Comment Rédiger un compte rendu scientifique ?

Démarche expérimentale

publications : IMMRID :

1. introduction : pb ?→ hyp → CV

2. mat&meth : schéma du montage

3. result&interp : chiffres → tabl → graph → interprétation

4. discussion : concl → comparaisons, modulations → ouverture

lexique :

hypothèse = réponse provisoire au pb posé

conséquences vérifiables = conséquences de l’hypothèse vérifiables par l’expérience : si … alors ...

interprétation = traduction biologique de termes mathématiques

conclusion = retour sur hypothèse = (in)validation ou (a/in)firmation

exemple : CR de l’activité 1 : l'amylase salivaire découpe l'amidon du pain en maltose puis glucose

formules,équation, :

https://fr.wikipedia.org/wiki/Amidon

https://fr.wikipedia.org/wiki/Glucose

https://fr.wikipedia.org/wiki/Saccharose

https://fr.wikipedia.org/wiki/Maltose

https://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9action_de_Fehling

nom des enzymes = substrat+suffixe « ase »

catalyse, substrat, produit,

Les enzymes sont des biocatalyseurs de réactions chimiques

2/ Expérimentation sur la spécificité des enzymes

• Concevoir et réaliser des expériences utilisant des enzymes et permettant d’identifier leurs spécificités.

• Rédiger un compte-rendu des expériences

Comparaison de deux enzymes : amylase et saccharase

Problème : les enzymes sont-elles spécifiques d’un type de molécule ?

Hypothèse : une enzyme est spécifique d’un substrat.

Écrire les conséquences vérifiables de l’hypothèse

Matériel : levure Saccharomyces cerevisiae, bescher, entonnoir, filtre, amidon, saccharose, eau, pipettes, tubes à essai, salive, levure fraiche

Méthode : L’être humain Homo sapiens se nourrit d’amidon et possède une enzyme appelée amylase produite par les glandes salivaires et sécrétée dans la bouche. La levure Saccharomyces cerevisiae se nourrit de saccharose et possède une enzyme saccharase, sécrétée dans le milieu extérieur. La digestion de l’amidon donne du maltose, puis du glucose, celle du saccharose donne du glucose et du fructose.

Ecrire littéralement les équations chimiques correspondantes.

Protocole d’extraction de la saccharase de levure

-délayer 1 g de levure dans 10ml d’eau.

-laisser reposer ¼ d’heure puis filtrer.

Protocole expérimental

-tester l’absence de glucose dans le filtrat et dans la salive.

-préparer le bain-marie à 37°C.

-écrire un schéma du montage expérimental et un tableau de résultats.

-introduire l’amidon ou le saccharose selon les tubes prévus.

-tester avant d’ajouter les enzymes la présence ou non du glucose (t=0)

-mettre l’enzyme et tester la présence de glucose (t=0’).

-faire un test de mise en évidence du glucose toutes les 2'

-compléter le tableau de résultats

-comparer et conclure

spécificité : des biocatalyseurs spécifiques d’un substrat et d’une fonction

3/ Modélisation moléculaire de la relation enzyme-substrat

Modélisation moléculaire / logiciel Rastop

carboxypeptidase : Structure de la carboxypeptidase : https://libmol.org/?libmol=12

Enzyme hydrolase (C-TERMINAL PEPTIDASE), c'est à dire qu'elle hydrolyse les chaînes polypeptidiques (protéines) à partir de leur extrémité C-terminale (celle qui porte la fonction acide carboxylique). La carboxypeptidase est produite par le pancréas sous la forme de procarboxypeptidase, complexée avec le chymotrypsinogène et la proprotéinase E. Ce complexe est appelé zymogène. L'enzyme a une forme globuleuse. La structure spatiale est maintenue par des liaisons hydrogène (liaisons faibles) et des ponts disulfure (liaisons covalentes). Le site actif possède un hétéro-atome de zinc et il met en jeu 6 résidus : His69, Glu72, His196, Arg145, Tyr248 et Glu270.

• Étudier les relations enzyme-substrat au niveau du site actif par un logiciel de modélisation moléculaire.

• Schématisez la molécule enzymatique et son substrat + titre + légende

le site actif

permet

• la spécificité de l’enzyme

• la vitesse de réaction selon son encombrement

• le mode d’action (cata ou anabolisme) : la peroxydase est dans la construction et on pas l’hydrolyse comme la lactase, l’amylase ou la saccharase

La structure tridimensionnelle de l’enzyme lui permet d’interagir avec ses substrats et explique ses spécificités en termes de substrat et de réaction catalytique.

Modélisation de la réaction enzymatique / logiciel

http://www.pedagogie.ac-nice.fr/wp-content/uploads/sites/5/productions/diastase2/

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/diastase2/?maltase=10&maltose=40&ph=7&temp=20&play=1

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/?p=2053

lactase

Objectifs notionels :

• étudier les réactions enzymatiques en fonction de la température, pH, [E], [S]…

Objectifs méthodologiques :

• utiliser un logiciel de simulation moléculaire

• schématiser une réaction biochimique

• rédiger un compte-rendu scientifique

• analyser un graphique

• concevoir une expérience

Protocole :

• Ordi → dossier « SVT » → logiciel lactase : laissez du temps à l’ordianteur pour charger les données

• faire varier les paramètres pour visualiser la réaction dans différentes conditions

• rédigez les problèmes→ hypothèses

• schématisez les différentes réactions enzymatiques en utilisant les symboles du logiciel

• recopiez les résultats graphiques

• conclure sur les graphiques

• réaliser un tableau de comparaison des différentes expériences

• réaliser un compte-rendu

Lire et répondre aux questions pour la rentrée des vacances de Toussaint

4/ Comparaison de métabolismes cellulaires

https://www.pourlascience.fr/sd/biochimie/les-balanes-des-crustaces-tres-collants-10411.php

https://www.pourlascience.fr/sd/biologie-moleculaire/un-nouveau-medicament-contre-la-toxoplasmose-et-le-paludisme-10261.php

articles scientifiques :

• Sur ou soulignez dans les textes les mots que vous ne comprenez pas, à définir.

• Schématisez les étapes chimiques décrites dans ces articles.

• Étudier des profils d’expression de cellules différenciées montrant leur équipement enzymatique : Quelle spécificité les enzymes donnent-elles à l’individu qui en est porteur ?