4 : Coronavirus

https://prezi.com/view/PuWIC6cDfne6TJz8TddA/

C’est quoi ?

• Le SRAS-CoV2 (SARS, in English), pour Syndrôme Respiratoire Aigü Sévère au CoronaVirus 2 est l’agent de la maladie COVID19 ou 2019-nCoV pour Coronavirus infection disease 2019, littéralement « maladie infectieuse à coronavirus de 2019 ».
• Les coronavirus humains comptent parmi les agents du rhume, derrière les rhinovirus. Ce sont des virus à ARN, enveloppés, avec certaines particularités : le génome le plus long des virus à ARN (30 kb) ; de très larges spicules d’enveloppe, donnant à la particule virale un aspect en couronne ; une relative résistance dans l’environnement et la présence dans les selles (en rapport avec cette enveloppe particulière ?).
• Enveloped, spherical, about 120 nm in diameter. The RNA genome is associated with the N protein to form the nucleocapsid. see Neuman BW et al. for virion cryo-electron microscopy analysis. Monopartite, linear ssRNA(+) genome of 27-32kb in size (the largest of all RNA virus genomes). Capped, and polyadenylated. The leader RNA (65-89 bp) at the 5' end of the genome is also present at the end of each subgenomic RNAs.

Pour quoi ?

• C’est la première menace de pandémie du troisième millénaire. Cette pneumonie sévère, apparue en novembre 2002 dans la province de Guangdong (ex Canton) en Chine, a diffusé jusqu’en avril 2003, touchant plus de 8000 personnes. Elle est due à un virus nouveau, d’origine très probablement animale (la civette), les coronavirus humains déjà connus ne donnant que des rhumes. L’implication de ce nouveau virus comme agent du SRAS a été démontrée par la reproduction de la maladie chez le singe (cynomolgus).
• Physiopathologie : Le SRAS diffère de la grippe par les caractères suivants : mortalité plus élevée (10 %) ; incubation plus longue (six jours, avec des extrêmes de 14 jours) ; caractère généralisé de l’infection (le virus est présent dans les sécrétions respiratoires, mais aussi dans les urines, les selles, le sang) ; pic de multiplication virale relativement tardif (10 jours après le début des signes cliniques) ; rareté des affections asymptomatiques ; fréquence de la pneumonie plus grande chez l’adulte que chez l’enfant (comme pour la pneumonie de la varicelle) ; contagiosité limitée (deux à quatre cas secondaires par cas index, mais exceptionnellement beaucoup plus ; pour la grippe, c’est 5 à 10 cas, voire 15 en cas de pandémie) ; diffusion nosocomiale importante parmi le personnel (« maladie des blouses blanches ») ; enfin contrôle possible de l’épidémie par des mesures d’hygiène (isolement, quarantaine, bannissement des aérosols) dès que les cas sont reconnus.
• Diagnotic virologique : La difficulté de leur isolement en culture de cellules, la bénignité du rhume et l’absence de traitement antiviral font que le diagnostic virologique, hors enquêtes spécifiques, n’en est pas fait. En phase aiguë, on recherche le génome viral par RT-PCR en temps réel sur les sécrétions respiratoires, les urines, les selles. Le diagnostic rétrospectif peut se faire par la recherche d’une séroconversion sur deux prélèvements sériques, précoce et tardif (IF ou ELISA… si le patient survit).
• Traitement : Il n’y a actuellement pas de traitement antiviral validé. La question : cette épidémie liée à une zoonose peut-elle reprendre tous les ans ? Importance de la surveillance en Chine de la civette et autres animaux sauvages vendus sur les marchés et utilisés en plats cuisinés.

Comment ?

