Netothèque

QCM de spé 1ères : https://www.qcm-svt.fr/QCM/public-1ere-Spe-SVT.php

logiciels : http://acces.ens-lyon.fr/acces/thematiques/limites/outils/logiciels

http://svt.ac-amiens.fr/040-vue-d-ensemble-des-logiciels-de-m-madre.html

logiciel « radiochronologie » : http://svt.ac-amiens.fr/040-vue-d-ensemble-des-logiciels-de-m-madre.html

jeu « radioactive dating game » : https://phet.colorado.edu/fr/simulation/legacy/radioactive-dating-game

pour apprendre à reconnaître les minéraux et roches : manuel p.398-399

tableau récapitulatif Dijon (doc) : http://svt.ac-dijon.fr/dyn/article.php3?id_article=261

collection de roches : http://geoeco.ifrance.com/g%E9ologie/collec.html

collection de lames minces : http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/photossql/photos.php?TopicID=Lames

clef de détermination Tlse (html) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/segui/mineralogie/fiche.htm

clef de détermination Oehmichen (pdf) : http://www.google.fr/url?sa=t&rct=j&q=identification+min%C3%A9raux+microscope&source=web&cd=1&ved=0CCUQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.lyc-oehmichen.ac-reims.fr%2Fcontenu%2Fdiscipline%2Fsvt%2F01_Pour_Observation2%2FIdentification_des_mineraux.pdf&ei=ih9kUP_rKorM0AWbjoCoCg&usg=AFQjCNHuA10fkEWvcu9xBWoHpXz13EnO9Q

clef de détermination Grbl : http://www.ac-grenoble.fr/svt/SITE/prof/outiensei.htm

atlas rocks & minerals / Ratajeski : http://www.geolab.unc.edu/Petunia/IgMetAtlas/mainmenu.html

atlas minerals / Siddall, London : http://www.ucl.ac.uk/~ucfbrxs/PLM/PLMhome.html

atlas de roches et minéraux webminéral BRGM :

atlas de minéraux : http://www.brocku.ca/earthsciences/people/gfinn/minerals/database.htm

atlas de lames minces Minéraux et roches / Aubry, Caen : http://www.discip.crdp.ac-caen.fr/svt/cgaulsvt/travaux/Micropol/index.html

article de minéralogie au microscope polarisant : http://www.svt-monde.org/spip.php?article26

prezzi des roches à connaître : http://prezi.com/aanufhjcxh-p/?utm_campaign=share&utm_medium=copy

Bilan / chronologie absolue

capacités :

Utiliser les relations géométriques pour établir une succession chronologique d’événements à partir d’observations à différentes échelles et sur différents objets (lames minces observées au microscope, affleurements, cartes géologiques).

Observer une succession d’associations fossiles différentes dans une formation géologique et comprendre comment est construite une coupure stratigraphique (par exemple par l’étude des successions d’ammonites, de trilobites ou de foraminifères).

Comprendre les modalités de construction de l’échelle stratigraphique ; discuter les fondements et la validité des différents niveaux de coupures.

Observer les auréoles liées à la désintégration de l’uranium dans les zircons au sein des biotites.

Mobiliser les bases physiques de la désintégration radioactive.

Identifier les caractéristiques (demi-vie ; distribution) de quelques chronomètres reposant sur la décroissance radioactive, couramment utilisés dans la datation absolue : Rb/Sr, K/Ar, U/Pb.

Comprendre le lien, à partir d’un exemple, entre les conditions de fermeture du système (cristallisation d’un magma, ou mort d’un organisme vivant) et l’utilisation de chronomètres différents.

Extraire des informations à partir de cartes géologiques ; utiliser les apports complémentaires de la chronologie relative et de la chronologie absolue pour reconstituer une histoire géologique.

connaissances :

La désintégration radioactive est un phénomène continu et irréversible ; la demi-vie d’un élément radioactif est caractéristique de cet élément.

La quantification de l’élément père radioactif et de l’élément fils radiogénique permet de déterminer l’âge des minéraux constitutifs d’une roche.

