vendredi 18 octobre 2024

2,2,1/ Production de matière organique par Photosynthèse

video 1'51 : https://www.youtube.com/watch?v=C1_uez5WX1o THE PHOTOSYNTHESIS SONG

1/ Chloroplastes, organites photosynthétiques

Organite, chloroplaste, thylakoïde [thylakos : poche], granum [latin granum (« grain »)], stroma [grec στρῶµα strôma, génitif στρώµατος strốmatos ce que l'on étend, latin strōma couverture], enveloppe

Chloroplaste

17+18 octobre

2/ Pigments capteurs de lumière

Réaliser une chromatographie de pigments végétaux. + un densité optique d'une solution de Chlorophylle youhou diabolo rapido rasmo hfuhfuefuisefuogyigyiffifiyfyi

chlorophylle b, a [chloro : vert], xanthophylle [xanthos : jaune], carotène, anthocyanes [cyano : bleu]

http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/Photosynthese/exp22.html

spectres d’absorption et d’action des pigments :

http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/Photosynthese/exp233.html

schéma ExAO

pigments chlorophylliens

3/ Expériences historiques sur la photosynthèse

Étudier des expériences historiques sur la photosynthèse

Au XVIIe, Lavoisier démontre que le gaz libéré par la respiration animale ou par la combustion d'une chandelle, est formé de carbone et d'oxygène

En 1772 le dégagement d'oxygène par les plantes vertes fut découvert par le pasteur physicien et philosophe anglais Joseph Priestley (1733-1804)

Priestley réalise les expériences suivantes entre 1771 et 1777 :

  1. Lorsqu'il allume une bougie dans un espace clos (cloche de verre), la bougie finit par s'éteindre.

  2. Lorsqu'une souris est introduite dans cet espace clos, elle décède rapidement.

  3. Lorsque que l'expérience est répétée avec une plante de menthe, il constate que la plante ne meurt pas avant plusieurs semaines.

  4. A l'issue de cette période, lorsqu'une souris vivante est introduite dans l'espace clos, elle ne meurt pas et une bougie allumée ne s'éteint pas immédiatement.

En 1779, le Hollandais Jan Ingen-Housz (1730-1799) découvre que ce dégagement n'a lieu qu'à la lumière

En 1782 Jean Senebier (1742-1809) à Genève prouve la nécessité du dioxyde de carbone

En 1804 Nicolas Théodore de Saussure (1767-1845), de Genève, démontre que l'eau participe à la réaction.

En 1845, trois années après avoir énoncé le principe de la conservation de l'énergie, le médecin et physicien allemand Julius Robert von Mayer (1814-1878) discerne l'aspect fondamental du phénomène :

En 1860 l'accumulation d'amidon dans des feuilles éclairées est découverte,

à partir de 1880,le biologiste et physiologiste russe Kliment Arkadievitch Timiriazev (1843-1920) trace les premiers spectres de lumière active,

et le botaniste et physiologiste allemand Theodor Wilhelm Engelmann (1843-1909) reconnaît la photosynthèse des algues rouges et la photoréduction du gaz carbonique réalisée par quelques bactéries.

Au début du XXe siècle, on introduit la distinction entre réactions photochimiques, résultant de l'absorption de la lumière par les pigments, et réactions sombres, catalysées par des enzymes.

À la même époque, on reconnaît le caractère quantique des phénomènes photochimiques ; la loi d'Einstein stipule que toute transformation photochimique élémentaire exige l'absorption d'un quantum de lumière (photon) par une des molécules prenant part à cette transformation.

1932 Emerson et Arnold : existence de deux types de réactions

Ces expériences ont été réalisées sur des algues vertes unicellulaires (Chlorelles) en suspension.

à l'aide d'un tube néon intense on produit des éclairs brefs (10 µs) séparés par des intervalles variables d’obscurité (entre 1 et 40 ms).

