermiducte / oviducte, débutant par un épididyme / un pavillon, débouchant sur la vésicule séminale / l'utérus.


EV/ articles scientifiques pour le blog

§ Exemples de mutations avantageuses ...

Paludisme : une mutation génétique avantageuse en Asie du Sud-est : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1756.htm?debut=120&theme1=3
mutation et adaptation des bactéries au tube digestif : http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=15424131
résistance aux benzimidazoles chez Teladorsagia circumcincta : http://cat.inist.fr/?aModele=afficheN&cpsidt=192980

§ brain storming sur les maladies rencontrées dans les chapitres précédents

cancer, phénylcétonurie, drépanocytose, Xeroderma p, albinisme, maladie du sommeil, paludisme, ...

§ Les mutations provoquent-elles des maladies ?

2.4.2/ Mutations et maladies

EV/ articles scientifiques pour le blog

© 1S exposés maladies.odt
  • Tableau de sujets au choix
  • mise en place de la problématique
  • recherche d'informations sur le sujet choisi 
  • rédaction d'un article de deux ou trois pages maxi (si police Times 12pts ; format doc, odt, html) avec introduction (accroche, pb, plan), développement (2 à 4 parties), conclusion (bilan, ouverture), illustrations et références (liens hypertextes valides, y compris des illustrations)
  • envoi au prof par elyco → correction
  • publication sur blog si > moyenne
sujets :
  1. Fréquence de la mucoviscidose dans la population
  2. Gène de la mucoviscidose
  3. Phénotypes mucoviscidose
  4. Transmission de la mucoviscidose
  5. Thérapie génique et mucoviscidose
  6. Les quatre stades du cancer
  7. Cancer et métastase
  8. Les mécanismes cellulaires du cancer
  9. Dérèglement génétique du cancer, les oncogènes
  10. Des cataclysmes chromosomiques à l'origine de cancers
  11. La radiothérapie
  12. La chimiothérapie
  13. Virus cause de cancer
  14. Agent mutagène cause de cancer
  15. Statistiques de l'obésité
  16. Obésité, diabète & hypertension
  17. Obésité, diabète & sédentarité
  18. Hypertension artérielle et diabète
  19. Deux types de diabètes
  20. La classification des microbes
  21. Composition d'un virus
  22. Antiviraux & antibiotiques
  23. Maladies nosocomiales
  24. Résistance bactérienne génétique
  25. Microbiome et microbiote
  26. Action du VIH
  27. La grippe aviare, porcine, humaine
  28. Pandémie grippale
  29. Les virus H..N..
  30. Biologie d'ebola
  31. MST, IST
  32. Maladie, épidémie, pandémie

Comment la plante se reproduit-elle ?

A2/ Morphogénèse d'une fleur Arabidopsis thaliana / étude de mutants

Diap \genes ABC Arabidopsis thaliana.odp
genes ABC arabidopsis thaliana.odg ©
Schéma Modèle ABC : Lieux d’expression des gènes (classes de gènes) d’identité des organes dans le développement floral : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=2917
tous les articles < 2007 sur le modèle ABC : http://aob.oxfordjournals.org/content/100/2/155.full.pdf+html
gènes de développement et organisation florale

A3/ Quelques exemples de pollinisation par animaux / films

13' Pollinisation du baobab par les chauves-souris nectarivores Eidolon elvum : http://www.cerimes.fr/le-catalogue/pollinisation-du-baobab.html
25' Figuiers tropicaux et pollinisateurs - Relations symbiotiques : http://www.cerimes.fr/le-catalogue/figuiers-tropicaux-et-pollinisateurs-relations-symbiotiques.html
2'38'' La pollinisation et les abeilles : http://www.youtube.com/watch?v=4iEMVoGva2I&lr=1
dossiers pollinisateurs : http://www.spipoll.org/la-pollinisation ;
données quantitatives sur les insectes pollinisateurs et/ou floricoles : http://www.spipoll.org/
animal pollinisateur
Pollinisation par le vent et les animaux.

