§ Quel est le lien entre gènes et protéines ?

A3 : Découpage d'une protéine à différentes échelles / Rastop

FT/ logiciel de modélisation moléculaire / manuel p.394

Rastop, Raswin, Rasmol, jmol, ... sont des logiciels de modélisation moléculaire en 3D → forme des molécules et macromolécules

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

librairie de molécules : http://www.librairiedemolecules.education.fr/recherche.php?typeclassification=chimique&idcat[]=polysaccharide

différentes façons de décrire une protéine / rastop :

hémoglobine\hb_oxy.pdb

carboxypeptidase : CPA.PDB

tetrapeptide_extrait_globine_beta_humaine.pdb

formule chimique des acides aminés puis de la liaison peptidique : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/acideamine/acideamine.htm

Formule générale des acides aminés :

formule de la liaison peptidique

4 niveaux de description d'une protéine :

structure I, II, III, IV d'une protéine :

Structure primaire	Structure secondaire	Structure tertiaire	Structure quaternaire
séquence d'acides aminés = polypeptide	configuration spatiale simple = hélices, feuillets, boucles	configuration spatiale globale = enchaînement des hélices, feuillets et boucles	assemblage de sous-unités = complexe protéique

A4 : Modélisation virtuelle de molécules nucléiques / Rastop

protocole / manuel p.40 :

ouvrir Rastop ou Rasmol → fichier → ouvrir → « adn ec » correspondant à un morceau de molécule d'ADN, « ac nucl arnm » correspondant à un morceau de molécule d'ARN → organiser les fenêtres pour avoir les molécules côte à côte

Menu « atome » → « colorer par » → « forme » → différentie les nucléotides par la couleur

Menu « atome » → « colorer par » → « CPK » → différentie les atomes par la couleur

comparer les molécules et noter vos observations, trouver 3 différences entre ADN et ARN

vous pouvez aussi visualiser d'autres molécules :

acides nucléiques : ADN, ARN

Différents types d'acides nucléiques :

molécule	ADN	ARN
acide	phosphorique
sucre	désoxyribose	ribose
bases	Thymine+A+G+C	Uracile+A+G+C
nombre de brins	bicaténaire	Monocaténaire en général
structure spatiale	double hélice	variable

6 octobre

A4 : Analyse de l'ARN / logiciel Anagène