§ quelles sont les étapes de la fabrication d'une protéine in vivo ?

B112/ Polymères séquencés dans la cellule

molécule	ADN	ARN	protéine
Atomes	C-H-O-N-P	C-H-O-N-P	C-H-O-N-(S)
Monomères	Phospho-désoxyribo-nucléotides (bases T+A+G+C)	Phospho-ribo-nucléotides (bases U+A+G+C)	Acides aminés (20 différents)
Polymère	Polynucléotide	Polynucléotide	Polypeptide
nombre de brins	bicaténaire	Monocaténaire en général	Très variable
structure spatiale	double hélice	variable	variable

Acides nucléiques polymères de

	Bases	Nucléoside = sucre + base	Nucléotide = sucre + base + phosphate
A	Adénine	Adénosine	Adénosine monophosphate AMP
T	Thymine	Thymidine	Thymidine monophosphate
G	Guanine	Guanidine	GMP
C	Cytosine	Cytidine	Cytidine monophosphate
U	Uracile	Uridine	UMP

structure I, II, III, IV d'une protéine :

Structure primaire	Structure secondaire	Structure tertiaire	Structure quaternaire
séquence d'acides aminés = polypeptide	configuration spatiale simple = hélices, feuillets, boucles	configuration spatiale globale = enchaînement des hélices, feuillets et boucles	assemblage de sous-unités = complexe protéique

§ les gènes codent pour des protéines : comment ça se fait in vivo ?

§ quelles sont les étapes de la fabrication d'une protéine in vivo ?

1,2,2/ Etapes de la fabrication d'une protéine dans la cellule

FT/ Autoradiographie

faire une fiche technique

manuel p.397

http://svt.ac-creteil.fr/archives/Media/Med1S/Autoradiographie/autoradiographie.htm

A1 : Localisation des étapes / autoradiographie et MET

© autoradiographies pancréas

electronographie pancréas : http://www.uni-mainz.de/FB/Medizin/Anatomie/workshop/EM/externes/Wartenberg/Pankreas3.jpg

http://www.uni-mainz.de/FB/Medizin/Anatomie/workshop/EM/externes/Wartenberg/Pankreas3E.html

http://medcell.med.yale.edu/histology/digestive_organs_lab/pancreatic_acinar_cells_em.php

http://www.visualphotos.com/image/1x9083319/exocrine_pancreas_cells_tem

Technique de l'autoradiographie : http://svt.ac-creteil.fr/archives/Media/Med1S/Autoradiographie/autoradiographie.htm

autoradiographie sur acinus pancréatique avec Leucine radioactive ou avec Uridine radioactive : http://svt.ac-creteil.fr/archives/Media/Med1S/Autoradiographie/Cel_panc_WEB.htm

Uracile* à 0' hors de la cell - 1' dans noyau - 2' ds réticulum endoplasmique

Leucine* à 0' hors de la cellule - 3' ds réticulum endoplasmique - 7' ds appareil de Golgi - 30' ds vésicules - 120' dans lumière du canal pancréatique

source : http://svt.ac-creteil.fr/archives/tp/Tp1S/biosynprot.htm

évaluation formative : organites d'une cell animale : http://www.ac-creteil.fr/biotechnologies/doc_biocell-structurecellanimale.htm

Noyau, cytoplasme, organites : réticulum [réseau] endoplasmique, appareil de Golgi, vésicules

§ Comment reconstituer l'histoire d'une chaîne de montagnes ?

A7 : Modélisation du plan de Wadati- Benioff / SIG

http://eduterre.ens-lyon.fr/thematiques/terre/la-lithosphere-oceanique/zones%20de%20subduction