A4/ Quelques exemples de dissémination par animaux / dossiers photos

Manuel doc.3 p.107
fruits, graines, dispersion
animal disséminateur

A5/ Exemples de coévolution / doc

© coévolution éperon et poboscis.odt
Rappel Diapo \Oophila et Ambistoma.odp
sur l'algue Oophila amblystomatis et la salamandre Ambystoma maculatum :
coévolution, symbiose, endosymbiose

A6/ Quelques exemple de mécanismes de défenses / manuel

Manuel p.96-97
structures et des mécanismes de défense

B52/ reproduction & protection angiospermes

La plante possède des structures et des mécanismes de défense (contre les agressions du milieu, les prédateurs, les variations saisonnières).
L'organisation florale, contrôlée par des gènes de développement, et le fonctionnement de la fleur permettent le rapprochement des gamètes entre plantes fixées.
La pollinisation de nombreuses plantes repose sur une collaboration animal pollinisateur/plante produit d'une coévolution. À l'issue de la fécondation, la fleur se transforme en fruits contenant des graines.

La dispersion des graines est nécessaire à la survie et à la dispersion de la descendance. Elle repose souvent sur une collaboration animal disséminateur/plante produit d'une coévolution.

Genetics & evolution

http://youtu.be/0SCjhI86grU
http://youtu.be/5MQdXjRPHmQ
http://youtu.be/bVk0twJYL6Y

jeudi 5 mars 2015

Comment la plante se reproduit-elle ?

Comment la plante se reproduit-elle ?

5.2. Des relations plantées

4 mars : TP dissection fleurs

A1/ Organisation d'une fleur / dissection

TP organisation florale-1.docx
© \genes ABC arabidopsis thaliana.odg
dessin – titre – échelle – légende :
organisation florale
Fleur : 4 verticilles = cercles concentriques d'organes
1= calice = sépales,
2= corolle = pétales,
3= androcée = étamine (anthère, pollen. Filet),
4= gynécée = pistil (stigmate, style, ovaire, ovule),
receptacle floral,
pédoncule
→ Taxonomie végétale / diagramme floraux
Lys, famille des Liliaceae : 6T6E3C
Tulipe, famille des Liliaceae : Formule florale : 3+3 T + 3+3 E + (3) C. Ovaire supère à 3 loges, 1,3 styles.
Portraits de fleurs / schéma et photos :
→ Fonctionnement de la fleur en photos
rapprochement des gamètes
pollinisation
Fruit,
graine

Comment la plante se nourrit-elle ?

A4/ Observation de coupes de tiges / microscope

Observation ou Réalisation de coupe transversales de tige - repérage des vaisseaux . (manuel p.100-101)
dessin – titre – grossissement – légende :
épiderme, xylème, phloème
Tige d'impatient ou de céléri placée plusieurs jours dans un colorant (rouge de Me) – coupe transversale (manuel doc.1p.100)
circulation ascendante de sève brute (eau + minéraux) / xylème
circulation descendante de sève élaborée (eau + nutriments) / phloème
Les cellules spécialisées dans l'acheminenment des fluides sont, en règle générale, réunies en faisceaux conducteurs. Chaque faisceau conducteur est typiquement constitué de xylème (partie ligneuse) et de phloème (liber). Le xylème contient les cellules conductrices de sève brute, donc les trachéides et trachées, trandis que le phloème sert au transport de sève élaborée et se compose, pour cette raison, de tubes criblé accompagnés de cellules compagnes, ou bien de cellules criblées. En outre des cellules parenchymateuses peuvent apparaître aussi bien dans le xylème que dans le phloème. Les faisceaux conducteurs sont souvent entourés d'une paroi protectrice. Celle-ci est composée d'une ou plusieurs couches de cellules qui ont une structure différente de celle des cellules du tissus voisin. Il y a plusieurs types de faisceaux conducteurs qui se diffèrencient par la position du xylème et du phloème, ainsi que par l'abscence ou la présence d'un cambium. Tous les grands organes végétaux contiennent des faisceaux conducteurs. Ainsi les tiges sont elles parcourues par plusieurs faisceaux conducteurs dont la structure et la disposition diffère en fonction de l'espèce végétale. (Anatomie végétale de Gerlach & Lieder Ed. Hagemann)
différentes expériences sur l'absorption de l'eau : http://www.svt.edunet.tn/jendouba/tabarka1/cours.htm

A5/ comparaison de surfaces d'échanges / tableaux

© plantes échanges
Problèmes : Comment l’organisation de la plante lui permet-elle, tout en étant fixée, de
  1. puiser dans l’air suffisamment d’éléments nutritifs ?
  2. puiser dans le sol suffisamment d’éléments nutritifs ?
  3. faire circuler suffisamment d’éléments nutritifs des racines vers les feuilles ?

