3/ modélisation moléculaire de l’ADN / logiciel Rastop

? utiliser le logiciel pour synthétiser/simplifier/construire une molécule d'ADN en schéma sur votre cahier

Objectifs : -Exprimer et exploiter des résultats à l’écrit en utilisant les technologies de l’informatique

Principe : les logiciels Rastop, Rasmol, Raswin, Jmol, … sont des banques de données de modèles moléculaires. On peut trouver toute sortes des molécules dans une bibliothèque en ligne (http://www.librairiedemolecules.education.fr/index.php) au format « pdb », le format de fichiers lisibles avec le logiciel Rastop (http://acces.ens-lyon.fr/biotic/rastop/accueil.htm).

Protocole :

1. lancez le logiciel disponible dans le répertoire « SVT »
2. ouvrir le logiciel « rastop »
3. ouvrez le fichier « ADN »
4. admirez la molécule en la manipulant à la souris et en changeant la représentation des atomes et des liaisons
5. colorez la molécule par « CPK » : quels sont les atomes composant l’ADN ?
6. colorez la molécule par « chaines » : combien de parties lui trouvez-vous ?
7. colorez la molécule par « formes » : combien de nucléotides différents existe-t-il ? Que signifie le mot « complémentaires » ?
8. affichez les « rubans » : quelle est la forme globale de la molécule ?

ADN, double hélice,

nucléotides (adénine, thymine, cytosine, guanine), complémentarité,

nucléotide = Phosphate-sucre-base

14 novembre

4/ Comparaison de séquences / logiciel Anagène

12 étapes de travaux pratiques sur logiciel Anagene pour définir les mots gène, allèle, mutation

Objectifs : -Exprimer et exploiter des résultats à l’écrit en utilisant les technologies de l’informatique

Principe : le logiciel Anagène est une banque de données « database » permettant de manipuler des séquences d’ADN. Il suffit d’ouvrir les « tiroirs » pour trouver des séquences d’ADN puis de les comparer...

-Comparer des séquences de nucléotides de 4 gènes différents pour donner une définition du mot gène.

-Comparer des séquences de nucléotides de 3 allèles d’un même gène pour donner une définition du mot allèle et du mot mutation

Protocole :

1. Lancez le logiciel « Anagène » qui se trouve dans le dossier «SVT»
2. Sélectionnez « banque de séquences » dans le menu fichier .
3. Choisissez le gène béta de l’hémoglobine. Prendre une molécule ayant comme suffixe .cod ou .adn
4. Répétez les mêmes opérations pour 3 autres gènes.
5. Sélectionnez les séquences de nucléotides en cochant leur case (celle qui est marquée est choisie comme référence) puis « comparer les séquences » puis « comparaison simple » pour obtenir leur comparaison. votre résultat met en évidence la différence entre les gènes. Des - mettent en évidence les similitudes entre séquences, seules les différences sont notées.
6. Rédiger une définition du mot « gène »
7. Sélectionnez « banque de séquences » dans le menu fichier.
8. Choisissez les allèles A,B et O du gène des groupes sanguins.
9. Prendre l'allèle « acod.adn »
10. Répétez les mêmes opérations pour les 2 autres séquences (B et O sont les allèles mutés de A), puis validez.
11. Sélectionnez les séquences de nucléotides, et utilisez l'icône « comparer les séquences » puis « comparaison simple » pour obtenir leur comparaison.
12. Rédiger une définition des mots « allèle » et « mutation »

gène, allèle, mutation, séquence.

la structure moléculaire de l’ADN lui permet de porter une information.