Rappel 1S : sismolog et educarte déjà utilisés

© TS TP subduction.odt

Groupe > classe > travail > SVT > ® TP subduction_Excell.xls

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

localisation des zones de subduction : http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosgeol/01_decouvrir/02_subduction/02_carte/carteok.htm

logiciel tectoglob : http://pedagogie.ac-amiens.fr/svt/info/logiciels/Tectoglob/index.html

logiciel Educarte : http://www.edusismo.org/docs/outils/educarte/index.htm

des séismes et du volcanisme => arc et chaîne de montagnes

mise en évidence du plan de Wadati Benioff : http://svt.ac-dijon.fr/dyn/IMG/Subduction_ocean_continent.jpg

isotherme d’une zone de subduction : http://artic.ac-besancon.fr/svt/act_ped/svt_lyc/eva_bac/s-bac2005/images/subduction.gif ; http://www.cnrs.fr/cw/dossiers/dosgeol/01_decouvrir/02_subduction/04_subduction_plaques/01_terrain/img/grandes/06a/02a.jpg ; http://www.mescours.info/Image/svt/subduction_isotherme.jpg ; http://rigaudvelt.free.fr/BAC_ecrit/2005/05_liban_fichiers/image003.gif ; http://christian.nicollet.free.fr/page/enseignement/LicenceSN/isothermes.gif

Réponse \1S_TP_point_chaud.odg

en s’éloignant de la dorsale, la lithosphère océanique s’épaissit, s’hydrate et se densifie

=> dépasse la densité de l’asthéno => subd° => ne dépasse pas 200 Ma

=> âge de la plaque # distance de la dorsale # pente du plan de WB

§ Comment reconstituer l'histoire d'une chaîne de montagnes ?

§ Quelles preuves a-t-on dans les montagnes ?

A4 : Des traces d'océan dans les montagnes

sorties 1S + TS + WWW

D/ traces ocean ds montagnes.odp

• Pillows de la pointe de la Houssaye à Erquy
• Pillows de la carrière de Pierre Bisé
• http://christian.nicollet.free.fr/page/Alpes/chenaillet/chenaillet.html
• http://fr.wikipedia.org/wiki/Mont_Chenaillet
• sujet bac pour situer le massif du chenaillet : sept. 2008 Martinique

pillows lavas, sédiments, fossiles, failles normales / marges passives, ophiolites

A5 : Des traces de subduction dans les montagnes

D \traces subduction ds montagnes.odp

facies métamorphiques :

http://christian.nicollet.free.fr/page/CO/PTCO.html

http://christian.nicollet.free.fr/page/Figures/facies.html

trajet d'un gabbro de la croûte oc (Nicollet) : http://christian.nicollet.free.fr/page/Figures/phototeque.html#TrajetCO

Collection de roches subduites dans les Alpes : éclogite et métagabbro : http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/geologie/metagabbro/metagabbro.html

métagabbros, éclogite

1,3,2/ La modélisation permet de comprendre la subduction

A6 : Modélisation des différents types de failles / animations

Diap/pli faille nappe.odg

animation failles : http://www.biologieenflash.net/animation.php?ref=geo-0049-1

logiciel modélisation failles : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/guchereau/faille/faille2.htm

doc + animations : http://www.geologie.ens.fr/~vigny/failles-anime.html

https://www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=dOCJlPLKnhI

3 failles :
normale => divergence = extension
inverse => convergence = compression
décrochante = transformante = coulissante

§ Quel est le lien entre gènes et protéines ?

A4 : Analyse de l'ARN / logiciel Anagène

© 1S TP ARN Anagène.odt

TP gène-protéine anagene.odt

Diapo : synthese_proteines_anagene

code Morse international, fait avec 2 signes : « ti » ou « ta » : http://www.lexilogos.com/clavier/morse.htm

code ASCII = American Standard Code for Information Interchange : http://www.tableascii.com/ ; http://fr.wikipedia.org/wiki/American_Standard_Code_for_Information_Interchange

animation code génétique : http://www.snv.jussieu.fr/vie/documents/codegenet/index.htm#anim

tableau code génétique : http://www.monde-solidaire.org/spip/IMG/jpg/UniversalGeneticCode.jpg

tableaux autrement : http://pst.chez-alice.fr/codgenet.htm

ARN, portions codantes de l’ADN, Séquence, gène, code génétique, codon, anticodon

La séquence des acides aminés des protéines est imposée par l'information génétique située dans la molécule d'ADN.

Un gène est donc défini par la séquence d'un polynucléotide (ADN, ARN) déterminant la séquence d'un polypeptide.

La séquence des acides aminés est gouvernée par celle des nucléotides suivant un système de correspondance, le code génétique.

Chaque acide aminé correspond à un triplet de nucléotides appelé codon.

Certains codons, dits redondants, correspondent au même acide aminé.

Il existe des codons dits "d'initiation", d'autres de "terminaison".

