2/ bactériologie
Taille, forme
Composition & Métabolisme
Croissance & Reproduction
Classification & Evolution
Biotopes & Réservoirs
Application & Utilisation
Histoire de la découverte des bactéries
1668 Antoine van Leeuwenhoek est le premier à observer des bactéries, grâce à un microscope de sa fabrication. Il les appela « animalcules » et publia ses observations dans une série de lettres qu'il envoya à la Royal Society.
1828 Christian Gottfried Ehrenberg utilise le mot « bactérie » dérivé du grec βακτηριον, qui signifie « bâtonnet » pour la première fois.
1859 Louis Pasteur démontre que les processus de fermentation sont causés par des micro-organismes et que cette croissance n’était pas due à la génération spontanée.
1882 Robert Koch et ses collaborateurs mettent au point les techniques de culture des bactéries sur milieu solide et identifie de nombreuses bactéries
1884 Hans Christian Joachim Gram met au point une méthode de coloration
1910 Paul Ehrlich développe le premier antibiotique, par l'évolution des colorants sélectifs teintés de Treponema pallidum—le spirochaete qui cause la syphilis—en composés qui tuent l'agent pathogène de façon sélective.
1930 Martinus Beijerinck et Sergei Winogradsky initient les premiers travaux de microbiologie de l’environnement et d’écologie microbienne en étudiant les communautés microbiennes du sol et de l’eau et les relations entre ces micro-organismes.
1977 Carl Woese divise les procaryotes en deux groupes : les Bacteria et les Archaea.
2,1/ Taille, forme
Bacteria are microscopic, unicellular, prokaryotic organisms.
They do not have membrane-bound cell organelles and lack a true nucleus, hence are grouped under the domain “Prokaryota” together with Archae.
In a three-domain system, Bacteria is the largest domain.
Bacteria, a singular bacterium, is derived from the Ancient Greek word βακτηριον meaning “cane”, as the first bacteria observed were bacilli.
The study of ‘Bacteria’ is called ‘Bacteriology’; a branch of ‘Microbiology’.
Bacteria are microscopic with a wide range of sizes from 0.2 μm to 100 μm.
Cocci are generally of 0.2 to 1 μm.
Bacilli are generally of 1 μm 5 μm in length and 0.5 to 1 μm in diameter.
Spirochetes are generally 20 μm in length and 0.1 to 1 μm in diameter.
The smallest bacilli are Pelagibacter ubique (370–890 nm length / 120–200 nm diameter).
The smallest cocci are Mycoplasma genitalium with a diameter of 200 – 300 nm.
The largest bacteria is Thiomargarita namibiensis with a diameter of 0.75 mm.
Bactéries ubiquitaires, dépourvues de paroi, difficiles à cultiver. Certaines espèces sont pathogènes pour l'homme, les mycoplasmes appartiennent à la classe des Mollicutes (de mollis cutis : peau molle).
Les espèces pathogènes pour l'homme appartiennent aux genres Mycoplasma et Ureaplasma. Ce sont des formes très évoluées ayant perdu, au cours de l'évolution, la capacité de synthétiser une paroi.
Ils sont polymorphes, non colorables par le Gram. M. pneumoniae et M. genitalium ont une extrémité effilée, structure spécialisée leur permettant d'adhérer aux cellules épithéliales.
Les bactéries présentent une grande diversité de tailles et de formes.
Les cellules bactériennes typiques ont une taille comprise entre 0,5 et 5 µm de longueur,
cependant, quelques espèces comme Thiomargarita namibiensis et Epulopiscium fishelsoni peuvent mesurer jusqu’à 750 µm (0,75 mm) de long et être visibles à l’œil nu. Thiomargarita magnifica, découverte en 2019, peut même mesurer jusqu'à 2 cm.
Parmi les plus petites bactéries, les mycoplasmes mesurent 0,3 µm, soit une taille comparable à certains gros virus.
Les bactéries présentent une grande diversité de tailles et de formes.
2,2/ Composition & Métabolisme
Les bactéries mesurent entre 0,5 et 15 μm.
Ce sont des organismes procaryotes qui ne possèdent pas de noyau, mais un ADN chromosomique circulaire situé dans le cytoplasme.
De nombreuses bactéries contiennent une autre structure d’ADN extra-chromosomique, appelée plasmide.