Expérimentalement, chaque mesure est réalisée pour un total de 10 000 éclairs de 10 µs (soit un total de 1 s de lumière) et des durées de périodes sombres comprises entre 100 s et 4000 s (soit un total d'obscurité compris entre 1,6 à 64 minutes ).

Interprétation :

Plus la période sombre augmente, plus le CO2 est incorporé.

Dans les conditions d’éclairement total bref et saturant, il faut une période sombre 2 000 fois plus importante pour obtenir une photosynthèse maximale :

à 25 °C: il faut une période sombre totale d’environ 20 ms

à 5°C: il faut une période sombre totale de plus de 40 ms

des intermédiaires sont formés à la lumière rapidement de manière quasi insensible à la température (réactions photochimiques)... ils sont utilisés beaucoup plus lentement par des réactions chimiques sensibles à la température (réactions biochimiques). Ces deux groupes de réactions dites "claires" et "sombres" se déroulent conjointement à la lumière donc il faut préférer les termes de "réactions photochimiques" et de "réactions biochimiques d"assimilation du CO2" respectivement.

1937 Hill : la libération de O2 nécessite un accepteur d’électrons

Hill utilise des chloroplastes isolés dans un tampon sans CO2. Il mesure les variations de dioxygène à l'aide d'une électrode à O2. Il ajoute un accepteur d'électrons, le réactif de HILL* et travaille en lumière continue.

*réactif de Hill : hexaferricyanure de potassium, Fe3+(CN-)6K3

Fe3+ (ferricyanure) +1 e- → Fe2+ (ferrocyanure)

Le rejet d'O2 est donc bien la conséquence d'une oxydoréduction.

En présence de lumière, on a donc

une oxydation de l'eau : 2 H2O → 4 H+ + 4 e- + O2

Le ferricyanure est réduit : 2 Fe3+ + 4 e- → 2 Fe2+

L'O2 vient donc de la molécule d'eau qui s'oxyde en présence de lumière dans les chloroplastes.

Dans les conditions naturelles de la photosynthèse, l'oxydation de l'eau s'accompagne de la réduction d'un intermédiaire (ici remplacé par le ferricyanure) qui servira de donneur d'électrons pour la réduction du CO2

1941 Ruben et Kamen : origine de l'oxygène

Pour que cette réaction soit bien démontrée, il faut comprendre l'origine des corps formés.

Le carbone des glucides provient forcément du carbone du CO2

mais d'où vient le O2 formé ?

On pouvait penser qu'il provenait de l'oxygène du CO2 mais ce n'est pas le cas.

Ruben et Kamen ont utilisé un isotope lourd de l'oxygène (18O) à la place de l'oxygène habituel (16O) et ils ont marqué ainsi diverses molécules (H2O, CO2).

Si de l'H2O est marquée par le 18O,

le O2 produit est marqué.

=> c'est l'eau qui est à l'origine du dioxygène produit.

Pour former une molécule de O2 il faut donc 2 molécules d'H2O.

La réaction globale de la photosynthèse devient donc :

CO2 + 2H2O + lumière (CH2O) + H2O + O2

Cette dernière équation prend en compte non seulement l'origine du carbone des glucides mais également l'origine de l'oxygène produit.

Avec l'exemple du glucose :

6CO2 + 12H2O + lumièreC6H12O6 + 6H2O + 6O2

Ces résultats montrent que l'on peut décomposer la réaction photosynthétique en deux groupes de réactions :

Oxydation de l'eau : 2 H2O → O2 + 4 H+ + 4 e-

Réduction du carbone : CO2 + 4 H+ + 4 e- → (CH2O) + H2O

Chaque couple étant caractérisé par son potentiel standard d'oxydo-réduction (E'0),

on constate que le transfert des électrons ne peut se faire spontanément, et dans le sens des potentiels croissants.

Cette réaction est rendue possible grâce à l’énergie de la lumière.

Dans le chloroplaste, les transferts d'électrons font intervenir une série complexe de transporteurs et d'intermédiaires redox dans les thylakoïdes.

