vendredi 17 novembre 2023

1.3 - Une structure complexe : la cellule vivante

2/ les membranes cellulaires

Modélisation de la membrane cytoplasmique : https://libmol.org/?libmol=186

Schématiser la membrane plasmique à partir de molécules dont les parties hydrophile/lipophile sont identifiées.

La cellule est un espace séparé de l’extérieur par une membrane plasmique. Cette membrane est constituée d’une bicouche lipidique et de protéines. La structure membranaire est stabilisée par le caractère hydrophile ou lipophile de certaines parties des molécules constitutives.

1,1,2/ la spécialisation cellulaire témoigne de son héritabilité

4/ Comparaison de séquences / logiciel Geniegene

? utiliser un logiciel pour définir les mots gène, allèle, mutation

Objectifs : Exprimer et exploiter des résultats à lécrit en utilisant les technologies de linformatique

Principe : les logiciels Anagène, Genigen sont des banques de données « database » permettant de manipuler des séquences d’ADN. Il suffit d’ouvrir les « tiroirs » pour trouver des séquences d’ADN puis de les comparer...

-Comparer des séquences de nucléotides de différents gènes différents pour donner une définition du mot gène.

-Comparer des séquences de nucléotides de différents allèles dun même gène pour donner une définition du mot allèle et du mot mutation

Protocole :

  1. Choisissez les allèles A,B et O du gène des groupes sanguins. : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/geniegen2/?load=PAC-ABO

  2. La numérotation correspond au nombre de bases (donc de nucléotides). Quelle est la longueur de ces allèles ? combien de bases (nucléotides) continennent-ils ?

  3. Réaliser un alignement des séquences (action) permet de mettre en évidence les différences entre les séquences en alignant toutes les parties identiques des molécules. Quelles sont les différences entre A et B ? A et O ? B et O ?

  4. Ouvrir une nouvelle séquence de la banque (Alt B) pour comparer avec un autre gène.

  5. Choisir un gène dans la banque de séquences (décochez protéines et ARN qui sont des molécules de nature differente)

  6. Comparez le gène chargé avec celui des groupes sanguins : longeur, séquence.

  7. Rédiger une définition du mot « gène » grâce à la comparaison de deux gènes différents

  8. Rédiger une définition du mot « allèle » grâce à la comparaison de deux allèles différents

  9. Les allèles d'un gènes sont apparus dans l'histoire par mutations. Rédiger une définition du mot « mutation ».

3,1,2/ Génétique des populations

2/ Dérive génétique

À partir d’un logiciel de simulation, montrer l’impact d’un faible effectif de population sur la dérive génétique et l’évolution rapide des fréquences alléliques.

Démarche 2nde : https://svt.ac-versailles.fr/spip.php?article545

TP à rendre sur ED : https://svt.enseigne.ac-lyon.fr/spip/?derive-et-selection-chez-la-drosophile

Démarche sur logiciel : pour accélérer les tirages et comptages, on peut utiliser un logiciel :

logiciel Constantino :

Effectuer 4 tirages (2 couleurs / 10 individus puis 100 individus ; 5 couleurs / 10 individuds puis 100 individus) , suivre sur plusieurs générations et noter le nombre de générations nécessaires pour obtenir une population uniforme (toutes les boules de la même couleur).

– application “en ligne” : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/derive-diplo/index.htm

– application “hors-ligne” : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/derive-diplo/derive-diplo-local.zip

– fiche technique : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/derive-diplo/FT-derive-diplo.pdf

autres logiciels :

http://philippe.cosentino.free.fr/productions/derivehtml5/

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/

bilan 2nde : La dérive génétique est une modification aléatoire de la fréquence des allèles au sein d'une population au cours des générations successives. Elle se produit de façon plus rapide lorsque l’effectif de la population est faible.

2,3,2/ Fecondation croisée et autofécondation

1/ Autopollinisation

https://www.sciencelearn.org.nz/concepts/pollination

Comment fonctionne une fleur ?

germination pollen :

http://www.youtube.com/watch?v=xYD4Q77LYHo&feature=related

https://youtu.be/RhPUlczLaFs

dossier Jussieu : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/Pollinisation/index.htm ; http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/Pollinisation/pois.htm#haut

logiciel : http://www.svt.ac-versailles.fr/spip.php?article303

carpelle (ovules fécondés) → fruit (graines)

Chez certaines espèces, la fécondation des gamètes femelles par les gamètes mâles de la même fleur est possible, voire obligatoire. Dans les autres cas, elle est rendue impossible par divers mécanismes d’incompatibilité.


2/ Pollinisation croisée

plantes pollinisations types.mp4

Pollinisation du baobab par les chauves-souris nectarivores Eidolon elvum video 13' : http://www.canal-u.tv/video/cerimes/pollinisation_du_baobab.9430

orchidées : https://youtu.be/yFftHXbjEQA

superbes photos : https://www.ecologique-solidaire.gouv.fr/insectes-pollinisateurs/

dossier futurasce : http://www.futura-sciences.com/fr/doc/t/developpement-durable/d/la-pollinisation-un-service-ecologique-gratuit_970/c3/221/p3/ ;

données quantitatives sur les insectes pollinisateurs et/ou floricoles : http://www.spipoll.org/

diapo d’un collègue : http://cochard.svt.free.fr/power%20point/Term/Plantes/TPcoevolution.pdf

video giant plants : https://youtu.be/D9635AJSvZk

zoogamie, entomogamie, ornithophilie ,cheiroptérophilie,

Mettre en évidence, dans l’analyse fonctionnelle d’une fleur, les relations entre une plante et un animal pollinisateur, et leurs éventuelles implications évolutives (coévolution).

