vendredi 29 novembre 2024

2/ climat mésozoïque = ère secondaire = Trias – Jurassique - Crétacé

Manuel p.304

la zone de répartition des coraux remonte au-delà des latitudes 30°N et 30°S, ce qui indique une étendue plus importante des zones équatoriales et tropicales par rapport à l’actuel. Il faut donc tenir compte de cette observation pour l’interprétation des données des autres documents de cette étude.

Concernant les évaporites du Crétacé : on les trouve aujourd’hui en Amérique du Sud, en Afrique du Nord et du Sud mais aussi en Inde et en Chine. Ces continents avaient une répartition géographique différente au moment de la formation de ces roches, ils occupaient des latitudes plus hautes. les évaporites se forment en climat aride, ce qui signifie que des climats arides devaient régner au Crétacé aux hautes latitudes, traduisant une époque plus chaude que l’actuel.

Le même raisonnement peut être mené à l’identique pour les autres roches. Leurs conditions de formation sont déterminées par principe d’actualisme et l’on sait sous quel climat elles se forment. En connaissant la position des continents au Crétacé, donc le lieu de formation des roches, on peut connaître les conditions climatiques qui régnaient à telle latitude à cette période, donc caractériser l’étendue des zones climatiques et, par extension, la moyenne des températures terrestres définissant le Crétacé comme une période chaude.

La teneur en CO2 de l’atmosphère par rapport à la teneur actuelle. On constate que cette concentration atmosphérique est 5 fois plus élevée au Crétacé qu’actuellement, ce qui laisse penser que l’effet de serre important qui en découle a nécessairement engendré une augmentation des températures. L’une des hypothèses concernant ce taux élevé de CO2 est que ce dernier serait issu de l’activité volcanique intense des dorsales océaniques. Ainsi, le fractionnement de la Pangée et son accentuation au Crétacé engendre un dégazage de CO2 dans l’atmosphère, lui-même responsable d’une augmentation de l’effet de serre et, par conséquent une élévation des températures.

la mise en place du courant circumpolaire grâce à l’ouverture du détroit de Drake, il y a 35 millions d’années c’est-à-dire après le Crétacé. Ce courant est considéré comme un super-régulateur des températures océaniques mondiales et, par entraînement, un régulateur climatique. Actuellement, il permet le mélange rapide, à l’échelle des temps géologiques, des eaux en provenance des trois océans à répartition latitudinale importante. Ce qui a pour effet de niveler les températures dans l’espace et dans le temps.

Au Crétacé, la liaison entre l’Amérique du Sud et l’Antarctique, visible sur le document , ne permet pas la mise en place d’un tel courant. Les eaux de chaque océan ne se mélangent pas et n’ont pas le temps de se refroidir en tournant pendant un certain temps aux hautes latitudes soumises à de faibles températures. Il en résulte sans doute une augmentation de la température des océans, ce qui aura également un impact sur la température de l’atmosphère. Ces deux phénomènes, servant ici d’exemples, ne sont pas exhaustifs et ont même très certainement agi en synergie. Ils sont tous deux induits par la tectonique des plaques qui, en fragmentant la Pangée, transforme la face du monde et l’équilibre fragile qui régnait précédemment.

+

Tectoglob3D : https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/tectoglob3d/

Pour afficher la carte, sélectionner « données affichées » puis « calques intégrés » puis « Âge du plancher océanique ». Pour effectuer les mesures, sélectionner « Actions » puis « Mesurer une longueur ».

Quelques valeurs obtenues sur Tectoglob3D pour l’océan Atlantique :


Jurassique

Crétacé

Cénozoïque

Durée (Ma)

40

40

60

Largeur des fonds créés (km) à +25°N

970

1 550

1 800

Vitesse moyenne d’expansion (km/Ma)

24

39

30

Largeur des fonds créés (km) à –35°S

650

2100

2470

Vitesse moyenne d’expansion (km/Ma)

16

53

41

Utiliser les connaissances acquises sur la géodynamique interne et la tectonique des plaques pour comprendre leur rôle sur le climat et mettre en relation la nature des roches formées avec les paléoclimats du Crétacé.

modèle explicatif du climat au Crétacé :

  1. époque de séparation des masses continentales

  2. Fort taux d'expansion océanique traduisant une forte activité magmatique des dorsales

  3. dégazage de CO2 au niveau des dorsales

  4. Augmentation de la teneur atmosphérique en CO2

  5. Augmentation de l'effet de serre

  6. Réchauffement global


Au Mésozoïque, pendant le Crétacé, les variations climatiques se manifestent par une tendance à une hausse de température.

Du fait de l’augmentation de l’activité des dorsales, la géodynamique terrestre interne semble principalement responsable de ces variations.