Elles sont entourées d’une paroi complexe et possèdent souvent des flagelles ou des pili
Flagella (sing. Flagellum) 4 – 5 μm long / 0.01 – 0.03 μm
Responsible for motility
Aids in chemotaxis
Aids in bacterial pathogenicity and survival
Pili/Fimbriae 0.5 μm in long / 0.01 μm
Aids in adherence to host cells
Sex pili helps in bacterial DNA transfer during bacterial conjugation
Prosthecae (prothèse)
semi-rigid extension of the cell wall and plasma membrane.
increases nutrient absorption
helps in adhesion.
Stalked cell of Caulobacter crescentua, which in nature would be attached to plants, rocks, or other solid surfaces. This cell divides to form swarmer cells. TEM (negative stain, whole mount), bar = 5 μm. [Photograph courtesy of J. Staley; drawing by I. Atema.]
Prosthecate bacteria are bacteria bearing one or more projections called prosthecae (sing. Prostheca) and occur in a variety of groups, in addition to many forms typically being grouped together on their own. Each prostheca is an outgrowth of the cell, containing cell wall material and a narrow core of cytoplasm.
Sheath (gaine)
hollow tube-like structure enclosing chain-forming bacteria,
provides mechanical strength to the chain
A number of Gram-negative bacteria have a membrane surrounding their flagella, referred to as the flagellar sheath, which is continuous with the outer membrane. The flagellar sheath was initially described in Vibrio metschnikovii in the early 1950s
… placed strands of Venus’s hair under the microscope. The filaments were like fiber optic cables.
Several long chains of bacteria called “trichomes” lay inside a gelatinous sheath (trichomes, by the way, is the same term used to describe the microscopic hairs that cover plants). Clinging to the exterior of the sheath like barnacles were much smaller bacteria of different species.
These trichomes had a diameter of three to six micrometers -- somewhat large for bacteria. The sheath surrounding them is 36 to 90 micrometers wide. The sheath may help to deter grazing by microbes or animals attracted to a mass bacterial bloom.
Capsule
viscous covering,
polysaccharides or polypeptides of both (~2%) and water (~98%)
Macro-capsule > 0.2 μm
micro-capsule < 0.2 μm
Aids in adherence
Prevents from desiccation
Confer resistance against phagocytosis
The Slime layer protects from proteolytic enzymes
Slime
amorphous/paracrystalline colloidal protein materials
Capsule : couche organisée : résistance à la phagocytose ; forte conteneur en eau et protection contre la dessiccation ; résistance aux virus bactériens, aux détergents ; masque les antigènes.
Couche mucoïde : couche diffuse, non organisée (polysaccharides).
Couche S : régulièrement structurée composée de protéines et de glycoprotéines protège contre fluctuation ionique, variation pH, stress osmotique, enzymes ou bactéries prédatrices, facteur de virulence.
Glycocalyx : réseau de polysaccharides recouvrant la surface des bactéries et d’autres cellules voisines, permet l’attachement des bactéries sur des surfaces solides dans des environnements aquatiques et sur des tissus végétaux ou animaux (cellules intestinales) : important dans la formation des biofilms (matrice intercellulaire).
Cell Structure: Boundary
Structure complexe et diversifiée
Dynamique : fluidité membranaire, ana/catabolisme de la paroi
Evolutive : adaptation au stress, régulation biochimique et génétique
Le peptidoglycane (ou muréine, ou mucocomplexe, ou mucopeptide) est un composant de la paroi bactérienne maintenant la forme des cellules et assurant une protection mécanique contre la pression osmotique. Il forme une couche fine chez les bactéries à Gram négatif et une couche épaisse chez les bactéries à Gram positif.
Enveloppe bactérienne (structure/fonctions)
Ensemble des structures englobant le contenu cytoplasmique
Un des constituants les plus importants de la cellule bactérienne
Barrière séparant intérieur et extérieur de la cellule
Lieu de toutes les interactions avec l’environnement
Gram-Positive
Stains violet/purple
Thick cell wall (20 – 80 nm)
Thick peptidoglycan layer
Low phospholipid (2 – 5%)
Mesosomes present
Fimbriae or pili absent
Forms endospores
Produce exotoxins
Teichoic & teichuronic acid present,
Lack an outer layer
Very few amino acids without any aromatic amino acids
Staphylococcus,
Streptococcus,
Enterococcus,
Corynebacterium,
Streptomyces,
Bacillus,
Haemophilus,
Clostridium,
Listeria,
etc.