Différents chronomètres sont classiquement utilisés en géologie. Ils se distinguent par la période de l’élément père.

Le choix du chronomètre dépend de l’âge supposé de l’objet à dater, qui peut être appréhendé par chronologie relative.

Les datations sont effectuées sur des roches magmatiques ou métamorphiques, en utilisant les roches totales ou leurs minéraux isolés.

L’âge obtenu est celui de la fermeture du système considéré (minéral ou roche). Cette fermeture correspond à l’arrêt de tout échange entre le système considéré et l’environnement (par exemple quand un cristal solide se forme à partir d’un magma liquide). Des températures de fermeture différentes pour différents minéraux expliquent que des mesures effectuées sur un même objet tel qu’une roche, avec différents chronomètres, puissent fournir des valeurs différentes.

Notions fondamentales : chronologie, principes de datations absolue, chronomètres.

Précisions : la connaissance de l’échelle stratigraphique internationale n’est pas attendue. On se limite en chronologie absolue à l’étude des roches magmatiques pour laquelle la fermeture du système est due à l’abaissement de la température au-delà d’un certain seuil. L’étude des principes physiques de la désintégration des éléments radioactifs servant aux datations et les développements mathématiques permettant de déterminer l’âge des roches ne sont pas exigibles.

 

MINERAUX	Catégorie		loupe	Lum polarisée	lum polarisée& analysée
Quartz	Quartz		Translucide-gris	transparent	n&b, forme puzzle
Orthose	Feldspath	alcalin	coloré gris ou rose	transparent, « poussiéreux »	n&b, mâcles « toit » « réglisse-menthe »
Sanidine
Anorthite		plagioclase			n&b, mâcles « code barre »
Plagioclase
Muscovite	Mica	blanc		transparent, clivage	Coul viv, clivage en long, forme « bout parquet »
Biotite		noir	paillettes noires	brun acajou, clivage
Fayalite	Olivine = Péridot		vert transparent	Ovoïde, transparent, relief, craquelures	Couleurs vives, craquelure « olive »
Forstérite
Jadéïte	Pyroxène		noir	Transp à vert jaune, clivages	Couleurs vives, 2 clivages à 87° ou 90°
Augite
Omphacite
Actinote	Amphibole		vert	Vert, clivages	Couleurs vives, 2 clivages à 120°
Glaucophane			bleu foncé	bleu, clivages
Horblende			marron vert	Brun vert, clivages
Grenat	Grenat		rose à rouge	rose pâle, losange	blanc ou noir, losange

 

video 4'37" :+ échelle temps https://youtu.be/6Ojagf3S0Qo?si=NzVWXltzGOIvlsUI

comment sait-on tout cela ?

1,2/ La formation de l'atmosphère

Analyser des données , en lien avec l’évolution de la composition de l’atmosphère au cours des temps géologiques.

Manuel p.30

Déterminer l’état physique de l’eau pour une température et une pression donnée à partir de son diagramme d’état.

Manuel doc.3 p.31

Mettre en relation la production de O₂ dans l’atmosphère avec des indices géologiques (oxydes de fer rubanés, stromatolithes ...).

Ajuster les équations des réactions chimiques d’oxydation du fer par le dioxygène.