3/ climat cénozoïque = ère tertiaire = paléo-néogène

Manuel p.302

jeudi 28 novembre 2024

Consignes

  1. Choisir une séquence et prendre place dans le tableau partagé en ligne : https://lite.framacalc.org/ozy810bsvn-abaa

  2. Identifier des sequences inconnues (ci-dessous) en utilisant le logiciel en ligne Blast (Basic Local Alignment Search Tool) : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi et en suivant le protocole “tutoriel-blast”. Noter le nom de l’organisme planctonique identifié.

  3. Faire une recherche internet sur le plancton identifié et réaliser une fiche d’identite du plancton en y figurant : nom, Genre, espece, taxon (phyto/ zooplancton…) et photo.

  4. Calculer la taille du plancton.

  5. Compléter votre ligne dans le tableau partagé

Production attendue

  • inscription sur tableau partagé en ligne : https://lite.framacalc.org/ozy810bsvn-abaa

  • identification du plancton grâce au logiciel en ligne : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

  • mise en commun des organismes identifies : depot des fiches d’identite sur tableau partagé.

  • Par la suite, il est possible de quantifier la biodiversite et d’établir un lien entre la presence de certains types de plancton et les caracteristiques physico-chimiques du milieu

Numéros

Séquences ADN à identifier

1

CGGGAAGTTGTCCAAACCTTATCATTGAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

2

CGGCTGGAGAACCAGCTGCGGCGCCGCAGTCCGGGGGCCTCACCGGATCATTCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

3

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACACCTTCTCCTTCCTCTAGATGATAAGGATTGGGTGACTTCCCGGCGCAGC

4

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGGCTTCTCCCTCCTTTAAATGATAAGGTTCGGACAGCCTCCCGCGGCGTCGCGG

5

CGCGGCTGGAGAACCAGCTGCGGCGCCGCAGTCCGGGGGCCTCACCGGATGATTCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

6

TTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGATTGCACCAGAAGTGGATAGTCTAACCTTCGGGAGGACGTTCACCACGGTGTGGTTCATGACTGGGTTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCCGAAGG

7

TTTTCCACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGATTGCACCAGAAGTGGTTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGATCACCACGGTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTTGTAACAAGGTAGCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGG

8

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGCTACCTTGTTACACCCTCACCCCAGTTGCTGAGCTCACC
GTGGTCCGCTGCCCCCTCGAAAGGTTGGCGCACGGCCTTCGGGTAAACCCAACTC

9

CTACCTTGTTACGACTTCCCCCCAGTCGCTGAGCTCACCGTGGTCCGCTGCCTCCTCGAAA
GGTTGGCGCACGGCCTTCGGGTGAACCCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAA

10

CCTCCCGCAGGTTCACCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCCCCCCAGTCATGAACCACACC
GTGGTGATCGCCCTCTTGCGTTAGGCTAACCACTTCTGGTGCAGTCCACTCCCATGGTGTG
ACGGGCGGTGTGTACAA

11

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTAC

12

TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAGTGTTTTAGTGAGGTCCTCGGATTGCCTTCCTGGCGGTTAACCCTGCCTCGTTGGCGAAAAGACGACCAAACTGTAGCACTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGG

13

CCTTCCACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAAAGTATTAGTCCGGTCCTCGGACTGTTT
GCCTGGCGGATTACTCTGCCTGGCTGGCGGGCAGACGACCAAACTGTAGCGTTTAGAGGA
AGTAAAAGTCGTA

14

GATTGAACGTTGTAGTGAGGTCCTCGGACTGTTTGCCTGGCGGATTACTCTGCCTGGCTGGCGGGAAGACGACCAAACTGTAGCGTTTAGAGGAAGTGAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

15

GAGCGGTCGAACCGTTGGATTATTCCTCCGATCGCCGTTTGGAAAGATCGCCGAGCTCGACCGTTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTATCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

16

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCACCTTCCTCTAAATGATAAGGTTTAGACAAGATCTCGCGACAAACTCCCAATAAAGGGAACTCGCCACAATCCCGAGGCTTCACCGGACCATTCAATCGGTAGGTGCGACGGGCGGTGTGTACAA

17

GAGTGTTCCGGTGAAGCCTCGGGATTGTAGTTGGGTTCCTTTATTGGATCCTGACCGCGA
GAACCTGTCTAAACCTTATCACTGAGAGGAAGGTGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGGGAACCTGCAGAAGG

18

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACAACATCACCTTCCTCTAAATGATAAGGTTTAGACAAGTTCTCGCGACAAACTCCCAATAAAGGGAACTCGCCACAATCCCGAGGCTTCACCGGACGTTTCAATCGGTAGGTGCGACGGGCGGTGTGTACAA

19

TTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAGGAGTCGAGATTGTGGCTTGGTTCCTTTATTGGGACTTGGCCGCGAAAACTTTTCCGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGTGAAGGCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGG

20

CCACAATCCCGACGCCTCACCGGACCATCCAATCGGTAGGTGCGACGGGCGGTGTGTACAA

21

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGCCTTCTCCTTCCTCTAAGTGTCAAGATTCACCAAACTTTCCGCAGCAATATTCAGGAACTGAAAATTGCAGCAGTCCGAATTATTCATCGGGACACTCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

22

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCACCTTCCTCTAGAT

23

CATTTAGAGGAAGTGGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGG

24

TTGTACGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTATA

25

TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGC

26

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTCCACCATCCCCTTCCTCTAAACGATGAGGATTCCACAAGATCCCACGGAAGCGCATCCAATCAAGGACGCGCAGCCACGGTC

27

TTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGAT

28

TTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTG

29

GTTGCGAGAAGTTGAGTGAACCTTATCACTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

30

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCACCTTCCTCTAAATGATGAGGTTTAAATAACTTCCCACTGTCTAGTCGCCCGAAGGTGTCTTGACTGCGGTCCGAGAGTTTCACCGAATCATTCAATCGGTAGGTGCGACGGGCGGTGTGTACAA

31

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCTCCTTCCTCTAGGTGGGAGGGTTTAATGAACTTCTCGACAGCCAAGGGCGGAAACCGCCCAAAGCCGCCAATCCGAGCATTTCACCAGCACACCCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

32

ATCCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

33

TTTTCCACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAATCTTCGGATTGCTGACCTTTGCATTCACGTGCTTTGGTTGCGAGAAGTTGATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

34

TGTTCCACACCGCCCGTCGCTCCTACCAATTGATTCGACCGTTGCAATCTTCGGATTGCTGACCTTTGCATTCACGTGCTTTGGTTGCGAGAAGTTGATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAG

35

GATTGCTGAACTTTGCAGTGACGTGTGTTGGGTGCGAGAAGTTGGTTGAACCTTATCATGTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCAGAAGG

36

TCTTCCACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGATACGACCCGTCAAATCTTCGGATTGCTGACCTTTGCATACACGTGCTTTGGTTGCGAGACGTTGATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGT

37

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCTCCTTCCTCTAAATGTTAAGGTTCAATCAACTTCTCGCAACCAAAGCACGTGAATGCAAAGGTCAGCAATCCGAAGATTTCACAGGACCATTCAATAGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

38

CGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTCCGGTGAGAACTCTGGATTGCGGTTGATGTGCCGGTCTCCGGTGCATGACTGCGAGAAGTTGATCGAACCTTATCATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGG

39

CCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACACCATCACCTTCCTCTAGATGATAAGGTTCAGACAAGATCTCGCGGCCACGCCCCAATAAAGCAGC

40

TCACCAGCTCATCCAATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

41

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACAACTTCTCCTTCCTCTAAATAATCTAGTTTGCAAATTTTAATCGTAATGTTGTCTATCAGTAAGTTAACTCCTCATCTAATTCAATCACTAACTTATCCGATCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA

42

CCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTATGACATCTCCTTCCTCTAAGTGATAAGGTTCACTAAACATTCCGCTGCAACTTCCAGAATCTGAAAAATGCATCAGTCCGAGTTATTCACCGGATCACTCACTCGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAA


https://fondationtaraocean.org/education/kit-de-donnee-biogeographie-du-plancton/

4/ Metagenomique

video 3'35 : https://youtu.be/Vn7Oi854X1k?si=gs62gcwzDvYfS9f8 Interview de Patrick Wincker, directeur du Génoscope, qui nous parle de l'analyse ADN. Réalisé dans le cadre de « Coulisses de laboratoire », une opération Tara qui vous plonge au cœur de l’investigation scientifique en plaçant au premier plan les instruments utilisés par les chercheurs. "

La métagénomique consiste à étudier l’ADN total d’un échantillon issu du sol, de l’eau de mer, etc ... en le séquençant puis en le comparant aux ADN d’espèces déjà connues. Ainsi, on repère des espèces déjà connues, on peut découvrir de nouvelles espèces.

Génomique : se charge du séquençage du génome entier

méta : dans un milieu donné, donc de multiples taxons

métagénomique = génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes

objectifs : identifier + découvrir + quantifier

Cette méthode permet de déterminer la richesse spécifique ( nombre d’espèces d’un milieu donné), et l’abondance relative des espèces ( proportion d’individus d’une espèce par rapport au nombre total d’individus d’un écosystème)

Le barcoding moléculaire consiste à identifier une espèce en comparant une courte séquence de son ADN à toutes les séquences connues d’ADN rassemblées dans une banque de données, comme si l’on « scannait » son code-barres génétique. En comparant toutes les séquences d’ADN retrouvées dans un échantillon d’eau ou de sol à cette banque de données, les chercheurs peuvent identifier les espèces qui se trouvent dans cet échantillon : c’est le metabarcoding. Ces méthodes sont cependant coûteuses et ne peuvent pas remplacer complètement les reconnaissances sur le terrain.

https://www.courrierinternational.com/article/genetique-un-elephant-piege-dans-une-toile-d-araignee

https://www.hatier-clic.fr/2959900

https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

http://v3.boldsystems.org/index.php/SDP_Home

https://prezi.com/p/r_96yfffspcp/expose-metagenomique/

identifier un taxon à partir d’une séquence ADN :

https://fondationtaraocean.org/education/kit-de-donnee-biogeographie-du-plancton/

https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724

Métagénomique, génomique, séquençage, barcoding & metabarcoding

La biodiversité se mesure par des techniques d’échantillonnage (spécimens ou ADN) qui permettent d’estimer le nombre d’espèces (richesse spécifique) dans différents milieux.

