vendredi 26 février 2016

Qu'est-ce qu'une plante ?

3- La vie plantée des végétaux

Introduction : qu'est-ce qu'une plante ?

§ Petit débroussaillage classificateur / systématique

Pour vous qu'est-ce qu'une plante ?
  • Vert, photosynthèse, chlorophylle, racines, graine,pistil, pollen, terre, eau, soleil, sève lumière, sépales, pétales, fleur, arbre,
  • ça sent bon, ça se mange, se fume, médicament, allergie,phytothérapie, mauvaise herbe, potager, se cultive ou naturelle,
  • être vivant sans cerveau mais ça ressent, pousse, se reproduit, vie, minéraux,
  • abeilles,
  • végétal,
petit vocabulaire, de l'utilisation des termes :
classification, systématique, nomenclature, taxonomie, cladistique…
© classification plantes
Légender les innovations partagées sur la classification ©
Plante , fleur, Angiospermes,
herbacé, buissonnant, arborescent

Quelques sites de classification végétale

université Wisconsin : http://botit.botany.wisc.edu/
on limitera notre étude au cas des angiospermes

§ Quelles sont les causes des mutations ?

§ des zèbres pas tous rayés pareil
gene-rayures3.odp
Les hotes de la glossine et la transmission de la maladie : http://www.fao.org/docrep/009/p5178f/P5178F07.htm
Repartition geographique des glossines : http://www.fao.org/docrep/009/p5178f/P5178F06.htm

§ Comment les variantes de gènes (allèles) sont elles nées ?

§ Quelles sont les causes des mutations ?

2.4/ Mutations et naissance de nouveaux allèles

2.4.1/ Agents mutagènes et causes des mutations

A1 : Effet mutagène des UV sur levure ade2 / expérience in vitro

\1S TP UV levures ade2.odt
Manuel p86 à 89
correction du CR /10
intro : pb → hyp (→ conséquences vérifiables) /2pts
mat&met : culture en milieu stérile ; irradiation aux UV ; incubation ; comptage /4
résultats & interp : tableau → graphe % de réversion /2
conclusion : => Les UV sont mutagènes et létaux ; levure ade2, chaine de synthèse de l'adénine, coloration, réversion /2
bonus : impact moléculaire des UV sur l'ADN : http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch7F5.htm
UV mutagènes et létaux

AM : Revue de presse sur l’influence d’agents mutagènes / articles

Séléctionner un article – lire & relever les mots clefs – construire un tableau :
agent mutagène / cible / action moléculaire / effets secondaires / preuves / modifications observées
Comprendre la mutagenèse somatique grâce à la cartographie des dommages à l’ADN : http://www.medecinesciences.org/index.php?Itemid=129&option=com_article&access=doi&doi=10.1051/medsci/2010262193&type=pdf
agents mutagènes : chimiques ou radiation
chimiques : imitent ou modifient la structure de l'ADN
radiation : rupture de brin, mutation, enchevêtrement de l'ADN

EV : Cas du Xeroderma pigmentosum / docs

BB 01.2016.odt
modification de Séquence, un ou plusieurs nucléotides
substitution, délétion , addition=insertion,

A2 : Modélisation d'un système de réparation cellulaire / logiciel

Mutations induites par les UV : La Réparation N.E.R :
Manuel p88-89 : XPA est un réparateur d'ADN, c'est une protéine codée par le gène xpa, le but du tp est de visualiser les contacts entre XPA et l'ADN grâce au logiciel Rastop
Rastop → menu fichier → ouvrir 1vas.pdb → menu editer → selectionner tout → bouton boules & baton → fenêtre propriétés → protéiques → bouton nouvelle sélection → palette de couleurs → jaune pâle → bouton sphéres de Van de Waals → zoomer sur la zone de contact en tre ADN et protéine, pivoter.
système enzymatique de réparation cellulaire

jeudi 25 février 2016

§ Comment fait-on bouger un bras ?

