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lundi 15 septembre 2025

1,2/ généralisation alimentaire pour donner des idées

« Quis, Quid, Ubi, Quibus auxiliis, Cur, Quomodo, Quando » Quintilien, père de la rhétorique au 1er siècle après J.C. : « Qui, quoi, où, avec quels moyens, pourquoi, comment, quand ? »

QQQCCOQP : Qui ? Quoi ? Comment ? Combien ? Où ? Quand ? Pourquoi ?

5W « who did what, where and when, and why »

microbiologie alimentaire :

pourquoi faire ? risques, dangers, équilibre microbiote et matrice alimentaire
qui, quoi, quels microbes ?
où & quand ? couples dangers-aliments
comment, quelles techniques d'analyse ?

1,2,1/ Risques, dangers, équilibre microbiote et matrice alimentaire

Maladies alimentaires

Alimentation = danger ?

l’alimentation n’est pas un danger mais il est possible de rencontrer des dangers dans notre alimentation, l’alimentation peut représenter un RISQUE pour le consommateur, ce RISQUE est VARIABLE selon les INDIVIDUS & les POPULATIONS

« Les maladies d’origine alimentaire sont pour la pluspart des anadémies, c.a.d des maladies épidémiques non contagieuses contractées à partir d’une source commune. » M.Naïtali. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017

Nombre de cas/an difficle à estimer : selon InVS & Anses 2004 : 52 000 à 82 000 bactérioses + 70 000 viroses + 117 000 parasitoses = 250 000 total

En général nombre de cas et gravité faible, peu mortelles, mais coût économique fort : soins + chutte des ventes

Les maladies dues à des agents biologiques entéropathogènes sont regroupées sous le nom de ToxiInfections Alimentaires

Individuelle = sporadique

Collective = épidémique

Microbes et matrice alimentaire : un équilibre dynamique

« La rencontre de deux boîtes noires : d’un côté un aliment à la structure mystérieuse, de l’autre un tube digestif tout aussi, sinon plus, mystérieux, avec à la sortie un sujet en bonne santé.

Dans notre société actuelle, la valeur santé des aliments est au premier rang des préoccupations des individus. Le malheur est que le plus souvent l’avis des incompétents prédomine sur les données sérieuses des nutritionnistes. Sans parler du fer des épinards rendu célèbre par la faute de frappe d’une pauvre dactylo, nous sommes tous les jours inondés de messages incohérents du style « le calcium du lait est mal absorbé. »

« Il a été estimé que le tube digestif d’un homme traite environ cent tonnes d’aliments au cours de sa vie, et le plus souvent sans incident majeur. D’autres estiment qu’il s’agit d’un organe intelligent puisqu’il est très riche en neurones (autant de neurones dans le tube digestif que dans la moelle épinière). »

Jean Fioramonti, Directeur de recherche à l’Inra, département Alimentation humaine. Structure des aliments et effets nutritionnels. https://www.quae.com/extract/2612

un équilibre dynamique entre systèmes immunitaire, digestif, nerveux, microbiote et matrice alimentaire

Les microorganismes ne sont jamais en culture pure

Les mieux adaptés se reproduisent et s’implantent

Les µβ libres ou associés, mobiles (plancton) ou fixés (biofilm) forment un microécosystème ou écosystème microbien

matrice alimentaire = Flore initiale + technologique

+ Flore mutualiste, commensale, bénéfique, symbiotique, d’amélioration

+ Flore pathogène, parasite, d’altération

air, eau, terre : Contamination ou Enrichissement ?