Manuel p.32-33-34

L’atmosphère primitive ne contenait pas d’O₂. Aujourd’hui, on peut y mesurer 21%. Il existe donc une évolution du taux d’O₂ au cours de l’histoire de notre planète et on peut retrouver, au sein des roches sédimentaires, les indices de cette évolution. On trouve, dans la région de Johannesburg, des formations particulières où il y a alternance entre des niveaux riches en silice et des niveaux riches en fer (Fe₂O₃) sous sa forme oxydée soit Fe³⁺. On nomme ces formations les BIF (Banded Iron Formations : formations de fer rubanées). Pour que les BIF puissent voir le jour, il faut que le fer puisse arriver jusqu’à l’océan. Or, s’il est oxydé dans les cours d’eau continentaux, il précipite et ne peut atteindre la mer. Le fer doit donc arriver en mer sous sa forme réduite, Fe²⁺, ce qui induit un milieu sans O₂. En revanche, sa précipitation océanique implique un milieu oxydant, donc oxygéné. Cette oxygénation est discontinue et disparate, d’où la répartition parsemée des BIF. Cette répartition parsemée est liée à l’existence de zones où se développent des structures bioconstruites appelées « Stromatolites » qui produisent de l’oxygène. Le début de l’histoire de la Terre est marqué par des conditions réductrices aussi bien dans les océans qu’au niveau de l’atmosphère. Cependant, malgré cet environnement globalement réducteur, il existait des milieux océaniques confinés riches en oxygène, donc oxydants. L’activité photosynthétique de faible ampleur réalisée par les cyanobactéries engendre un premier temps de dégagement d’O₂ discontinu à l’origine des précipitations d’oxyde de fer ou BIF. Les témoins de cette activité photosynthétique sont des bioconstructions calcaires, appelées stromatolites. Du grec στρώμα (strôma, tapis) et λίθος (lithos, pierre). Les stromatolites sont toujours présents et actifs aujourd’hui. Les stromatolites sont des concrétions calcaires d’origine biologique dues à l’activité de cyanobactéries. Ces micro-organismes recouvrent le support et forment un voile gluant. Leur activité photosynthétique induit la précipitation des carbonates qui sont piégés dans ce voile et forment un encroûtement. La superposition des lamines constitue la structure du stromatolite. L’oxygène produit par les cyanobactéries et libéré dans l’océan va donc pouvoir interagir avec les autres éléments dissous en les oxydant. Une fois que tous les éléments oxydables présents dans les océans ont été oxydés, l’O₂ peut s’accumuler sous forme dissoute dans le milieu marin. Puis l’équilibre chimique des éléments entre les enveloppes fluides de la Terre induit une diffusion, donc un dégagement d’O₂ dans l’atmosphère. Ainsi, l’atmosphère jusqu’ici réductrice commence à s’oxyder. Il existe deux types de gisements : les fers rubanés, qui représentent 90% des réserves mondiales, et les couches rouges continentales, dont le fer provient de l'altération des roches des continents, il est à l'état d'oxydes et donc de Fe³⁺. Ils se sont formés au contact d'une atmosphère contenant de l'oxygène. Leur apparition puis leur développement entre 2 Ga et 1,5 Ga est la preuve de la mise en place d'une atmosphère de plus en plus riche en oxygène. On trouve, à partir de 2,2 Ga, des formations continues et de grandes épaisseurs d’oxydes de fer en milieu continental un peu partout dans le monde que l’on nomme « redbeds ». Ces sédiments avoisinent au total 1016 tonnes, soit 80 % des réserves mondiales. Au niveau mondial, on trouve principalement les BIF entre 3,8 et 2 milliards d’années avec un paroxysme au passage Archéen-Protérozoïque. Durant les 200 millions d’années suivants, on trouve quelques formations rubanées, puis elles disparaissent. Tout le fer soluble dans l’océan a donc été oxydé.

L'atmosphère initiale était composée de 83% de vapeur d'eau, 12% de CO₂, 5% de N₂.
Il y a 4,4 milliards d'années environ, la température diminuant, la vapeur d'eau présente dans l'atmosphère s'est condensée et a formé les océans. L'atmosphère s'est ainsi en partie vidée de sa vapeur d'eau. En précipitant, la vapeur d'eau a entraîné le CO₂ atmosphérique qui s'est retrouvé piégé dans les océans, ce qui a permis de former des roches carbonatées.
Il y a 3,5 milliards d'années sont apparues les cyanobactéries. Les cyanobactéries sont des bactéries photosynthétiques.

Il y a environ 4,6 Ga (milliards d’années), l’atmosphère primitive était composée de N₂, CO₂ et H₂O. Sa composition actuelle est d’environ 78 % de N₂ et 21 % de O₂, avec des traces d’autres gaz (dont H₂O, CO₂, CH₄, N₂O).