Le code génétique est identique pour toutes les espèces vivantes connues : il est universel et dégénéré (le doublet initial peut être seul déterminant, la nature dégénérée du code a pour conséquence sa redondance).

La naissance du politique chez l'enfant : le cas de la hiérarchie

L'enfant deviendrait-il, en grandissant, un véritable petit Robin des Bois ? Selon son âge, il ne partage pas les ressources de la même façon entre un individu dominant et un individu subordonné. Ainsi, une tendance égalitariste se développe puis s'accentue entre 5 et 8 ans. Ce résultat, obtenu par une équipe de chercheurs du CNRS, des universités Claude Bernard Lyon 1, de Lausanne et de Neuchâtel (Suisse), permet de mieux comprendre la naissance de la notion d'égalité chez les êtres humains et d'appréhender leur sens de la justice. Il est publié le 26 septembre 2016 dans la revue Developmental Psychology.

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© Bérangère Testud

Dans une première expérience, les chercheurs ont demandé à des enfants âgés de 3 à 8 ans de regarder une saynète jouée par deux marionnettes.
L'une d'elles imposait systématiquement ses jeux à l'autre : les enfants reconnaissaient en elle le chef. Les chercheurs donnaient alors à l'enfant un grand chocolat et un petit chocolat, et observaient à quelle marionnette il distribuait chaque friandise.

La structure de la toxine BinAB révélée : un petit pas pour l'Homme, un gros tracas pour les moustiques !

Se débarrasser des moustiques sans polluer l'environnement ? C'est possible ! La toxine BinAB, produite sous la forme de cristaux par une bactérie, tue spécifiquement les larves des moustiques Culex et Anophèles. Elle est cependant inactive sur les moustiques tigres (ou Aedes), vecteurs de la dengue et du chikungunya. Pour élargir le spectre d'action de BinAB, une connaissance de sa structure moléculaire est nécessaire. Longtemps restée inaccessible, elle est publiée le 28 septembre 2016 dans la revue Nature par un consortium international de chercheurs dont des membres de l'Institut de biologie structurale (CNRS/CEA/Université Grenoble Alpes).

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© Mari Gingery (cliché de microscopie électronique, à gauche) / Jacques-Philippe Colletier (schéma, à droite).

C'est à partir de ces cristaux (observés en microscopie électronique à balayage, à gauche) que la structure de la toxine BinAB a été résolue (schéma, à droite).

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Le virus Zika retrouvé à l'intérieur des spermatozoïdes

De récents travaux montrent que le virus Zika persiste dans le sperme jusqu'à 6 mois après l'infection¹. Dans une lettre publiée dans la revue The Lancet Infectious Diseases, les chercheurs, en plus de confirmer sa longue persistance dans le sperme (ici au-delà de 130 jours, soit plus de 4 mois), révèlent la présence du virus à l'intérieur même des spermatozoïdes. Ce travail est le fruit d'une collaboration entre des chercheurs de l'Inserm, du CNRS, des hospitalo-universitaires de l'université Toulouse III - Paul Sabatier et du Centre hospitalier universitaire (CHU) de Toulouse.

Rosetta, la fin d'une odyssée

29.09.2016, par

Saman Musacchio

Vue d'artiste de Rosetta descendant vers la surface de la comète 67P/Churyumov-Gerasimenko le 30 Septembre 2016.

ESA/ATG medialab

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Spécialiste des comètes et impliquée dans le projet Rosetta depuis ses débuts, Anny-Chantal Levasseur-Regourd fait le point sur les résultats de cette mission spatiale extraordinaire qui arrive à son terme ce vendredi 30 septembre.

corrigé EX2,2 bac S 2015 Amérique du nord

Éléments tirés des documents		Éléments tirés des connaissances
doc 1 : tubes 1+2 = témoins, tub3 : digestion lactose / enz β-gal		Lact glucide polymère polyose
doc 2 : ut° lactose / bact → gaz + acides → iritations → intolérance		Lact dioside = 2 oses = glu+gal
doc 3 : peu d'enz & bcp bact => peu dig° lactose & bcp prod dérivés => intolérance // indiv tolérant prod bcp d'enz => digestion lactose		Enzyme, biocatal, proteine / gènes
doc réf : digestion intestin grêle avant colon => intervention enz avant bactéries // symptômes liés au doc 2		T° d'act enz => 37°C corps humain
doc 4 : recommandations : éviter lait et prod laitiers, préférer fromages et beurre		pH act enz => bact ds colon # enz dig int

§ Quel est le lien entre gènes et protéines ?