§ Comment fait-on bouger un bras ?

2.4- Moteurs de l'effort

A1/ Dissection de pattes de lapin

2_TP dissection patte.odt
© 2_TP dissection patte.odg
dissection en diapo : http://youtu.be/u1qfg9LehzM
mots clefs : muscle, os, cartilage, tendon, ligament

AM/ Opération virtuelle du genou /net

§ Comment se fait la coordination des fonctions de respiration et de circulation ?

© 2 EV QCM santé3.odt

A2 : Schématisation de la boucle de régulation nerveuse

Reprendre sch'bilan précédent et ajouter le contrôle nerveux
Schéma-bilan 2©
=> nerfs ortho et para sympathiques, centre de régulation bulbaire, barorecepteurs, nerf sensitifs de Cyon & Hering, inhibition, activation
control loop [boucle de régulation]

B23/ Une boucle de régulation nerveuse

La pression artérielle est une grandeur contrôlée par plusieurs paramètres. Par exemple, il existe une boucle réflexe de contrôle de la fréquence cardiaque (dont la pression artérielle dépend par l’intermédiaire du débit) :
- des capteurs (barorécepteurs) sont sensibles à la valeur de la pression artérielle ;
- un centre bulbaire intègre les informations transmises par des nerfs sensitifs issues des barorécepteurs et module les messages nerveux en direction de l’effecteur (cœur) ;
- les informations sont transmises du centre à l’effecteur par des nerfs orthosympathiques accélérateurs et parasympathique modérateur.
La boucle de régulation contribue à maintenir la pression artérielle dans d'étroites limites autour d'une certaine valeur. A l’effort, l’organisme s’écarte de cette situation standard.
Blood pressure is a size controlled by several parameters. For example, there is a reflex control loop of heart rate (which depends on blood pressure through the flow) :
- Sensors (baroreceptors) are sensitive to the value of blood pressure;
- Bulbar center integrates information from baroreceptors and modulates nerve signals in the direction of the effector (heart);
- Information is transmitted from the center to the effector by orthosympathetic and parasympathetic nerves.
The feedback loop helps to maintain blood pressure within narrow limits around a certain value. During the effort, the body deviates from this standard situation.



C/ pour-suivre

- Animation « la régulation du fonctionnement cardiaque » : http://www.ac-creteil.fr/biotechnologies/doc_heartregulation.htm
- simulation de la régulation du rythme cardiaque : http://svt.ac-creteil.fr/spip.php?article630

mardi 23 février 2016

§ comment la glycémie est-elle régulée ?

§ comment la glycémie est-elle régulée ?

A8 : Expérience historique de Claude Bernard / foie lavé

© TSS TP foie lavé.odt

A9 : observation de coupes foie et pancréas / µscop

acinus = ensemble de cellules autour d'un canal (pancréatique) sécrétant une substance dans le milieu extérieur (tube digestif) = cellules exocrines
îlots de Langerhans = ensemble de cellules sécrétant dans le milieu intérieur (sang + lymphe + liquide intersticiel) = cellules endocrines
cellules alpha, en périphérie, productrices de glucagon,
cellules béta au centre, productrices d'insuline,

quelles étapes in vivo ?

A2 : Electronographie du phénomène in vitro / MET

© \Synthese proteines MET.odg
Diapo : synthese_proteines_MET.odp
transcription et phénomène d'amplification. (manuel p.41)
transcription : fabrication d'ARN à partir d'ADN
3 étapes : initiation - élongation – terminaison
amplification
traduction et phénomène d'amplification. (manuel p.45) :
traduction : fabrication de polypeptide à partir d'ARN
en 3 étapes : initiation - élongation – terminaison
amplification
ribosomes, poly(ribo)somes
autres photos :
maturation