Tara publications : https://sunagawalab.ethz.ch/web/taraoceans.php

virtual cartoon : https://planktos.fondationtaraocean.org/menu-english.html

Video 8'50 : https://youtu.be/MDgo9sMJxKs a Seeing America The painting that inspired a National Park : 26 Feb 2020 Thomas Moran, Grand Canyon of the Yellowstone, 1872, oil on canvas mounted on aluminum, 213 x 266.3 cm (Smithsonian American Art Museum, Lent by the Department of the Interior Museum, L.1968.84.1)

practical work : scketching Lectoure to improve geologist artist

3,1,3/ Climats du passé

1/ climat paléozoïque = ère primaire : Cam Or Si De Ca Pe

Reconstituer l’extension de la glaciation permienne à partir de la distribution des tillites.

Reconstituer un paléoclimat local à partir d’une variété d’indices paléontologiques ou géologiques en tenant compte de la paléo-latitude (ex : paléobiocénose des forêts carbonifères de Montceau-les-Mines par rapport à d’autres indices localisés à d’autres endroits de la planète).

Manuel p.306

Tillite : (moraine consolidée) conglomérat d'origine glaciaire, constitué d'éléments mal classés, emballés dans une matrice argilo-sableuse, signalant une période de glaciation.

Moraine : amas de débris rocheux, érodé et transporté par un glacier ou par une nappe de glace.

https://www.pourlascience.fr/sd/geosciences/le-mystere-des-pierres-mouvantes-elucide-11998.php

écosystème = biotope + biocénose

La forêt marécageuse de Montceau-les-Mines il y 300 millions d'années : http://blog.ac-versailles.fr/stratetik/public/e_education/XiaMontceau_les_Mines/XiaMontceau_les_Mines/La_foret_mareca_material.html

reconstitution paléotectonique : https://dinosaurpictures.org/ancient-earth/view/Dacentrurus#0

en video : https://youtu.be/g_iEWvtKcuQ?si=HG4lMJWCiJ4D8fmJ

principe d’actualisme

"Théorie postulant que les lois régissant les phénomènes géologiques actuels étaient également valables dans le passé" Foucault & Raoult Dictionnaire de Géologie, Masson.

La paléoécologie (paléo = ancien) se base fréquemment sur l'écologie des espèces actuelles pour reconstituer un paléoenvironnement. Par exemple, la découverte de Foraminifères planctoniques ou de Radiolaires  dans une strate conduira à émettre l'hypothèse que les sédiments qui les contiennent se sont déposés en milieu marin. En effet, les espèces actuelles correspondantes sont sténohalines (= vivant dans une eau à salinité bien définie) et ne se rencontrent pas dans des eaux peu ou pas salées.

Un tel raisonnement implique d'admettre que les espèces considérées vivent actuellement dans le même milieu que par le passé. L'hypothèse formulée doit être testée par confrontation avec les autres indices dont on dispose (minéralogiques, lithologiques...)

Certaines espèces peuvent alors être considérées comme des témoins de milieux de sédimentation : on parle alors de fossiles de faciès.

Exemples d'application du principe d'actualisme :

https://svt.ac-versailles.fr/IMG/archives/docpeda/banques/Limay/docs/actualis.htm

Au Paléozoïque, des indices paléontologiques et géologiques, corrélés à l’échelle planétaire et tenant compte des paléolatitudes, révèlent une importante glaciation au Carbonifère-Permien. Par la modification du cycle géochimique du carbone qu’elles ont entraînée, l’altération de la chaîne hercynienne et la fossilisation importante de matière organique (grands gisements carbonés) sont tenues pour responsables de cette glaciation.

mercredi 27 novembre 2024

1,2,1/Transformations biochimiques de matière organique

matière organique = contient C-H, molécules du vivant

le pain, le vin, le cidre et la bière sont produits grâce à un champignon, la levure Saccaromyces cerevisiae.

Comment cet organisme vivant permet-il les transformations utilisées par l’homme depuis des millénaires ?

