🤝Menu 2. L'alimentation est une rencontre
🛒
ingrédients
publicité Actimel/Activia 2000
décisions EFSA 2010
syndrome d'auto-brasserie
Metchnikoff et l'hypothèse
bulgare
fiche TMF
recettes kombucha,
kefir
IBS irritalbe bowl
syndrom
🥗
Entrée — Une pub
📺 Publicité probiotiques (yaourt enrichi)
Quel est l'élément "actif" du produit ?
Pourquoi utiliser des bactéries dans un aliment ?
Pourquoi mettre volontairement des bactéries dans un aliment
?
Où vont-elles après ingestion ?
Deviennent-elles des habitantes de notre intestin ?
Sont-elles capables de modifier un écosystème déjà
existant ?
Une bactérie peut-elle être un aliment ?
Comment une bactérie ingérée peut-elle avoir un effet dans
l'intestin ?
Toutes les bactéries qui arrivent dans l'intestin
peuvent-elles s'installer ?
Pourquoi parle-t-on de "probiotiques" et pas
simplement de "bactéries" ?
Activité : 5’ en petits groupes de 3-4, puis un tour de
table rapide.
🍲
Plat — alimentation rencontre
🍽 Question du jour : Que
se passe-t-il lorsqu'un aliment rencontre un être vivant ?
❓
Question
pro : Comment distinguer une interaction bénéfique d'une
interaction à risque ?
interactions
biotiques
Symbiose : parasitisme, amensalisme, commensalisme,
mutualisme, prédation, compétition, coopération… sont
des relations hétérospécifiques, obligatoires ou facultatives,
occasionnelles ou permanentes, néfastes ou bénéfiques voire
synergiques
Synergie = coordination d'éléments
complémentaires en vue d'augmenter l'efficacité de chacun
Il existe plusieurs formes d’interactions
biotiques :
la compétition : tout le monde y perd
l'exploitation : il y a un gagnant et un perdant
la coopération : tout le monde y gagne
le neutralisme : on cohabite sans s’affecter
le commensalisme : on cohabite, l’une d’entre elles y
gagne et l’autre n’est pas affectée.
Association durable : la symbiose (au sens large)
Mutualisme (+/+) : les deux partenaires bénéficient.
Commensalisme (+/0) : l'un bénéficie, l'autre n'est pas
affecté.
Parasitisme (+/−) : l'un bénéficie, l'autre est lésé.
Autres interactions :
Compétition (−/−) : les deux perdent.
Prédation (+/−) : l'un gagne, l'autre est consommé.
Amensalisme (−/0) : l'un est inhibé, l'autre n'est pas
affecté (ex. bactériocines).
Neutralisme (0/0) : cohabitation sans effet.
Critères de description
Effet : bénéfique / neutre / néfaste (notation +, 0, −).
Échelle : inter‑ ou intraspécifique.
Localisation : extra‑ ou intracellulaire.
Durabilité : obligatoire ou facultative ; occasionnelle ou
permanente.
Coexistence et coévolution
Coévolution directe (prédateur–proie) ou indirecte
(ressource commune).
Les interactions forment un continuum, et leur signe peut
varier selon le contexte.
Quelques exemples
Mutualisme (+/+) dans le
yaourt
Streptococcus thermophilus produit du formate,
du CO₂ et consomme l'oxygène,
ce qui stimule Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus.
L. bulgaricus protéolyse la caséine et
libère des acides aminés et peptides (valine,
histidine, glycine…) qui stimulent S. thermophilus.
c'est un mutualisme facultatif (ou
protocoopération) — chaque espèce peut croître
seule, mais la croissance est fortement accélérée
à deux. L'acidification conjointe est bien plus rapide que la somme
des deux en culture pure.
Mutualisme (+/+) dans
pain et kéfir.
Dans le levain, Lactobacillus sanfranciscensis
(bactéries) et Kazachstania humilis (levures)
se partagent les sucres : les levures sont
maltose‑négatives et consomment le glucose/fructose libérés
par les bactéries, qui utilisent le maltose. Elles évitent ainsi
la compétition et se stimulent mutuellement.
Le kéfir et le kombucha
sont des associations levures + bactéries : les levures fermentent
les sucres en éthanol, les bactéries acétiques oxydent l'éthanol
en acide acétique. Le terme même de « culture symbiotique »
(SCOBY) du kombucha illustre la symbiose au sens large.
Amensalisme (−/0) dans les produits
indus
La nisine, une bactériocine
produite par Lactococcus lactis, inhibe des
bactéries taxonomiquement proches mais aussi des pathogènes
majeurs : Listeria monocytogenes, Clostridium
botulinum, Bacillus cereus. Le producteur n'est pas
affecté : c'est exactement la définition de l'amensalisme
(−/0).
Application industrielle : la nisine est autorisée comme
bio‑conservateur (E234) dans de nombreux
aliments (fromages, produits laitiers, viandes).
Parasitisme (+/−) dans les fromages
Les phages infectent les bactéries lactiques et provoquent
des fermentations lentes ou ratées (yaourt,
fromage) — un problème économique majeur en fromagerie.
Les phages sont aussi utilisés comme biocontrôle
anti‑Listeria dans les aliments. Le phage est le
parasite, la bactérie l'hôte.