Gram-Negative
Stains red/pink
Thin cell wall (10 – 15 nm)
Thin peptidoglycan layer
High phospholipid (15 – 20%) lipoprotein, lipopolysaccharide
Presence of an outer layer
Mesosomes absent (rarely present)
Fimbriae or pili present
Forms exospores
Produce endotoxins
Teichoic acid absent,
Wide variety of amino acids with different aromatic amino acids
Escherichia,
Salmonella,
Shigella,
Neisseria,
Klebsiella,
Proteus,
Pseudomonas,
Enterobacter,
Citrobacter,
etc.
Les membranes jouent un rôle fondamental :
entrée des nutriments
flux des composés toxiques
systèmes spécifiques pour la sécrétion de toxines ou d'enzymes impliquées dans les interactions avec les pathogènes, la virulence et la pathogénèse;
récepteurs et machines de signalisation qui informent la cellule de l’état de son environnement immédiat.
processus :
sécrétion,
efflux
import,
signalisation
préservation
The four major mechanisms by which the bacterial cells develop multiple drug resistance.
expression of efflux pumps to pump out antibiotics from cell interior.
Altering the cellular permeability to avoid the entry of antibiotics into the cells,
enzymatic modification of antibiotics to render them inactive
modifying the targets of the antibiotics so that they can no longer act on them,
The five classes of efflux pumps in bacteria.
The organization of these efflux pumps is different in Gram-positive and Gram-negative bacteria.
Gram+
ATP-binding cassette superfamily
major facilitator superfamily
multidrug and toxic compound extrusion family,
small multidrug resistance family
Gram-
resistance nodulation division family
ATP-binding cassette superfamily
major facilitator superfamily
Zipper (fermeture éclair) : contacts entre adhésines → phagocytose
Trigger (gachette) : injection d’effecteurs → réarrangement ¢squelette → phagocytose
Zipper
1) adhésion :
(Yersinia : invasine ↔ intégrines
(Listeria : internaline.A ↔ E.Cadhérine & internaline B ↔ Recept.Met
2) polymérisation actine phagocytose
3) fermeture vacuole dépolymérisation actine
Trigger
1) rapprochement
2) injection effecteurs d’activation de SST3
3) polymérisation actine réarrangement cytosquelette phagocytose
4) fermeture vacuole dépolymérisation actine
Cell Structure: Cytosol
Water and enzymes for
fermentation,
glycolysis,
Kreb’s cycle,
Calvin cycle,
naked circular DNA for transcription,
70S ribosomes for translation
Cell Structure: Nucleoid
Nucleoid - genome
one circular DNA molecule
no histone protein association
attached to cell membrane
mRNA transcription by RNA polymerase
70S Ribosome
rRNA + protein + ribozymes
translation of mRNA into protein
The DNA double helix is highly twisted to form the coils you are seeing here.
The area inside the cell including the naked, circular DNA molecule (lacking DNA-binding proteins) is called the nucleoid; it is not a nucleus!
The bacterium is prokaryotic (before-nucleus).
The functions of the nucleoid are transcription (making mRNA), and replication (making a copy of DNA prior to cell division).
Ribosomes are 70S in “size” in prokaryotes, mitochondria, and plastids.
Those found in the eukaryotic cytosol are 80S in “size.”
The function of the ribosome in both kinds of cells is translation; the synthesis of protein from the information in mRNA.
Nucléoïde
140 – 13 000 kpb
Généralement circulaire
Uune seule copie
Déterminant de l’espèce
Plasmides
Petite taille : 1 – 2 400 kpb
Autonome et transférable
Multicopies
Fonctions associées / différents types :
- Facteur de fertilité (facteur F conjugaison)
- Plasmides R (résistances)
- Plasmides Col (colicine / activité antiµB)
- Plasmides de virulence (toxines; …)
- Plasmides métaboliques (lactose, …)
- Plasmides cryptiques (sans fonction connue)
Plasticité du génome des entérobactéries
Only 40% of the genome of E. coli (the 'core' genome) is highly conserved between strains
Potentiel génomique de E. coli
Diagramme représentant le pan-génome (violet),le contenu moyen d’un génome (jaune) ainsi
que le core génome (rouge) pour les souches de E. coli analysées dans le projet ColisCope .