B : schématisation sur la synthèse des protéines

© synthese_proteines_schbil.odg
Diapo synthese_proteines_schbil.odp
Diapo des détails synthèsedesprotéines :
brin codant de l’ADN→ ARNpm → ARNm → polypeptide → protéine
transcription, maturation, traduction, maturation

phénomène Transcription Traduction Réplication = duplication
plan de fabrication ADN brin transcrit ARNm brin codant ADN entier
matière première ribonucléotides AUGC 20 acides aminés désoxyribonucléotides ATGC
machine ARN polymérase Ribosome ADN polymérase
produit ARN polypeptide ADN entier
localisation nucléoplasme cytoplasme nucléoplasme

A3 : Animations virtuelles sur la synthèse des protéines / web

anim° complète avec facteurs de régulation (2'04'') : http://www.youtube.com/watch?v=bk7PW1FKMTI&feature=related
chorégraphie originale sur synth protéique (13'11''): http://www.youtube.com/watch?v=u9dhO0iCLww&feature=related

B232 : la synthèse des protéines

Les portions codantes de l’ADN comportent l’information nécessaire à la synthèse de chaînes protéiques issues de l’assemblage d’acides aminés.
Chez les eucaryotes, la transcription est la fabrication, dans le noyau, d’une molécule d’ARN pré-messager, complémentaire du brin transcrit de l’ADN.
Après une éventuelle maturation, l’ARN messager est traduit en protéines dans le cytoplasme.
Un même ARN pré-messager peut subir, suivant le contexte, des maturations différentes et donc être à l’origine de plusieurs protéines différentes.
La séquence des nucléotides d’une molécule d’ADN représente une information. Le code génétique est le système de correspondance mis en jeu lors de la traduction de cette information. À quelques exceptions près, il est commun à tous les êtres vivants.

lundi 22 février 2016

Les gènes des lève-tôt

Les femmes et les personnes âgées seraient plus matinales que les hommes. C’est en partie génétique : on a découvert 15 gènes associés à ce rythme de vie.

se lever avec le soleil
© Darren Baker / Shutterstock.com

[BLOG] Post 18 : Des bactéries qui surfent dans l'espace

Serpent à pattes

Un serpent disposant de quatre petites pattes a été identifié à partir d'un fossile entreposé au musée de Solnhofen, en Allemagne. Le Tetrapodophis amplectus, qui vivait au début du Crétacé (125-112 millions d'années), illustre comment certains lézards ont évolué et progressivement perdu leurs membres.
D.M.Martill et al., Science, 349, 416, 2015.
http://www.larecherche.fr/actualite/archeologie/serpent-a-pattes-01-09-2015-201154

Épigénétique : comment atteindre des gènes inaccessibles ?

Des biologistes ont mis en évidence le fonctionnement des "remodeleurs de chromatine", des enzymes-clé dans les cellules. Ils ont découvert comment le matériel génétique, compacté dans le noyau de la cellule doit être remodelé pour permettre à la machinerie cellulaire d'accéder aux gènes. Ces travaux pilotés par des chercheurs d'un laboratoire CEA/CNRS/Université Paris-Sud, dans le cadre d'une collaboration internationale avec l'Université de l'Etat de Pennsylvanie (USA) et l'Université de Guangzhou (Chine), paraissent dans Nature le 4 février (en ligne le 27 janvier).

Les soins parentaux existaient déjà il y a 500 millions d'années

Parmi les premiers animaux marins, certains couvaient déjà leurs œufs, protégeant la croissance de leurs embryons. C'est la découverte que viennent de faire deux paléontologues en réexaminant, avec des techniques d'imagerie et d'analyse chimique poussées, des fossiles de Waptia fieldensis, un petit arthropode ressemblant à une crevette, découvert il y a un siècle dans les schistes de Burgess, un site fossilifère exceptionnel de l'ouest du Canada. Il vivait il y a environ 500 millions d'années, à l'époque où sont apparus la plupart des grands groupes d'animaux actuels, ce qui montre que les comportements de soins parentaux sont apparus très tôt dans l'évolution des animaux. Issus d'une collaboration entre le Laboratoire de géologie de Lyon : Terre, planètes et environnement (CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1/ENS de Lyon), le Musée royal de l'Ontario et l'Université de Toronto au Canada, ces travaux sont publiés le 17 décembre 2015 dans la revue Current Biology.