Mettre en oeuvre un protocole de sciences participatives sur les relations plantes/polinisateurs.

pollinisation par le vent ou les animaux ; coévolution.

La fécondation croisée implique une mobilité des grains de pollen d’une plante à une autre. Dans une majorité de cas, la pollinisation repose sur une collaboration entre plante et pollinisateur en relation avec la structure florale ; le vent peut aussi transporter le pollen.

2,3,3/ Développement et dispersion

1/ Germination

Germination de radis : https://youtu.be/OrPQ9QNCejs https://www.researchgate.net/publication/286923945_La_pollinisation_de_l'Ophrys_arachnitiformis_Orchidaceae_par_les_males_de_Colletes_cunicularius_L_Hymenoptera_Colletidae_dans_les_Pyrenees-Atlantiques_France

Popcorn seeds germination time-lapse : https://youtu.be/HHBlNqw4YPo

Strawberry seed germination time-lapse : https://youtu.be/SKHwDfSSpFo

Sunflower germination time lapse : https://youtu.be/D-hvtJPGK6A

Mettre en évidence les réserves de la graine et interpréter des expériences historiques sur la germination montrant la mobilisation des réserves de la graine.

graine

À l’issue de la fécondation, la fleur qui porte des ovules se transforme en un fruit qui renferme des graines.

La graine contient l’embryon d’une future plante qu’elle protège (enveloppe résistante) et nourrit à la germination en utilisant des molécules de réserve préalablement accumulées.

2/ Dissémination

Mettre en évidence les relations entre une plante et un animal disséminateur de graines.

plantes disseminations types.mp4

http://www.futura-sciences.com/fr/definition/t/biologie-4/d/zoochorie_11681/

http://fr.wikipedia.org/wiki/Zoochorie

http://www.conservation-nature.fr/article1.php?id=306

zoo, épizoo, myrméco, endo, dys, syn, anémo, baro, hydro, ombra, nauto, zoochorie … un vrai cours de grec !

Dissémination par le vent ou les animaux ; coévolution.

La dispersion des graines est une étape de mobilité dans la reproduction de la plante. Elle repose sur un mutualisme animal disperseur / plante et sur des agents physiques (vent, eau) ou des dispositifs spécifiques à la plante.

jeudi 16 novembre 2023

presentations

1.3 - a complex structure : living cell

Cell theory

video 2'58 : https://youtu.be/M1wdIdCOk-Y What are cells | Cells | Biology | FuseSchool : So cells come in all shapes and forms and have all sorts of jobs, but they are all fundamental building blocks of all living organisms.

text : https://www.bioexplorer.net/parts-of-cell-theory.html/

tree postulates of the cell theory :

  1. every living thing is made up of cells or the product of cells.

  2. every element in animals is made up of cells or their products.

  3. every cell is generated from pre-existing cells.

  4. cells were the basic unit of life.

Timeline : https://www.timetoast.com/timelines/cell-theory-timeline-ee5dfb76-c97c-4792-97d1-172df2f14522

make your own timeline on the website https://www.timetoast.com/timelines (you need to create an account, to sign in)

lundi 13 novembre 2023

1,1,2/ la spécialisation cellulaire témoigne de son héritabilité

3/ modélisation moléculaire de l’ADN / logiciel Rastop

? utiliser un logiciel pour synthétiser/simplifier/construire/schématiser une molécule d'ADN

Objectifs : Exprimer et exploiter des résultats à lécrit en utilisant les technologies de linformatique

Principe : les logiciels Rastop, Rasmol, Raswin, Jmol, … sont des banques de données permettant de manipuler des modèles moléculaires.

Protocole :

  1. Ouvrez le fichier « ADN » : https://libmol.org/?libmol=158

  2. Admirez la molécule en la manipulant à la souris.

  3. Changer (commande) la représentation des atomes et des liaisons.

  4. Colorez la molécule par « atomes » : quels sont les atomes composant l’ADN ?

  5. Colorez la molécule par « chaines » : combien de parties lui trouvez-vous ?

  6. Affichez les « rubans » puis « squelette » : quelle est la forme globale de la molécule ?

  7. Dessinez la forme globale de la molécule

  8. Colorez la molécule par « résidus» : combien de nucléotides différents existe-t-il ?

    quels sont leurs noms (passez la souris dessus) ?

  9. Quelle est la composition, la structure d'un nucléotide ? Utilisez les informations du logiciel pour comprendre.

  10. Schématisez la structure d'un nucléotide en utilisant différents symboles et couleurs de votre choix.

  11. En 1951 Chargaff démontre que [A] = [T] et [C] = [G] pour toute cellule. Que signifie l'expression « bases complémentaires » ?

  12. En utilisant les symboles précédents schématisez la structure de la molécule à plat, sans tenir compte de la forme dans l'espace.

QUIZZ2

cell gallery : https://www.cellsalive.com/gallery.htm

cell organisation : https://www.evolvingsciences.com/Cells, tissues and organs .html

Life Definition : https://www.biologyonline.com/dictionary/life

cell definition : https://www.biologyonline.com/dictionary/cell

DNA

video 3'27 : http://youtu.be/bVk0twJYL6Y 18 Things You Should Know About Genetics is an animated film that presents fundamental background information about genetics, as well as offering some quirky but interesting facts about DNA, genes and genetics. It was created to be an upbeat, fun educational short film to initiate and draw interest to this sometimes daunting and seemingly complex subject matter.

text : The DNA molecule is shaped like a twisted ladder : http://www.dnaftb.org/19/index.html

18 Things You Should Know About Genetics