Figure d’après Hendrickson (Hendrickson, 2009).
2,3/ Croissance & Reproduction
DNA replication by DNA polymerase
cytokinesis by furrowing (sillonage)
Process called binary fission
NOT mitosis!
Genome and copy are identical
Genome is haploid
There is no synapsis
There is no recombination
La synapsis ou appariement est l'union des chromosomes homologues qui donnent des tétrades, des groupes de 4 chromatides
Cells are generally very small
Cells may double in volume, but only before binary fission
Growth is mostly in terms of cell number or colony size.
The doubling time in cell numbers may be 20 minutes in ideal conditions
Bacteria could quickly take over the earth if conditions could remain ideal
They are very competitive, but often shed by-products that inhibit their own survival, so ideal conditions are usually not sustainable.
They are ultimate survivors - 3.5 billion years!
Reproduction in Bacteria
Bacteria have a very short generation time i.e. they reproduce very quickly.
Their reproduction is an asexual type
1. Binary fission is the most common type. Under favorable conditions, each bacterium divides into two identical bacteria.
2. Conidia formation is mostly seen in filamentous bacteria like those in actinomycetes, e.g. Streptomyces, Micromonospora, Rhodomicrobium, etc.
3. Budding : DNA replicates and one copy enters into the bud. The bud eventually separated and develop into a daughter cell. E.g. Planctomyces spp, Rhodomicrobium vannielia, Hyphomicrobium spp., etc.
4. Endospore formation is seen in some Gram+ bacteria during unfavorable conditions and environmental stresses. The cytoplasm becomes concentrated around bacterial DNA and a thick, hard, and resistant wall develops around it. E.g. Bacillus spp., Clostridium spp., Sporosarcina spp., etc.
5. Transformation is considered a sexual method. The DNA of one bacterium directly enters into a cell of another bacterium of the same species and forms recombinant DNA. The DNA enters through extracellular environments.
6. Conjugation is another sexual method where DNA transformation is by direct contact between donor and recipient bacterium via conjugation tube. Sex pili are responsible for conjugation. Donor cell develops sex pilus and attaches to the recipient cell. A conjugation tube or bridge is formed at the connected point. DNA fragments transform from one bacterium (donor) to another (recipient) through this tube.
7. Transduction : DNA fragments are transformed from donor bacterium to recipient bacterium by bacteriophages.
2,4/ Classification & Evolution
Les bactéries peuvent être classées selon la morphologie de leur colonie
Punctiformes : à peine visibles, < 1 mm
Petite : diamètre 1 à 2 mm
Moyennes : diamètre 3 à 5 mm
Grandes > 5 mm
Selon leur forme au microscope
Chaque espèce se distingue par des caractéristiques morphologiques :
les cocci seront plutôt courts et sphériques,
les bacillus en forme de bâtonnet,
d’autres peuvent être incurvés ou spiralés…
en fonction de leurs appendices
Classification based on arrangement of flagella :
1. Atrichous without flagella. E.g. Lactobacillus spp., Bacillus anthracis, Staphylococcus spp., Streptococcus spp., etc.
2. Monotrichous with only one flagellum at one pole. E.g. Campylobacter spp., Vibrio cholerae, etc.
3. Lophotrichus with multiple flagella at one end. E.g. Spirillum, Helicobacter pylori, Pseudomonas fluorescence, etc.
4. Peritrichous with multiple flagella projecting in all directions. E.g. E. coli, Klebsiella, Proteus, Salmonella Typhi, etc.
5. Amphitrichous with one flagellum at each pole. E.g. Alcaligenes faecalis, Nitrosomonas, etc.
Une autre classification, fréquemment utilisée, correspond à leur réaction au contact de la coloration de Gram,
permettant de différencier les bactéries en fonction de leur capacité de coloration
variant selon la composition de leur paroi,
les bactéries colorées en bleu-violet sont dites à Gram positif et
celles en rose à Gram négatif
Most bacteria can be classified according to a lab procedure called Gram staining.
Bacteria with cell walls that have a thick layer of peptidoglycan retain the crystal violet stain but are not affected by the safranin counterstain.
