A1 : Modélisation des anticorps / Logiciel Rastop
TS SVT TP mise en évidence de la zone de contact entre anticorps et antigène
Matériel
Logiciel Rastop +
Fiche technique.
Fichiers « anticorps_gp24.pdb » + « IGG_total.pdb ».
Fichiers « anticorps_gp24.pdb » + « IGG_total.pdb ».
Principe
Visualisation de
modèle de molécule et ici la zone de contact entre un anticorps et
son antigène, pour cela Modifier l’affichage d’un modèle 3D
d’un anticorps (seulement le fragment Fab) et de l’antigène
fixé, pour mettre en évidence la zone de contact. Donc sélectionner
l’antigène puis colorer en partant de là...
Protocole
Attention si on vous
propose un fichier .zip, enregistrez le, renommez-le en .pdb, le
format de Rastop.
Pour identifier
les différentes parties de l’anticorps (partie Fab +
Fc) :
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Ouvrir le fichier, IGGTOTAL.pdb
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Afficher en sphères
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Dans le menu « Atomes », choisir l’option « Colorer par » puis « Chaînes ». Combien y’a-t-il de chaines ?
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Schématisez (dessinez, simplifiez) la structure d’un anticorps sur le papier.
Pour mettre en
évidence la zone de contact entre antigène et anticorps
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Sans fermer, Ouvrir anticorps-gp24.pdb, recommencer les étapes 1,2 et 3. En bleue, l’antigène (GP24), en vert chaine légère (L) et en rouge chaine lourde (H). Pour voir les 2 fenêtres, menu fenêtres>mosaïque verticale. comparez IGGTOTAL et anticorps-GP24.pdb. (Fragment Fab)
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Tout sélectionner
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Afficher le modèle en sphères (pour la suite prendre la fiche technique, ou site pour aide de Rastop)
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Activer la palette de couleur
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Choisir une couleur pour le modèle
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Cliquer sur la chaîne correspondant à l’antigène afin de la sélectionner, ou fenetre d’édition et taper *A
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Dans le menu « Éditer », choisir l’option « Sélectionner… », puis « Distant de… »
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Taper une distance de 2000
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Choisir une couleur pour débuter le dégradé (marron)
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Revenir à la sélection précédente
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Répéter les étapes 6 à 9 pour des distances de 1750, 1500, 1250, 1000, 750, 500 (rouge, rouge clair, rose, orange, jaune, jaune très clair…)
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Sélectionner l’Ag (P24) en tapant *A dans la fenetre d’édition. Cliquer sur le bouton fil de fer pour afficher le P24 (l’antigène) en fils de fer et choisir une autre couleur pour celui-ci. Colorer le fond en blanc.
Pour mettre en
évidence la Zone de contact entre anticorps et antigène (=site
antigénique). Il faut un modèle raccourci, l’anticorps
anti GP24, présente le fragment Fab de cet anticorps lié avec
son antigène (P24).
Rastop ne possède
pas la capacité d’afficher une surface, ni de colorer
automatiquement en fonction de la distance à un groupe d’atomes.
On peut toutefois approcher le même effet en réalisant un
traitement récursif de coloration par une sélection des atomes à
des distances de plus en plus proches de l’antigène.
aux dubitatifs, douteux et suspicieux : résultat:
aux dubitatifs, douteux et suspicieux : résultat:
