vendredi 12 décembre 2014

EV/ Test génétique

A4/ Cas de la drépanocytose / diapo

§ Quel est le fruit de l'évolution ?

133 - Evolution and Biodiversity

«la caractéristique la plus frappante de la Terre est sa vie, la caractéristique la plus frappante de la vie est sa diversité » David Tilman, Nature. 2000.

A1/ Rappel / sortie et herbier

Sortie dans le parc pour évaluer de la biodiversité / quadra

L'objectif de la sortie étant d'évaluer la biodiversité du parc, évitez de rester groupés en troupeau sur le même carré de pelouse et de prélever les mêmes échantillons que votre voisin(e) !

Notez les caractéristiques du milieu : prairie, forêt, …
Limitez la zone à analyser, à l'aide d'une ficelle et d'un mètre, un carré de 1m de côté
Identifiez le Genre de chaque être vivant que vous trouvez sur 1m² (livres et fiches d'identifications à disposition au laboratoire) (n'oubliez pas les végétaux!)

clefs d'identification :

insectes : http://microcox.pagesperso-orange.fr/clef1.htm

plantes : http://www.tela-botanica.org/site:botanique

feuillus : http://domenicus.malleotus.free.fr/v/arbres_feuillus_%28determination%29.htm?reload_coolmenus

crânes : http://www.zeblog.com/blog/uploads/n/naturellement/cle_de_determination025.jpg

champignons : http://rene.delahaye.perso.sfr.fr/Files/cle_1_de_determination.jpg

Réalisation d'un herbier

Réaliser un herbier de 4 plantes herbacées avec détermination du nom commun + scientifique, date, lieu et milieu de récolte, notation en plus sur qualité du séchage et l'état de l'échantillon

protocole : http://www.tela-botanica.org/actu/article3740.html

exemples d'herbiers :

http://herbierfrance.free.fr/

http://www.ac-grenoble.fr/ecole/peyrins/Herbier/herbier.html#cible0

http://botania.free.fr/

clefs de détermination :

http://www.tela-botanica.org/site:botanique

http://plantes.sauvages.free.fr/user/tx_especes/index_moteur.html

http://animateur-nature.com/Guide_fleurs/guide_fleurs.html

http://www.affo-nature.org/la-naturatheque/fiches-pratiques/cl%C3%A9s-de-d%C3%A9termination.html

http://bioeco.free.fr/cle/clebonni/bonnier

http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/college/garcia/arbre/cdaacc01.htm

http://www.onf.fr/activites_nature/@@display_advise.html?oid=IN00000008ac

http://domenicus.malleotus.free.fr/v/arbres_feuillus_%28determination%29.htm?reload_coolmenus

http://abiris.snv.jussieu.fr/flore/herbier.php

http://bioeco.free.fr/index.htm

http://sauvagesdemarue.mnhn.fr/biodiversit-urbaine/cl-didentification-sauvages-de-paris

Herbiers corrigés

http://www.culturesciences.fr/rubrique/vegetal-patrimoine-inestimable

A2/ A walk in the forest / animation

How can I identify a tree : http://nationalzoo.si.edu/Education/ConservationCentral/walk/walk4_broadband.html

Do forest organisms shut down, stick it out, take off, or snooze to deal with cold winters? : http://nationalzoo.si.edu/Education/ConservationCentral/walk/walk3_broadband.html

Il était une forêt, film documentaire :

http://www.iletaituneforet-expedition.org/experience/etape1

http://www.wild-touch.org/web-feuilleton/

http://www.larecherche.fr/actualite/comment-nait-foret-13-11-2013-159664

A3/ Définir la biodiversité et l'évolution / diaporama

Diap sur biodiversité

http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosbiodiv/index.php?pid=decouv_chapA_p1_f1 ; http://www.mnhn.fr/mnhn/geo/biodiversite-crises/index.htm

2'40'' ce qu'est la biodiversité / étudiants de la Vancouver Film School : http://vimeo.com/user5887114/biodiversite-vf