These bacteria appear as purple-blue on the stain, indicating that they are gram positive.
selon leurs exigences écologiques
Classification based on Oxygen Requirements :
1. Aerobic bacteria can’t survive in anoxic environments. E.g. Pseudomonas aeruginosa, Nocardia spp., Mycobacterium tuberculosis, etc.
2. Facultative aerobes survive in very low oxygen levels and can survive in both oxygenic and anoxic environments. They are Microaerophiles. E.g. E. coli, Klebsiella pneumoniae, Lactobacillus spp., Staphylococcus spp., etc.
3. Anaerobic bacteria can’t survive in an oxygen-rich environment. E.g. Clostridium perfinges, Campylobacter, Listeria, Bifidobacterium, Bacteroides, etc.
Classification based on optimum growth temperature :
1. Psychrophiles <15°C or below. E.g. Chryseobacterium, Psychrobaceter, Polaromonas, Sphingomonas, Alteromonas, Hyphomonas, Listeria monocytogenes, etc.
2. Mesophiles at 15 – 45°C. Pathogenic bacteria fall in this category. E.g. E. coli, Staphylococcus aureus, Salmonella Typhi, Streptococcus pyogenes, Klebsiella spp., Pseudomonas spp., etc.
3. Thermophiles > 45°C. E.g. Bacillus thermophilus, Methanothrix, Archaeglobus, Thermophilus aquaticus, Geogemma barosii (at 122°C), Pyrolobus fumarii (at 113°C), Pyrococcus spp., etc.
Classification of Bacteria based on mode of nutrition
1. Autotrophic bacteria capable of assimilating inorganic matters into organic matters. They are of 2 types;
1.1. Photoautotrophs use energy from sunlight for assimilation. It includes cyanobacteria (Nostoc, Prochlorococcus, etc.), purple sulfur bacteria (Nitrosococcus, Thiococcus, Halochromatium, etc.), purple non-sulfur bacteria (Rhodopseudomonas spp.), green sulfur bacteria (Chlorobium, Chromatium, etc.)
1.2. Chemoautotrophs use chemical energy for assimilation. It includes sulfur bacteria (Beggiatoa, Thiobacillus, Thiothrix, Sulfolobus, etc.), nitrogen bacteria (Nitrosomonas, Nitrobacter, etc.), hydrogen oxidizing bacteria (H. pylori, Hydrogenbacter, Hydrogenvibrio marinus, etc.), methanotrophs (Methylomonas, Methylococcus, etc), iron bacteria (Thiobacillus ferroxidans, Ferrobacillus, Geobacter metallireducens, etc.)
2. Heterotrophic bacteria derive energy by consuming organic compounds. They are parasitic or symbiotic types. E.g. E. coli, Rhizobium spp., Staphylococcus spp., Mycobacterium spp., Klebsiella pneumoniae, etc.
3. Saprophytic bacteria decompose organic compounds into inorganic and derive energy. E.g. Cellulomonas, Clostridium thermosaccharolyticum, Pseudomonas denitrificans, Acetobacter, etc.
Bacteria are considered as the first life-form to arise on the Earth about 4 billion years ago. All other life-forms are evolved from the bacteria.
A hyperthermophile of about 2.5 – 3.2 billion years ago was the ancestor of bacteria and archaea that are found in the present time.
Endosymbiotic association between different bacteria around 1.6 – 2.0 billion years ago give rise to the first proto-eukaryotic cell, which gradually gives rise to eukaryotes.
Most bacteria can be classified according to a lab procedure called Gram staining.
Bacteria can be further classified according to morphology
and their ability to grow in the presence of oxygen
Cocci can also be further identified :
Staphylococci on the basis of the presence of the enzyme coagulase and on their sensitivity to the antibiotic novobiocin.
Streptococci are grown on blood agar and classified on the basis of which form of hemolysis they employ (α, β, or γ). Further, on the basis of their response to the pyrrolidonyl-β-naphthylamide (PYR) test, their sensitivity to specific antimicrobials (optochin and bacitracin), and their ability to grow on sodium chloride (NaCl) media.
2,5/ Biotopes & Réservoirs
Le réservoir est le lieu dans lequel s’accumulent et prolifèrent les agents biologiques.
Ces derniers pouvant croître partout, les réservoirs peuvent se trouver dans l’environnement :
- le sol,
- les eaux douces ou marines,
- les plantes,
mais également sur ou dans un être humain ou un animal :
- peau,
- appareil respiratoire,
- salive,
- sang,
- laine...
