informations sur l’épidémie, qui ne sont pas toujours portées à la connaissance du public

Dans un long communiqué, Mgr Marc Aillet, évêque de Bayonne, pose un certain nombre de questions sur la crise sanitaire, en refusant de dicter une conduite ni de prendre position, de manière dogmatique, pour ou contre le vaccin :

Reconciling estimates of global spread and infection fatality rates of COVID-19: An overview of systematic evaluations.

Variants viraux

6 MIN de lecture

© NIAID

30 mars 2021 à 16h02

Mis à jour 08 avr 2021 à 15h20

Par Fleur Brosseau

Depuis fin 2020, le terme « variant » autrefois réservé aux spécialistes en virologie est entré dans le langage courant. L’apparition d’un nouveau variant du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni a rapidement soulevé des inquiétudes. Sans compter que d’autres formes virales ont peu à peu émergé à d’autres endroits du globe. Que sont exactement ces variants ? Représentent-ils une nouvelle menace ?

 

Sida, Ebola, Zika, Corona… font fémir chaque année la planète alors qu’il n’y a pas plus petit organisme sur terre, si l’on admet que les virus sont vivants, ce qui est encore en débat entre les scientifiques. Qu’est-ce qu’un virus ? Voici quelques infos qui provoqueront sans doute des questions que j’attend par mail ou commentaire avec impatience !

1/ Coronavirus

https://prezi.com/view/PuWIC6cDfne6TJz8TddA/

C’est quoi ?

• Le SRAS-CoV2 (SARS, in English), pour Syndrôme Respiratoire Aigü Sévère au CoronaVirus 2 est l’agent de la maladie COVID19 ou 2019-nCoV pour Coronavirus infection disease 2019, littéralement « maladie infectieuse à coronavirus de 2019 ».

• Les coronavirus humains comptent parmi les agents du rhume, derrière les rhinovirus. Ce sont des virus à ARN, enveloppés, avec certaines particularités : le génome le plus long des virus à ARN (30 kb) ; de très larges spicules d’enveloppe, donnant à la particule virale un aspect en couronne ; une relative résistance dans l’environnement et la présence dans les selles (en rapport avec cette enveloppe particulière ?).

• Enveloped, spherical, about 120 nm in diameter. The RNA genome is associated with the N protein to form the nucleocapsid. see Neuman BW et al. for virion cryo-electron microscopy analysis. Monopartite, linear ssRNA(+) genome of 27-32kb in size (the largest of all RNA virus genomes). Capped, and polyadenylated. The leader RNA (65-89 bp) at the 5' end of the genome is also present at the end of each subgenomic RNAs.

Pour quoi ?

• C’est la première menace de pandémie du troisième millénaire. Cette pneumonie sévère, apparue en novembre 2002 dans la province de Guangdong (ex Canton) en Chine, a diffusé jusqu’en avril 2003, touchant plus de 8000 personnes. Elle est due à un virus nouveau, d’origine très probablement animale (la civette), les coronavirus humains déjà connus ne donnant que des rhumes. L’implication de ce nouveau virus comme agent du SRAS a été démontrée par la reproduction de la maladie chez le singe (cynomolgus).

• Physiopathologie : Le SRAS diffère de la grippe par les caractères suivants : mortalité plus élevée (10 %) ; incubation plus longue (six jours, avec des extrêmes de 14 jours) ; caractère généralisé de l’infection (le virus est présent dans les sécrétions respiratoires, mais aussi dans les urines, les selles, le sang) ; pic de multiplication virale relativement tardif (10 jours après le début des signes cliniques) ; rareté des affections asymptomatiques ; fréquence de la pneumonie plus grande chez l’adulte que chez l’enfant (comme pour la pneumonie de la varicelle) ; contagiosité limitée (deux à quatre cas secondaires par cas index, mais exceptionnellement beaucoup plus ; pour la grippe, c’est 5 à 10 cas, voire 15 en cas de pandémie) ; diffusion nosocomiale importante parmi le personnel (« maladie des blouses blanches ») ; enfin contrôle possible de l’épidémie par des mesures d’hygiène (isolement, quarantaine, bannissement des aérosols) dès que les cas sont reconnus.

