SVTR: § Comment expliquer la diversité des allèles ?

vendredi 16 décembre 2016

§ Comment expliquer la diversité des allèles ?

duplication + transposition + mutation → familles multigéniques

FT : logiciels banques de séquences moléculaires

On dispose de plusieurs logiciels pour le traitement des séquences des gènes :

- SeqaidII : ce logiciel gratuit est déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences : http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/

- Anagène : logiciel sous windows diffusé par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.

- Genigen

FT fournies au TP de Bac (ECE) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1

A3 : Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène

Ouvrir le logiciel Anagène

Ouvrir les fichiers « béta », « alpha 1 », « gammaA » et « delta » des « gènes de globines »
Sélectionner « béta » comme séquence de référence
Réaliser une « comparaison avec discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA » et « delta ».
Afficher le pourcentage d’identité des différentes globines (bouton « i »)
Recommencer en choisissant une autre globine comme référence.
Présenter vos résultats dans un tableau à double entrée

Qd vous avez fini :

Comparez les genes homéotiques : comparer les séquences « .adn » des gènes homéotiques « boxB4 » - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.
Comparez les genes des opsines

→ matrice [tableau] des différences ou des identités

selon choix de comparaison simple ou avec discontinuité sous Anagène :

Tableau de comparaison des identités des globines obtenu par alignements avec discontinuité :

% identités	Béta	Alpha1	Delta	GammaA
Béta	100	59.4	92.6	75.9
Alpha1		100	59.7	58.3
Delta			100	76.1
GammaA				100

Tableau de comparaison des différences des globines obtenu avec comparaison simple :

% différences	Béta	Alpha1	Delta	GammaA
Béta	0	40,6	7.4	24.1
Alpha1	68.9	0	70.0	70.7
Delta	7	69.0	0	23.9
GammaA	24.1	69.7	23.9	0

→ groupes emboîtés

manuel p.23

A4 : Etude de la famille des gènes des globines / do©

© globines.odg

http://www.edu.upmc.fr/sdv/masselot_05001/biodiversite/duplication.html

http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/SFbioch/POLY.Chp.3.6.html

http://librairiedemolecules.education.fr/outils/pevf/pe1_982/classes/cl1l_fm.htm

http://www.edu.upmc.fr/sdv/masselot_05001/genes_et_genomes/globine.html#bottomofpage

http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/mecanismes/globines/html/synthese.htm

B213/ Le brassage génétique et sa contribution à la diversité génétique / évolution des génômes

Des anomalies au cours de la méiose peuvent survenir. Un crossing-over inégal aboutit parfois à une duplication de gène. Un mouvement anormal de chromosomes produit une cellule présentant un nombre inhabituel de chromosomes [polysomie]. Ces mécanismes, souvent sources de troubles, sont aussi parfois sources de diversification du vivant (par exemple à l'origine des familles multigéniques).

Mots clefs : Brassage génétique inter et intrachromosomique au cours de la méiose. Diversité des gamètes. Stabilité des caryotypes.

Lexiques :

http://www.cnrs.fr/cnrs-images/sciencesdelavieaulycee/lexique.htm ;

http://www.premiumwanadoo.com/renard/revisions/SVT/lexBio.htm

http://www.lyc-mansart-st-cyr.ac-versailles.fr/disciplines/SVT/lexBio.htm