lundi 16 septembre 2024

1/ introduction inductive : du cas à la généralisation

L'analyse de contenu qualitative peut être réalisée de manière inductive ou déductive. L'analyse inductive signifie que les thèmes et les catégories sont déduits des données elles-mêmes, tandis que dans l'analyse déductive, les thèmes et les catégories sont définis à l'avance. https://www.gospeech.com/fr/blog/methodes-de-recherche-qualitatives 19 juin 2024

1,1/ étude d'un cas pour faire école

À partir d'un article de presse : https://www.ouest-france.fr/economie/consommation/alerte-a-la-listeria-des-produits-de-la-marque-vegan-jay-joy-retires-de-la-vente-8a986866-98c7-11ed-838e-db5cb73079c3

Vérification des données : https://www.pasteur.fr/fr/file/3252/download?token=nuSFUB9S#page=1&zoom=auto,-158,842

Recherches complémentaires

"Listeria is the causative agent of the human disease listeriosis. Listeriosis is contracted through contaminated food. Pregnant women are especially vulnerable, when bacteria may cross the placenta to infect the baby, who has no immunity. A mother may only experience mild influenza-like symptoms yet may lose her baby. Others that are also vulnerable include the elderly, persons with cancer (especially of the bowel) and those on immunosuppressive drugs. Listeria is also one of the causes of bacterial meningitis. Gram positive, regular, non-sporing, rod prokaryote. Zoonotic microorganism, domestic mammals, rodents and birds contaminate water, vegetables and cheese, which, if ingested by humans, can cause listeriosis, meningitis, septicaemia, encephalitis, food poisoning and risk of spontaneous abortion in pregnant women, an aerobic motile bacteria which is carried by domestic and wild animals. It is transmitted to humans by eating infected animal products." Science Photo Library

Histoire

1918 premier cas humain décrit par Dumon et Cotoni chez un soldat atteint de méningite

1926 Canada, Murray, Webb et Swann décrivent 6 cas de mononucléose infectieuse chez le lapin et le cobaye et en rendent responsable un germe qu’ils nomment Bacterium monocytogenes

1927 Afrique du Sud, Harvey Pirie isole le même germe que Murray chez la gerbille, atteinte de la maladie de la rivière Triger, il le nomme Listerella hepatolytica en l’honneur de Sir John Lister, chirurgien anglais émule de Louis Pasteur, à l'occasion du 100^e anniversaire de la naissance de Lister

1929 démonstration de la pathogénicité humaine

1940 nom de Listeria monocytogenes proposé à la nomenclature

1979 première éclosion documentée de listériose d'origine alimentaire chez 23 patients dans un hôpital de Boston

1981 cause alimentaire / épidémie Canada

1998 déclaration obligatoire France

Classification

Domaine : Bacteria

Embranchement : Firmicutes

Classe : Bacilli

Ordre : Bacillales

Famille : Listeriaceae

genre : Listeria (Le genre Listeria comporte 21 espèces répertoriées. L. monocytogenes, L. innocua, L. ivanovii subsp. ivanovii et subsp. londoniensis, L. seeligeri, L. welshimeri, L. grayi biovar grayi et biovar murrayi, ainsi que L. marthii, L. rocourtiae, L fleischmannii subsp. fleischmannii et subsp. coloradensis, et L. weihenstephanensis, plus récemment décrites. Deux espèces sont pathogènes. L. ivanovii, pathogène pour les animaux et rarement pour l’humain, L. monocytogenes, pathogène pour les deux.)

espèce : monocytogenes (considérée à tort dans les années 1920 comme responsable de mononucléose infectieuse)

13 sérovars (ou serovar, également appelé sérotype ou serotype) désigne une propriété antigénique permettant d'identifier une cellule ou un virus par des méthodes sérologiques, sur la base des caractéristiques de leur antigène ou protéines. La technique est souvent appelée le sérogroupage ou sérotypage ou ‘whole genome sequencing’ (WGS.)