Le "réseau social" planctonique de la pompe à carbone biologique dévoilé

L'océan est le plus important puits de carbone de la planète. Une équipe interdisciplinaire réunissant des océanographes, des biologistes et des informaticiens, principalement du CNRS, de l'UPMC, de l'Université de Nantes, du VIB, de l'EMBL et du CEA vient de décrire le réseau d'organismes planctoniques impliqué dans ce puits de carbone. Le catalogue d'organismes planctoniques collectés durant l'expédition Tara Oceans livre ainsi peu à peu ses secrets : aujourd'hui, la première vision globale du réseau d'espèces liées à la pompe biologique des océans a mis en lumière de nouveaux acteurs et les principales fonctions bactériennes concernées dans ce processus. Elle a été obtenue en analysant des échantillons récoltés lors de l'expédition de la goélette Tara, dans des zones pauvres en nutriments, qui couvrent la plus grande partie des océans. Les scientifiques ont également démontré que la présence d'un petit nombre de gènes bactériens et viraux prédit la variabilité de l'export de carbone vers les profondeurs océaniques. Ces découvertes permettront notamment aux chercheurs de tester la robustesse de ce réseau face aux perturbations climatiques et les conséquences sur la pompe à carbone biologique. Publiés le 10 février 2016 sur le site de la revue Nature, ces travaux soulignent l'importance du plancton dans la machine climatique.

La morphologie interne du crâne de l'Homme de Florès nous renseigne sur ses origines

Les caractéristiques physiques de l'Homme de Florès, découvert en 2003, sur l'île indonésienne du même nom, restent une source d'interrogations pour la communauté scientifique. Antoine Balzeau1 du laboratoire Histoire naturelle de l'Homme préhistorique (CNRS/MNHN/Université de Perpignan Via Domitia) et Philippe Charlier2 ont réalisé l'étude microtomographique du crâne du spécimen type de l'espèce Homo floresiensis (baptisé LB13). Leurs résultats, publiés le 15 février 2016 dans le Journal of Human Evolution, montrent que ce crâne ne présente aucun signe de pathologie connue chez Homo sapiens. Ses caractéristiques permettent d'exclure ce fossile de notre espèce et montrent plus de ressemblances avec Homo erectus.

Le microbiote intestinal : un nouvel allié pour une croissance optimale

Le microbiote intestinal est nécessaire à une croissance post-natale optimale et contribue à la détermination de la taille des individus adultes, notamment en cas de sous-alimentation. L'élément clé de cette relation est le facteur de croissance Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) dont la production et l'activité sont en partie contrôlées par le microbiote. C'est ce que viennent de démontrer, chez la souris, des chercheurs de l'Institut de génomique fonctionnelle de Lyon (CNRS/ENS Lyon/Université Claude Bernard Lyon 1), du laboratoire CarMeN (Inserm/Inra/Université Claude Bernard Lyon 1/Insa Lyon)1, et de l'unité BF2I (Inra/Insa Lyon)2. Ces résultats, publiés le 19 février 2016 dans Science en collaboration avec des chercheurs de l'Académie des sciences de la République tchèque, montrent de plus que certaines souches de bactéries intestinales, appartenant à l'espèce Lactobacillus plantarum, peuvent favoriser la croissance post-natale des animaux, ouvrant ainsi une nouvelle piste pour lutter contre les effets délétères de la sous-nutrition chronique infantile.

§ Quelle est l'évolution de l'homme ?