A3 : Découpage d'une protéine à différentes échelles / Rastop

FT/ logiciel de modélisation moléculaire / manuel p.394

Rastop, Raswin, Rasmol, jmol, ... sont des logiciels de modélisation moléculaire en 3D → forme des molécules et macromolécules

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

librairie de molécules : http://www.librairiedemolecules.education.fr/recherche.php?typeclassification=chimique&idcat[]=polysaccharide

différentes façons de décrire une protéine / rastop :

hémoglobine\hb_oxy.pdb

carboxypeptidase : CPA.PDB

tetrapeptide_extrait_globine_beta_humaine.pdb

formule chimique des acides aminés puis de la liaison peptidique : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/acideamine/acideamine.htm

Formule générale des acides aminés :

formule de la liaison peptidique

4 niveaux de description d'une protéine :

structure I, II, III, IV d'une protéine :

Structure primaire	Structure secondaire	Structure tertiaire	Structure quaternaire
séquence d'acides aminés = polypeptide	configuration spatiale simple = hélices, feuillets, boucles	configuration spatiale globale = enchaînement des hélices, feuillets et boucles	assemblage de sous-unités = complexe protéique

A4 : Modélisation virtuelle de molécules nucléiques / Rastop

protocole / manuel p.40 :

ouvrir Rastop ou Rasmol → fichier → ouvrir → « adn ec » correspondant à un morceau de molécule d'ADN, « ac nucl arnm » correspondant à un morceau de molécule d'ARN → organiser les fenêtres pour avoir les molécules côte à côte

Menu « atome » → « colorer par » → « forme » → différentie les nucléotides par la couleur

Menu « atome » → « colorer par » → « CPK » → différentie les atomes par la couleur

comparer les molécules et noter vos observations, trouver 3 différences entre ADN et ARN

vous pouvez aussi visualiser d'autres molécules :

acides nucléiques : ADN, ARN

Différents types d'acides nucléiques :

molécule	ADN	ARN
acide	phosphorique
sucre	désoxyribose	ribose
bases	Thymine+A+G+C	Uracile+A+G+C
nombre de brins	bicaténaire	Monocaténaire en général
structure spatiale	double hélice	variable

6 octobre

A4 : Analyse de l'ARN / logiciel Anagène

§ Comment reconstituer l'histoire d'une chaîne de montagnes ?

http://prezi.com/aanufhjcxh-p/?utm_campaign=share&utm_medium=copy

A3 : Comparaison de densités lithosphériques / sujets BAC

© densite lithosphere.odg

1- Quels constats peut-on faire en comparant les densités des croûtes // manteau ?

2- Que se passe-t-il lorsque le métamorphisme des gabbros atteint le niveau 3 (du point de vue densité) ?

sujets BAC 2008 : http://www.ac-nancy-metz.fr/enseign/svt/eleve/bac/2008/bacs2008/s2008.htm

sujet ECE BAC 2013 n°30 : comparaison densité et minéralogie éclogite et métagabbro

cause de la subduction : différence de densité

A4 : Des traces d'océans dans les montagnes / diapo

sorties 1S + TS + WWW

D/ traces ocean ds montagnes.odp

D / histoire des Alpes.odp

• Pillows de la pointe de la Houssaye à Erquy
• Pillows de la carrière de Pierre Bisé
• http://christian.nicollet.free.fr/page/Alpes/chenaillet/chenaillet.html ; Sentier géodidactique du Chenaillet : http://edytem.univ-savoie.fr/sites/CAYLA-Nathalie/geosite/index.php?option=com_content&view=article&id=78:sentier-geodidactique-du-chenaillet-&catid=34:france&Itemid=56 ; http://fr.wikipedia.org/wiki/Mont_Chenaillet

sujet bac pour situer le massif du chenaillet : http://artic.ac-besancon.fr/svt/act_ped/svt_lyc/eva_bac/s-bac2008/bac-sep2008-mar.htm#21

pillows lavas, ophiolites, marges passives, failles normales