En microbiologie, ce terme désigne, au sein d'une espèce, une population ou une souche présentant des propriétés antigéniques particulières.
Les noms des sérovars bactériens s'écrivent, à la suite du nom latin du germe, en caractères romains avec une initiale majuscule ( ex. dans un texte en romain : Salmonelle enterica sérovar Typhi). https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=serovar

5 génosérogroupes = groupe PCR déterminés par amplification en chaîne par polymérase. (PCR)

L’espèce L. monocytogenes est divisée en 13 sérovars fondés sur les antigènes somatiques et flagellaires. Depuis 2005, ces sérovars ont été remplacés par cinq génosérogroupes déterminés par PCR: IIa (sérovars 1/2a et 3a), IIb (sérovars 1/2b et 3b), IIc (sérovars 1/2c et 3c), IVb (sérovars 4b, 4d et 4e) et L (autres sérovars). Parmi ceux-ci, les génosérogroupes IVb, IIa et de IIb (par ordre d’importance) sont les plus reliés aux cas humains (EURL-L. monocytogenes, 2019). Ces dernières années, il a été démontré que le sous-typage fondé sur la séquence du génome complet (WGS) permet une discrimination supplémentaire substantielle et, par conséquent, peut être utile aux enquêtes sur les flambées épidémiques. Au sein de l’UE, la listériose constitue l’une des maladies prioritaires pour lesquelles une surveillance supranationale renforcée par une connaissance de la séquence du génome complet a été instaurée en 2018 (Van Walle et al., 2018). https://food.ec.europa.eu/document/download/78e1d571-12d5-470d-a07a-347f250ee3b8_fr?filename=biosafety_fh_guidance_listeria-monoc_profel_fr.pdf

PCR réaction de polymérisation en chaîne

PFGE typage moléculaire par électrophorèse en champs pulsé

Séquençage ARNr16S

Gram +

isolé ou en chaînettes, non sporulé

mobile à 20-25 °C / flagelle péritriche

petit bacille : 0,5 à 2 µm x 0,5 µm

Metabolisme

psychrophile [psychro : froid ← ψυχρός][philo, phile : ami ← φίλος]

halophile [halo : sel ← ἄλος]

saprophyte [sapro : pourri, moisi ← σαπρός][phyto, phyte : qui pousse ← φυτόν]

Aéro-anaérobie facultatif : la présence d'oxygène en petite quantité est préférable pour le développement de la bactérie mais elle peut s'en passer

fermente de nombreux glucides sans production de gaz : Glucose → ac.lactiq, acétiq, butyriq, isovalériq

catalase positive (en bactériologie systématique pour l'identification des bactéries. Il s'agit de mettre en contact une colonie de la bactérie à étudier en présence d'eau oxygénée (à 10 volumes). Une effervescence (dû à un dégagement de dioxygène) signe la présence d'une catalase.)

hydrolyse l’esculine

Oxydase négative

D-xylose négative

produit lécithinases

L-rhamnose positive

β-hémolytique (L. monocytogenes croît facilement en 24 h sur milieux ordinaires ou gélose au sang ou sur milieux sélectifs (acide nalidixique 40 µg/ml, colimycine 4 µg/ml, ou trypaflavine 45 µg/ml). Il est immobile à 37°C, et mobile (péritriche) à 22°C. Les colonies sont petites (1 mm), S smooth, à bords réguliers, transparentes, irisées bleu vert, entourées d'une zone d'hémolyse ß sur gélose au sang.)

API : Analytical Profile Index : This is a method used to identify bacteria based on biochemical reactions between the bacteria and various chemicals placed in the API wells. This produces a pattern of colour changes on the API strip which is a signature for a particular species of bacterium,in this case Listeria monocytogenes.

Pathologie

listériose, listerellose, maladie du silo

Durée moy. d’incubation : 18 j.

Symptômes : Fièvre, Myalgie, Dorsalgie, Céphalée, Ataxie … troubles ψ ...coma

2 formes :

- invasives (Tableau) → septicémie, ménigites, abcès, avortement, infection neonatale
- non-invasives rares → gastroentérites fébriles

Population sensible = personnes à risque → Taux de mortalité : 20-30 %

femmes enceintes
Personnes âgées > 80 ans
Cancer, hémopathie, dialyse, diabète 1 DID, hépatopathie (cirrhose), maladie auto-immune, SIDA, transplantation d’organe, chimiothérapie, corticothérapie, trait. immunosuppresseur,

relation dose-effet inconnue

relation dose-réponse dépend de l’état immunitaire de l’hôte, voire de la virulence de la souche => seul l’état immunitaire de l’hôte est pris en compte dans les relations dose-réponse publiées.