? Écrivez les recettes, sous forme d’équations chimiques, de ces transformations biologiques

: farine + eau + levure → → pain (bulles gaz)

: raisin + levure → vin (alcool (éthanol))

: pomme + levure → cidre (alcool (éthanol) + gaz (mousse))

: malt + houblon + eau + levure → bière (alcool (éthanol) + gaz (mousse))

26 novembre

1/ Observation de levures au microscope

Observation au microscope photonique puis éléctronique (document)

organites : mitochondries, vacuole, ...

cytoplasme = cytosol + organites

2/ Mesures du métabolisme des levures

? Mettre en oeuvre des expériences pour identifier les substrats et produits du métabolisme.

Expérience avec rouge de crésol : dessinez le montage expérimental

2KOH + CO2 → K2CO3 + H2O

Le rouge de crésol a la propriété de changer de coloration lorsque le pH varie (jaune en milieu acide, violet en milieu basique). C'est ce qu'on appelle un indicateur coloré de pH.

Expérience avec eau de chaux

L’eau de chaux est une solution saturée d’hydroxyde de calcium Ca(OH)2, produite en mélangeant de la chaux aérienne à de l’eau. La chaux se dissout (faiblement) dans l’eau et le filtrat obtenu constitue l’eau de chaux.

L'eau de chaux se trouble en présence de dioxyde de carbone CO2, qu'elle met en évidence. Le précipité blanc ainsi formé est du carbonate de calcium CaCO3. La réaction est la suivante :

Ca(OH)2 + CO2 → CaCO3 + H2O

ou, en écrivant les espèces sous forme ionique :

Ca2+ + 2 HO + CO2 → CaCO3 + H2O

Comptage des résultats d’une expérience

Montage ExAO, interprétation et conclusion de l’expérience

animation à compléter : https://svtanim.fr/besoins_cellules.htm

Métabolisme : respiration et fermentation

Pour assurer les besoins fonctionnels d’une cellule, de nombreuses transformations biochimiques s’y déroulent : elles constituent son métabolisme. Métabolisme = ensemble des réactions chimiques de dégradation (catabolisme) et de synthèse (anabolisme) de molécules dans une cellule

Quick et Flupke - tout va bien - 01

7/ Sédimentologie

Manuel p.299

TP observation de microfossiles au microscope


Le carottage consiste à récupérer un volume (souvent un cylindre) de sédiment en place, c'est-à-dire enconservant l’intégrité et la position des différentes couches qui le composent. Le principe est simple : on fait entrer un tube creux dans le sédiment puis on le remonte. Les carottes sont coupées en deux dans la longueur : une moitié est utilisée pour analyse,

l’autre est conservée pour archive.


Il existe ainsi plusieurs carothèques dans le monde, dont une au CNRS à Gif sur Yvette.

Les carottes sont étiquetées, emballées dans un film plastique et protégées dans un tube en plastique.

Les carottes sont coupées en deux dans la longueur : une moitié est utilisée pour analyse, l’autre est conservée pour archive.

Il existe ainsi plusieurs carothèques dans le monde, dont une au CNRS à Gif sur Yvette.

Les carottes sont étiquetées, emballées dans un film plastique et protégées dans un tube en plastique.

Sur le navire sont réalisées différentes observations et mesures :

  • Description de la carotte

  • Analyse spectrale

  • Photographie

  • Analyse des propriétés physiques

  • Echantillonnage

  • Observation de la fraction supérieure à 150µm, après lavage et tamisage (observation des microfossiles)

Plus tard à terre, d’autres études pourront être réalisées à partir des carothèques.

Différentes équipes vont sur le même échantillon obtenir des données diverses et complémentaires qui vont permettre de reconstituer les conditions du dépôt : les assemblages de fossiles, les concentrations en diverses isotopes, la nature des sédiments…

On pourra retrouver la température de l’eau, le sens du courant…


Les boues sont des sédiments fins (grain ≤ 64µm).

En domaine océanique, on distingue :

— les boues calcaires, à Globigérine,

— les boues siliceuses, à Radiolaires, à Diatomées

— les boues rouges des grands fonds, essentiellement formées d’argiles.

Les sédiments océaniques profonds sont un mélange d’apports éoliens (poussières continentales, notamment désertiques, transportées par le vent qui se déposent dans l’océan), de particules transportées par les courants (sédimentation hémipélagique) et de particules d’origine biologique produites près de la surface et qui sédimentent à la mort des êtres vivants (sédimentation pélagique).

La sédimentation peut être carbonatée :

  • Ptéropodes

  • Coccolithophoridés

  • Foraminifères

La sédimentation peut aussi être siliceuse :

  • Radiolaires

  • Diatomées

La sédimentation pélagique a pour origine la zone photique de l’océan, c’est-à-dire la zone sous la surface dans laquelle la lumière est présente. Elle est estimée à quelque chose de l’ordre de 100 à 200 tests/ m2/jour.

La craie est formée de Coccolithophoridés à 90 % , végétaux unicellulaires très petits (2 à 10 µm) aux squelettes calcaires.