Prédation (+/−) dans les produits
indus
Bdellovibrio bacteriovorus est un prédateur
obligatoire de bactéries Gram négatif :
il s'attache à la paroi, perce la membrane externe, envahit le
périplasme et l'utilise comme habitat et source de
nutriments pour se répliquer.
Ses proies incluent des pathogènes d'origine alimentaire
(Salmonella, E. coli), d'où son intérêt comme
agent de biocontrôle dans les aliments.
Commensalisme (+/0) dans la
croûte des fromages à pâte molle et croûte lavée.
Les levures de surface (Debaryomyces
hansenii, Geotrichum candidum) désacidifient
la surface en consommant le lactate. Cette désacidification permet
l'installation de Brevibacterium linens,
responsable de la couleur orangée et des arômes des fromages à
croûte lavée.
B. linens profite de la
modification du milieu, sans effet notable sur les levures.
Compétition (−/−) dans saumon et vin
effet Jameson : dans le saumon fumé, une
flore lactique compétitive épuise les nutriments et stoppe
simultanément sa croissance et celle de Listeria
monocytogenes.
S. cerevisiae et les levures non‑Saccharomyces
se disputent l'azote assimilable ; chacune limite
la croissance de l'autre.
Neutralisme (0/0) dans un fromage
deux populations occupant des niches distinctes
dans une même matrice (par exemple un micro‑organisme de
surface et une flore d'ancrage profond dans un fromage), sans
interaction mesurable.
cas limite : rare et souvent
transitoire : l'absence d'effet est presque
impossible à démontrer en milieu alimentaire complexe.
Tableau récapitulatif d’ex
AA :
Interaction
|
Notation
|
Exemple
alimentaire
|
Compétition
|
−/−
|
LAB vs flore
d'altération pour les sucres fermentescibles (choucroute,
saucisson)
|
Prédation
|
+/−
|
Bdellovibrio
bacteriovorus dévorant Salmonella, E. coli
|
Parasitisme
|
+/−
|
Bactériophages
infectant Lactococcus lactis (échec de fermentation)
|
Commensalisme
|
+/0
|
Brevibacterium
linens profitant de la désacidification par les levures de
croûte
|
Mutualisme
|
+/+
|
S.
thermophilus + L. bulgaricus (yaourt) ; LAB +
levures (pain au levain)
|
Amensalisme
|
−/0
|
Nisine de
Lactococcus lactis inhibant Listeria, C.
botulinum
|
Neutralisme
|
0/0
|
Deux flores
occupant des niches distinctes dans une même matrice
|
NB : pour le mot symbiose il n'y a pas de
consensus formel, mais un consensus de fait
autour de la définition large de de Bary (mutualisme + commensalisme
+ parasitisme), qui domine aujourd'hui largement dans les manuels
anglophones, tandis que la définition restrictive (= mutualisme) a
disparu. Il y a un écart entre usage courant restrictif
(plus marqué en français) et usage scientifique large
(dominant en anglais).
NBB : « hôte » est ambigu en français, puisqu'il désigne
les deux parties. La convention scientifique lève l'ambiguïté en
réservant « hôte » au plus grand partenaire et
en appelant l'autre symbiote (ou parasite,
commensal, proie selon le cas). Pour les
interactions microbe–microbe, le terme neutre recommandé est «
partenaire ».
Alimentation :
La rencontre de deux écosystèmes
Flore alimentaire & microbiote humain
Microbiote
Microbiote : définitions
Microbiote : ensemble des micro-organismes
(bactéries, archées, champignons, virus) vivant dans un habitat
donné. On parle de biocénose du microbiome ; les
espèces étaient autrefois regroupées sous le terme « microflore
».
Microbiome : le biotope —
l'aire biotique, la niche écologique où vit le microbiote.
Microbionte (ou symbionte) : chaque
organisme impliqué, par opposition au pathobionte,
capable de devenir pathogène. Attention au faux ami
: en anglais, microbiome désigne souvent les génomes
du microbiote.
les différents microbiotes du corps (peau, bouche, vagin,
poumons, intestin) et la place prépondérante de l'intestinal.
Microbiote : cartographie
Nombre total : le tube digestif abrite 10¹³
micro-organismes, soit autant que le nombre de cellules du
corps humain ; la fourchette admise va de 10¹² à 10¹⁴.
Répartition par organe : estomac 10
à 1 000 bactéries/mL (milieu oxygéné et acide) ;
intestin grêle 10⁴ à 10⁷/mL ; côlon 10¹⁰
à 10¹³/mL (milieu sans oxygène ni acidité).
Côlon : la vaste majorité des microbes du
tractus gastro-intestinal y résident.
Ordre de grandeur : environ 40 000
milliards (4 × 10¹³) de micro-organismes selon
l'Institut Pasteur.
NB : mise à jour scientifique : l'ancien ratio « 10
bactéries pour 1 cellule humaine » est obsolète.
La formulation actuelle est « autant de bactéries que de cellules »
Diversité : plus de 1 000 phylotypes
(espèces) par personne # empreinte digitale
Poids total ≈ 2 kg — l'équivalent du
cerveau.
Génome collectif ≈ 100 fois plus de gènes
que le génome humain (métagénome intestinal, séquençage haut
débit).
