vendredi 13 octobre 2023
jeudi 12 octobre 2023
video 15'19 : https://youtu.be/PYH63o10iTE Biological Molecules Paul Andersen describes the four major biological molecules found in living things. He begins with a brief discussion of polymerization. Dehydration synthesis is used to connect monomers into polymers and hydrolysis breaks them down again. The major characteristics of nucleic acids are described as well as there directionality from 3' to 5' end. Protein structure is describes as well as the structure of its monomers; amino acids. The carboxyl and amino ends of a protein are described. The major groups of lipids are included with a brief discussion of saturated, unsaturated and trans fats. Finally carbohydrates and their sugar monomers are discussed.
next course : evaluation about biomolecules
video 7'59 : https://www.youtube.com/watch?v=NNASRkIU5Fw Nucleic Acids. Paul Andersen explains the importance and structure of nucleic acids. He begins with an introduction to DNA and RNA. He then describes the important parts of a nucleotide and shows how they are connected through covalent and hydrogen bonding.
Text: DNA sequencing: bench to bedside and beyond : https://academic.oup.com/nar/article/35/18/6227/2402812mercredi 11 octobre 2023
2/ Métagénomique
https://www.hatier-clic.fr/2959900
https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
http://v3.boldsystems.org/index.php/SDP_Home
https://prezi.com/p/r_96yfffspcp/expose-metagenomique/
Métagénomique, génomique,
29 septembre
séquençage, barcoding & metabarcoding
identifier un taxon à partir d’une séquence ADN
https://www.lelivrescolaire.fr/page/11094724
La biodiversité se mesure par des techniques d’échantillonnage (spécimens ou ADN) qui permettent d’estimer le nombre d’espèces (richesse spécifique) dans différents milieux.
septembre
3/ Méthode de comptage CMR
Estimer le nombre de billes dans un bocal
Manuel p.190-191
Estimer une abondance par la méthode de capture, marquage, recapture, fondée sur le calcul d’une quatrième proportionnelle.
À l’aide d’un tableur, simuler des échantillons de même effectif pour visualiser la fluctuation d’échantillonnage.
Il existe plusieurs méthodes permettant d’estimer un effectif à partir d’échantillons. La méthode de « capture-marquage-recapture » repose sur des calculs effectués sur un échantillon. Si on suppose que la proportion d’individus marqués est identique dans l’échantillon de recapture et dans la population totale, l’effectif de celle-ci s’obtient par le calcul d’une quatrième proportionnelle.
4/ Estimations et marges d’erreurs
Manuel p.190-191
En utilisant une formule donnée pour un intervalle de confiance au niveau de confiance de 95 %, estimer un paramètre inconnu dans une population de grande taille à partir des résultats observés sur un échantillon.
À partir d’un seul échantillon, l’effectif d’une population peut également être estimé à l’aide d’un intervalle de confiance. Une telle estimation est toujours assortie d’un niveau de confiance strictement inférieur à 100 % en raison de la fluctuation des échantillons. Pour un niveau de confiance donné, l’estimation est d’autant plus précise que la taille de l’échantillon est grande.
3,1,2/ Génétique des populations
1/ Paludisme et drépanocytose
Manuel p.192-193
Paludisme et hémoglobine : http://genet.univ-tours.fr//gen001700_fichiers/htm/gen12ch8b.htm
- Génotype : ensemble des allèles portés par un individu. On le réduit souvent aux allèles du (ou des) gène(s) étudié(s).
- Forces évolutives : tout processus qui modifie la structure génétique de la population. Les mutations, les migrations, la dérive génétique ou la sélection naturelle sont des forces évolutives.
- Fréquence allélique : fréquence d’un allèle par rapport aux autres allèles d’un même gène dans une population. Chez une espèce à deux chromosomes, on a, pour un gène donné, deux fois plus d’allèles que d’individus ( puisque chaque individu a deux allèles). f (allèle) = Nombre total de l’allèle donné / ( 2 x nombre total d’individus).
- Fréquence génotypique : fréquence d’un génotype par rapport aux autres génotypes d’un même gène dans une population. f (génotype) = Nombre d’individus de ce génotype / Nombre total d’individus.
Analyser une situation d’évolution biologique expliquant un écart par rapport au modèle de Hardy-Weinberg.
Au cours de l’évolution biologique, la composition génétique des populations d’une espèce change de génération en génération.
1.2 - Des édifices ordonnés : les cristaux
L’organisation moléculaire étant déjà connue, ce thème aborde une autre forme d’organisation de la matière : l’état cristallin (qui revêt une importance majeure, tant pour la connaissance de la nature - minéraux et roches, squelettes, etc. - que pour ses applications techniques).
1/ le sel, un exemple de cristal
Observation du sel et modélisation moléculaire / microscope et logiciel Rastop
http://microscopeyal.blogspot.com/2010/03/de-lordre-dans-la-cuisine.html
http://www.librairiedemolecules.education.fr/outils/minusc/app/minusc.htm
fichier → Halite = NaCl
Utiliser une représentation 3D informatisée du cristal de chlorure de sodium.
Relier l’organisation de la maille au niveau microscopique à la structure du cristal au niveau macroscopique
Le chlorure de sodium solide (présent dans les roches, ou issu de l’évaporation de l’eau de mer) est constitué d’un empilement régulier d’ions : c’est l’état cristallin.
Les cristaux les plus simples peuvent être décrits par une maille cubique que la géométrie du cube permet de caractériser. La position des entités dans cette maille distingue les réseaux cubique simple et cubique à faces centrées. La structure microscopique du cristal conditionne certaines de ses propriétés macroscopiques, dont sa masse volumique.