• Diagnotic virologique : La difficulté de leur isolement en culture de cellules, la bénignité du rhume et l’absence de traitement antiviral font que le diagnostic virologique, hors enquêtes spécifiques, n’en est pas fait. En phase aiguë, on recherche le génome viral par RT-PCR en temps réel sur les sécrétions respiratoires, les urines, les selles. Le diagnostic rétrospectif peut se faire par la recherche d’une séroconversion sur deux prélèvements sériques, précoce et tardif (IF ou ELISA… si le patient survit).

• Traitement : Il n’y a actuellement pas de traitement antiviral validé. La question : cette épidémie liée à une zoonose [du grec ζῷον : zôion : animal + νόσος : nósos : maladie] peut-elle reprendre tous les ans ? Importance de la surveillance en Chine de la civette et autres animaux sauvages vendus sur les marchés et utilisés en plats cuisinés.

Comment ?

• REPLICATION CYTOPLASMIC :

1. Attachement of the viral S protein (maybe also HE if present) to host receptors mediates endocytosis of the virus into the host cell.

2. Fusion of virus membrane with the endosomal membrane (probably mediated by S2), ssRNA(+) genome is released into the cytoplasm.

3. Synthesis and proteolytic cleavage of the replicase polyprotein.

4. Replication occurs in viral factories. A dsRNA genome is synthesized from the genomic ssRNA(+).

5. The dsRNA genome is transcribed/replicated thereby providing viral mRNAs/new ssRNA(+) genomes. GENE EXPRESSION : The virion RNA is infectious and serves as both the genome and viral messenger RNA. Genomic RNA encodes ORF1a, as for ORF1b, it is translated by ribosomal frameshifting. Resulting polyproteins pp1a and pp1ab are processed into the viral polymerase (RdRp) and other non-structural proteins involved in RNA synthesis. Structural proteins are expressed as subgenomic RNAs.

6. Synthesis of structural proteins encoded by subgenomic mRNAs.

7. Assembly and budding at membranes of the endoplasmic reticulum (ER), the intermediate compartments, and/or the Golgi complex.

8. Release of new virions by exocytosis. A SARS-CoV-infected cell with virus particles in vesicles, which appear to migrate toward the cell surface and fuse with the plasma membrane, releasing the viral particles. Many of the particles adhere to the plasma membrane, creating a characteristic knob-like appearance on the surface of the cell.

Modifié d’après https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species et http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/oldpoly/POLY.Chp.8.html

https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus

https://youtu.be/PWzbArPgo-o

https://evolution.berkeley.edu/evolibrary/news/200409_coronavirus

Paroles d’experts : La vaccination

COMMENT FONCTIONNE UN VACCIN ? - Les essentiels de Jamy

Vaccinologie - Tu mourras moins bête - ARTE

Qu'est-ce qui nous arrive ? - Marc Halevy - Conférence Tilt

We still don’t know the origins of the coronavirus. Here are 4 scenarios.

Experts say that understanding how the virus first leapt from animals to humans is essential to preventing future pandemics.

By Amy McKeever Published 6 Apr 2021, 13:46 BST

https://www.nationalgeographic.co.uk/science-and-technology/2021/04/we-still-dont-know-the-origins-of-the-coronavirus-here-are-4  

A Visual Guide to the New Coronavirus Variants

vaccin : biologie

 "Le principe de la vaccination est toujours le même : il s’agit de présenter un pathogène (virus, mais aussi parasite ou bactérie) à notre système immunitaire afin qu’il apprenne à le reconnaître et à fabriquer des anticorps spécifiques qui seront prêts à le neutraliser lorsque nous le rencontrerons dans la vraie vie. « En réalité ce n’est pas le pathogène en tant que tel qui déclenche la réponse immunitaire, mais des protéines bien particulières qui se trouvent à la surface du virus, les antigènes, explique Bruno Pitard, physico-chimiste au Centre de recherche en cancérologie et immunologie Nantes-Angers1. Ces antigènes sont la clé qui permet au virus de pénétrer dans la cellule, qu’il va alors mettre à son service pour se reproduire. Concernant les coronavirus, l’antigène le mieux reconnu est la protéine « S » (pour Spike), cette protéine en forme de pique qui donne au virus son aspect « hérissé » si particulier.