Conditions nutritives :

C, H, O, N, P, S, Ca, , Cu, ...
Gaz O₂, CO₂,
Molécules
Macromolécules

Conditions physicochimiques :

Acidité / alcalinité (pH)
Tempértature
Eau disponible (aW)
Potentiel redox (rH = POR)
Pression
Lumière

Les fermentations permettent amélioration et conservation des aliments

Glycolyse : C6H12O6 → 2 C₃H₄O₃

Fermentation lactique : 2 C₃H₄O₃ + 2H⁺ → 2 C₃H₆O₃

Fermentation alcoolique : 2 C₃H₄O₃ + 4H⁺ → 2 C₂H₆O + 2 CO₂

Fermentation acétique : 2 C₃H₄O₃ + O₂ → 2 CH₃COOH + H₂O

Fermentation propionique : 3 CH₃-CHOH-COOH → 2 CH₃CH₂COOH + CH₃COOH + CO₂ + H₂O

Stinky And Delicious: Why Fermentation Makes Great Food : https://www.sciencefriday.com/educational-resources/fermentation-makes-great-food/

Microbiote : bicénose du microbiome, espèces autrefois regroupées sous le terme microflore, c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant. Chaque organisme impliqué est qualifié de microbionte ou symbionte, par opposition au pathobionte, micro-organisme opportuniste résidant au sein du microbiome, et potentiellement pathogène.

Microbiome : aire biotique, niche écologique, biotope du microbiote. En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d'un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français...

Pouvoir pathogène // défenses de l'hôte

= propriétés biologiques provoquant la maladie :

- infectieux (dépendant des nutriments disponibles)

- invasif

- résistant

- toxicogène

Pénétration

Implantation

Multiplication

Dissémination

Lésions

Adhésion simple

Adhésion & destruction de la bordure en brosse

Multiplication & colonisation

Invasion des entérocytes

Multiplication intraphagosomale ou intracytoplasmique

Invasion des cellules M, dendritiques,

Dissémination sanguine, lymphatique, générale

Défenses de l’hôte :

Estomac : barrière acide

Intestin

cellules absorbantes,

cellules caliciformes à mucus

cellules membraneuses (M)

mucus

micorbiote

Système immunitaire

inné rapide / phagocytes

acquis/adaptatif / lymphocytes

Disponibilité nutritionnelle

Disponibilité du fer

Hôte ± sensible

Hôte à risque YOPI :

jeunes enfants,

personnes agées

femmes enceintes

immunodéprimés

1,2,2/ Microbes visés par les critères microbiologiques

rapport 2020

EFSA (European Food Safety Authority)

rapport 2008-2013

santé publique France

F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017. p.7..

Dromigny, Eric : "les critères microbiologiques des denrées alimentaires". Lavoisier, Paris 2021. p.521

Eucaryote

Anisakis

Diphyllobothrium latum

Echinococcus multilocularis

Fascicola hepatica

Taenia saginata

Toxoplasma gondii

Trichinella

Anisakis

Cyclospora cayetanensis

Echinococcus multilocularis

Fascicola hepatica

Giardia

Taenia saginata

Toxoplasma gondii

Trichinella

Mycètes

Alternaria

Aspergillus

Botrytis

Cladosporium

Fusarium

Hansenula

Kluyveromyces

Mucor

Penicilium

Pichia

Rhizopus

Saccharomyces

Verticillium

Algues

Alexandrium

Dinophysis

Gamberdiscus

Gonyaulax

Prorocentrum

Bactéries

Campylobacter

Escherichia coli (EHEC)

Listeria monocytogenes

Salmonella

Yersinia enterocolitica

Y. pseudotuberculosis

Bacillus cereus

Campylobacter

Clostridium botulinum

Clostridium perfringens

Lysteria monocytogenes

Salmonella

Shigella

Staphylococcus aureus

STEC

Yersinia

Bacillus cereus

Brucella

Campylobacter

Clostridium botulinum

Clostridium perfringens

Cronobacter

Cryptosporidium

Lysteria monocytogenes

Salmonella

Shigella

Staphylococcus aureus

STEC

Vibrio parahaemolyticus

Yersinia enterocolitica

Bacillus

Campylobacter

Clostridium

Enterobacter

Escherichia

Klebsiella

Lactobacillus

Listeria

Proteus

Salmonella

Shigella

Staphylococcus

Streptococcus

Vibrio

Yersinia

Virus

Norovirus

Hepatite

E + A

GEA

Hepatite

E + A

Adénovirus

Entérovirus

Hépatovirus

Norovirus

Rotavirus

Toxines

biotoxines marines

ciguatoxine

histamine

Entérotoxine de B.Cereus

Entérotoxine staphyloccocique

Toxine émétique de B.Cereus

Toxine botulique

Histamine

1,2,3/ Réservoirs pathogènes

En général un aliment ne devient dangereux qu’à l’occasion de 4 phénomènes successifs :