1952-1959 Calvin et Benson : nature des composés carbonés formés

La tubulure conduit les algues dans du (m)éthanol bouillant, ce qui bloque immédiatement les réactions métaboliques en dénaturant les enzymes.

Selon le point d’injection du dioxyde de carbone radioactif dans la tubulure, le temps d’exposition des algues au 14CO2, et donc le temps pendant lequel elles peuvent incorporer le carbone dans les différents produits synthétisés, peut varier d’une seconde à plusieurs minutes.

On peut ainsi identifier l’ordre des produits formés.

Les chlorelles incorporent le dioxyde de carbone radioactif de la même façon que le dioxyde de carbone non radioactif.

Les produits synthétisés en présence de 14CO2 sont eux-mêmes radioactifs et peuvent être séparés et identifiés par chromatographie bidimensionnelle sur papier.

Le chromatogramme est ensuite appliqué sur un film photographique qui noircit au niveau des substances radioactives.

après moins de 5 secondes, c'est un composé en C3, l'APG (PGA) ou acide PhosphoGlycérique qui est le premier composé formé.

Ensuite, se sont des oses bis-phosphates dont un sucre en C5, le Ribulose bis-phosphate ou RUBP

puis la plupart des sucres (trioses phosphate, saccharose, ...),

des acides organiques (malate, ...) et des acides aminés (glycine, ...) qui sont marqués

photolyse de l’eau,

réduction du CO2,

Les parties aériennes de la plante sont les lieux de production de matière organique par photosynthèse.

Captée par les pigments chlorophylliens au niveau du chloroplaste, l’énergie lumineuse est convertie en énergie chimique par la photolyse de l’eau, avec libération d’O2 et réduction du CO2 aboutissant à la production de glucose et d’autres sucres solubles.

jeudi 17 octobre 2024

1.3 - a complex structure : living cell

Cell theory

video 2'58 : https://youtu.be/M1wdIdCOk-Y What are cells | Cells | Biology | FuseSchool : So cells come in all shapes and forms and have all sorts of jobs, but they are all fundamental building blocks of all living organisms.

video 6'27 : https://youtu.be/JQVmkDUkZT4 : Kurzgesagt – In a Nutshell What Are You? So. Are you your body? And if so, how exactly does this work? Lets explore lots of confusing questions. This video is part of a collaboration with CGPGrey. Are you your body?

text 348 words : https://www.bioexplorer.net/parts-of-cell-theory.html/

postulates of the cell theory :

  1. every living thing is made up of cells or the product of cells.

  2. every element in animals is made up of cells or their products.

  3. every cell is generated from pre-existing cells.

  4. cells were the basic unit of life.

correc BB

pigments et photosythèse

mercredi 16 octobre 2024

" Il existe une espèce de biais cognitif où on a l'impression de ne pas être pris au sérieux lorsqu'on s'exprime avec des mots simples. Comme s'il fallait plonger le lecteur dans la confusion pour qu'il pense qu'on dit des choses profondes. " Stéphane Debove.

mardi 15 octobre 2024

§ qu’est-ce que l’ADN ?

2/ Histoire de la découverte de l’ADN

Quelle est l'histoire de la pensée humaine en matière de génétique ?

? notez les découvertes progressives

Réalisez une frise chronologique pour comprendre l’histoire des idées, le cheminement de la pensée humaine

  • 1865 (Autriche) Mendel démontre l'existence de "facteurs génétiques"

  • 1868 (Suisse) Miescher trouve une substance spécifique du noyau qu'il nomme la "nucléine"

  • 1882 (Allemagne) Flemming, van Beneden & Strasburger dessinent les chromosomes lors de la division cellulaire.