Biodiversity, ecosystems, species, evolution

biodiversité, écosystèmes, espèces, évolution

C/ Outils de mesure de la biodiversité / animations

Mapping Forest Change : http://nationalzoo.si.edu/Education/ConservationCentral/walk/walk5_broadband.html

Using Amphibians as Indicators : http://nationalzoo.si.edu/Education/ConservationCentral/walk/walk6_broadband.html

suivit insectes : http://www.spipoll.org/

vigie nature : http://vigienature.mnhn.fr/page/vigie-flore

sauvage ma rue : http://sauvagesdemarue.mnhn.fr/biodiversit-urbaine/cl-didentification-sauvages-de-paris

B133/ La biodiversité, résultat et étape de l’évolution

La biodiversité est à la fois la diversité des écosystèmes, la diversité des espèces et la diversité génétique au sein des espèces. L’état actuel de la biodiversité correspond à une étape de l’histoire du monde vivant : les espèces actuelles représentent une infime partie du total des espèces ayant existé depuis les débuts de la vie. La biodiversité se modifie au cours du temps sous l’effet de nombreux facteurs, dont l’activité humaine.

Biodiversity means the diversity of ecosystems, species diversity and genetic diversity within species. The current state of biodiversity corresponds to a stage in the history of life : the existing species represent a small fraction of the total species that have existed since the earliest days of life. Biodiversity is changing over time as a result of many factors, including human activity.

C/ pour aller plus loin

Des arbustes menacés par la disparition de certains oiseaux : http://www.larecherche.fr/content/actualite-vie/article?id=29303

espèces invasives :http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=wild-ways-to-combat-invasive-species

extinction countdown : http://www.scientificamerican.com/blog/extinction-countdown/

biodiversité en ville : http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosbioville/bioville.html

Herbier national : http://coldb.mnhn.fr/Consultation?catalogue=1

GBIF (Global Biodiversity Information Facility) : http://www.gbif.org/

http://data.gbif.org/welcome.htm;jsessionid=CF727671FCE21AC721777ED8DBCF3D60

Graines d’explorateurs : http://acces.inrp.fr/evolution/biodiversite/graines/lyon

http://acces.inrp.fr/acces/formation/formations/formavie

Expéditions scientifiques : http://acces.inrp.fr/santo

BRGM : http://www.brgm.fr/

NatureParif : http://www.natureparif.fr/

CNRS : sagascience : http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosbiodiv/index.html

http://www.cnrs.fr/biodiversite2010/spip.php?article34&id_document=166

INRA : http://www.inra.fr/la_science_et_vous/apprendre_experimenter/monde_microbien

2010 : année internationale de la biodiversité : http://www.biodiversite2010.fr/#panel-4

2010 : http://www.cbd.int/2010/welcome/

UNESCO : http://www.mab-france.org/fr/Prog_MAB/C_prog_mab.html

http://portal.unesco.org/science/en/ev.php-URL_ID=4794&URL_DO=DO_TOPIC&URL_SECTION=201.html

Educnet : http://www.educnet.education.fr/obter/appliped/obter4.htm

NASA : http://earthobservatory.nasa.gov/Features/index_topic.php?cat_id=4

Barcode of life data system : http://www.boldsystems.org/views/login.php

Biodiversité et crises : http://www.mnhn.fr/mnhn/geo/biodiversite-crises/index.htm

Museum d'histoire naturelle : http://www.mnhn.fr/museum/foffice/transverse/transverse/accueil.xsp

insectes : http://www.insectes.org/opie/monde-des-insectes.html

§ Diversité des mutants de Drosophila melanogaster

§ Comment les êtres vivants se sont-ils diversifiés au cours de l'évolution ?

2,2/ L'évolution des individus / diversification du vivant

Il s'agit ici de donner une idée de l'existence de la diversité des processus impliqués, sans chercher une étude exhaustive. En outre, nous montrerons qu'une diversification des êtres vivants n'est pas toujours liée à une diversification génétique. La variété des mécanismes de diversification à l'oeuvre et l'apport de la connaissance des mécanismes du développement ont permis de faire des progrès dans la compréhension des mécanismes évolutifs.