pénétration-invasion : " Les bactéries adhèrent aux cellules par l'internaline, une protéine de surface 80 kDa, qui interagit avec la E-cadhérine, récepteurs exprimés sur certaines cellules (intestinales…).. ceci induit la phagocytose des bactéries. Une 2ème protéine de surface apparentée à l'internaline, InlB, agit pour favoriser l'entrée dans certaines cellules telles que les hépatocytes. Les bactéries sont dans les phagosomes et gagnent le cytoplasme grâce à la listériolysine O (exotoxine hémolytique) et d'une phospholipase C. Dans le cytoplasme, les bactéries se multiplient et polymérisent l'actine F en actine G, créant des "comètes" d'actine qui propulsent les bactéries hors des cellules. Ceci est due à la protéine ActA et permet la dissémination des bactéries de cellules à cellules. Dans les cellules adjacentes, les bactéries sont entourées d'une double membrane qu'elle détruise par l'action de la listériolysine O et d'une autre phospholipase." http://www.microbes-edu.org/etudiant/listeriam.html

" L’épithélium de la villosité intestinale est constitué d’entérocytes, de cellules caliciformes sécrétrices de mucus et de cellules M. Les cellules caliciformes expriment de la E-cadhérine accessible à la lumière intestinale. La villosité placentaire est recouverte d’un épithélium appelé syncytiotrophoblaste, résultat de la fusion des cellules du cytotrophoblaste sous-jacentes. Le syncytiotrophoblaste exprime de la E-cadhérine accessible au sang maternel dans lequel se trouvent les bactéries. Listeria monocytogenes traverse les cellules caliciformes sécrétrices de mucus de l’intestin ainsi que le syncytiotrophoblaste du placenta. La PI3-kinase est constitutivement activée dans les cellules caliciformes intestinales, InlA seule est donc suffisante à l’invasion bactérienne. La PI3-kinase est faiblement activée dans le syncytiotrophoblaste, ce qui explique l’action conjointe d’InlA et d’InlB pour l’invasion cellulaire de Lm. Inl : internaline ; PI3-K : phospho-inositide 3-kinase ; Lm : Listeria monocytogenes." https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/full_html/2016/07/medsci20163206p557/F1.html

" Les gènes de virulence de L. monocytogenes sont répartis en un îlot chromosomique de pathogénicité autour du gène hly (codant pour la listériolysine O), avec en amont, l'opéron lécithinase rassemblant les gènes mlp (codant une métalloprotéase zinc-dépendante nécessaire à la maturation de la phosphatidyl-choline phospholipase C) et les gènes actA et plcB , et en aval l'opéron prfA, comprenant le gène prfA . Les gènes inlA et inlB se trouvent à une certaine distance sur le chromosome. L'ensemble des gènes de virulence est contrôlé par l'activateur transcriptionnel PrfA." http://www.microbes-edu.org/etudiant/listeriam.html

Transmission

ubiquiste (présent partout à la fois) ,

tellurique (de la terre, infection ayant pour origine des microbes qui se trouvent dans le sol), très largement répandue dans l’environnement, et résistante dans le milieu extérieur (sol, lacs, rivières, eaux d’égouts ou de baies, la végétation principalement en décomposition, etc.)

Psychrotrophe (capable de survivre à basses températures) => résiste au froid

+ capacité à persister dans les ateliers et les équipements agro-alimentaires.

+ peut échapper à la pasteurisation

zoonose : dont le pathogène peut être transmis de l'animal aux humains et inversement

6 à 30 % des bovins, ovins, porcins, caprins et poulets hébergent naturellement cette bactérie dans leur tube digestif.

ensilages mal faits (acidification insuff.)
contamination des ruminants.
excréments d’animaux

transmission par voie alimentaire 99 % des cas, à tous les stades de la chaîne alimentaire

transmission directe possible mais rare :

fœtus in utero par passage transplacentaire des bactéries ou durant l’accouchement
vétérinaires et fermiers après mise bas d’un animal infecté ou lors d’avortements liés à une listériose animale.
transmission nosocomiale rare

" direct or indirect evidence that plants can serve as habitats for Listeria monocytogenes, the causative agent of the food-borne life-threatening disease listeriosis. The mechanisms involved in the complex interplay between plants and this bacterium are addressed, and whether this pathogen elicits an immune response in plants is discussed. The combination of plant intrinsic factors, extrinsic biotic factors, and abiotic environmental factors draws the boundaries of plant habitat colonization by L. monocytogenes." https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mbo3.1255

Épidémiologie

taux de létalité élevé (de 25 à 30 %)

taux d’hospitalisation très élevé (> 92 %)

300 cas /an en France

sporadiques [σποραδικός « sporadikos » disséminé, dispersé par opposition à épidémique et endémique]

Incidence française (Nombre de cas apparus pendant une année au sein d'une population.) : 4,9 cas de listériose/million d’habitants ; 5,2 cas pour 100 000 naissances

In the United States, an estimated 2,500 persons become seriously ill with listeriosis each year. Of these, 500 die.