• REPLICATION CYTOPLASMIC :

1. Attachement of the viral S protein (maybe also HE if present) to host receptors mediates endocytosis of the virus into the host cell.
2. Fusion of virus membrane with the endosomal membrane (probably mediated by S2), ssRNA(+) genome is released into the cytoplasm.
3. Synthesis and proteolytic cleavage of the replicase polyprotein.
4. Replication occurs in viral factories. A dsRNA genome is synthesized from the genomic ssRNA(+).
5. The dsRNA genome is transcribed/replicated thereby providing viral mRNAs/new ssRNA(+) genomes. GENE EXPRESSION : The virion RNA is infectious and serves as both the genome and viral messenger RNA. Genomic RNA encodes ORF1a, as for ORF1b, it is translated by ribosomal frameshifting. Resulting polyproteins pp1a and pp1ab are processed into the viral polymerase (RdRp) and other non-structural proteins involved in RNA synthesis. Structural proteins are expressed as subgenomic RNAs.
6. Synthesis of structural proteins encoded by subgenomic mRNAs.
7. Assembly and budding at membranes of the endoplasmic reticulum (ER), the intermediate compartments, and/or the Golgi complex.
8. Release of new virions by exocytosis. A SARS-CoV-infected cell with virus particles in vesicles, which appear to migrate toward the cell surface and fuse with the plasma membrane, releasing the viral particles. Many of the particles adhere to the plasma membrane, creating a characteristic knob-like appearance on the surface of the cell.

Modifié d’après https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species et http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/oldpoly/POLY.Chp.8.html

https://fr.wikipedia.org/wiki/Coronavirus

https://youtu.be/PWzbArPgo-o

 

5 : Tests de séropositivité

Le test de dépistage du SIDA comme du Corona se fait en différentes étapes, de plus en plus complexes donc précises mais chères, donc que l’on effectue en cas de séropositivité suspectée : Ouchterlony → ELISA → WESTERN BLOT

si le test d’Ouchterlony est positif on effectue le test ELISA :

1. Mettre en contact le serum (sang sans globules) du patient à tester avec les antigènes (morceaux de VIH, de COV2…)
2. Rincer pour éliminer tout ce qui n’est pas fixé, si le serum à tester contient des anticorps contre l’antigène, ces anticorps vont se fixer à l’antigène et donner des complexes immuns, invisibles à l’oeil nu, d’où la suite du test :
3. Ajouter des anticorps-traceurs reconnaissant les complexes immuns
4. Rincer pour éliminer tout ce qui n’est pas fixé, si les complexes immuns se sont formés, les anticorps-traceurs restent fixés
5. Ajouter le révélateur : les anticorps-traceurs sont des anticorps sur lesquels on a fixé une enzyme, le révélateur est un substrat de l’enzyme, la réaction est colorée. Si l’enzyme rencontre son substrat une couleur apparaît : on peut donc voir qu’il y a eu réaction

protocole du test : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/immu6el1.htm

pour en savoir plus : https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9thode_immuno-enzymatique_ELISA

Logiciel ELISA de Fusin à télécharger : http://svt.ac-rouen.fr/perso/documents.htm

TP à effectuer virtuellement en cliquant à la souris

si ELISA positif avec le sérum du patient => Ac dans sérum = séropositivité

si ELISA est positif on effectue le WESTERN BLOT

Logiciel VIH de Perez à télécharger : https://disciplines.ac-toulouse.fr/svt/les-logiciels-de-pierre-perez

Schéma-bilan : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/spip.php?article441

 

6: Sitographie SIDA

Photos-dessins VIH :

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:HIV-1_Transmission_electron_micrograph_AIDS02bbb_lores.jpg

http://svt.ghediri.com/upload/structure_photo_vih.jpg

http://techno-science.net/illustration/Autres/Biologie/virus-vih-schema.jpg

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/spip.php?article219&var_recherche=VIH

http://www.futura-sciences.com/magazines/sante/infos/dico/d/medecine-vih-284/

http://www.lemonde.fr/sciences/article/2012/10/28/des-nanoparticules-d-or-pour-depister-vih-ou-cancer-a-l-il-nu_1782312_1650684.html

courbe SIDA expliquée :

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/spip.php?article1063

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/spip.php?article1887

Mode d'action du VIH, maladies opportunistes

Bilan : Le phénotype immunitaire au cours de la vie

Une fois formés, certains effecteurs de l'immunité adaptative sont conservés grâce à des cellules-mémoires à longue durée de vie. Cette mémoire immunitaire permet une réponse secondaire à l'antigène plus rapide et quantitativement plus importante qui assure une protection de l'organisme vis-à-vis de cet antigène. Le phénotype immunitaire d'un individu se forme au gré des expositions aux antigènes et permet son adaptation à l'environnement. La production aléatoire de lymphocytes naïfs est continue tout au long de la vie mais, au fil du temps, le pool des lymphocytes mémoires augmente.