A1/ Comparaison de gènes homéotiques / logiciel Anagène

manuel p.38 : ouvrir le logiciel Anangène – dossier « boxthm » ou « TerminalesS » - ouvrir les fichiers « .adn » des gènes homéotiques– comparer les séquences - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

Les gènes homéotiques : http://acces.ens-lyon.fr/biotic/develop/controle/html/leguyader.htm

© Historique des gènes homéotiques

http://www.inrp.fr/Acces/biotic/develop/controle/html/histgen.htm et http://www.inrp.fr/Acces/biotic/develop/controle/html/phenmut.htm

gènes homéotiques : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/GeneHomeo/genhomeo.html

différents mutants homéotiques : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/gen-dros.htm

Développement embryonnaire et gènes sélecteurs : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/homeotique/index.html

Découverte des gènes contrôlant le développement des membres : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/vie-1/d/decouverte-des-genes-controlant-le-developpement-des-membres_9931/

Ces gènes qui façonnent la forme des animaux : http://www.futura-sciences.com/magazines/sante/infos/dossiers/d/genetique-ces-genes-faconnent-forme-animaux-555/

homeobox : http://www.biosci.ki.se/groups/tbu/homeo.html

© schémas de comparaison hoxb6/Antp

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=1127

gènes homéotiques, homologies moléculaires de séquences

jeudi 11 décembre 2014

conclusion sur familles de gènes des globines

FT / électrophorèse

manuel p.396

Animation electrophorese : http://www.ac-creteil.fr/biotechnologies/doc_biochemistry-electrophoresis.htm

éléctrophorèse de blancs d'oeufs : http://www.didier-pol.net/2elec-pr2.htm

A3/ Comparaison de phenotypes moléculaires / électrophorèse

http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/bioch5.htm

http://www.sordalab.com/catalogue/produit.php?numprod=2932

mercredi 10 décembre 2014

FT / logiciels banques de séquences moléculaires

On dispose de plusieurs logiciels pour le traitement des séquences des gènes :

- SeqaidII : ce logiciel gratuit est déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences : http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/

- Anagène : logiciel sous windows diffusé par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.

- Genigen

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

A6/ Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène

manuel p.23

Ouvrir le logiciel Anagène

Ouvrir le fichier dans le répertoire prof « toutes-globines-humaines-adn.edi »

Sélectionner « béta » comme séquence de référence

Réaliser une « comparaison avec discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA » et « delta ».

Afficher le pourcentage d’identité des différentes globines (bouton « i »)

Recommencer en choisissant une autre globine comme référence.

Présenter vos résultats dans un tableau à double entrée

Qd vous avez fini : ouvrir le logiciel Anangène – dossier « boxthm » ou « TerminalesS » - ouvrir les fichiers « .adn » des gènes homéotiques– comparer les séquences - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.

→ matrice [tableau] des différences ou des identités selon choix de comparaison simple ou avec discontinuité sous Anagène :

Tableau de comparaison avec discontinuité en pourcentage des identités des différentes globines obtenu avec comparaison avec alignements :

% identités	Béta	Alpha1	Delta. ADN	GammaA.ADN
Béta	100	57.4	92.6	75.9
Alpha1	59.4	100	57.2	58.3
Delta. ADN	92.6	57.2	100	76.1
GammaA. ADN	75.9	56.3	76.1	100

Tableau de comparaison simple en pourcentage des différences des différentes globines obtenu avec comparaison simple :

% différences	Béta	Alpha1	Delta. ADN	GammaA.ADN
Béta	0	40,6	7.4	24.1
Alpha1	68.9	0	70.0	70.7
Delta. ADN	7	69.0	0	23.9
GammaA. ADN	24.1	69.7	23.9	0

→ groupes emboîtés

§ Qui a saboté la méiose ?

