Comment faire un CR ?
A2 : EV/ Construction de la phylogénie des
hominidés / logiciel Phylogène
SVT
TP TS : Phylogénèse des hominidés / logiciel Phylogène
Objectif :
réalisez un rapport écrit avec word (format doc), libreoffice
(format odt) ou manuscrit établissant les relations de parentés
chez les Primates Hominidés …
Protocole :
imprimez ou recopiez des documents comparatifs (matrices et arbres)
et analysez-les
TP1 :
Comparaison
de caractères macroscopiques.
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Ouvrez
Phylogène
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Ouvrez la
collection des Homininés
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Sélectionnez
tous les taxons sauf P.robustus
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Choisissez 7
caractères pertinents pour comparer les taxons
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Construisez
la matrice (tableau) des caractères. Vérifier.
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Polarisez les
caractères pour distinguer les états primitifs et dérivés.
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Choisissez
l'espèce extragroupe. Codez. Vérifier.
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Organisez la
matrice d'une façon logique en déplaçant caractères et taxons
(espèces) à l'aide de la souris.
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Copiez la
matrice pour votre rapport
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Construisez
l'arbre à partir de la matrice en reliant les différents taxons à
l'aide de la souris.
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Choisissez
d'afficher la longueur de l'arbre pour trouver le plus juste (le
meilleur chemin est le plus court!)
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Copiez
l'arbre pour votre rapport, ajoutez les innovations évolutives
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Datez
l'arbre.
TP2 :
Comparaison de caractères moléculaires
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placez l'homme parmi les primates à partir de données
moléculaires : « tableau de séquences -
« archontes » - « molécules » -
« globines » - afficher matrices puis arbres → arbre
phylogénétique des archontes à partir des données moléculaires
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Rédigez
votre rapport, puis, si vous avez accès à une imprimante, réalisez
une mise page économique et lancez l'impression (en noir et blanc)
pour la soumettre à la correction.
Des données
moléculaires sont disponibles. Ces données sont des séquences
nucléiques ou protéiques déjà alignées. Lorsque le fichier
contient des mots-clés (fichiers .alp), ceux-ci peuvent servir à
colorer l'arbre. On repère ainsi mieux les séquences d'un groupe.
Les fichiers alignés .alp, spécifiques de
Phylogène, comportent des mots-clés qui permettent de sélectionner
rapidement des groupes de séquences. Phylogène reconnaît les
alignements produits par ailleurs avec clustalw (fichiers avec
extension .aln). Des fichiers .edi d'Anagène
peuvent maintenant être utilisés par Phylogène.
Arbre UPGMA
: arbre le plus simple à calculer. Les calculs peuvent être
vérifiés à la main pour une petite matrice. Pour être exact, il
suppose que l'hypothèse de l'horloge moléculaire est vérifiée
(le taux de mutations est constant dans le temps et identique pour
toutes les branches), ce qui n'est pas toujours vrai.
Arbre NJ
(Neighbor Joining) : c'est un arbre qui n'oblige pas à faire
d'hypothèse d'horloge moléculaire. La racine représentée est
arbitraire et modifiable. Il faut donc utiliser un
extragroupe pour enraciner l'arbre de manière raisonnée.
Arbre clade
: il faut le construire "à la main" par la méthode
cladistique.
traiter les données pour établir des relations
de parenté / Phylogène (version 24/10/2009) : (
doc,
odt,
pdf)
A3 : comparaisons anatomiques / logiciel
le
logiciel Lignée humaine permet de faire des
comparaisons anatomiques entre différents homininés.
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Caractéristiques
crâniennes : Cliquez en bas à gauche de l’écran sur le premier
rond (1/6) : Pour vous familiariser avec le vocabulaire utilisé,
repérez sur les présentations de crâne, grâce au déplacement de
la souris, les localisations des termes suivants : boîte
crânienne (plus ou moins allongée vers l’avant et plus ou
moins circulaire) / front (plus ou moins prononcé) /
mâchoire (plus ou moins avancée = prognathisme) / menton
(plus ou moins prononcé) / arcades zygomatiques (plus ou
moins écartées) / trou occipital (positions différentes) /
crête sagittale (plus ou moins prononcée).
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Crâniométrie
: Cliquez en bas à gauche sur le 3ème rond (3/6) :
Comparez les espèces en cliquant sur leur nom (ne pas tenir compte
des traits et des cibles). Vous pouvez bouger les crânes en 3D
grâce aux flèches.
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A l’aide du
logiciel La Lignée Humaine de P.Perez, complétez le tableau
et indiquer à l’aide d’un code couleur les critères
d’appartenance à la lignée humaine des espèces proposées.
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Quels sont
les caractères permettant de distinguer le genre Homo du
genre Australopithecus ?
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Quel est le
critère majeur de l’hominisation ?
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Expliquez
l'adjectif « buissonnant » utilisé pour la lignée
humaine ?
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Quel serait le
berceau de l’Humanité ?