Les coccolithophoridés, présents sur Terre depuis plus de 200 Millions d’années, sont des algues unicellulaires exclusivement marines. Ces microalgues font partie du nanoplancton, c'est-à-dire que leur taille est comprise entre 5 et 50 microns. Elles se caractérisent par leur squelette externe en carbonate de calcium. Cette sorte de « coquille » appelée la coccosphère est composée de plus petits éléments sphériques : coccolithes.


Coccolithophoridés, algues unicellulaires de petite taille (0,01mm) entourés d’une enveloppe sphérique (Coccosphère) formée d’un assemblage de plaques calcaires généralement en forme de disques (Coccolithes).

On distingue selon le nombre de loges

— Les Foraminifères uniloculaires,

— Les Foraminifères biloculaires,

— Les Foraminifères pluriloculaires (parmi lesquels les Fusulinidés, les Miliolidés et les Nummulitidés). Les Globigérinidés sont un groupe de Foraminifères dont la taille est de l’ordre de 0,5 à 1mm. Ils sont particulièrement abondants au voisinage de l’Equateur.

Le test est facilement conservé dans les sédiments et leur abondance ainsi que leur sensibilité aux conditions environnementales en font d’excellents marqueurs stratigraphiques et climatiques.

Le terme de microfossile s’applique à des fossiles ne pouvant s’étudier qu’à la loupe ou au microscope.

Les foraminifères sont présents dans les océans depuis au moins 550 millions d’années, et nombreux à l’état de fossile dans les sédiments marins. L’analyse de leurs coquilles et des matières qui les entourent permet d’en apprendre beaucoup sur les conditions du milieu.


Reconstituer un climat avec les Foraminifères

— Abondance dans le sédiment et diversité : le contenu des sédiments dépend de leur latitude d’origine :

  • Aux latitudes tropicales, le sédiment est très riche en micro fossiles, et la fraction détritique est négligeable ou absente. On observe de nombreux Globigérinidés, de tailles et de formes diverses. La biodiversité est importante.

  • Aux latitudes polaires, le sédiment présente une fraction détritique supérieure ou égale à 50%. Les fossiles sont rares et de taille réduite. La biodiversité est limitée.

On pourra donc en première approximation utiliser comme règle pour reconstituer le climat que plus les eaux sont chaudes, plus les microfossiles sont abondants, grands et divers et la fraction détritique réduite.

La réduction de la part du détritique par rapport au biogénique s’explique par deux phénomènes :

- d’une part les êtres vivants sont de plus en plus abondants lorsqu’on va vers les zones chaudes. Il y a donc une sorte de dilution du détritique par le biogénique. C’est une diminution relative.

- la fraction détritique correspond à ce qui est abandonné par les glaces, donc plus on s’éloigne des zones polaires, moins il y en a de façon absolue.

On peut dans certains cas distinguer au niveau macroscopique dans une carotte les périodes chaudes et les périodes froides : plus il y a de biogénique, donc de carbonate, plus le sédiment est clair, et plus il y a de détritique, plus il est foncé.

— Le sens d’enroulement des coquilles des Foraminifères s’observe sur la face ventrale, c’est-à-dire du côté où se trouve l’ouverture et se lit du proloculum (la première loge) vers l’ouverture.

Par exemple : enroulement dextre (sens inverse des aiguilles d’une montre).

Le sens d’enroulement peut être différent en fonction de facteurs environnementaux tels que la température. Ainsi Neogloboquadrina pachyderma est un foraminifère dont l’enroulement du test (coquille) est :

à enroulement dextre (vers la droite) lorsque l’eau de surface est chaude.

à enroulement senestre (vers la gauche) lorsque l’eau de surface est froide.

La détermination du sens d’enroulement permet donc dans une certaine mesure de reconstituer des variations climatiques.

— Les préférences écologiques des différentes espèces de Foraminifères

La répartition des Foraminifères est liée à la température de l’eau, et constitue donc un indicateur de la température :

Par exemple : les globigérines se répartissent dans les eaux chaudes. Les radiolaires par contre se répartissent dans les eaux froides, donc aux latitudes plus élevées.

De manière plus fine dans l’Atlantique nord actuellement, on peut répartir les Foraminifères en cinq grandes provinces et associer à chaque province une ou plusieurs espèces de Foraminifère :

Groupe Espèces

Arctique Neogloboquadrina pachyderma (senestre)

Subarctique N. pachyderma (dextre), Globigerina bulloides, G quinqueloba

Subtropical Globigerinoides ruber

La température de surface variant avec la saison, la répartition en latitude des Foraminifère va aussi varier saisonnièrement. Il ne faudra donc pas s’étonner de voir dans un même sédiment des espèces de climat différent, l’une ayant pu se déposer l’été, l’autre l’hiver.


8/ Glaciologie

Comprendre et utiliser le concept de thermomètre isotopique (δ18O dans les glaces arctiques et antarctiques, δ18O dans les carbonates des sédiments océaniques) pour reconstituer indirectement des variations de températures.