Prévalence (Nombre de cas de maladies enregistrés pour une population déterminée et englobant aussi bien les nouveaux cas que les anciens cas.) : 70 épidémies dans le monde dont 7 en France

langue de porc en gelée (en 1992 et 2000)
rillettes (1993 et 2000)
brie (1995)
pont l’évêque (1997)
époisses (1999)
tartinettes (2002)
mortadelle (2003)

Traitements

Sensible à tous les désinfectants (qlq souches résistantes à des ammoniums quaternaires) autorisés en IAA – Industries Alimentaires et Agricoles

Température 30’ à 60°C, 0,2 à 2’ à 70°C, D65 °C : 0,2 à 2 min, Z : 7,5 °C (4 à 11 °C)

Ionisation D10 = 0,56 kGy (0,25 – 0,77) Le gray (Gy) représente l'énergie d'un rayonnement ionisant

Lyophilisation à vérifier

Pressions 400 à 600 MPa 5 à 10 min à 20 °C ➞ 3 à 8 réductions décimales log10

pH > 10, à pH équivalent, l’acide acétique est plus inhibiteur que l’acide lactique qui est plus inhibiteur que l’acide citrique

Surveillance

LNR étudie les souches des plans de surveillance et de contrôle de la DGAL et de la DGCCRF

CNR reçoit et étudie les souches des alerteschaque semaine

DGAL Direction Générale de la Santé

CNR Centre National de Référence

LNR Laboratoire national de référence

DGCCRF Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des Fraudes

règlement (CE) n°183/2005

critères de sécurité du règlement (CE) n°2073/2005 modifié « absence dans 25 g » ou « inférieur ou égal à 100 ufc/g » cfu/g colony forming unit (unité de mesure pour dénombrer les Listeria dans les aliments)

méthode normalisée de référence pour la recherche (NF EN ISO 11290-1) et pour le dénombrement (NF EN ISO 11290-2)

Recommandations

Producteurs

qualité sanitaire des ensilages :

maîtrise de l’acidification
contaminations tellurique
contaminations fécales
Isoler les animaux malades
hygiène de la traite
refroidissement rapide du lait

Opérateurs

bonnes pratiques d’hygiène
bonne maîtrise de l’environnement de production
nettoyabilité complète+ séchage des locaux et des équipements
plan de surveillance de la contamination
chaîne du froid
DLC date limite de consommation
tests de vieillissement NF V01-003
tests de croissance NF V01-009
Microbiologie prévisionnelle ↔ historique des résultats de l’entreprise ↔ procédé de transformation

Consommateurs

Réfrigérateur tenu < +4°C
A! produits crus
Nettoyer aliments souillés
Pas d’aliments non emballés sur étagères
Nettoyer ustensiles et surfaces de travail
Laver les mains
Laver les légumes et herbes aromatiques
Conserver les restes < 3 jours
Réchauffer à T interne >+70 °C
A! DLC date limite de consommation
consommer le plus rapidement possible les produits à la coupe
A! les fromages au lait cru surtout à pâte molle, le fromage vendu râpé, la croûte des fromages, les poissons fumés, les coquillages crus, le tarama, les graines germées crues et les produits de charcuterie cuite /pers.à risque

Thérapeutique

L. monocytogenes est sensible à la plupart des antibiotiques actifs sur les bactéries à Gram+ telles pénicillines (AMX, amoxicilline), aminoglycosides (K, kanamycine; GM, gentamicine) à l'exception notable des céphalosporines de 2 ème et 3ème génération (FOX, céfoxitine; CXM, céfuroxime; CAZ, ceftazidime; CTX, céfotaxime; MOX, latamoxef), le triméthoprime-sulfaméthoxazole et la rifampicine.

Le traitement de choix d'une listériose neuroméningée est l'association ampicilline-aminoside. Chez l'adulte, l'ampicilline est administrée par voie veineuse à la dose de 200 mg/kg/jour. Chez le nouveau-né et l'enfant, la dose d'ampicilline est portée à 400 mg/kg/jour pendant les premiers jours de l'infection.