« core microbiota » : Un socle
commun de 15 à 20 espèces présentes chez tous les
humains, en charge des fonctions essentielles.
Unique à chaque individu, qualitativement
et quantitativement : ≈ 160 espèces en moyenne
chez un individu sain, dont seule la moitié est communément
partagée.
Méthodes d'étude :
Deux façons de lire un microbiote
16S [ARNr16S (ssu 30S rib proK)] : on
séquence un seul gène marqueur, universel chez
les bactéries et archées, mosaïque de régions conservées
(ancrages) et variables (signatures). Rapide, économique, mais
limité aux procaryotes et à une résolution souvent générique.
Shotgun (nom, par analogie avec une
cartouche qui disperse ses plombs) métagénomique : on fragmente
et séquence tout l'ADN. Couvre tous les domaines et donne
accès aux fonctions et aux gènes de
résistance.
ARNr16S (ssu 30S rib proK) :
marqueur, rapide, économique, limité aux
bactéries/archées
1 500 paires de bases.
Universel : présent chez quasiment toutes les
bactéries et archées
mosaïque : alternance de régions
conservées et de régions hypervariables.
Les régions conservées sont presque
identiques chez toutes les bactéries, car elles codent des
parties du ribosome qui ne peuvent pas changer sans casser
la synthèse des protéines. Elles servent d'ancrages
pour les amorces (primers).
Les neuf régions hypervariables (V1 à V9),
longues de 30 à 100 paires de bases, diffèrent d'une espèce à
l'autre, car le ribosome tolère des changements à ces endroits.
Elles fournissent la signature spécifique
permettant l'identification.
métagénomique shotgun (tous les gènes,
fonctions, résistances) ; métagénome et séquençage haut débit.
Couverture multi-domaines : il ne se
limite pas aux bactéries et archées.
Détection fonctionnelle : en identifiant
les gènes présents, il renseigne sur les propriétés
fonctionnelles du microbiote, pas seulement sur sa
composition.
Meilleure résolution : il détecte
davantage de taxons et différencie des espèces proches que le
16S ne distingue pas.
Détection des gènes de résistance : le
shotgun permet de repérer les gènes de résistance aux
antimicrobiens, ce que le 16S ne peut pas faire.
« La caractérisation de l’ensemble des génomes
microbiens retrouvés dans l’intestin (le métagénome intestinal)
par séquençage haut débit a permis d’identifier un millier
d’espèces différentes, dont une large majorité correspond à des
bactéries. Il est apparu qu’à l’instar de l’empreinte
digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu : il
est unique sur le plan qualitatif et quantitatif. Parmi les 160
espèces de bactéries que comporte en moyenne le microbiote d’un
individu sain, seule la moitié est communément retrouvée d’un
individu à l’autre. Il existerait cependant un socle commun de 15
à 20 espèces présentes chez tous les êtres humains, en charge des
fonctions essentielles du microbiote. »
https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
Microbiote : Ce que ce monde apporte
Digestion :
hydrolyse des sucres complexes,
fermentation des résidus non digestibles,
assimilation des nutriments,
synthèse de vitamines (K, B12),
absorption des acides gras, du calcium et du magnésium.
Synthèse d’AGCC = acides gras à
chaîne courte C1à6 (SCFA,
short-chain fatty acids) par la fermentation
bactérienne de glucides non digestibles (fibres
alimentaires, amidons résistants, polysaccharides) : Le
butyrate est le plus étudié pour ses effets anti‑inflammatoires
et son rôle dans l'intégrité de la paroi intestinale.
Protection :
Immunité :
aide à distinguer pathogènes et commensaux,
stimulation du système immunitaire,
production de substances anti-inflammatoires,
acidification des muqueuses.
Bacteroides fragilis est une bactérie Gram négatif
anaérobie, membre courant du microbiote intestinal
humain.
Elle est devenue l'un des modèles les plus étudiés de la
symbiose immunitaire : elle ne se contente pas de
coexister, elle instruit activement le système
immunitaire de l'hôte.
Les travaux fondateurs de Kasper et Tzianabos
ont établi que ses polysaccharides capsulaires sont capables de
provoquer une prolifération des lymphocytes T et
de moduler la formation d'abcès.
Physiologie :
motricité du tube digestif,
différenciation des entérocytes,
densité du réseau sanguin,
métabolisme hormonal.
communication bidirectionnelle par le nerf vague, qui sert
de relais clé entre les signaux métaboliques
issus des viscères abdominaux et le tronc cérébral
caudal.
Le nerf vague est indirectement activé par les
métabolites microbiens : sérotonine, AGCC et indole
Les microbes peuvent activer les circuits de stress
du système nerveux central via le nerf vague et les
neurones sensoriels du système nerveux entérique (SNE).
AGCC → entérocytes endocrines → GLP‑1,
PYY, GABA et sérotonine.
Plusieurs souches bactériennes peuvent synthétiser
ou moduler des neurotransmetteurs : GABA, sérotonine (5‑HT),
dopamine (DA) et noradrénaline (NA)
axe HPA (cortisol modulant transit, perméabilité
et microbiote
Santé : biomarqueur d'état de santé ;
liens démontrés avec obésité, diabète, eczéma, diarrhée,
douleur viscérale.