Exploiter les équations chimiques associées aux transformations d’origines géologiques pour modéliser les modifications de la concentration en CO2 atmosphérique.

Manuel p.294

Manuel p.298

logiciel oxygene : http://tice.svt.free.fr/spip.php?article2281

logiciel Vostok : https://nuage01.apps.education.fr/index.php/s/wi3SBx8WJACaiDA

https://svt.ac-versailles.fr/IMG/pdf/scientifique_composition_isotopique_glace.pdf

Selon la température, l’eau qui s’évapore contient des proportions différentes de molécules d’eau H216O (eau légère) et H218O (eau lourde).

Une température élevée permet à plus d’eau lourde de s’évaporer, la condensation favorise la précipitation de l’eau lourde.

On peut calculer le rapport 18O/16O des échantillons d’eau récoltés et les normaliser par rapport à un standard : (18O/16O)SMOW. On obtient le δ18O qui permet de déterminer la température de l’atmosphère à laquelle cet échantillon s’est formé (formation d’une couche de glace).

L’eau légère H216O s’évapore plus facilement que l’eau lourde H218O qui à l’inverse condense plus facilement.

L’évaporation (qui a lieu surtout au dessus des océans) favorise le passage des molécules les plus légères (H216O) de l’océan vers l’atmosphère. Au contraire, la condensation (qui a lieu dans les régions froides) privilégie la précipitation des molécules les plus lourdes (H218O).

— Le δ18O des carbonates des sédiments océaniques

Le test des Foraminifères est carbonaté (CaCO3) et fabriqué à partir des ions HCO3- et Ca2+ prélevés dans l’eau de mer. Le δ18O des ions HCO3- est en équilibre avec celui de l’eau de mer. Le δ18O des tests carbonatés varie donc avec celui de l’eau de mer.

L’ 18O se partage dans le stock d’eau entre l’eau de mer et la glace. De par le comportement des deux isotopes, on voit que l’ 18O reste préférentiellement dans l’eau de mer. Plus il y a de glaces, moins il y a d’eau de mer et plus celle-ci est concentrée en 18O.

Le δ18O des sédiments permet d’estimer le volume de glaces : plus il est élevé, plus il y a de glace.

Quand les mesures concernent des organismes planctoniques [πλαγκτός / plagktós, errant, instable], elles donnent accès aux changements du volume des glaces et de températures ayant affectés les couches superficielles des océans.

Elles peuvent aussi traduire des événements plus localisés, comme des arrivées d’eaux douces (fontes) ou des anomalies liées à une exceptionnelle pluviosité, ou inversement, évaporation.

Selon la température, l’eau qui s’évapore contient des proportions différentes de molécules d’eau H216O (eau légère) et H218O (eau lourde).

Une température élevée permet à plus d’eau lourde de s’évaporer, la condensation favorise la précipitation de l’eau lourde.

On peut calculer le rapport 18O/16O des échantillons d’eau récoltés et les normaliser par rapport à un standard : (18O/16O)SMOW. On obtient le δ18O qui permet de déterminer la température de l’atmosphère à laquelle cet échantillon s’est formé (formation d’une couche de glace).

L’eau légère H216O s’évapore plus facilement que l’eau lourde H218O qui à l’inverse condense plus facilement.

L’évaporation (qui a lieu surtout au dessus des océans) favorise le passage des molécules les plus légères (H216O) de l’océan vers l’atmosphère. Au contraire, la condensation (qui a lieu dans les régions froides) privilégie la précipitation des molécules les plus lourdes (H218O).

En plus du δ18O, un autre rapport isotopique peut être utilisé comme thermomètre. Il s’agit du rapport deutérium/hydrogène (2H/1H). On utilise le δD par rapport à un standard de référence proche de celui de l’océan actuel. Les glaciologues ont obtenu la courbe suivante en étudiant le δD au niveau des glaces du pôle Sud.

Thermomètre isotopique, rapports isotopiques (δ18O)

mardi 26 novembre 2024

Consignes

  1. Choisir une séquence et prendre place dans le tableau partagé en ligne : https://lite.framacalc.org/ozy810bsvn-abaa

  2. Identifier des sequences inconnues (ci-dessous) en utilisant le logiciel en ligne Blast (Basic Local Alignment Search Tool) : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi et en suivant le protocole “tutoriel-blast”. Noter le nom de l’organisme planctonique identifié.

  3. Faire une recherche internet sur le plancton identifié et réaliser une fiche d’identite du plancton en y figurant : nom, Genre, espece, taxon (phyto/ zooplancton…) et photo.

  4. Calculer la taille du plancton.

  5. Compléter votre ligne dans le tableau partagé

Production attendue

  • inscription sur tableau partagé en ligne : https://lite.framacalc.org/ozy810bsvn-abaa

  • identification du plancton grâce au logiciel en ligne : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

  • mise en commun des organismes identifies : depot des fiches d’identite sur tableau partagé.