2/ Deux types de roches magmatiques
Il existe 3 types de roches : magmatiques, métamorphiques, sédimentaires
mardi 10 octobre 2023
2,1,2/ Organes fonctionnels angiospermes
Manuel p.200
Étudier et/ou réaliser les expériences historiques sur l’action de l’auxine dans la croissance racinaire ou caulinaire.
Le cotylédon (scientifiquement nommé feuille cotylédonaire) est une feuille primordiale constitutive de la graine. Le terme vient du grec, κοτυληδών, κοτυληδόνος , de κοτύλη qui désignait une mesure de capacité, c'est-à-dire une cavité, un creux, un contenant.
L’hypocotyle ou axe hypocotylé est la partie de la tigelle située entre sa base (le collet) et les premiers cotylédons de la plante.
Les graines des plantes monocotylédones comportent un seul cotylédon (blé, maïs) ; celles des dicotylédones en comportent deux (haricot, pois, marronnier, chanvre) ; ils sont parfois secondairement polycotylédonés chez les Gymnospermes qui en comptent de 2 (cyprès commun) à 24 (Pinus maximartinezii)
Le coléoptile est un organe transitoire lors de la germination formant une gaine protectrice pointue autour des pousses émergentes chez les monocotylédones telles que les graminées.
Le gravitropisme des végétaux : https://planet-vie.ens.fr/thematiques/developpement/controle-du-developpement/le-gravitropisme-des-vegetaux
Le développement conduit à une organisation modulaire en phytomères, contrôlée par des hormones végétales et influencée par les conditions de milieu.
2,1,3/ Relations extérieures
1/ symbiose : avec d'autres vivants
Manuel p.189
Étudier les surfaces d’échange des mycorhizes, associations symbiotiques entre champignons et racines de plantes, déjà observées en classe de première.
absorption d’eau et d’ions du sol facilitée le plus souvent par des symbioses, notamment les mycorhizes
2/ adaptation : avec le milieu
Manuel p.192-193
video : L'adaptation des plantes en montagne (à 9’ : vallée de la Gela, proche cirque Barroude) : https://youtu.be/Y1aZaj4zmCo
Coupe Transversale de feuille xérophyte : http://www.phonat.fr/zoomify/xerophytic.html
Coupe Transversale de feuille hydrophyte : http://www.phonat.fr/zoomify/hydrophytic.html
Coupe Transversale de feuille mésophyte : http://www.phonat.fr/zoomify/mesophytic.html
Établir et mettre en œuvre des protocoles montrant l’influence des conditions de milieu (lumière, gravité, vent) sur le développement de la plante.
Par diverses caractéristiques, les plantes terrestres montrent une capacité d’adaptation à la vie fixée à l’interface sol/atmosphère, dans des environnements variables.
lundi 9 octobre 2023
1,1,1/ la cellule, unité structurale et fonctionnelle du vivant
correc dessins
https://www.microscopy-uk.org.uk/mag/artnov03/wdonion.html
3/ Electronographies
Observer et analyser des images de microscopie électronique.
ultrastructure cellulaire
1 mm = 1 000 µm = 1 000 000 nm : http://www.cellsalive.com/howbig.htm
mitochondries : https://bio.m2osw.com/gcartable/mitochondrie.htm
chloroplastes : http://fr.wikipedia.org/wiki/Image:Plast.JPG
organites cellulaires : http://tristan.ferroir.fr/wp-content/The_illuminated_cell.jpg
cellule végétale, animale : http://www.cellsalive.com/cells/cell_model.htm
unicellulaires / pluricellulaires
organite, chloroplaste, mitochondrie
eucaryote ou procaryote
Chez les organismes unicellulaires, toutes les fonctions sont assurées par une seule cellule. Chez les organismes pluricellulaires, les organes sont constitués de cellules spécialisées formant des tissus, et assurant des fonctions particulières.
text : https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002533 : Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body
Real Cell Gallery : https://learn.genetics.utah.edu/content/cells/gallery/The images in this gallery show real cells under the microscope. Labels shows schemas and words
mardi 3 octobre 2023
lundi 2 octobre 2023
correcDM
1/ Tous les éléments chimiques ne sont pas apparus en même temps dans l'Univers : H+He puis C, N, ….
les plus légers en premier, les plus lourds ensuite
2/ Soleil = H+He ;
Terre = Fe+O+Si+Mg+(Al+K….)
3/ vivant = H+ O+ C+ N+(P+S)
4/ Les éléments se sont formés par réactions nucléaires : cf cours de physique
5/ Les éléments chimiques qui composent le corps humain sont créés au cœur des étoiles, d'où l'expression poétique de l'astrophysicien Hubert Reeves, qui a écrit que les hommes sont constitués de « poussière d'étoiles » issue des cendres des réactions nucléaires qui ont rythmé la vie d'anciennes étoiles avant leur explosion et l'ensemencement ultérieur de la nébuleuse solaire
6/ Les êtres vivants sont constitués à partir d’éléments chimiques disponibles sur la planète Terre : ce sont les atomes C,H,O,N,(P,S,...) présents dans les roches, l’air ou l’eau que l’on retrouve dans les êtres vivants
7/
minéral |
organique |
le calcaire ( CaCO3) |
L'acide linoléique ( C18H32O2 ) |
L'acide sulfurique ( H2SO4) |
L'aspartame ( C14H18N2O5 ) |
Le gypse ( CaSO4 ) |
La glycine ( C2H5NO2 ) |
Eau (H2O) |
L'adénosine triphosphate ( C10H16N5O13P3 ) |
Dioxyde de Carbone (CO2) |
Le glycéraldéhyde ( C3H6O3 ) |
Dioxygène (O2) |
Le ribulose bisphosphate ( C5H12O11P2 ) |
|
L'uridine ( C9H12N2O6 ). |
|
Méthane (CH4) |