Pause épistémologique
Le microbiote est-il un organe ? — débat
: arguments pour (physiologie, pathologie, transmission) contre
arguments critiques (composition dynamique, « ni un organe ni un
commensal ») ; analogie fonctionnelle, pas une identité. le
microbiote comme organe à part entière —
diversité, stabilité et résilience comme propriétés émergentes.
Dynamique et dysbioses : Quand les deux mondes se heurtent
Propriétés émergentes, propriétés du
réseau d'interactions, pas des espèces isolées : stabilité
= résistance (insensibilité à la perturbation) + résilience
(vitesse de récupération) (Pimm, 1984) : une propriété
émergente n'existe pas dans les composants isolés mais surgit de
leurs interactions ; la stabilité du microbiote en est une, car
elle dépend du réseau et non des espèces seules,
et elle se décompose en résistance (insensibilité
à la perturbation) et résilience (vitesse de
récupération), deux propriétés indépendantes.
Facteurs de variation — alimentation,
géographie, âge, hormones, hygiène, maladies, antibiotiques,
pesticides, additifs … mode d'accouchement, allaitement, ; la
diversité de Shannon est maximale quand Bacteroidetes ≈
15% et Firmicutes ≈ 80% (relation non monotone). L'indice
de Shannon (ou Shannon‑Weaver)
mesure la diversité spécifique d'un échantillon :
nombre d’espèces et abondance relative.
Dysbioses : définition :
Dysbiose : altération du microbiote, à la fois
en diversité et en qualité, qui
induit des effets délétères sur l'hôte et peut jouer un rôle
dans la survenue, l'aggravation ou la chronicisation de certaines
maladies (Harry Sokol, gastro-entérologue et
spécialiste français du microbiote) :
Critères mesurables : ↓ diversité, ↓
bactéries bénéfiques, ↑ pathobiontes, perte des espèces de
voûte.
Dimension fonctionnelle : modification des
activités métaboliques, pas seulement de la composition.
Vigilance : terme contesté,
sans biomarqueur universel ; ne pas confondre association et
causalité.
cas d'école : Clostridium
difficile*
fait partie du microbiote normal. Après une antibiothérapie qui
élimine les autres espèces, elle peut proliférer de façon
pathologique et provoquer des colites (douleurs, diarrhées),
mortelles dans 5% des cas. Environ 500 000 cas diagnostiqués en
2017 aux États-Unis. 4% de la population sont porteurs sains.
Autre dysbiose : Proteus vulgaris
naturellement présente, peut devenir pathogène chez
l'immunodéprimé ; maladies de la peau (acné, dermatite atopique,
hidradénite suppurée) ; MICI (Maladies Inflammatoires Chroniques
de l'Intestin).
Leviers d'intervention — alimentation
(effet en 4 jours), antibiotiques, transplantation de microbiote
fécal, probiotiques ; clôture et renvoi vers la séquence 3.
Les leviers, dont l'alimentation :
Un changement de régime (végétarien ou riche en produits
animaux) pendant 4 jours suffit à augmenter la
diversité microbienne.
L'antibiotique réduit l'infection à C. difficile
quelques jours ; la transplantation de microbiote fécal
la réduit durablement.
La
barrière digestive
est
une interface sélective entre le milieu extérieur du tube digestif
et le milieu intérieur de l’organisme : elle laisse passer les
nutriments utiles, mais limite le passage des microbes, toxines et
grosses molécules.
La barrière digestive
n’est pas un mur fermé : elle doit absorber, trier et réguler.
Une bonne barrière combine donc perméabilité contrôlée et
protection. Le microbiote participe à cette fonction : quand il est
équilibré, il aide à empêcher l’implantation de microbes
opportunistes et soutient l’intégrité de la muqueuse.
Barrières
digestives — Défense multicouche
Barrière
chimique : Acidité gastrique
pH 1-3 (très acide)
Tue bactéries végétatives (Salmonella, E. coli)
N'arrête PAS spores (C. botulinum)
N'arrête PAS virus robustes (Norovirus persiste)
Observable : brûlures d'estomac = acidité fonctionne trop
bien
Barrière
chimique : Bile + enzymes
Bile : émulsifie gras, hostile microbes
Protéases : fragmentent protéines bactériennes
Lipases : clivent lipides
Observable : diarrhée grasse = bile pas efficace
Barrière
physique : Épithélium intestinal
Monocouche cellules tight junctions
Mucus lubrifie et protège
Renouvellement constant (3-5 jours)
Observable : inflammation = perméabilité augmentée,
diarrhée
Barrière
immunitaire
Lysozyme : clive paroi bactérienne
Lactoferrine : chélate fer (bactéries besoin)
Peptides antimicrobiens (défensines)
Observable :
personnes saines = pas diarrhée malgré exposition
GALT = “l’armature immunitaire de
l’intestin”.
Immunité adaptée — Mémoire
spécifique
Plaques Peyer (GALT)
IgA sécrétion
Anticorps mucosal (surface intestin)
Isole pathogène sans inflammation
Tolérance commensale
cas : Listeria femme enceinte × IgA basse = risque accru
Mémoire immune
Exposition antérieure : anticorps pré-existants
Génétique HLA : détermine reconnaissance
cas : allergies =
mémoire excessive IgE
GALT
(Gut-associated lymphoid
tissue) : formations lymphoïdes digestives
(plaques de Peyer)
tissu immunitaire de l’intestin, donc la première ligne
de défense face à ce qui entre par le tube digestif. Il
permet de relier alimentation, microbiote, antigènes alimentaires et
agents pathogènes.