Le refroidissement de la surface de la Terre primitive a conduit à la liquéfaction de la vapeur d’eau présente dans l’atmosphère initiale. L’hydrosphère s’est formée, dans laquelle s’est développée la vie.

Les premières traces de vie sont datées d’au moins 3,5 Ga. Par leur métabolisme photosynthétique, des cyanobactéries ont produit le dioxygène qui a oxydé, dans l’océan, des espèces chimiques réduites. Le dioxygène s’est accumulé à partir de 2,4 Ga dans l’atmosphère. Sa concentration atmosphérique actuelle a été atteinte il y a 500 Ma environ. Les sources et puits de dioxygène atmosphérique sont aujourd’hui essentiellement liés aux êtres vivants (photosynthèse et respiration) et aux combustions.

2/ Sortie géologique

- Décrire la composante géologique d’un paysage avec ses reliefs, ses pentes et ruptures de pente, et proposer des hypothèses sur leurs origines.

- Extraire des données, issues de l’observation d’un paysage local, de manière directe (observations, relevés, etc.)

- Relier reliefs et circulation de l’eau.

- Relier la nature de la roche à sa résistance à l’altération.

Les marnes sont plus tendres que les calcaires.

L’eau creuse la roche pour former le relief.

Selon la dureté de la roche, l’eau creuse plus ou moins.

L’érosion affecte la totalité des reliefs terrestres.

L’eau est le principal facteur de leur altération et de leur érosion.

 

5/ Datation d’une roche par radiochronologie

utiliser les apports complémentaires de la chronologie relative et de la chronologie absolue pour reconstituer une histoire géologique.

Datez une roche à l’aide des données de l’échantillon

5bis/Observation de lames minces de roches au microscope

Observez une roche au microscope, identifiez les minéraux

prezzi des roches à connaître : http://prezi.com/aanufhjcxh-p/?utm_campaign=share&utm_medium=copy

FT fournies au TP de Bac (ECE) : https://tribu.phm.education.gouv.fr/portal_v2/tribu-app/document?id=securite-dans-les-labo-svt

collection de lames minces : http://www.lame-mince.com/examples-lame-mince.html

article de minéralogie au microscope polarisant : http://www.svt-monde.org/spip.php?article26

site complet : http://ressources.unisciel.fr/petronille/co/module_petronille.html

lames minces en photo : http://avg85.fr/category/lames-minces-de-roches/

site de F.Laubane : http://www.macromicrophoto.fr/petrography/index.html

La quantification de l’élément père radioactif et de l’élément fils radiogénique permet de déterminer l’âge des minéraux constitutifs d’une roche. Les datations sont effectuées sur des roches magmatiques ou métamorphiques, en utilisant les roches totales ou leurs minéraux isolés. L’âge obtenu est celui de la fermeture du système considéré (minéral ou roche). Cette fermeture correspond à l’arrêt de tout échange entre le système considéré et l’environnement (par exemple quand un cristal solide se forme à partir d’un magma liquide). Des températures de fermeture différentes pour différents minéraux expliquent que des mesures effectuées sur un même objet tel qu’une roche, avec différents chronomètres, puissent fournir des valeurs différentes.

Netothèque

QCM de spé 1ères : https://www.qcm-svt.fr/QCM/public-1ere-Spe-SVT.php

logiciels : http://acces.ens-lyon.fr/acces/thematiques/limites/outils/logiciels

http://svt.ac-amiens.fr/040-vue-d-ensemble-des-logiciels-de-m-madre.html

logiciel « radiochronologie » : http://svt.ac-amiens.fr/040-vue-d-ensemble-des-logiciels-de-m-madre.html

jeu « radioactive dating game » : https://phet.colorado.edu/fr/simulation/legacy/radioactive-dating-game

pour apprendre à reconnaître les minéraux et roches : manuel p.398-399

tableau récapitulatif Dijon (doc) : http://svt.ac-dijon.fr/dyn/article.php3?id_article=261

collection de roches : http://geoeco.ifrance.com/g%E9ologie/collec.html

collection de lames minces : http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/photossql/photos.php?TopicID=Lames

clef de détermination Tlse (html) : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/segui/mineralogie/fiche.htm