2,6/ Application & Utilisation
Agrobactérium tumefaciens
bactérie pathogène du sol
Mécanisme à l'origine de la tumeur végétale de la galle du collet :
1 - Agrobacterium tumefaciens entre en contact avec une cellule de la plante à la faveur d'une blessure .
2 - Transfert de la partie ADN-T du plasmide Ti de la bactérie.
3 - Incorporation ADN-T dans l’ADN de la cellule végétale.
4 - Expression de l'ADN-T dans la cellule végétale
=> multiplication continue incontrôlée de la cellule végétale => développement de la tumeur ;
=> synthèse de substances spécifiques appelées opines.
5 - Libération des opines dans le milieu extracellulaire.
6 - Prélèvement des opines par la bactérie pour sa propre croissance
Transfert d’un plasmide dans une cellule de plant de colza -> obtention des plantes transgéniques
Des bactéries (procaryote) productrices d’insuline humaine (eucaryote)
les cinq principales bactéries responsables des intoxications alimentaires en France
article republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons.
comme l’indique le dernier rapport de l’EFSA (European Food Safety Authority). En 2020, il s’agissait des bactéries :
Campylobacter
Salmonella
Yersinia enterocolitica et Y. pseudotuberculosis
Escherichia coli (EHEC)
Listeria monocytogenes
Reported numbers of cases and notification rates of confirmed human zoonoses in the EU, 2020
Note: The total number of confirmed cases is indicated in parentheses at the end of each bar.
Bactéries, toxines et métabolites
Aeromonas spp. Infection opportuniste
Bacillus cereus Intoxination émétique et toxi-infection diarrhéique
Brucella spp. Brucellose
Campylobacter spp. Gastro-entérite aiguë et complications (syndrome de Guillain-Barré, arthrite réactionnelle, syndrome de l'intestin irritable)
Clostridium botulinum Botulisme, Botulisme infantile / nourrissons
Clostridioides difficile (syn Clostridium difficile) Infection opportuniste intestinale (diarrhée)
Clostridium perfringens Toxi-infection diarrhéique
Cronobacter spp. Infection systémique / nourrissons
Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC)Gastro-entérite aiguë et complications (syndrome hémolytique et urémique [SHU], et syndrome de microangiopathie thrombotique [MAT])
Histamine Intoxication histaminique
Listeria monocytogenes Listériose invasive, Listériose périnatale / fœtus et nouveau-nés
Mycobacterium bovis Tuberculose
Salmonella non typhiques Gastro-entérite aiguë et complications (arthrite réactionnelle)
Shigella spp. / Escherichia coli entéroinvasifs (EIEC) Gastro-entérite aiguë et complications (SHU, arthrite réactionnelle)
Staphylococcus aureus Intoxination émétique
Vibrio non cholériques (Vibrio cholerae non O1 / non O139, Vibrio parahaemolyticus) Gastro-entérite aiguë
Yersinia entéropathogènes (Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis) Gastro-entérite aiguë
Les bactéries lactiques (Lactobacillus, Streptococcus, Leuconostoc, Lactococcus, Pediococcus, Oenococcus, …) interviennent dans l'affinage des fromages, dans l'élaboration des produits de charcuterie et de la choucroute notamment.
Les Brevibacterium sont responsables principalement de l'aromatisation et de la coloration de certains fromages lors de l'affinage.
Les bactéries acétiques (Acetobacter, Gluconobacter,…) interviennent dans la fabrication du vinaigre et du vin par exemple.
Les bactéries propioniques (Propionibacterium) interviennent dans l'affinage des fromages à pâte pressée cuite de type emmental (flaveur et " trous ").
bactérioses
- La tularémie,
- Le botulisme,
- L'anthrax ou maladie du charbon,
- La maladie de Lyme ou Borréliose,
- La brucellose,
- La syphilis,
- Les chlamydioses,
- La lèpre
- Le tétanos,
- La légionellose,
- La salmonellose,
- La listeriose
- La peste
- Le cholera
- La typhoïde
Escherichia coli are commensal bacteria of the gastrointestinal tract of healthy
humans and animals
E. coli is the predominant facultative anaerobe in the gut 103 to108 per g of feces
E. coli belongs to the initial microflora colonizing the gut of newborns
E. coli is a leading cause for infant acute diarrhea and the primary cause of travelers' diarrhea.
About 50% of women have had at least one episode of urinary tract infection due to E. coli in their lifetime.