Les échanges gazeux se font entre l’atmosphère et l’être vivant par des orifices ; à l’intérieur de l’organisme il existe des espaces gazeux ou se font les échanges, cependant les stomates (orifices) sont nombreux chez la plante, les échanges se font ensuite directement entre les espaces gazeux et les cellules ;
ils permettent :
◦ les échanges de la respiration, analogie avec les alvéoles pulmonaires : la surface d’échange est 50 à 80 fois plus importante que chez l’Homme ;
◦ mais surtout l’absorption du CO2 , un élément nutritif de la plante indispensable à la synthèse de matière organique par la photosynthèse, analogie avec l’intestin : la surface d’échange est 20 à 60 fois plus importante que chez l’Homme.
Chez le mammifère il existe seulement deux types d’orifices (les narines et la bouche chez l’Homme), les échanges se font indirectement entre les alvéoles et les cellules : les gaz sont transportés par le sang.

L’entrée de l’eau et des sels minéraux se fait au niveau de grandes surfaces externes et souterraines chez les végétaux directement au contact de ces ressources, la surface d’échange est 70 à 200 fois plus importante que celle de l’Homme ; internes chez les mammifères qui doivent se déplacer pour les rechercher dans leur environnement.
La plante utilisant une énergie ubiquiste [ubique : partout] n’a pas besoin de se déplacer à sa recherche, elle peut donc être fixée, cependant son flux faible l’oblige à développer un grand nombre de feuilles et une surface d’échange très grande pour absorber le CO2 nécessaire à la photosynthèse.
Pour se procurer l’eau et les sels minéraux, elle doit développer des surfaces d’échanges qui vont puiser directement ces molécules à la source, c’est à dire dans le sol où ces ressources sont rares, elle développe de longues racines et de grandes surfaces d’échanges.
D’autre part, les racines permettent à la plante de résister à la prise au vent, si elle n’était pas fixée elle ne pourrait pas se maintenir droite.
En utilisant l’énergie solaire, la plante présente des surfaces d’échanges et une forme adaptées à la vie fixée.

B51/ Processus trophiques angiospermes

Les caractéristiques de la plante sont en rapport avec la vie fixée à l'interface sol/air dans un milieu variable au cours du temps. Elle développe des surfaces d'échanges de grande dimension avec l'atmosphère (échanges de gaz, capture de la lumière) et avec le sol (échange d'eau et d'ions). Des systèmes conducteurs (xylème, pour la sève brute, phloème pour la sève élaborée) permettent les circulations de matières dans la plante, notamment entre systèmes aérien et souterrain.
notions clefs :
coupe anatomique
deux grands types de tissus conducteurs
échanges de gaz, capture de la lumière
échange d'eau et d'ions
systèmes conducteurs
systèmes aérien et souterrain

§ mutations ?


lundi 2 mars 2015

§ Comment fait-on bouger un bras ?

EV/ systèmes nerveux, circulatoire, respiratoire

© 2-EV-coeur-QCM.odt

§ Comment fait-on bouger un bras ?

2.4- Motors of the effort

A1/ Dissection de pattes de lapin

2_TP dissection patte.odt
© 2_TP dissection patte.odg
Note / 10
prélèvement et observation au microscope
biceps fléchisseur du bras, triceps extenseur du bras
triceps, se dit de certains muscles qui ont trois faisceaux charnus à l’une de leurs extrémités.
    • Muscle triceps brachial, muscle triceps sural.
biceps du latin biceps (« à deux têtes, à deux faces, à deux extrémités, fourchu »). Nom de deux muscles dont la partie supérieure est divisée en deux.
    • Le biceps du bras ou biceps brachial.
    • Le biceps de la cuisse.
dissection en diapo : http://youtu.be/u1qfg9LehzM
mots clefs : muscle, os, cartilage, tendon, ligament

AM/ Opération virtuelle du genou /net

§ Quelles sont les causes des mutations ?