Lysozyme : enzyme antimicrobienne de
l’immunité innée
présente notamment dans la salive, les larmes et les sécrétions
muqueuses.
Lysozyme ou muramidase, est une enzyme naturelle du système
immunitaire inné qui détruit la paroi des bactéries en hydrolysant
leurs peptidoglycanes
Barrière digestive = filtre sélectif ;
microbiote = protection écologique ;
GALT = surveillance immunitaire ;
lysozyme = défense chimique antibactérienne.
Rencontre
aliment × microbiote
Scénario 1 : Lactobacillus aliment croise pauvre microbiote
Yaourt frais (Lactobacillus vivants)
Corps (microbiote affaiblie post-antibio)
Résultat : Lactobacillus aliment colonise, enrichit
microbiote
Observable : meilleure digestion, moins gaz, immunité
améliore
Scénario 2 : Nutriments favorisant une "bonne" flore
Fibres végétales (cellulose) → fermentation microbienne
Lactobacillus yaourt produit lactase → lactose
pré-digéré → personne intolérant lactose peut tolérer yaourt
Polyphénols vin : Tanins pas absorbables seuls mais
Microbiote côlon clive polymères→ métabolites bactériennes
bénéfiques
Résultat : microbiote change sélectivement vers bactéries
bénéfiques
Scénario 3 : Pathogène aliment croise microbiote fort
Salmonella aliment (dose basse)
Corps (Microbiote compétitif, acide élevé)
Résultat : pathogène bloqué, pas maladie
Observable : pas symptômes
Scénario 4 : Pathogène aliment croise microbiote affaibli
Salmonella aliment (dose basse)
Corps (Microbiote réduit (ex. après antibiotiques)
Résultat : Salmonella trouve niche vide, croît
Observable : diarrhée 12-36h après
: Même pathogène, même dose → résultats opposés dépend
TERRAIN (microbiota hôte)
BREF
🗝️
Vocabulaire : Microbiote,
symbiose, compétition, parasitisme,
commensalisme,
barrière digestive, immunité, probiotique, colonisation, dysbiose,
GALT
☕
Pause (15 min)
Caravage 1593 Fanciullo con canestro di frutta. huile/toile.
70/67. Milano
🧀
Fromage
Metchnikoff
et le yaourt bulgare : naissance du mythe des probiotiques
« Metchnikoff a‑t‑il vraiment “inventé” le
yaourt, ou a‑t‑il surtout transformé un aliment
traditionnel en symbole de santé et de longévité ? »
Probiotique
Prébiotique nourrit, probiotique agit vivant, postbiotique agit
après inactivation.
Probiotique = vivant. Prébiotique = substrat. Postbiotique =
produits
Publicités Actimel / Activia (années 2000)
Actimel :
présenté comme aidant à renforcer les défenses
naturelles et à améliorer l’immunité.france24+2
Activia :
présenté comme améliorant le transit intestinal,
avec des slogans du type “nourrir la peau de l’intérieur” ou
“remettre de l’ordre à l’intérieur”.france24+2
Ces produits étaient vendus
avec un prix plus élevé et un positionnement
“alicament” (aliment + médicament).france24+1
Décision EFSA 2010 (résumé)
L’EFSA
(Autorité européenne de sécurité des aliments) évalue les
allégations de santé sur les aliments selon le
règlement (CE) n° 1924/2006.economie+2
Pour les probiotiques,
l’EFSA a estimé que les preuves scientifiques étaient
insuffisantes pour démontrer un effet bénéfique
clair sur la santé (immunité, transit, etc.) au niveau
populationnel.economie+2
En 2010, la
plupart des allégations de santé sur les probiotiques (dont celles
liées à Actimel/Activia) ont été rejetées ou
considérées comme non fondées scientifiquement.economie+2
Conséquence :
Danone a dû retirer les allégations santé de ses
publicités et de ses emballages en Europe, et ne communiquer que
sur le goût, le plaisir et les
parfums.france24+2
Actimel et Activia étaient présentés comme bons pour
l’immunité et le transit, mais en 2010 l’EFSA a jugé ces
allégations non prouvées scientifiquement, obligeant Danone à
retirer ces messages santé de ses publicités.
SCOBY
(kombucha / kéfir)
SCOBY =
Symbiotic Culture Of Bacteria and Yeast (culture
symbiotique de bactéries et levures).lavieclaire+2
Utilisé pour fermenter du thé
sucré → kombucha (boisson acidulée,
légèrement pétillante).lavieclaire+1
Le kéfir
utilise des grains de kéfir (culture symbiotique
en forme de grains) pour fermenter du lait ou de
l’eau sucrée + fruits.lavieclaire+2
Ces produits contiennent des
micro‑organismes vivants et des métabolites
(acides, gaz, etc.) et sont considérés comme des aliments
fermentés “vivants”.