L’idée du vaccin est évidemment d’inoculer le pathogène sous une forme totalement inoffensive, qui ne risque pas de déclencher la maladie contre laquelle il prétend nous défendre. Plusieurs techniques sont possibles pour cela – des techniques éprouvées comme l’utilisation du virus entier rendu inoffensif, aux techniques plus récentes comme les vaccins à ADN ou ARN. Toutes ces pistes sont actuellement exploitées dans la recherche d’un vaccin contre le Covid-19."

 https://lejournal.cnrs.fr/articles/quel-vaccin-contre-le-covid-19

"Rappels sur le vaccin BNT162b
Comme le vaccin Moderna (mRNA-1273), BNT162b est un vaccin à ARN messager (ARNm), sans adjuvant, dont l'ARN code pour la protéine Spike (S) de SARS-CoV-2. Cet ARN est composé de nucléotides légèrement différents des nucléotides naturels pour ne pas déclencher une trop forte inflammation (notre système immunitaire détecte les ARN viraux, ce qui provoque la production de médiateurs immunitaires, en particulier des interférons). Ces ARN messagers sont encapsulés dans des nanoparticules lipidiques pour mieux pénétrer dans les cellules musculaires lors de l'injection. Après lecture par les ribosomes et synthèse de la protéine S par les cellules ayant absorbé les nanoparticules, cet ARN messager est détruit et éliminé, comme l'ensemble des ARN messagers produits par nos cellules."

https://www.vidal.fr/actualites/26337-vaccin-pfizer-biontech-contre-la-covid-19-enfin-des-donnees-a-analyser.html 

 "Les vaccins à ARNm (dits ARN messagers) sont effectivement « en théorie » une astucieuse technique faisant produire à nos cellules les antigènes du virus (pour le SARS-COV-2, il s’agit de la protéine spike) au lieu de les faire produire de façon complexe par les industries. Cette technologie permet donc de produire plus facilement et plus vite un grand nombre de doses de vaccin. Ceci sous-entendrait que les vaccins soient donc moins chers que leurs homologues protéiques. Les vaccins à ARNm contre le covid 19 seront facturés entre 16 et 32 euros selon la firme pharmaceutique alors que le vaccin contre la grippe est facturé entre 6 et 7 euros. Ce fait laisse très pensif…

Toutefois, l’ARNm est facilement dégradé par nos enzymes. Il faut donc trouver un moyen de le véhiculer intact dans nos cellules pour qu’il puisse commander à la cellule la production de la protéine spike (antigène). Pour cela, plusieurs technologies développées sont actuellement testées en phase 3. Le laboratoire Pfizer a choisi de fabriquer une enveloppe mimant les protéines et lipides, qui aura les caractéristiques d’un virus sans en être un [12]. Thomas Madden, fabricant des lipoparticules dans lesquelles seront intégrées les ARNm pour les délivrer annonce que les tests de stabilité n’ont pas été réalisés, ce qui apparait très inquiétant. Une autre technique consiste en l’utilisation de véritables virus modifiés afin d’y intégrer le code de la protéine spike. Le virus du rhume a été choisi pour le vaccin Russe Spoutnik V et celui de la rougeole par l’institut Pasteur ; quant au laboratoire AstraZeneca il travaille sur un adénovirus modifié de chimpanzé. En tous cas, le déploiement d’un vaccin à ARNm destiné à l’homme et diffusé à grande échelle sera une première. Seuls quelques vaccins à ADN ont déjà été utilisés chez le cheval, le poisson ou le chien [12].

