FT / logiciels banques de séquences moléculaires
On dispose de plusieurs logiciels pour le
traitement des séquences des gènes :
- SeqaidII : ce logiciel gratuit est
déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions
d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences :
http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/
- Anagène :
logiciel sous windows diffusé
par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.
- Genigen
FT fournies au TP de Bac (ECE) :
http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1
A6/ Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène
manuel p.23
Ouvrir le logiciel Anagène
Ouvrir le fichier dans le répertoire prof
« toutes-globines-humaines-adn.edi »
Sélectionner « béta » comme séquence
de référence
Réaliser une « comparaison avec
discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA »
et « delta ».
Afficher le pourcentage d’identité des
différentes globines (bouton « i »)
Recommencer en choisissant une autre globine comme
référence.
Présenter vos résultats dans un tableau à
double entrée
Qd vous avez fini : ouvrir le logiciel
Anangène – dossier « boxthm » ou « TerminalesS »
- ouvrir les fichiers « .adn » des gènes homéotiques–
comparer les séquences - prendre les informations « i »
pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités,
appelé matrice en phylogénèse.
→ matrice [tableau] des différences ou
des identités selon choix de comparaison simple ou avec
discontinuité sous Anagène :
Tableau de comparaison avec discontinuité en
pourcentage des identités des différentes globines obtenu avec
comparaison avec alignements :
|
% identités
|
Béta
|
Alpha1
|
Delta. ADN
|
GammaA.ADN
|
|
Béta
|
100
|
57.4
|
92.6
|
75.9
|
|
Alpha1
|
59.4
|
100
|
57.2
|
58.3
|
|
Delta. ADN
|
92.6
|
57.2
|
100
|
76.1
|
|
GammaA. ADN
|
75.9
|
56.3
|
76.1
|
100
|
Tableau de comparaison simple en pourcentage des
différences des différentes globines obtenu avec comparaison
simple :
|
% différences
|
Béta
|
Alpha1
|
Delta. ADN
|
GammaA.ADN
|
|
Béta
|
0
|
40,6
|
7.4
|
24.1
|
|
Alpha1
|
68.9
|
0
|
70.0
|
70.7
|
|
Delta. ADN
|
7
|
69.0
|
0
|
23.9
|
|
GammaA. ADN
|
24.1
|
69.7
|
23.9
|
0
|
→ groupes emboîtés
§ Qui a saboté la méiose ?
B213/ Le brassage génétique et sa contribution à la diversité génétique / évolution des génômes
Des
anomalies au cours de la méiose peuvent survenir. Un
crossing-over inégal aboutit parfois à une duplication
de gène. Un mouvement anormal de chromosomes produit une cellule
présentant un nombre inhabituel de chromosomes [polysomie].
Ces mécanismes, souvent sources de troubles, sont aussi parfois
sources de diversification du vivant (par exemple à l'origine des
familles multigéniques).
Mots
clefs : Brassage génétique inter et intrachromosomique au
cours de la méiose. Diversité des gamètes. Stabilité des
caryotypes.
Lexiques :
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