vendredi 8 janvier 2016

§ Comment les êtres vivants se sont-ils diversifiés au cours de l'évolution ?

correc test

A6 : Histoire de la domestication du blé / diaporama

Diap/ Polyploidisation ble.odp

Hybridation et polyploïdisation

§ Génétique ou environnement ?

A3/ Exercices sur lapins himalayens / documents

Diap gene_lapin_himmalaya.odp
© gene_lapin-himmalaya.odt
rôles de l’environnement et du génotype dans l’expression d’un phénotype.

Question : A partir des informations et de vos connaissances, expliquez les rôles du gène de la tyrosinase et de l’environnement sur la couleur des lapins himalayens.
Analyse de la question :
A partir des informations et de vos connaissances :
Cette expression rappelle la manière de travailler :
 utiliser les données apportées par les documents
 utiliser les connaissances pour répondre à la question.
Expliquez : le verbe indique l’activité à produire :
 retrouver la ou les causes.
 formuler l’enchaînement des mécanismes à l’origine du phénomène.
Les rôles du gène de la tyrosinase et de l’environnement sur la couleur des lapins himalayens : notions à utiliser et limites du sujet
 fonctionnement d’un gène, gène de la tyrosinase à lier à la couleur du poil.
 influence de l’environnement, température, à lier à la couleur du poil.
 Limite du sujet : lapins himalayens, pas lapins sauvages.
Dans l’exercice II.2, sur / 5 points, les barèmes tiennent compte de :
 la saisie des informations des documents /1 à 2
 la mise en relation des informations des documents / 1 à 2
 l’utilisation des connaissances / 1.5
Analyse partielle du texte : informations à relever dans le texte
La couleur sombre du pelage est due à la présence de mélanine dans le poil.
La couleur blanche correspond à l’absence de mélanine dans le poil.
La chaîne de biosynthèse de la mélanine débute par la transformation de tyrosine par l’enzyme « Tyrosinase ».
Le gène de la Tyrosinase est le même pour les lapins sauvage et himalayen.
Par contre les séquences alléliques de ce gène diffèrent au codon 422 pour les lapins sauvage et himalayen.
Le texte indique que :
 la couleur du pelage vient de la présence de mélanine
 la mélanine vient de la transformation de tyrosine par la tyrosinase au sein d’une chaîne de biosynthèse.
 le gène de la tyrosinase possède 2 allèles, différentes au codon 422
On sait que les phénotypes dépendent des protéines, qui elles mêmes résultent de l’expression de gènes.
La couleur du poil dépend de la présence de mélanine dans les cellules de poil, qui provient de la transformation de la tyrosine par une chaîne de biosynthèse, dont la tyrosinase est le premier enzyme.
On sait qu’il suffit d’une seule étape absente dans une chaîne de biosynthèse pour le produit final ne se fabrique pas.
Donc, la couleur blanche du poil peut résulter de la présence d’une tyrosinase non fonctionnelle, empêchant la production finale de mélanine.
Analyse du document 1 : données à relever de l’électrophorèse
TS TH
Sens de migration
Zone de dépôt des gouttes de tyrosinases
TS = Tyrosinase du lapin Sauvage
TH = Tyrosinase du lapin Himalayen
On voit que les 2 tyrosinases ont de vitesses de migration différentes : ce qui signifie qu’elles ont une composition différente.
On sait que les enzymes sont des protéines et que les protéines sont constituées d’acides aminés.
Le texte indique que les 2 allèles diffèrent au codon 422.
On sait qu’un codon du code génétique ne correspond à un seul acide aminé.
La différence de migration résulte de différence de l’acide aminé 422.
L’enzyme tyrosinase des lapins himalayens diffère d’un acide aminé de celle des lapins sauvages.
Analyse du document 2 : données relevées de l’activité des tyrosinases
Transformation de la Tyrosine par la Tyrosinase, à 30°C et 36°C.
% de Tyrosine transformée par la Tyrosinase
100%
TS à 30° et 36°C
TH à 30°C
TH à 36°C
0%
60 min
Temps d’action de la Tyrosinase
30°C : température des extrémités du lapin (oreilles, pattes, …)
36°C : température centrale des lapins (ventre, dos…)
Action de la Tyrosinase S
Action de la Tyrosinase H
La légende indique que :
 les extrémités du corps sont à 30°C
 les parties centrales du corps sont à 36°C
Le graphique indique que :
 à 30°C, la tyrosinase est transformée à 80% par la tyrosinase H, en moins d’une heure.
 à 36°C la tyrosine est peu transformée, 10%, par la tyrosinase H,
en une heure.
L’activité de la tyrosinase est rapide à 30°C et très lente à 36°C.
On sait que le site actif peut être modifié par la température.
On peut penser que la variation d’activité de la tyrosinase résulte de la modification de son site actif.
Dernières informations relevées du texte :
Les lapins sauvages ont un pelage entièrement sombre.
Les lapins « himalayens » ont un pelage :
 blanc sur le ventre, le dos, la tête, la plus grande partie des pattes
 noirs sur leurs extrémités : bout des pattes, queue, museau, oreilles.
Lien avec le document 2 :
Les extrémités sombres sont à 30°C ; cette température correspond à la température ou la tyrosinase H transforme la tyrosine rapidement : les poils des extrémités contiennent donc de la mélanine.
Les extrémités claires sont à 36°C ; cette température correspond à la température ou la tyrosinase H transforme la tyrosine très lentement : les poils des extrémités ne contiennent donc pas de la mélanine.
Exemple de synthèse / bilan de la réponse :
D’abord relecture de la question : A partir des informations et de vos connaissances, expliquez les rôles du gène de la tyrosinase et de l’environnement sur la couleur des lapins himalayens.
Puis regroupement de l’essentiel en ciblant par rapport à l’énoncé.
Chez les lapins, la couleur sombre des extrémités des oreilles ou de la queue ou des pattes, vient de la présence de mélanine dans les cellules des poils.
Cette mélanine est fabriquée par une chaîne de biosynthèse dont la première étape est déterminée par le gène de la tyrosinase.
Si l’allèle de la tyrosinase, présent dans ces cellules, n’est pas fonctionnel, la tyrosine ne sera pas transformée et la mélanine non fabriquée : le pelage sera blanc.
Les lapins himalayens portent l’allèle TH du gène de la tyrosine, qui diffère au codon 422 : l’enzyme TH diffère de l’enzyme TS par un acide aminé en position 422. Cette différence modifie le site actif de TH, qui fonctionne très lentement dans les températures élevées, par exemple 36°C.
Or chez les lapins himalayens, les extrémités sont plus froides, 30°C, que les parties centrales, 36°C : l’expérience montre qu’à 30°C l’enzyme TH est très active et peut transformer rapidement la tyrosine, permettant ainsi la fabrication de mélanine dans les poils. Tandis qu’à 36°C, elle est très peu active, ce qui aboutit à l’absence de mélanine dans les poils.
La variation de couleur du poil chez les lapins himalayens résulte donc de l’existence d’un allèle TH, déterminant une tyrosinase différente par un acide aminé au niveau du site actif, ce qui le rend inactif à 36°C. La variation de température au niveau des parties centrales et des extrémités est ensuite responsable des variations de pigmentation par la mélanine.

