3/ phénétique et génétique

Mettre en relation la ressemblance génétique entre les espèces de primates et leur degré de parenté.

Manuel p.225

Une classification phénétique ou classification numérique est une méthode d'établissement des relations de parenté basée sur le nombre de caractères communs (d’acides aminés ou de nucléotides) partagés par des molécules (protéines ou acides nucléiques), indépendamment de toute notion d'homologie anatomique, plus ce nombre de caractères communs est important et plus l'ancêtre commun est récent. Les relations de parenté sont souvent précisées à partir d'une matrice des distances.

La matrice taxons-caractères contient une information phylogénétique (partage d'états dérivés des caractères) dont une partie est perdue lors du remplacement de la matrice taxons-caractères par une matrice de distances. Même si la matrice taxons-caractères permet une reconstitution phylogénétique correcte, le traitement phénétique de la même information de départ peut conduire à une phylogénie erronée, du fait de cette perte d'information. Les deux méthodes ne sont donc pas équivalentes. Le remplacement de l'information de la matrice taxons-caractères par une matrice de distance est de même nature : les distances résument les distributions des états de caractères de façon incomplète. Autant, à partir de la matrice taxons-caractères, on peut construire la matrice de distances, autant remonter de la matrice de distances à la matrice taxons-caractères est mission impossible. Il y a eu perte d'information, lors du passage de la matrice taxons-caractères à la matrice de distances. Si l'on dispose d'une distribution (par exemple un histogramme des notes à un devoir), on peut résumer cette distribution par une moyenne (la note moyenne au devoir). Mais si l'on vous donne la moyenne, il n'y a aucun moyen de remonter à la distribution : il y a une multitude de distributions des notes qui donnent la même moyenne. Il y a une perte d'information lors du passage de la distribution complète à la moyenne.