1/ Contamination initiale par µb pathogène ou d’altération

2/ Développement abondant => 100 000 µb/g en général

3/ Survie en grand nombre de la population microbienne

Cellule parasite (ex : Listeria)

Toxine endogène (ex : botox)

Toxique exogène (ex : histamine)

Enzyme d’altération (ex : protéase)

4/ Consommation par personne sensible (YOPI : Young, Old, Pregnant, Immunodeficient)

+ Facteurs de risques de contamination, croissance, production toxique

+ influence du temps, témpérature, Aw = P/P0, pH = - Log[H⁺], [O₂]

couples dangers-aliments

1,2,4/ Méthodes d’analyse microbiologiques

Descendantes (top-down) : Données épidémiologiques :

Investigations épidémiologiques
Données de TIAC
Études cas-témoins
Typage microbiologique (phénotype, génotype)
Sérotypage
MLST multilocus sequence typing
Comparaison de sous-types de souches

Ascendantes (bottom-up) : Appréciation quantitative des risques :

=> Modèles et/ou données de croissance, survie, transfert
=> Données d’exposition
=> Modèle dose-réponse

Elicitation de connaissances d’experts (l'élicitation est l'incitation d'un locuteur à un autre à statuer sur différentes hypothèses, c'est-à-dire à introduire chez lui le recours à sa compétence/performance.)

Analyse statistique

Le comité d'experts spécialisé (CES)

« Evaluation des risques biologiques dans les aliments » a pour missions : l’évaluation

des risques alimentaires liés aux micro-organismes pathogènes (virus, bactéries, parasites, moisissures)
des risques liés à l’évolution des modes de préparation et de consommation des aliments
des risques microbiologiques liés aux nouveaux aliments et procédés technologiques
des options de gestion de ces risques

Le Paquet hygiène

La réglementation européenne pour la filière agroalimentaire. Entrée en vigueur au 1er janvier 2006, la réforme de la réglementation européenne relative à l’hygiène des aliments a simplifié et harmonisé les textes applicables dans l’Union européenne. Cet ensemble de textes réglementaires, appelé « Paquet hygiène », concerne l’ensemble de la filière agroalimentaire depuis la production primaire, animale et végétale jusqu’au consommateur en passant par l’industrie agroalimentaire, les métiers de bouche, le transport et la distribution (« de la fourche à la fourchette »). Son objectif est d'harmoniser le niveau de sécurité sanitaire en impliquant l'ensemble des acteurs de la chaîne alimentaire, soumis ainsi aux mêmes exigences, en officialisant la responsabilité des professionnels et en optimisant les contrôles des autorités sanitaires.

HACCP Hazard analysis and critical control point : méthode d’analyse des dangers et des points critiques pour leur maitrise

Les Guides des bonnes pratiques d'hygiène

Le recours aux guides de bonnes pratiques d’hygiène (GBPH) est fortement encouragé par la réglementation du Paquet hygiène. Un guide de bonnes pratiques d'hygiène et d’application des principes HACCP (GBPH) est un document de référence conçu par une branche professionnelle pour les professionnels de son secteur. Les guides ont pour objectif d’aider les professionnels à maîtriser la sécurité sanitaire des aliments et à respecter leurs obligations réglementaires.

Le règlement

(CE) n°2073/2005 est un texte d'application du "Paquet hygiène". Il fait la distinction entre les critères de sécurité qui indiquent "l'acceptabilité d'un produit ou d'un lot de denrées alimentaires, applicable aux produits mis sur le marché" et les critères d'hygiène des procédés qui indiquent "l'acceptabilité du fonctionnement d'un procédé de fabrication". Le non-respect d'un critère d'hygiène de procédé entraîne des actions correctives destinées à maintenir l'hygiène du procédé

Conclusion

« une bactérie pathogène ne pourrait pas causer de maladie s’il n’y avait pas d’hôte. Certaines souches de S.aureus utilisent une sur-stimulation du syst.immunitaire humain pour déclencher un choc toxique.