clef de détermination Oehmichen (pdf) : http://www.google.fr/url?sa=t&rct=j&q=identification+min%C3%A9raux+microscope&source=web&cd=1&ved=0CCUQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.lyc-oehmichen.ac-reims.fr%2Fcontenu%2Fdiscipline%2Fsvt%2F01_Pour_Observation2%2FIdentification_des_mineraux.pdf&ei=ih9kUP_rKorM0AWbjoCoCg&usg=AFQjCNHuA10fkEWvcu9xBWoHpXz13EnO9Q

clef de détermination Grbl : http://www.ac-grenoble.fr/svt/SITE/prof/outiensei.htm

atlas rocks & minerals / Ratajeski : http://www.geolab.unc.edu/Petunia/IgMetAtlas/mainmenu.html

atlas minerals / Siddall, London : http://www.ucl.ac.uk/~ucfbrxs/PLM/PLMhome.html

atlas de roches et minéraux webminéral BRGM :

atlas de minéraux : http://www.brocku.ca/earthsciences/people/gfinn/minerals/database.htm

atlas de lames minces Minéraux et roches / Aubry, Caen : http://www.discip.crdp.ac-caen.fr/svt/cgaulsvt/travaux/Micropol/index.html

article de minéralogie au microscope polarisant : http://www.svt-monde.org/spip.php?article26

prezzi des roches à connaître : http://prezi.com/aanufhjcxh-p/?utm_campaign=share&utm_medium=copy

Bilan / chronologie absolue

1,2/ généralisation alimentaire pour donner des idées

« Quis, Quid, Ubi, Quibus auxiliis, Cur, Quomodo, Quando » Quintilien, père de la rhétorique au 1er siècle après J.C. : « Qui, quoi, où, avec quels moyens, pourquoi, comment, quand ? »

QQQCCOQP : Qui ? Quoi ? Comment ? Combien ? Où ? Quand ? Pourquoi ?

5W « who did what, where and when, and why »

microbiologie alimentaire :

1. pourquoi faire ? risques, dangers, équilibre microbiote et matrice alimentaire

2. qui, quoi, quels microbes ?

3. où & quand ? couples dangers-aliments

4. comment, quelles techniques d'analyse ?

1,2,1/ Risques, dangers, équilibre microbiote et matrice alimentaire

Maladies alimentaires

Alimentation = danger ?

l’alimentation n’est pas un danger mais il est possible de rencontrer des dangers dans notre alimentation, l’alimentation peut représenter un RISQUE pour le consommateur, ce RISQUE est VARIABLE selon les INDIVIDUS & les POPULATIONS

« Les maladies d’origine alimentaire sont pour la pluspart des anadémies, c.a.d des maladies épidémiques non contagieuses contractées à partir d’une source commune. » M.Naïtali. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017

Nombre de cas/an difficle à estimer : selon InVS & Anses 2004 : 52 000 à 82 000 bactérioses + 70 000 viroses + 117 000 parasitoses = 250 000 total

En général nombre de cas et gravité faible, peu mortelles, mais coût économique fort : soins + chutte des ventes

Les maladies dues à des agents biologiques entéropathogènes sont regroupées sous le nom de ToxiInfections Alimentaires

Individuelle = sporadique

Collective = épidémique

Microbes et matrice alimentaire : un équilibre dynamique

« La rencontre de deux boîtes noires : d’un côté un aliment à la structure mystérieuse, de l’autre un tube digestif tout aussi, sinon plus, mystérieux, avec à la sortie un sujet en bonne santé.