  • Par la suite, il est possible de quantifier la biodiversite et d’établir un lien entre la presence de certains types de plancton et les caracteristiques physico-chimiques du milieu

évaluation

pour s'entrainer : https://www.qcm-svt.fr/QCM/public-seconde.php

QCM en ligne : https://www.assistancescolaire.com/eleve/2nde/svt/reviser-le-cours/2_svt_01#exercicet2

1,2/ LE MÉTABOLISME DES CELLULES, UN ENSEMBLE DE REACTIONS CHIMIQUES

métabolisme = transformations biochimiques = ensemble des réactions chimiques dans une cellule, un individu

1,2,1/Transformations biochimiques de matière organique

matière organique = contient C-H, molécules du vivant

le pain, le vin, le cidre et la bière sont produits grâce à un champignon, la levure Saccaromyces cerevisiae.

Comment cet organisme vivant permet-il les transformations utilisées par l’homme depuis des millénaires ?

? Écrivez les recettes, sous forme d’équations chimiques, de ces transformations biologiques

: farine + eau + levure → → pain (bulles gaz)

: raisin + levure → vin (alcool (éthanol))

: pomme + levure → cidre (alcool (éthanol) + gaz (mousse))

: malt + houblon + eau + levure → bière (alcool (éthanol) + gaz (mousse))

1,2/ LE MÉTABOLISME DES CELLULES, UN ENSEMBLE DE REACTIONS CHIMIQUES

métabolisme = transformations biochimiques = ensemble des réactions chimiques dans une cellule, un individu

1,2,1/Transformations biochimiques de matière organique

1/ Observation de levures au microscope

Observation au microscope photonique puis éléctronique (document)

organites : mitochondries, vacuole, ...

cytoplasme = cytosol + organites

2/ Mesures du métabolisme des levures

? Mettre en oeuvre des expériences pour identifier les substrats et produits du métabolisme.

Expérience avec rouge de crésol : dessinez le montage expérimental

2KOH + CO2 → K2CO3 + H2O

Le rouge de crésol a la propriété de changer de coloration lorsque le pH varie (jaune en milieu acide, violet en milieu basique). C'est ce qu'on appelle un indicateur coloré de pH.

Expérience avec eau de chaux

L’eau de chaux est une solution saturée d’hydroxyde de calcium Ca(OH)2, produite en mélangeant de la chaux aérienne à de l’eau. La chaux se dissout (faiblement) dans l’eau et le filtrat obtenu constitue l’eau de chaux.

L'eau de chaux se trouble en présence de dioxyde de carbone CO2, qu'elle met en évidence. Le précipité blanc ainsi formé est du carbonate de calcium CaCO3. La réaction est la suivante :

Ca(OH)2 + CO2 → CaCO3 + H2O

ou, en écrivant les espèces sous forme ionique :

Ca2+ + 2 HO + CO2 → CaCO3 + H2O

Comptage des résultats d’une expérience

Montage ExAO, interprétation et conclusion de l’expérience

animation à compléter : https://svtanim.fr/besoins_cellules.htm

Métabolisme : respiration et fermentation

Pour assurer les besoins fonctionnels d’une cellule, de nombreuses transformations biochimiques s’y déroulent : elles constituent son métabolisme. Métabolisme = ensemble des réactions chimiques de dégradation (catabolisme) et de synthèse (anabolisme) de molécules dans une cellule

3/ Equations chimiques de respiration et fermentation

Respiration : C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O

Fermentation : C6H12O6 2C2H6O + 2CO2

video 3'11 : https://youtu.be/v8tJGlicgp8 What is a genome, and how are traits passed from generation to generation? Learn how pea plants helped launch the study of genetics and how the field of genetics research has evolved over time. watch  Genetics 101 | National Geographic

Explore a historical timeline on the web :https://unlockinglifescode.org/timeline?tid=4

to get some more details : https://www.bioexplorer.net/history_of_biology/genetics/

https://www.bioexplorer.net/history_of_biology/biochemistry/

animation 0'48 : https://dnalc.cshl.edu/resources/3d/21-chargaff-ratios.html#

DNA from the begining : http://www.dnaftb.org/

DNALC animations feature stunning visualizations of cellular and molecular processes : https://dnalc.cshl.edu/resources/animations/

make your own timeline of genetics : https://www.timetoast.com/search/timelines?cx=partner-pub-3637961829875093%3Aehixnl-dg1y&cof=FORID%3A9&ie=UTF-8&q=genetic&sa=Search&siteurl=localhost%2F&ref=localhost%2Fcategories&ss=

Quiz: A Basic Questions On DNA : https://www.proprofs.com/quiz-school/story.php?title=dna-quiz_6

Quiz 2 : DNA Structure And Function: https://www.proprofs.com/quiz-school/story.php?title=ap-bio-ch-14-dna-structure-function_2dk