FT : logiciels banques de séquences moléculaires

On dispose de plusieurs logiciels pour le traitement des séquences des gènes :

- SeqaidII : ce logiciel gratuit est déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences : http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/

- Anagène : logiciel sous windows diffusé par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.

- Genigen

A4 : Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène

Ouvrir le logiciel Anagène

• Ouvrir les fichiers « béta », « alpha 1 », « gammaA » et « delta » des « gènes de globines »
• Sélectionner « béta » comme séquence de référence
• Réaliser une « comparaison avec discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA » et « delta ».
• Afficher le pourcentage d’identité des différentes globines (bouton « i »)
• Recommencer en choisissant une autre globine comme référence.
• Présenter vos résultats dans un tableau à double entrée

Qd vous avez fini :

• Comparez les genes homéotiques de différents eucaryotes : comparer les séquences « .adn » des gènes homéotiques « boxB4 » et « boxAntp » - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.
• Comparez les genes des opsines

→ matrice [tableau] des différences ou des identités

selon choix de comparaison simple ou avec discontinuité sous Anagène :

Tableau de comparaison des identités des globines obtenu par alignements avec discontinuité :

% identités	Béta	Alpha1	Delta	GammaA
Béta	100	59.4	92.6	75.9
Alpha1		100	59.7	58.3
Delta			100	76.1
GammaA				100

Tableau de comparaison des différences des globines obtenu avec comparaison simple :

% différences	Béta	Alpha1	Delta	GammaA
Béta	0	40,6	7.4	24.1
Alpha1	68.9	0	70.0	70.7
Delta	7	69.0	0	23.9
GammaA	24.1	69.7	23.9	0

→ groupes emboîtés