E. coli causes 10-50% of nosocomial infections.
E. coli is an emerging foodborne pathogen
7.109 humains
108 E.coli /g de selles x 100 g
=> 1010 E.coli / excréta journalier
=> 1020 E.coli excrétées / jour
550 samples per 24h
7500 bacterial strains identified per month
E. coli about 10 % of the identifications
10 653 E. coli in 2007
Pathotypes E.coli
Les E. coli pathogènes retrouvés dans chaque pathotype peuvent être regroupés en différents virotypes, selon les gènes de virulence qu’ils possèdent. Un virotype est une combinaison spécifique de gènes de virulence.
Parmi les facteurs de virulence les plus importants encodés par ces gènes, on retrouve les adhésines fimbriaires, les entérotoxines, les cytokines, la capsule et les lipopolysaccharides (LPS).
On peut également distinguer les différents E. coli pathogènes par le sérotypage, en se basant sur les différences antigéniques de l’antigène O du LPS, de l’antigène H du flagelle, et de l’antigène F des fimbriae.
Pathotypes d’E. coli associés aux maladies d’origine animale
Les E. coli pathogènes sont regroupés en différentes classes que l’on appelle pathotypes. Cette classification est basée sur les différents mécanismes qui causent la maladie
ETEC Escherichia coli entérotoxinogène
(Enterotoxigenic Escherichia coli)
STEC Escherichia coli producteur de toxine Shiga
(Shiga toxin producing Escherichia coli)
EPEC Escherichia coli entéropathogène
(Enteropathogenic Escherichia coli)
ExPEC Escherichia coli extraintestinal
(Extraintestinal Escherichia coli)
Sous-groupes de STEC :
EDEC: Escherichia coli de la maladie de l'oedème
Sous-groupes de ExPEC :
APEC: Escherichia coli pathogène d’origine aviaire
SEPEC:Escherichia coli septicémique
UPEC: Escherichia coli uropathogène
Les antibiotiques sont des molécules possédant la propriété de tuer (bactéricide) ou de limiter la propagation (bactériostatique) des bactéries.
Les antibiotiques utilisés en médecine sont fabriqués à partir de cultures de microorganismes ou sont des médicaments entièrement synthétisés. Le premier d’entre eux (la pénicilline) a été découvert par Alexander Fleming, par hasard, chez le champignon Penicillium glaucum.
Une infection nosocomiale est une infection contractée dans un établissement de santé. Le terme nosocomial vient du grec nosos, maladie, et de komein, soigner, qui forment le mot nosokomeion, hôpital.
Réferences
Microbe Notes is an educational niche blog/website related to microbiology (bacteriology, virology, parasitology, mycology, immunology, molecular biology, biochemistry, etc.) useful for biology and microbiology courses (High School, B.Sc, M.Sc., M.Phil., and Ph.D.). https://microbenotes.com/
Société Française de Microbiologie : https://www.sfm-microbiologie.org/
https://www.britannica.com/science/bacteria
https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Microbiology
https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Botany/Botany_(Ha_Morrow_and_Algiers)/02%3A_Biodiversity_(Organismal_Groups)/2.02%3A_Prokaryotes_and_Viruses/2.2.01%3A_Prokaryotes/2.2.1.03%3A_Bacteria
https://microbenotes.com/
Microbiote: des bactéries qui nous veulent du bien : https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien
tique et Lyme : http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/a/actualite-tiques-et-bacteries-de-lyme-un-benefice-reciproque-32073.php
http://www.microbes-edu.org/index.html
Trafic et signalisation membranaires chez les bactéries : https://map.insa-lyon.fr/fr/content/trafic-et-signalisation-membranaires-chez-bacteries
https://www.bioutils.ch/protocoles/22-la-conjugaison-bacterienne
https://www.sciencephoto.fr/
Selosse, Marc-André : "Jamais seul". Babel , Actes sud 2017. "ces microbes qui constituent les plantes, les animaux et les civilisations"
Naïtali, Guillier, Dubois : "Risques microbiologiques alimentaires". Lavoisier, Paris, 2017. ISBN 978-2-7430-2103-1
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