...

Dans de nombreux articles de la presse dominante, des journalistes clament à qui veut l’entendre que l’ARNm ne peut pas s’intégrer dans le génome humain. Même si la probabilité apparait comme faible, elle ne peut pas être exclue en l’état actuel des connaissances. Pour s’intégrer dans le génome, un fragment d’ARNm a besoin notamment de deux enzymes : une rétrotranscriptase et une intégrase. Que se passera-t-il chez des patients qui sont co-infectés par des virus possédant ces deux enzymes comme les patients VIH positifs ou HTLV1 positifs ? Le génome humain est composé de 8% de rétrovirus intégrées anciennement. D’ailleurs certains génomes viraux ont été intégrés par des rétrotransposons présents dans les cellules humaines [13]. Chez l’homme le virus HHV6 peut s’intégrer dans les télomères des chromosomes et être réactivé dans certaines conditions [13]. Signalons qu’aucun séquençage de génome des patients ayant reçu les vaccins n’a été réalisé. De plus, si des effets de mutagenèse insertionnelle surviennent, il est probable que ces effets ne soient visibles qu’à moyen ou long terme et donc échappent à la surveillance des effets indésirables dus aux vaccins, surveillance qui est très courte.

Rappelons-nous que le vaccin Pandemrix, lui aussi réalisé à la va-vite dans l’urgence de la crise H1N1, a entrainé de la narcolepsie chez des personnes auparavant saines, qui n’ont toujours pas été indemnisées pour la plupart [14]."

https://reinfocovid.fr/science/vaccin-covid/ 

Juan Gaertner/Science Photo Library

RÉFÉRENCES

vaccin : balance bénéfices-risques

VACCIN ARNm PFIZER/BIONTECH

ÉLÉMENTS CONNUS DE BALANCE BÉNÉFICE-RISQUE

vaccin : épidémiologie

"En conclusion, les données présentées à la FDA sur le vaccin BNT162b sont à la fois positives, avec un taux de protection dont beaucoup de vaccins rêveraient, et rassurantes avec un profil de toxicité post-injection acceptable.
Néanmoins, beaucoup de questions demeurent. Si son efficacité contre les formes légères à modérées de COVID-19 semble confirmée, il n'en est pas de même pour les formes asymptomatiques ou sévères (même si, dans ce dernier cas, les données vont dans le bon sens). La question de la protection des personnes souffrant de comorbidités reste également en suspens. Enfin, nous n'avons aucune information sur la durée de la protection accordée par ce vaccin.
De plus, et c'est une question essentielle pour le contrôle de la pandémie, nous ne savons rien sur la transmission du virus par des personnes vaccinées et néanmoins atteintes de formes asymptomatiques. En l'absence de données sur cette question, le respect des gestes barrières devra persister en dépit de la vaccination, tant que la pandémie ne sera pas contrôlée. Enfin, la question d'une éventuelle toxicité à long terme se pose toujours, ainsi que celle des effets indésirables graves et rares qui pourraient survenir.
Ces points irrésolus montrent la nécessité absolue, à la fois de poursuivre l'étude C4591001 sans vacciner le groupe placebo (les experts de la FDA voient d'un mauvais œil l'intention affichée de Pfizer/BioNTech de vacciner les personnes qui se trouvent dans le groupe placebo après 6 mois de suivi post-injections), de mener des études complémentaires ciblées sur ces questions et de mettre en place des mesures de vaccinovigilance efficaces, voire d'évaluation de l'efficacité de ce vaccin chez les personnes de plus de 75 ans qui vont être massivement vaccinées dans les semaines qui viennent."

https://www.vidal.fr/actualites/26337-vaccin-pfizer-biontech-contre-la-covid-19-enfin-des-donnees-a-analyser.html 

Addendum : Le 10 décembre 2020, les données de l'étude C4591001 ont été publiées dans le New England Journal of Medicine (sous une forme plus digeste que les 150 pages des documents publiés par la FDA...)

©Vidal.fr