Il est aussi probable, concernant la pandémie récente (non alimentaire) causée par le virus Ebola en Afrique de l’Ouest, que les solutions de maîtrise de la maladie puissent ne pas être uniquement dépendantes des recherches sur l’agent pathogène maus aussi d’études menées sur les personnes qui n’ont pas été atteintes par la maladie malgré une mise en contact avec le virus (Casadevall & Pirofski 2014).

Une infection dépend toujours du contexte dynamique entre une bactérie et son hôte. Il est donc toujours important de prendre en compte à la fois le microorganisme et la sensibilité de l’hôte.

Par ailleurs, les études génomiques récentes à grande échelle montrent que les frontières entre une bactéire pathogène, opportuniste ou commensale sont de plus en plus floues. »

F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017. p.32

Références

F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017.

Dromigny, Eric : "les critères microbiologiques des denrées alimentaires". Lavoisier, Paris 2021.

M.A.Selosse, Jamais seul.

La Recherche 2010

https://www.quae.com/extract/2612

http://beh.santepubliquefrance.fr/beh/2018/1/2018_1_1.html

https://www.anses.fr/fr/content/évaluation-des-risques-biologiques-dans-les-aliments

https://www.anses.fr/fr/content/le-paquet-hygiène

https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/j.efsa.2021.6971

https://www.anses.fr/fr/lutte-bacteries-intoxications-alimentaires

https://www.sciencefriday.com/educational-resources/fermentation-makes-great-food/

Dictionnaire médical de l' Académie de Médecine – version 2023 : https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=archées

"À la frontière du vivant : les viroïdes" : http://isyeb.mnhn.fr/fr/actualites/la-frontiere-du-vivant-les-viroides-2737

Deltasatellite : https://viralzone.expasy.org/7778

Virus-associated small satellite RNAs and viroids display similarities in their replication strategies : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682215000641

E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) : définitions, virulence et propriétés des souches entérohémorragiques (eHeC) : https://be.anses.fr/sites/default/files/BEP-mg-BE50-art6.pdf

Pathogenèse E.coli : http://www.ecl-lab.ca/fr/ecoli/pathogenesis.asp

Structure des aliments et effets nutritionnels https://www.quae.com/extract/2612

Bureau Veritas, des services d’essais, d'inspection et de certification (TIC). : https://www.bvna.com/fr/industrie-agroalimentaire/services/analyse-alimentaire/microbiologie-alimentaire

M.-A. SELOSSE, 2021 (Fromages au lait cru) : une extinction biologique et culturelle en cours ?

M.-A. SELOSSE, 2021 Podcast « Le vin au microscope ».

La vache est un carnivore opportuniste - Marc André Selosse : https://www.youtube.com/watch?v=OECSCbvBVNQ

Les Aliments Fermentés - Marc-André SÉLOSSE : https://www.youtube.com/watch?v=PbaBOpEtHnE

Microbiote: des bactéries qui nous veulent du bien : https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien

https://www.who.int/fr/news/item/01-12-2021-tripartite-and-unep-support-ohhlep-s-definition-of-one-health

https://www.inrae.fr/alimentation-sante-globale/one-health-seule-sante

codex alimentarius : https://www.fao.org/fao-who-codexalimentarius/search/fr/?cx=018170620143701104933%3Aqq82jsfba7w&q=methodes+d'analyses&cof=FORID%3A9 https://www.anses.fr/fr/content/évaluation-des-risques-biologiques-dans-les-aliments https://www.anses.fr/fr/content/le-paquet-hygiène https://tice.agrocampus-ouest.fr/pluginfile.php/29732/mod_resource/content/2/higiene-alimentaire/html/d4e1881_2.html#navigation

WHO: Five keys to safer food : https://youtu.be/ONkKy68HEIM?si=O6wclKBJ6TQ2_X8w