4/ Metagenomique

video 3'35 : https://youtu.be/Vn7Oi854X1k?si=gs62gcwzDvYfS9f8 Interview de Patrick Wincker, directeur du Génoscope, qui nous parle de l'analyse ADN. Réalisé dans le cadre de « Coulisses de laboratoire », une opération Tara qui vous plonge au cœur de l’investigation scientifique en plaçant au premier plan les instruments utilisés par les chercheurs. "

La métagénomique consiste à étudier l’ADN total d’un échantillon issu du sol, de l’eau de mer, etc ... en le séquençant puis en le comparant aux ADN d’espèces déjà connues. Ainsi, on repère des espèces déjà connues, on peut découvrir de nouvelles espèces.

Génomique : se charge du séquençage du génome entier

méta : dans un milieu donné, donc de multiples taxons

métagénomique = génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes

objectifs : identifier + découvrir + quantifier

Cette méthode permet de déterminer la richesse spécifique ( nombre d’espèces d’un milieu donné), et l’abondance relative des espèces ( proportion d’individus d’une espèce par rapport au nombre total d’individus d’un écosystème)

Le barcoding moléculaire consiste à identifier une espèce en comparant une courte séquence de son ADN à toutes les séquences connues d’ADN rassemblées dans une banque de données, comme si l’on « scannait » son code-barres génétique. En comparant toutes les séquences d’ADN retrouvées dans un échantillon d’eau ou de sol à cette banque de données, les chercheurs peuvent identifier les espèces qui se trouvent dans cet échantillon : c’est le metabarcoding. Ces méthodes sont cependant coûteuses et ne peuvent pas remplacer complètement les reconnaissances sur le terrain.

https://www.courrierinternational.com/article/genetique-un-elephant-piege-dans-une-toile-d-araignee

https://www.hatier-clic.fr/2959900

https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

http://v3.boldsystems.org/index.php/SDP_Home

https://prezi.com/p/r_96yfffspcp/expose-metagenomique/

identifier un taxon à partir d’une séquence ADN :

https://fondationtaraocean.org/education/kit-de-donnee-biogeographie-du-plancton/

https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724

Métagénomique, génomique, séquençage, barcoding & metabarcoding

⸎La biodiversité se mesure par des techniques d’échantillonnage (spécimens ou ADN) qui permettent d’estimer le nombre d’espèces (richesse spécifique) dans différents milieux.