C/ poursuivre avec quelques articles colorés

Mécanismes génétiques de la couleur des yeux : http://www.techno-science.net/?onglet=news&news=4116
Génétique de la couleur et de la texture du pelage chez le chat domestique : http://www.academie-veterinaire-defrance.org/fileadmin/user_upload/Bulletin/pdf/2012/numero_3/205.pdf
Mélanisme et évolution chez la souris pocketmice : http://www.svt-hatier.com/ressources/chap_4/svt2_c4_app.pdf
The genetic basis of adaptive melanism in pocket mice : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC154334/#_blank

jeudi 7 janvier 2016

§ quel est le lien entre effort, dioxygène & nutriments ?

EV QCM planètes

© 2 EV QCM planètes.odt

Theme 2 – Corps humain et santé : l'exercice physique.

Knowledge of the body and its functioning is essential to practise a physical exercise in conditions compatible with health. This requires an understanding of the physiological effects of stress and its mechanisms which we study few aspects.
La connaissance du corps et de son fonctionnement est indispensable pour pratiquer un exercice physique dans des conditions compatibles avec la santé. Cela passe par la compréhension des effets physiologiques de l’effort et de ses mécanismes dont on étudie ici un petit nombre d’aspects.

EV/ Prétest pour mettre en place la problématique

  • Imaginez que vous pliez une jambe, pas l'autre, … quels sont les organes investis dans cet effort ?
  • Schématisez sur une pleine page A4 ces organes et leurs connexions, relations, échanges pour expliquer
  • Légendez, coloriez, inventez si besoin !

