Sida, Ebola, Zika, Corona… font fémir chaque année la planète
alors qu’il
n’y a pas plus petit organisme sur terre, si l’on admet que les
virus sont vivants, ce qui est encore en débat entre les
scientifiques. Qu’est-ce qu’un virus ?
Voici quelques infos qui provoqueront sans doute des questions que
j’attend par mail ou commentaire avec impatience !
1/
Coronavirus
https://prezi.com/view/PuWIC6cDfne6TJz8TddA/
C’est quoi
?
Le SRAS-CoV2
(SARS, in
English), pour Syndrôme Respiratoire Aigü Sévère
au CoronaVirus
2 est l’agent de la maladie COVID19 ou 2019-nCoV pour
Coronavirus infection disease 2019, littéralement « maladie
infectieuse à coronavirus de 2019 ».
Les coronavirus humains comptent
parmi les agents du rhume, derrière les
rhinovirus. Ce sont des virus à ARN, enveloppés,
avec certaines particularités : le génome le
plus long des virus à ARN (30 kb) ; de très
larges spicules d’enveloppe, donnant à la particule
virale un aspect en couronne ; une relative résistance
dans l’environnement et la présence dans les
selles (en rapport avec cette enveloppe particulière ?).
Enveloped, spherical, about 120 nm in
diameter. The RNA genome is associated with the N protein to form
the nucleocapsid. see Neuman
BW et al. for virion cryo-electron microscopy analysis.
Monopartite, linear ssRNA(+)
genome of 27-32kb in size (the largest of all RNA virus
genomes). Capped, and polyadenylated. The leader RNA (65-89 bp) at
the 5' end of the genome is also present at the end of each
subgenomic RNAs.
Pour
quoi ?
C’est la première menace de pandémie
du troisième millénaire. Cette pneumonie sévère,
apparue en novembre 2002 dans la province de Guangdong (ex Canton)
en Chine, a diffusé jusqu’en avril 2003, touchant plus de
8000 personnes. Elle est due à un virus nouveau, d’origine
très probablement animale (la civette), les coronavirus humains
déjà connus ne donnant que des rhumes. L’implication de ce
nouveau virus comme agent du SRAS a été démontrée par la
reproduction de la maladie chez le singe (cynomolgus).
Physiopathologie : Le SRAS
diffère de la grippe par les caractères suivants :
mortalité plus élevée (10 %) ;
incubation plus longue (six jours, avec des
extrêmes de 14 jours) ; caractère généralisé
de l’infection (le virus est présent dans les sécrétions
respiratoires, mais aussi dans les urines, les selles, le sang) ;
pic de multiplication virale relativement tardif (10 jours
après le début des signes cliniques) ; rareté des
affections asymptomatiques ; fréquence de la pneumonie
plus grande chez l’adulte que chez l’enfant
(comme pour la pneumonie de la varicelle) ; contagiosité
limitée (deux à quatre cas secondaires par cas index,
mais exceptionnellement beaucoup plus ; pour la grippe, c’est
5 à 10 cas, voire 15 en cas de pandémie) ; diffusion
nosocomiale importante parmi le personnel (« maladie des
blouses blanches ») ; enfin contrôle possible de
l’épidémie par des mesures d’hygiène (isolement,
quarantaine, bannissement des aérosols) dès que les cas sont
reconnus.
Diagnotic virologique : La
difficulté de leur isolement en culture de cellules, la bénignité
du rhume et l’absence de traitement antiviral font que le
diagnostic virologique, hors enquêtes spécifiques, n’en est pas
fait. En phase aiguë, on recherche le génome viral par RT-PCR
en temps réel sur les sécrétions respiratoires, les
urines, les selles. Le diagnostic rétrospectif peut se faire par la
recherche d’une séroconversion sur deux prélèvements sériques,
précoce et tardif (IF ou ELISA… si le patient survit).
Traitement : Il n’y a actuellement pas
de traitement antiviral validé. La question : cette épidémie
liée à une zoonose [du grec ζῷον :
zôion : animal +
νόσος : nósos : maladie] peut-elle reprendre tous les
ans ? Importance de la surveillance en Chine
de la civette et autres animaux sauvages vendus sur les marchés et
utilisés en plats cuisinés.
Comment ?
Attachement
of the viral S protein (maybe also HE if present) to host
receptors mediates endocytosis
of the virus into the host cell.
Fusion
of virus membrane with the endosomal membrane (probably mediated
by S2), ssRNA(+) genome is released into the cytoplasm.
Synthesis and proteolytic cleavage of the
replicase polyprotein.
Replication occurs in viral
factories. A dsRNA genome is synthesized from the genomic
ssRNA(+).
The dsRNA genome is transcribed/replicated
thereby providing viral mRNAs/new ssRNA(+) genomes. GENE
EXPRESSION : The virion RNA is infectious and serves as both
the genome and viral messenger RNA. Genomic RNA encodes ORF1a, as
for ORF1b, it is translated by ribosomal
frameshifting. Resulting polyproteins pp1a and pp1ab are
processed into the viral polymerase (RdRp) and other non-structural
proteins involved in RNA synthesis. Structural proteins are
expressed as subgenomic RNAs.
Synthesis of structural proteins encoded by
subgenomic mRNAs.
Assembly
and budding
at membranes of the endoplasmic reticulum (ER), the intermediate
compartments, and/or the Golgi complex.
Release of new virions by exocytosis.
A SARS-CoV-infected cell with virus particles in vesicles, which
appear to migrate toward the cell surface and fuse with the plasma
membrane, releasing the viral particles. Many of the particles
adhere to the plasma membrane, creating a characteristic knob-like
appearance on the surface of the cell.
Modifié d’après
https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species
et http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/oldpoly/POLY.Chp.8.html
https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus
https://youtu.be/PWzbArPgo-o
https://evolution.berkeley.edu/evolibrary/news/200409_coronavirus