3,1,1/ Estimer la biodiversité

identifier un taxon à partir d’une séquence ADN

https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724

Déterminer la biodiversité spécifique dans une station de l'océan Indien

Matériel nécessaire :

Fichier de séquences :

41 % de Taxon n° 1 (dinophytes) :
CGCTGGCGGCATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGTCTAGCTTGCTAGATGCTGACGAGTGGCGGACG-GGTGAGTAACGCGTAGGAATCTACCCCGCGGTGGGGGATAACACGAGGAAACTCGTGCTAATACCGCATACGCTCTA-CGGAGGAAAATTTTTTTGCCGTGGGATGAGCCTGCGTTAGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCGAT-GATCTATAGCTGTTCTGAGAGGAAGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA-GTGGGGAATCTTGGACAATGGGGGAAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTGCGGGTTGTAAA

21 % de Taxon n° 2 (bactéries) :
GAGCAGTGCGCTCTCCTGGTGGACGGTTTCGTGGCTGGCCCCACGGCCGTGGCGACAGCGCGCCGCAACTTCCCC-CGTCAGTGGCTGCACTACCATCGCGCCGGCCACGGCATGATCACCTCCCCCCAGACCCAGCGAGGCTACACCGCCC-TGGTACTCTCCAAGTTCTCGCGATTGCTCGGCTCGTCGGGTATCCACGTCGGCACCATGGGCTTCGGCAAGNTGGAGTC

12 % de Taxon n° 3 (straménopiles) :
TAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCACAGGGTTTTATTCTTTTCTTTTTATG-TAAATAAGAATGTTTTATGTAGATTAAACCGACTTTTAATTCTTTAAATTAAAGGAAGTTTGTGGCAATAACAGGTC

• Logiciel de Basic Local Alignment Search Tool (exemple),

• Ordinateur connecté à internet.

Protocole :

❯ Aller sur le site qui permet d’aligner des séquences avec une banque de séquences identifiées.
❯ Sélectionner « Nucleotide BLAST » (Blast de fragment d’ADN).
❯ Dans le cadre « Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) », coller ou recopier votre séquence d’ADN à identifier.
❯ Cliquer sur « BLAST ».
❯ Noter le nom du taxon identifié à 100 %.
❯ Recommencer avec les autres séquences.

 

La biodiversité se mesure par des techniques d’échantillonnage (spécimens ou ADN) qui permettent d’estimer le nombre d’espèces (richesse spécifique) dans différents milieux.