Kéfir (grains de kéfir)
le microbiote stimule la croissance
La bactérie LpWJL améliore la croissance de souris
sous-alimentées. le muramyldipeptide est une molécule produite par
la bactérie, composant majeur des parois bactériennes. en se fixant
au recepteur NOD2 présent sur les entérocytes chez la souris, cette
molécule est suffisante pour stimuler la production d’insuline et
d’IGF-1 (Insulin-like Growth Factor), hormone apparentée à
l'insuline, un acteur essentiel de la croissance et du métabolisme
des mammifères.
https://presse.inserm.fr/comment-le-microbiote-stimule-la-croissance/66556/
Protocole expérimental d’étude du rôle du
microbiote dans la nutrition.
Des souris axéniques reçoivent le microbiote d’individus soit
obèses (Ob), soit minces (Mi). Les souris sont ensuite élevées en
groupes, soit homogènes soit mixtes (on parle alors de coélevage).
=> Le coélevage permet une augmentation de la diversité du
microbiote. Les souris sont en contact avec les excréments des
autres, ce qui permet des transferts de microbiote.
Variation de la masse graisseuse après 10 jours de coélevage des
souris transplantées.
T : souris sans microbiote : la masse graisseuse diminue de
5 %
Mi : souris avec microbiote de personne mince : la masse
graisseuse reste stable
Ob : souris avec microbiote de personne obèse : la masse
graisseuse augmente de 10 %
En coélevage : la masse graisseuse augmente moins ou reste
stable
expérience du rôle dans l’immunité
« les souris dépourvues de flore intestinale échouent à
monter des réponses immunes appropriées et succombent à des
infections intestinales. » Round JL, Mazmanian SK. The gut
microbiota shapes intestinal immune responses during health and
disease. Nat Rev Immunol 2009;9:313–23. Kamada N, . Regulated
virulence controls the ability of a pathogen to compete with the gut
microbiota. Science 2012; 336:1325–9.
« la monocolonisation du tube digestif avec Bacteroides
fragilis permet l’induction de lymphocytes T régulateurs qui
produisent de l’IL-10, et aussi de réguler les réponses
inflammatoires. » Round JL, Mazmanian SK. Inducible Foxp3+
regulatory T-cell development by a commensal bacterium of the
intestinal microbiota. Proc Natl Acad Sci USA 2010; 107:12204–9.
Schematic representation of the role of the gut microbiota in
health and disease giving some examples of inputs and outputs.
CVD=cardiovascular disease; IPA=indolepropionic acid;
LPS=lipopolysaccharide; SCFA=short chain fatty acids;
TMAO=trimethylamine N-oxide
https://www.bmj.com/content/361/bmj.k2179
Syndrome d’auto‑brasserie ?
Le syndrome d’auto‑brasserie (ou syndrome de
fermentation intestinale, “auto‑brewery syndrome”)
est un phénomène rare et controversé dans lequel
le système digestif produit de l’éthanol endogène
après ingestion d’aliments riches en glucides, sans
consommation d’alcool.wikipedia+2
Il se manifeste par une ivresse réelle
(troubles du comportement, étourdissements, somnolence, voire coma)
avec des alcoolémies élevées (parfois > 3–4
g/L) en l’absence d’ingestion d’alcool.hal+2
Il est associé à une prolifération anormale de
levures (et parfois de certaines bactéries) dans le
tractus gastro‑intestinal.wikipedia+2
Mécanisme
Des levures (et/ou bactéries) du tube
digestif fermentent les glucides du bol alimentaire
en éthanol et CO₂.wikipedia+2
Normalement, cette production est minime et
sans conséquence clinique ; dans ce syndrome, elle devient massive
et symptomatique.santemagazine+1
Les genres microbiens le plus souvent
incriminés :
Levures : Candida spp. (notamment
C. albicans, C. glabrata), Saccharomyces
cerevisiae, Saccharomyces boulardii.wikipedia+2
Bactéries : certaines souches comme
Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecium ont
été évoquées dans certains cas.addictaide
Facteurs favorisants
Déséquilibre du microbiote intestinal
(dysbiose), souvent après :
antibiothérapie large spectre,
maladie digestive chronique,
chirurgie digestive.pmc.ncbi.nlm.nih+2
Régime très riche en glucides (pain,
pâtes, pommes de terre, sodas, etc.).20minutes+1
Pathologies sous‑jacentes : diabète, obésité,
troubles moteurs intestinaux, etc.santemagazine+1
Diagnostic
Alcoolémie positive sans consommation
déclarée d’alcool, à plusieurs reprises.pmc.ncbi.nlm.nih+2
Épreuve de provocation : mesure de
l’alcoolémie avant et après un repas riche en
glucides.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Recherche de levures/bactéries dans les
selles, le contenu gastrique ou intestinal (cultures,
identification).pmc.ncbi.nlm.nih+2
Élimination des autres causes d’alcoolémie positive
(erreur de dosage, consommation cachée, etc.).hal+1
Prise en charge
Régime pauvre en glucides et limitation des
aliments très fermentescibles.santemagazine
Traitement antifongique (ex. fluconazole, nystatine) en cas
de prolifération de levures documentée.santemagazine+1
Parfois probiotiques, correction de la dysbiose, traitement
de la pathologie digestive sous‑jacente.santemagazine+1
Le syndrome d’auto‑brasserie est un phénomène
rare où le tube digestif produit de l’alcool à partir des sucres,
à cause d’une prolifération anormale de levures et/ou bactéries,
entraînant une ivresse sans consommation d’alcool
Irritable bowel syndrome (IBS)
Trouble de l'interaction intestin–cerveau (DGBI) : douleurs
abdominales récurrentes associées à une modification du transit,
sans lésion organique.pmc.ncbi.nlm.nih
Sous‑types (Rome IV) :
IBS‑C (constipation) ·
IBS‑D (diarrhée) ·
IBS‑M (mixte) ·
IBS‑U (non classé).