  • 1883 (Allemagne) Weismann utilise le terme "matériel génétique"

  • 1900 (Hollande, Allemagne, Autriche) DeVries, von Tschermak et Correns redécouvrent le travail de Mendel

  • 1901 (Allemagne) Kossel découvre les quatre bases nucléiques : Adénine, Guanine, Thymine et Cytosine

  • 1903 (Amérique) Sutton fait l’hypothèse que les chormosomes sont le support de l’hérédité

  • 1905 (Angleterre) Bateson utilise le termegenetics pour l'étude des caractères héréditaires

  • 1909 (Danemark) Johannsen propose le mot gène pour remplacer celui de facteur utilisé par Mendel

  • 1910 (Amérique) Morgan montre que les gènes sont portés par les chromosomes

  • 1919 (Russie) Levene décrit la structure des nucléotides : phosphate-sucre-base

  • 1928 (Amérique) Griffith montre que l’hérédité est donnée par une molécule

  • 1933 (France) Brachet démontre que l’ADN est dans les chromosomes

  • 1937 (Angleterre) Astbury démontre que l’ADN a une structure en long filament

  • 1944 (Amérique) Avery, Mc Leod & Mc Carty montrent que l'ADN est le support des gènes

  • 1951 (Amérique) Chargaff établit la règle : [A] = [T] et [C] = [G] pour toute cellule

  • 1953 (Angleterre) Franklin & Wilkins montrent que la molécule a la forme d'une double hélice

  • 1953 (Amérique, Angleterre) Watson & Crick établissent le modèle moléculaire de l'ADN

  • ...

compléter avec :

http://www.medecine.unige.ch/enseignement/dnaftb/

http://www.genoscope.cns.fr/externe/HistoireBM/

https://www.timetoast.com/timelines/genetics-timeline--15

https://www.timetoast.com/search/timelines?cx=partner-pub-3637961829875093%3Aehixnl-dg1y&cof=FORID%3A9&ie=UTF-8&q=genetics&sa=Search&siteurl=localhost%2F&ref=localhost%2Fcategories&ss=

DNA from the begining : http://www.dnaftb.org/

Lettre de Crick à son fils Mickael du 19/03/1953 : https://planet-vie.ens.fr/article/2459/lettre-francis-crick-son-fils-1953#telechargements

frise interactive : https://www.timetoast.com/timelines/dna-17486a4b-a390-4854-8b8b-89fe8efabeb1

ADN, double hélice,

nucléotides (adénine, thymine, cytosine, guanine), complémentarité,

l’information génétique est organisée en gènes constitués d’ADN (acide désoxyribonucléique).

DNA

video 3'27 : http://youtu.be/bVk0twJYL6Y 18 Things You Should Know About Genetics is an animated film that presents fundamental background information about genetics, as well as offering some quirky but interesting facts about DNA, genes and genetics. It was created to be an upbeat, fun educational short film to initiate and draw interest to this sometimes daunting and seemingly complex subject matter.

text 299 words : The DNA molecule is shaped like a twisted ladder : http://www.dnaftb.org/19/index.html

animations : http://www.dnaftb.org/19/animation.html

lundi 14 octobre 2024

4/ parasitologie

plan phylogénétique :

Domaine Eukaryota

Protozoaires :

Embranchement Sporozoaires

Ordre des Coccidies, phylum Apicomplexa.

- Toxoplasma gondii : toxoplasme

- Cryptosporidium parvum, hominis, felis, meleagridis, canis, cuniculus

- Cyclospora cayetanensis

Embranchement Amoebozoaires

- Entamoaba hystolitica : amibe dysentérique

Embranchement Euglenozoaires

- Trypanosoma cruzi

Embranchement Metamonadaires

- Giardia intestinalis

Métazoaires :

Embranchement Plathelminthes : vers plats

Classe Cestodes : vers plats segmentés

- Taenia saginata (bovidés), solium (porc)

- Echinococcus granulosus (chien), multilocularis (renard), vogeli, oligarthra, oligarthrus

- Dyphillobotrium latum : botriocéphale (poisson)

Classe Trématodes : vers plats non segmentés

- Fasciola hepatica, gigantica : grande douve du foie

- Opisthorchis viverrini, felineus : douves du foie

Embranchement Némathelminthes : vers ronds

Classe Nématodes :

- Ascaris spp.