§ Problématique (les pb seront numérotés par le chapitre dans lequel on trouvera la réponse) :
  1. nut&O2 : que rejette le muscle en activité ? Que consomme le muscle en activité ? Quels organes sont représentés ? Pourquoi le cœur et les poumons sont-il sollicités lors d'un effort ?
  2. circ&resp : pourquoi le cœur bat-il plus vite pendant un effort ? Pourquoi respirons-nous plus pendant un effort ?
  3. nervousloop : Comment agit le cerveau pour lever une jambe ? comment le cerveau donne-t-il des ordres au corps ? Quelle partie du cerveau ? Comment les nerfs reçoivent-ils les ordres ? Comment les muscles interprètent-ils les ordres ?
  4. mus&drug : à quoi servent les tendons ? de quoi est composé un muscle ? Comment fonctionne un muscle ?

§ quel est le lien entre effort, dioxygène & nutriments ?

2.1 - Des modifications physiologiques liées à l'effort

A1/ Mesure du métabolisme humain lors d'un effort / ExAO

ExAO = Expérimentation assistée par ordinateur
schématiser le montage
essai et mise en commun des expériences

mardi 5 janvier 2016

EV génétique

http://svt.spip.ac-rouen.fr/IMG/pdf/QCM_II-1-3_genetique_poulets.pdf
correction partielle sur :
http://www.ac-grenoble.fr/cite.scolaire.internationale/Peda/Discipli/SVT/IMG/pdf_Exercices_de_genetique-cor.pdf

Qu'est-ce que la glycémie ?

Correction ex Bac
EV EX22 respiration levures.odt

2- Glycémie et diabète

2,1 : La glycémie est une variable régulée

A1 : étude d'analyses sanguines

© glycemie symptomes.odt
A long terme, une hyperglycémie prolongée provoque la glycation de certaines protéines c’est à dire une modification structurale de ces protéines les rendant peu ou pas fonctionnelles. La glycation de certaines protéines constitutives des parois vasculaires leur fait perdre une partie de leurs propriétés mécaniques.
Les parois vasculaires s’épaississent de façon irréversible ce qui est à l’origine d’une vasoconstriction (diminution du diamètre des vaisseaux sanguins) et de thrombose (formation de caillots dans les vaisseaux), la circulation sanguine est alors amoindrie.
Cet épaississement est renforcé par des dépôts d’agrégats protéiques à l’intérieur des vaisseaux sanguins. Ces épaississements diminuent fortement les échanges intercellulaires et les échanges entre les cellules et le sang. ,
Ainsi, la glycation dans les vaisseaux sanguins est l’un des facteurs responsables de l’altération des vaisseaux appelée angiopathie diabétique et du vieillissement vasculaire.
Au niveau des yeux, la fragilisation de la paroi des vaisseaux de la rétine provoque un risque d’hémorragie pouvant entraîner une détérioration progressive de la vision voire la cécité.
Au niveau des reins, la détérioration des capillaires sanguins peut conduire à une insuffisance rénale nécessitant un traitement par dialyse.
Cette mauvaise irrigation sanguine endommage les nerfs des membres inférieurs. Cela a pour effet de ralentir la conduction nerveuse. Une blessure au pied n’est parfois plus ressentie (danger d’aggravation). Sa guérison est très ralentie par faute d’une bonne irrigation sanguine.

A2 : notion d'homéostasie et modélisation cybernétique

Diap / homéostasie.odp
La glycémie [du grec glukus = doux et haima = sang] désigne le taux (la concentration) de glucose dans le sang ou plus exactement dans le plasma.
Elle est mesurée en général en gramme de glucose par litre de sang, ou en millimoles de glucose par litre de sang.
Une glycémie est considérée comme normale si sa valeur est comprise entre 0,7 g/l et 1,1 g/l.
Homéostasie Du latin reconstitué homeostasis, formé en 1932 par le physiologiste Américain Walter Cannon à partir du grec homeo « semblable » et stasis « pose ».
capacité que peut avoir un système quelconque à conserver son équilibre de fonctionnement en dépit des contraintes qui lui sont extérieures. Selon Claude Bernard, « l’homéostasie est l’équilibre dynamique qui nous maintient en vie. »
Pour les animaux homéothermes (appelés aujourd'hui préférentiellement endothermes), un des paramètres principaux est la régulation de la composition du sang et de ses paramètres dynamiques, pour éviter les déficits ou les excès, notamment :
en ions
sodium Na+ : natrémie (hypo/hypernatrémie)
calcium Ca2+ : calcémie (hypo/hypercalcémie)
potassium K+ : kaliémie (hypo/hyperkaliémie) ;
en sucre : glycémie (hypo/hyperglycémie) ;
l'acidité, le pH, et la quantité de CO2 ou capnie (hypo/hypercapnie) ;
l'osmolarité ;
la circulation sanguine
la température (hypo/hyperthermie) )=> homéothermie.
Modélisation cybernétique
une « science de la communication et de la régulation » des êtres vivants ou des machines (cf. : Le Robert, 2008).
La cybernétique est une science générale de la régulation des mécanismes de communication dans les systèmes naturels et artificiels. C'est la science du contrôle des systèmes.