Prévalence mondiale : 10 à 15% de la
population, avec une majorité de cas non diagnostiqués
Physiopathologie : un modèle multifactoriel
Le modèle actuel a remplacé l'ancienne vision « purement
fonctionnelle ou liée au stress ». Il intègre plusieurs mécanismes
qui se potentialisent via l'axe intestin–cerveau :
Hypersensibilité viscérale (seuil de
douleur abaissé) et motilité altérée
Activation immunitaire muqueuse (mastocytes,
cytokines(IL‑6, TNF‑α) sensibilisent les nerfs
entériques)
Dysbiose : ↓ diversité, ↓
Bifidobacterium/Lactobacillus ↑↑
Bacteroides,
Hyperperméabilité épithéliale (barrière
altérée)
Dysrégulation des acides biliaires
(malabsorption dans l'IBS‑D)
Dysrégulation centrale de la douleur
(hypervigilance, stress)
point clé : le microbiote module la synthèse de
neurotransmetteurs (sérotonine, GABA, dopamine) via les acides gras
à chaîne courte et les catabolites du tryptophane.pmc.ncbi.nlm.nih
Diagnostic : exclure, pas confirmer
Diagnostic clinique (critères Rome
IV).pmc.ncbi.nlm.nih
Examens = éliminer les diagnostics différentiels
:
Aucun biomarqueur validé à ce jour pour le
diagnostic positif.pmc.ncbi.nlm.nih
Prise en charge multimodale
a) Alimentation (votre domaine)pmc.ncbi.nlm.nih+1
Régime pauvre en FODMAP : le mieux étayé
; élimination puis réintroduction encadrée par
un diététicien
Fibres solubles (psyllium) > fibres
insolubles (le son aggrave les ballonnements)
Régime sans gluten : preuves faibles (effet = réduction des
FODMAPs)
b) Thérapies comportementales (axe
intestin–cerveau)pmc.ncbi.nlm.nih+1
c) Traitements par sous‑typepmc.ncbi.nlm.nih+1
Sous‑type
|
1ʳᵉ
intention
|
2ᵈᵉ
ligne
|
IBS‑D
|
Lopéramide,
antispasmodiques
|
Rifaximine,
alosetron/ramosetron, éluxadoline
|
IBS‑C
|
Fibres
solubles, PEG
|
Linaclotide,
plécanatide, lubiprostone, ténapanor
|
Douleur
|
Antispasmodiques,
menthe poivrée
|
ATC, ISRS
|
d) Microbiote : rifaximine (IBS‑D,
retraitement possible), probiotiques (bénéfice global), FMT
(prometteur, données limitées).pmc.ncbi.nlm.nih
Limites
et perspectives
Études souvent courtes, pas de stratification
mécanistique, biomarqueurs non validés, séquence
thérapeutique à long terme incertaine.pmc.ncbi.nlm.nih
Avenir : médecine de précision (phénotype
+ biomarqueurs + parcours individualisés) ; Rome V
prolongera la notion de DGBI.pmc.ncbi.nlm.nih+1
l'IBS n'est plus un « trouble fonctionnel » flou mais un trouble
hétérogène de l'axe intestin–cerveau, où
l'alimentation (FODMAPs, fibres) et le microbiote sont des leviers
thérapeutiques majeurs, à intégrer dans une stratégie multimodale
personnalisée.
Transfert
de microbiote fécal (TMF) ?
Le transfert de microbiote fécal (TMF), ou
transplantation fécale, consiste à transférer
une préparation de selles d’un donneur sain dans le tube
digestif d’un patient, afin de restaurer un microbiote
intestinal altéré (dysbiose) et d’obtenir un effet
thérapeutique.cancer+2
Indication principale validée
Infection récidivante à Clostridioides
difficile* (anciennement Clostridium difficile).vidal+2
Recommandée en 1ère intention après au
moins 2 récidives (ou 3e épisode).omedit-centre+2
Taux de succès : environ 80–94%
de guérison / prévention des récidives.ordre+2
Autres indications (en recherche)
Le TMF est étudié dans de nombreuses pathologies, mais aucune
indication n’est validée en routine en dehors de C.