Dans notre société actuelle, la valeur santé des aliments est au premier rang des préoccupations des individus. Le malheur est que le plus souvent l’avis des incompétents prédomine sur les données sérieuses des nutritionnistes. Sans parler du fer des épinards rendu célèbre par la faute de frappe d’une pauvre dactylo, nous sommes tous les jours inondés de messages incohérents du style « le calcium du lait est mal absorbé. »

« Il a été estimé que le tube digestif d’un homme traite environ cent tonnes d’aliments au cours de sa vie, et le plus souvent sans incident majeur. D’autres estiment qu’il s’agit d’un organe intelligent puisqu’il est très riche en neurones (autant de neurones dans le tube digestif que dans la moelle épinière). »

Jean Fioramonti, Directeur de recherche à l’Inra, département Alimentation humaine. Structure des aliments et effets nutritionnels. https://www.quae.com/extract/2612

un équilibre dynamique entre systèmes immunitaire, digestif, nerveux, microbiote et matrice alimentaire

Les microorganismes ne sont jamais en culture pure

Les mieux adaptés se reproduisent et s’implantent

Les µβ libres ou associés, mobiles (plancton) ou fixés (biofilm) forment un microécosystème ou écosystème microbien

matrice alimentaire = Flore initiale + technologique

+ Flore mutualiste, commensale, bénéfique, symbiotique, d’amélioration

+ Flore pathogène, parasite, d’altération

air, eau, terre : Contamination ou Enrichissement ?

Conditions nutritives :

• C, H, O, N, P, S, Ca, , Cu, ...

• Gaz O₂, CO₂,

• Molécules

• Macromolécules

Conditions physicochimiques :

• Acidité / alcalinité (pH)

• Tempértature

• Eau disponible (aW)

• Potentiel redox (rH = POR)

• Pression

• Lumière

Les fermentations permettent amélioration et conservation des aliments

Glycolyse : C6H12O6 → 2 C₃H₄O₃

Fermentation lactique : 2 C₃H₄O₃ + 2H⁺ → 2 C₃H₆O₃

Fermentation alcoolique : 2 C₃H₄O₃ + 4H⁺ → 2 C₂H₆O + 2 CO₂

Fermentation acétique : 2 C₃H₄O₃ + O₂ → 2 CH₃COOH + H₂O

Fermentation propionique : 3 CH₃-CHOH-COOH → 2 CH₃CH₂COOH + CH₃COOH + CO₂ + H₂O

Stinky And Delicious: Why Fermentation Makes Great Food : https://www.sciencefriday.com/educational-resources/fermentation-makes-great-food/

Microbiote : bicénose du microbiome, espèces autrefois regroupées sous le terme microflore, c'est-à-dire celles qui prédominent ou sont durablement adaptées à la surface et à l'intérieur d'un organisme vivant. Chaque organisme impliqué est qualifié de microbionte ou symbionte, par opposition au pathobionte, micro-organisme opportuniste résidant au sein du microbiome, et potentiellement pathogène.

Microbiome : aire biotique, niche écologique, biotope du microbiote. En anglais, le terme microbiome fait référence aux génomes (données génétiques) d'un microbiote. Cette définition ne semble cependant pas faire consensus parmi les auteurs français...

Pouvoir pathogène // défenses de l'hôte

= propriétés biologiques provoquant la maladie :

- infectieux (dépendant des nutriments disponibles)

- invasif

- résistant

- toxicogène

Pénétration

Implantation

Multiplication

Dissémination

Lésions

Adhésion simple

Adhésion & destruction de la bordure en brosse

Multiplication & colonisation

Invasion des entérocytes

Multiplication intraphagosomale ou intracytoplasmique

Invasion des cellules M, dendritiques,

Dissémination sanguine, lymphatique, générale

Défenses de l’hôte :

Estomac : barrière acide

Intestin

cellules absorbantes,

cellules caliciformes à mucus

cellules membraneuses (M)

mucus

micorbiote

Système immunitaire

inné rapide / phagocytes

acquis/adaptatif / lymphocytes

Disponibilité nutritionnelle

Disponibilité du fer

Hôte ± sensible

Hôte à risque YOPI :