A5 : Comparaison de crânes de différents hominidés / moulages + logiciel Mesurim

© tableau de comparaison lignée humaine
craniometrie.pdf
TS_TP_ligneeH_cranes.doc
Positionner le crâne de façon à obtenir les points de repère corrects
Faites une capture d’image dans « Mesurim »
Avec le logiciel « Mesurim » effectuer les mesures selon les indications des fiches techniques « crâniométrie » et « effectuer des mesures sur les crânes avec « Mesurim » »
Comparer vos résultats au tableau de comparaison des fossiles de la lignée et déterminer si ce fossile appartient à la lignée humaine. Si oui où le situer ?
télécharger fiche technique de craniométrie : http://svtolog.free.fr/IMG/pdf/craniometrie.pdf
télécharger un tableau de comparaison: http://svtolog.free.fr/IMG/pdf/ligneets.pdf
face réduite, trou occipital, mandibule parabolique, capacité crânienne


A6 : Comparaison des genres Homo et Pan / do© www

© Homo Pan.odg
Homo sapiens, chimpanzé, chronologie d'expression de certains gènes, développement pré et postnatal,
Néoténie

AM : Revue de presse sur l'évolution de l'homme / articles scientifiques

Homo sapiens Presse Sc.odt
2001-2012 : l'évolution de l'homme, revue de presse : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/html/peda/svt/evolhom/default.htm#KLINK
21/04/2010 Une nouvelle espèce d'australopithèque pourrait être à la racine du genre Homo..http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/a/actualite-un-australopitheque-si-humain-24963.php
29/09/2010 film « Ao, le dernier Neandertal » : http://www.larecherche.fr/content/actualite-archeologie/article?id=28469
06/10/2011 Neandertal, « notre nouvel ancêtre » : http://www.larecherche.fr/content/actualite-sapiens/article?id=30599
3/11/2011 L'Homme moderne arrivé en Europe plus tôt que prévu : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/2336.htm
15 février 2016 : morphologie interne du crâne de l'Homme de Florès nous renseigne sur ses origines : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/4421.htm
premiers primates - 65 à -50 Ma
DAC avec les chimpanzés -10 à -7 Ma

A7 : Conclusion philosophicoscientifique / videoconférence

Michel Morange – L’Homme et le Singe – écouter la conclusion http://www.canalu.tv/video/universite_de_tous_les_savoirs/l_homme_et_le_singe_michel_morange.3800

B24 : Un regard sur l'évolution de l'Homme

Homo sapiens peut être regardé, sur le plan évolutif, comme toute autre espèce. Il a une histoire évolutive et est en perpétuelle évolution. Cette histoire fait partie de celle, plus générale, des primates.
D'un point de vue génétique, l'Homme et le chimpanzé, très proches, se distinguent surtout par la position et la chronologie d'expression de certains gènes. Le phénotype humain, comme celui des grands singes proches, s'acquiert au cours du développement pré et postnatal, sous l'effet de l'interaction entre l'expression de l'information génétique et l'environnement (dont la relation aux autres individus).
Les premiers primates fossiles datent de - 65 à -50 millions d'années. Ils sont variés et ne sont identiques ni à l'Homme actuel, ni aux autres singes actuels. La diversité des grands primates connue par les fossiles, qui a été grande, est aujourd'hui réduite.
Homme et chimpanzé partagent un ancêtre commun récent (DAC -10 à -7 Ma). Aucun fossile ne peut être à coup sûr considéré comme un ancêtre de l'homme ou du chimpanzé. Le genre Homo regroupe l'Homme actuel et quelques fossiles qui se caractérisent notamment par une face réduite, un dimorphisme sexuel peu marqué sur le squelette, un style de bipédie avec trou occipital avancé et aptitude à la course à pied, une mandibule parabolique, etc... La production d'outils complexes et la variété des pratiques culturelles sont associées au genre Homo, mais de façon non exclusive. La construction précise de l'arbre phylogénétique du genre Homo est controversée dans le détail.