- Anisakis spp.

- Pseudoterranova spp.

-Trichinella spp.


Références :

https://www.blv.admin.ch/blv/fr/home/lebensmittel-und-ernaehrung/lebensmittelsicherheit/krankheitserreger-und-hygiene/parasiten.html

les fiches de l'ANSES (Agence Naationale de Sécurité sanitaire alimentation, Environnement Travail). Fiches de dangers biologiques transmissibles par les aliments

DPDx - Laboratory Identification of Parasites of Public Health Concern site du CDC

Base d'observation des agents biologiques le moteur de recherche de l'INRS Baobab ,

https://www.pedagogie.ac-nantes.fr/biotechnologies-sante-social/ressources-pedagogiques/parasitoses-alimentaires-923817.kjsp

Multicriteria-Based Ranking for Risk Management of Food-Borne Parasites. Microbiological Risk Assessment Series (MRA) 23 ; Report of a Joint FAO (Food and Agriculture Organization of the United Nations) /WHO (World Health Organization) Expert Meeting, 3–7 September 2012, FAO Headquarters, Rome, Italy Year of publication : 2014 Pages #324 p. https://www.fao.org/publications/card/en/c/ee07c6ae-b86c-4d5f-915c-94c93ded7d9e/

https://www.vidal.fr/maladies/recommandations/parasitoses-4059.html#prise-en-charge

Estimation de la morbidité et de la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France métropolitaine, 2008-2013 : janvier 2018 http://beh.santepubliquefrance.fr/beh/2018/1/2018_1_1.html

chapitre 13 Ascaridiose, de la première partie. Parasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales https://www.elsevier.com/fr-fr/connect/etudes-de-medecine/parasitoses-et-mycoses-des-regions-temperees-et-tropicales

Avis de l’Anses : Rapport d’expertise collective Mai 2020 (368 pages) https://www.anses.fr/fr/system/files/BIORISK2016SA0153Ra.pdf

Tableau 7 : Couples aliment-danger biologiques page 67,,,87 / 368 https://www.anses.fr/fr/system/files/BIORISK2016SA0153Ra.pdf

https://www.fightbac.org/food-poisoning/foodborne-pathogens/

https://www.cell.com/trends/parasitology/fulltext/S1471-4922(20)30249-X

https://byjus.com/biology/fasciola-hepatica-diagram/

https://www.sciencedirect.com/topics/agricultural-and-biological-sciences/fasciola-hepatica

https://www.msdmanuals.com/fr/professional/maladies-infectieuses/cestodes-ténias/infection-à-taenia-solium-et-cysticercose-ténia-du-porc

https://www.researchgate.net/figure/Diagrams-of-the-3-Taenia-species-that-inhabit-the-human-intestine-showing-details-on_fig1_8357147

https://www.veterinaryparasitology.com/taenia.html

https://www.researchgate.net/figure/Morphology-of-Trichinella-male-female-muscle-larvae-ML-and-newborn-larvae_fig4_47930551

https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/trichinella-spiralis

https://www.cambridge.org/core/journals/parasitology/article/abs/similarities-and-differences-among-the-opisthorchiidae-liver-flukes-insights-from-opisthorchis-felineus/F1167A4B3806828FAC76B08D1FCDD89D

https://www.theveterinarynurse.com/review/article/toxoplasma-gondii-the-facts

https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-020-04445-z

https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-020-04445-z#MOESM21

https://www.nature.com/articles/s12276-019-0353-9

https://www.mdpi.com/2076-0817/10/11/1493

https://www.researchgate.net/figure/Life-cycle-of-Trypanosoma-cruzi-in-the-gut-of-the-insect-vector-After-feeding-on-blood_fig2_46035402

https://www.parasite.org.au/para-site/cryptosporidium/cryptosporidium-clinical.html

https://wcvm.usask.ca/learnaboutparasites/parasites/cryptosporidium-species.php

https://www.didac-tic.fr/bac/202209_26_amerique_s/2.htm