Film : http://www.universcience-vod.fr/media/4321/mais-qui-donc-a-sabote-la-meiose--.html

B213/ Le brassage génétique et sa contribution à la diversité génétique / évolution des génômes

Des anomalies au cours de la méiose peuvent survenir. Un crossing-over inégal aboutit parfois à une duplication de gène. Un mouvement anormal de chromosomes produit une cellule présentant un nombre inhabituel de chromosomes [polysomie]. Ces mécanismes, souvent sources de troubles, sont aussi parfois sources de diversification du vivant (par exemple à l'origine des familles multigéniques).

Mots clefs : Brassage génétique inter et intrachromosomique au cours de la méiose. Diversité des gamètes. Stabilité des caryotypes.

Lexiques :

http://www.cnrs.fr/cnrs-images/sciencesdelavieaulycee/lexique.htm ;

http://www.premiumwanadoo.com/renard/revisions/SVT/lexBio.htm

http://www.lyc-mansart-st-cyr.ac-versailles.fr/disciplines/SVT/lexBio.htm

lundi 8 décembre 2014

§ le zèbre est-il rayé noir sur blanc ou blanc sur noir ?

Explication du Pr Burp / Gotlib

D iaporama : gene-rayures2.odp

http://flepi.net/art/animaux-peints-sur-la-main/

Phénotype [phen : paraître ; typ : signe] = caractère observable d'un être vivant

http://fr.wikipedia.org/wiki/Ph%C3%A9notype

§ Comment une information génétique se traduit-elle au niveau d'un organisme ? Qu'est-ce qu'un phénotype ?

2.2/ Des gènes à la réalisation des phénotypes

2.2.1/ Un caractère à différentes échelles

A1/ Cas de l'albinisme / diapo

Diap albinisme

http://www.futura-sciences.com/photos/diaporama/animaux-albinos-700/page/2/

manuel p.66

Pigment = molécule colorée

albinisme = génétique / défaut de pigment

mélanine = pigment protéique

expression d'un gène = protéine

A2/ Cas des groupes sanguins / net

manuel p.67

Règles immunologiques de la transfusion sanguine : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/gpes-sanguins/04regles.htm

hématies marquées : A, B et/ou O = antigène

molécule protéique à la surface des cellules

au niveau micro et moléculaire : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/gpes-sanguins/index.htm

génotypes : (A//A) ou (A//O) ; (B//B) ou (B//O) ; (A//B) ; (O//O)

phénotypes : [A] ; [B] ; [AB] ; [O]

(génotype) => [phénotype]

A3/ Définition des forces évolutives / doc

définir en 4 mots clefs ce qui peut conduire à l'apparition de nouvelles espèces.

B132/ 4 forces évolutives

La diversité des allèles est l’un des aspects de la biodiversité. La dérive génétique est une modification aléatoire de la diversité des allèles. Elle se produit de façon plus marquée lorsque l’effectif de la population est faible. Mutations, migrations, dérive génétique et sélection naturelle peuvent conduire à l’apparition de nouvelles espèces.

The diversity of alleles is one aspect of biodiversity. Genetic drift is a random modification of the diversity of alleles. It occurs most dramatically when the population size is low. Mutation, migration, natural selection and genetic drift can lead to the emergence of new species.

Genetic drift, alleles, mutation, natural selection, migration

dérive génétique, allèles, mutation, sélection naturelle, migration

Migration = changement de lieu d'un organisme provoquant l'isolement de certains génômes, donc une évolution différente et éventuellement un croisement avec une nouvelle population et dans ce cas l'apport de nouveaux gènes pour la population.

Mutation = provoque l'apparition de nouveaux allèles par modification de gènes c'est-à-dire d'une séquence de nucléotides (bases) dans l'ADN.

Sélection = filtre à allèles par l'intermédiaire du milieu, de la reproduction, de l'alimentation, de la prédation, ...

Dérive [drift] = modification aléatoire de la fréquence des allèles dans une population