AM/ Cas du Xeroderma pigmentosum / docs

© 1S TD xeroderma pigmentosum.odt

A2/ Modélisation d'un système de réparation cellulaire / logiciel

Mutations induites par les UV : La Réparation N.E.R :
Manuel p88-89 : XPA est un réparateur d'ADN, c'est une protéine codée par le gène xpa, le but du tp est de visualiser les contacts entre XPA et l'ADN grâce au logiciel Rastop
Rastop → menu fichier → ouvrir 1vas.pdb → menu editer → selectionner tout → bouton boules & baton → fenêtre propriétés → protéiques → bouton nouvelle sélection → palette de couleurs → jaune pâle → bouton sphéres de Van de Waals → zoomer sur la zone de contact en tre ADN et protéine, pivoter.
système enzymatique de réparation cellulaire
2 mars

A3/ Traitement du cancer par inhibiteurs de topoisomérases

Diap \cancer et topoisomerases.odp

A4/ Différents types de mutations / logiciel Anagène

1S_TP_phénylcétonurie_anagene.odt
Attention : les séquences « .cod » d'Anagène correspondent au brin codant = non transcrit
Allèle n°
Nucléotides de l'ADNcod
Nucléotides de l'ADN transcrit
Codons de l'ARNm
acides aminés de la Protéine
Type de mutation
homozygote
phenorm
Référence
Référence
Référence
Référence
Référence
Sain
phe1
T 165 _
A 165 Ø
UUU 55 UUG
Phe 55 Leu...60 STOP
Délétion décalante
Sévère
phe2
ATC284-286_
TAG 284-286Ø
AUC 95 Ø
Ile 95 Ø
Délétion non décalante
Peu sévère
phe3
C331T
G 331 A
CGA 111 UGA
Arg 111 STOP
Substitution non sens
Sévère
phe4
G473A
C 473 T
CGG 158 CAG
Arg 158 Gln
Substitution faux sens
Assez sévère
phe5
GA663-664_
CT 663-664 Ø
GAU 222 UAA
Asp 222 Ø
Délétion décalante
Sévère
phe6
A696G
T 696 C
CAA 232 CAG
Gln 232 Gln
Substitution neutre
Sain
phe7
C727T
G 727 A
CGA 243 UGA
Arg 243 STOP
Substitution non sens
Sévère
Phe8
G735A
C 735 T
GUG 245 GUA
Val 245 Val
Substitution neutre
Sain
phe9
G782A
C 782 T
CGA 261 CAA
Arg 261 Gln
Substitution faux sens
Peu sévère
phe10
G814T
C 814 A
CGA 272 UGA
Gly 272 STOP
Substitution non sens
Sévère
phe11
G838A
C 838 T
GAA 280 AAA
Glu 280 Lys
Substitution faux sens
Sévère
phe12
T 896 G
A 896 C
UUU 299 UGU
Phe 299 Cys
Substitution faux sens
Sévère
phe13


G 1038 Ø
GGG 346 GGC
UAA 398
Leu 347 Ser
398 STOP
Délétion décalante
Sévère
phe14
CTC1093-1095_
GAG 1093-1095 Ø
CUC 365 Ø
Leu 335 Ø
Délétion non décalante
Sévère
phe15


C 1223 T
CGG 408 CAG
Arg 408 Gln
Substitution faux sens
Peu sévère
phe16


G 1222 A
CGG 408 UGG
Arg 408 Trp
Substitution faux sens
Sévère
phe17


T 1241 C
UAC 414 UGC
Tyr 414 Cys
Substitution faux sens
Peu sévère

 
Manuel p85
fichier → banque de séquences → hémoglobine → béta → comparer les différentes mutations
rappel ex phénylcétonurie; albinisme, groupes sg, …
modification de Séquence, un ou plusieurs nucléotides
délétion , addition=insertion, substitution
neutre=silencieuse, faux-sens, non-sens,
décalante ou non

B241/ Réplication, agents mutagènes et mutations

Des modifications du génome surviennent par mutations spontanées ou favorisées par un agent mutagène, d’autres sont dues à des infections virales. Pendant la réplication de l’ADN surviennent des erreurs spontanées et rares, dont la fréquence est augmentée par l’action d’agents mutagènes. L’ADN peut aussi être endommagé en dehors de la réplication. Le plus souvent l’erreur est réparée par des systèmes enzymatiques. Quand elle ne l’est pas, si les modifications n’empêchent pas la survie de la cellule, il apparaît une mutation, qui sera transmise si la cellule se multiplie par mitose. Une mutation survient soit dans une cellule somatique (elle est ensuite présente dans les clones issu de cette cellule par mitose) soit dans une cellule germinale, reproductrice (elle peut devenir alors héréditaire).