difficile :
Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin
(MICI) : rectocolite hémorragique, maladie de
Crohn.vidal+2
Syndrome de l’intestin irritable
(SII).ordre+1
Maladies métaboliques : obésité, diabète,
stéatose hépatique.omedit-centre+1
Pathologies neurologiques / psychiatriques :
autisme, maladie de Parkinson, dépression.ordre+2
Décontamination digestive de bactéries
multirésistantes.ordre
Modalités pratiques
Sélection rigoureuse des donneurs
(interrogatoire, examens sanguins et selles pour exclure infections,
pathologies chroniques, etc.).ordre+1
Préparation des selles en laboratoire
(suspension, filtrage, congélation).ordre+2
Modes d’administration :
Sécurité et effets indésirables
Effets indésirables généralement légers
et transitoires : douleurs abdominales, ballonnements, diarrhée,
fièvre passagère.cochrane+2
Risques infectieux : transmission
potentielle de bactéries, virus, parasites si le donneur n’est
pas bien sélectionné.ordre+1
Contre‑indications relatives :
immunodépression sévère, pathologies graves non contrôlées
(évaluation bénéfice/risque au cas par cas).fmcgastro+1
Le transfert de microbiote fécal consiste à introduire
les selles d’un donneur sain dans l’intestin d’un patient pour
restaurer sa flore intestinale ; il est très efficace contre les
infections récidivantes à Clostridioides difficile,
mais reste expérimental dans les autres maladies
AGCC
Définition
= acides gras à chaîne courte (en anglais SCFA,
short-chain fatty acids). Ce sont
des acides gras dont le squelette carboné compte 1 à 6
carbones, produits principalement dans le côlon
par la fermentation bactérienne de glucides non
digestibles (fibres alimentaires, amidons résistants,
polysaccharides).nature+2
Les trois principaux, qui représentent ≈ 95% du total
:pmc.ncbi.nlm.nih+1
Autres, minoritaires : formate (C1), valérate (C5), lactate,
succinate, et acides gras à chaîne ramifiée issus des acides
aminés.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Qui les produit ?
Acétate et propionate : surtout des
Bacteroidetes (Bacteroides
spp.)julienvenesson
Butyrate : surtout des Firmicutes
— Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia spp.,
Eubacterium rectale, Ruminococcus bromii,
Anaerostipes spp.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Rôles physiologiques
Énergie pour les colonocytes : le butyrate
est leur carburant principal (60–70% de leur énergie provient de
l'oxydation des AGCC).pmc.ncbi.nlm.nih+1
Barrière intestinale : le butyrate renforce
les jonctions serrées épithéliales.nature+1
Immunomodulation : effets
anti‑inflammatoires via récepteurs couplés aux protéines G
et inhibition des histones désacétylases (HDAC).nature+1
Effets systémiques : action sur le foie,
les poumons, le tractus reproducteur et le cerveau
(lien avec l'axe intestin–cerveau).nature
Les AGCC :
Ce sont les métabolites principaux produits
dans le côlon par fermentation bactérienne des fibres et de
l'amidon résistant. 1186
Leur interaction avec les récepteurs des cellules
entéroendocrines déclenche une signalisation indirecte
vers le cerveau, par la circulation systémique ou les voies
vagales, en induisant la sécrétion d'hormones intestinales :
GLP‑1, PYY, GABA
et sérotonine. 1186
Les AGCC traversent la barrière hémato‑encéphalique,
influencent son intégrité, régulent le développement et la
fonction des microglies, participent à
l'inflammation et modulent les niveaux de neurotransmetteurs. 1191
Exemple précis : l'acétate modifie les
niveaux de glutamate, glutamine et GABA dans
l'hypothalamus et augmente l'expression des neuropeptides
anorexigènes.
Lien avec l'alimentation
La fibre alimentaire est le substrat de
départ : son apport stimule les bactéries productrices et augmente
la production d'AGCC.pmc.ncbi.nlm.nih+1
Prébiotiques, probiotiques et supplémentation en
fibres modulent le microbiote et la production globale
d'AGCC.pmc.ncbi.nlm.nih
Nuance importante : c'est la bonne quantité
d'AGCC qui compte, pas « le plus possible » — un excès peut
être problématique.onlinelibrary.wiley
Le butyrate ne peut pas être apporté efficacement
par voie orale : il doit être produit dans le
côlon par le microbiote
Légumes
terreux : l’aliment interface entre sol, eau, corps et
environnement.
Effets sur le microbiote intestinal humain :
Une partie des microbes des fruits et légumes peut transiter
jusqu’à l’intestin et y contribuer à la diversité microbienne
Des études montrent que plus de 2% des microbes intestinaux
peuvent provenir des fruits et légumes
Les fibres et polyphénols des végétaux nourrissent ce
microbiote et favorisent des bactéries bénéfiques.
Double aspect : bénéfices vs risques :
Bénéfices : diversité microbienne, apport de prébiotiques,
lien avec le concept One Health (sol–plante–animal–humain).
Risques : possible apport de pathogènes si contamination fécale
du sol/eau ou mauvaise hygiène des mains.
🍎
Dessert — La formule à retenir (10 min)
🤝 2. L'alimentation est la rencontre de deux écosystèmes.
Deux biocénoses : matrice alimentaire et corps humain
1. Chaque individu possède son propre microbiote, comme une
empreinte digitale, parfois en dysbiose
2. Microbes et cellules peuvent être en symbiose, commensalisme
ou parasitisme, parfois en interaction durable lors d’une
colonisation.
3. Les barrières digestives et le microbiote déterminent si
cette rencontre est une coopération, une tolérance ou un conflit.
🎒
Question à emporter (5 min)
Pourquoi certains microbes s'installent-ils dans un aliment,
alors que d'autres disparaissent ? Qu'est-ce qui détermine qui peut
vivre et où ?
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