A3 : Formules développées de sucres / Logiciels


petite mise au point si nécéssaire : tabl mol/ macromol/ polymères de …

§ Génétique ou environnement ?

§ des pelages pas tous génétiques
gene-rayures2.2.odp

§ Génétique ou environnement ? Inné ou acquis ? Nature ou culture ?

2.2.2/ Gènes et environnement

A1/ Comparaison d'allèles phénylcétonuriques / Anagène

© 1S_TP_phénylcétonurie_anagene.odt
FT BAC : Comparer des données avec Anagène 2 (version 24/10/2009) : (doc, odt, pdf) Avancé (doc, odt, pdf)
Anagène → fichier → banque de séquences → la phenylalanine hydroxylase
remplir la première colonne du tableau (attention avec bases complémentaires)
rôle de l'alimentation sur le génotype

A2/ Comparaison de gènes sur banque de séquences / logiciel anagène

Protocole / Manuel p 64
  • drépanocytose : fichier → thèmes d'étude → relation pheno-génotype → phénotype drépanocytaire → comparer les séquences → comparaison simple → noter les différences
  • albinisme : fichier → banque de séquences → tyrosinase → tyrcod1 & tyralba1 → comparer → comparaison simple → noter les différences
  • groupes sanguins : fichier → banque de séquences → système ABO des groupes sanguins
Charger des séquences - « acod.adn », « bcod.adn » et « ocod.adn » sont les allèles du gène des groupes sanguins [« .cod.adn » = ADN, « .pro » = protéine]
Comparer (alignement avec discontinuité) - combien de bases (nucléotides) en commun ? Différents ?
gène, allèles, génotype
allèle, géne, génotype, homo/hétérozygote

A3/ Exercices sur lapins himalayens / documents

© gene_lapin-himmalaya.odt

§ Comment une information génétique se traduit-elle au niveau d'un organisme ? Qu'est-ce qu'un phénotype ?

A3 : Cas de la drépanocytose

Diap drepanocytose
manuel p.62 à 65
différentes échelles d’un phénotype : mol, micro, macroscopique

A4 : Différents phénotypes chez Arabidopsis thaliana

Phénotype mol, micro, macroscopique,

B221 : Du génotype au phénotype

Le phénotype macroscopique dépend du phénotype cellulaire, dit aussi microscopique, lui-même induit par le phénotype moléculaire qui correspond à une protéine. Le phénotype moléculaire est gouverné par le génotype. Le génotype est la composition allélique d'une cellule pour un gène donné. Le phenotype est donc l'expression du génotype.

lundi 4 janvier 2016

§ Comment les êtres vivants se sont-ils diversifiés au cours de l'évolution ?

A4 : Observation de lichens et de champignons / µscop

TS TP lichenECE.pdf
lichen.odp
[mycos (grec) = fungus (latin) = champignon]
Symbiose algue & champignon
[syn (grec) : ensemble + bio (grec) : vie]

A5 : Quelques cas de symbioses : diversification du vivant non génétique

© symbioses.doc
DIAPOophila et Ambistoma.odp
l'algue Oophila amblystomatis et la salamandre Ambystoma maculatu : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/98426822/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160729734281#contenu ;
[ecto (grec) = ext // endo (grec) = int]
Les planaires (Convoluta roscoffensis) qui hébergent des chrlorelles dans leur mésoderme)
Le ver géant Riftia et des bactéries autotrophiques – exemple d’endosymbiose
Microbiote: des bactéries qui nous veulent du bien : https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien

Exemples de diversification du vivant non génétique