B24/ Schéma ©

Mots clefs : Homo sapiens, chimpanzé, chronologie d'expression de certains gènes, développement pré et postnatal , l'information génétique et l'environnement
premiers primates - 65 à -50 Ma
ancêtre commun, face réduite, dimorphisme sexuel, bipédie, trou occipital, course à pied, mandibule parabolique
Production d'outils, pratiques culturelles
arbre phylogénétique
lignee humaine.doc
TS-schbil-Homonids.JPG

C : Sitographie hominienne / WWW

Lucy.odp
\06 Lucy.mp3
ma fille Lucy / Juliette Nouredinne :

Ma fille Lucy
Me donne bien du souci,
Un peu bipède, un peu bimane,
Super hypertrophiée du crâne.

Elle a pas de poils, elle est toute blanche,
Elle refuse de grimper aux branches.
Pis elle a de drôles de manières,
Debout sur ses pattes de derrière.

Foi d´animal, c´est pas normal
De se tenir à la verticale.
C´est pas logique, c´est pas joli.
C´est pas pratique, c´est malpoli.

Ce qui manque à mademoiselle,
C´est l´autorité paternelle.
Son père, son père, n´en parlons plus :
Y´a longtemps que j´ai fait une croix dessus.

Y m´avait dit : "Bouge pas, attends,
Je n´en n´ai pas pour bien longtemps.
Je vais au mammouth et je reviens."
Et depuis ce jour là, plus rien.

Ma fille Lucy
Me donne bien du souci.
Il faut que je fasse bien attention
A surveiller ses relations.

Avec son cousin elle fricote.
Y font que traîner dans les grottes.
Ils s´amusent avec la peinture
A faire des dessins sur les murs

Mais partout où ils sont passés,
Je les oblige à tout effacer.
Une caverne, on doit la laisser
Dans l´état où on l´a trouvée

Et ce cousin, moi, il m´inquiète :
Lui aussi, il a une grosse tête.
Quand il la prend entre ses pattes,
Que dubitatif, y se la gratte,

Il reste inactif accroupi.
Alors, il dit qu´il réfléchit.
Y voudrait que sa vie ait un sens.
Môssieu cogite, Môssieu pense!

Elle est jolie,
La jeunesse d´aujourd´hui.
A part barbouiller les parois,
Ça veut rien faire de ses vingt doigts.

Ils trouvent qu´un coït trop furtif,
C´est dépassé, c´est primitif.
Ils parlent de préliminaires.
Les voilà allongés par terre,

Assis, de dos, en suspension.
J´ai compté trente-deux positions.
En voilà des acrobaties,
Tout ça pour nous faire un petit.

Je risque d´être la grand-mère
D´un factieux révolutionnaire,
Un singe savant, un surdoué.
Ça serait pas prudent de le garder.

Pas de sapiens, pas d´erectus.
Tuons dans l´oeuf le processus.
Pour nos générations futures,
Il faut préserver la nature.

Ma fille Lucy
Me fait des facéties.
Elle joue les apprenties sorcières
Et prétend qu´il faut changer d´ère.

Je la freine dans ses expériences,
Histoire de lui faire prendre conscience
Que, si on n´arrête pas le progrès,
Ça risque de dégénérer.

Je suis son comité d´éthique
Paléo-déontologique,
La sagesse réactionnaire
Centriste du quaternaire.

J´assure la pérennité
De notre subhumanité.
Si je ne veille pas au grain,
L´Apocalypse est pour demain.

Aussi vrai que la terre est plate,
L´avenir est à quatre pattes.
On maîtris'ra l'feu des volcans
Quand les poules n´auront plus de dents.

D´un coup précis,
J´ai trucidé Lucy.
J´en aurai bien fait un gueuleton
Mais j´ai peur de l´indigestion.

A mon avis,
C´est pas d'main l´autopsie.
Son cadavre, où je l´ai planqué,
On n´est pas près de l'retrouver.