jeunes enfants,

personnes agées

femmes enceintes

immunodéprimés

1,2,2/ Microbes visés par les critères microbiologiques

	rapport 2020 EFSA (European Food Safety Authority)	rapport 2008-2013 santé publique France	F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017. p.7..	Dromigny, Eric : "les critères microbiologiques des denrées alimentaires". Lavoisier, Paris 2021. p.521
Eucaryote		Anisakis Diphyllobothrium latum Echinococcus multilocularis Fascicola hepatica Taenia saginata Toxoplasma gondii Trichinella	Anisakis Cyclospora cayetanensis Echinococcus multilocularis Fascicola hepatica Giardia Taenia saginata Toxoplasma gondii Trichinella
Mycètes				Alternaria Aspergillus Botrytis Cladosporium Fusarium Hansenula Kluyveromyces Mucor Penicilium Pichia Rhizopus Saccharomyces Verticillium
Algues				Alexandrium Dinophysis Gamberdiscus Gonyaulax Prorocentrum
Bactéries	Campylobacter Escherichia coli (EHEC) Listeria monocytogenes Salmonella Yersinia enterocolitica Y. pseudotuberculosis	Bacillus cereus Campylobacter Clostridium botulinum Clostridium perfringens Lysteria monocytogenes Salmonella Shigella Staphylococcus aureus STEC Yersinia	Bacillus cereus Brucella Campylobacter Clostridium botulinum Clostridium perfringens Cronobacter Cryptosporidium Lysteria monocytogenes Salmonella Shigella Staphylococcus aureus STEC Vibrio parahaemolyticus Yersinia enterocolitica	Bacillus Campylobacter Clostridium Enterobacter Escherichia Klebsiella Lactobacillus Listeria Proteus Salmonella Shigella Staphylococcus Streptococcus Vibrio Yersinia
Virus		Norovirus Hepatite E + A	GEA Hepatite E + A	Adénovirus Entérovirus Hépatovirus Norovirus Rotavirus
Toxines			biotoxines marines ciguatoxine histamine	Entérotoxine de B.Cereus Entérotoxine staphyloccocique Toxine émétique de B.Cereus Toxine botulique Histamine

1,2,3/ Réservoirs pathogènes

En général un aliment ne devient dangereux qu’à l’occasion de 4 phénomènes successifs :

1/ Contamination initiale par µb pathogène ou d’altération

2/ Développement abondant => 100 000 µb/g en général

3/ Survie en grand nombre de la population microbienne

Cellule parasite (ex : Listeria)

Toxine endogène (ex : botox)

Toxique exogène (ex : histamine)

Enzyme d’altération (ex : protéase)

4/ Consommation par personne sensible (YOPI : Young, Old, Pregnant, Immunodeficient)

+ Facteurs de risques de contamination, croissance, production toxique

+ influence du temps, témpérature, Aw = P/P0, pH = - Log[H⁺], [O₂]

couples dangers-aliments

1,2,4/ Méthodes d’analyse microbiologiques

Descendantes (top-down) : Données épidémiologiques :

• Investigations épidémiologiques

• Données de TIAC

• Études cas-témoins

• Typage microbiologique (phénotype, génotype)

• Sérotypage

• MLST multilocus sequence typing

• Comparaison de sous-types de souches

Ascendantes (bottom-up) : Appréciation quantitative des risques :

• => Modèles et/ou données de croissance, survie, transfert

• => Données d’exposition

• => Modèle dose-réponse

Elicitation de connaissances d’experts (l'élicitation est l'incitation d'un locuteur à un autre à statuer sur différentes hypothèses, c'est-à-dire à introduire chez lui le recours à sa compétence/performance.)

Analyse statistique

Le comité d'experts spécialisé (CES)

« Evaluation des risques biologiques dans les aliments » a pour missions : l’évaluation

• des risques alimentaires liés aux micro-organismes pathogènes (virus, bactéries, parasites, moisissures)

• des risques liés à l’évolution des modes de préparation et de consommation des aliments

• des risques microbiologiques liés aux nouveaux aliments et procédés technologiques

• des options de gestion de ces risques

Le Paquet hygiène

La réglementation européenne pour la filière agroalimentaire. Entrée en vigueur au 1er janvier 2006, la réforme de la réglementation européenne relative à l’hygiène des aliments a simplifié et harmonisé les textes applicables dans l’Union européenne. Cet ensemble de textes réglementaires, appelé « Paquet hygiène », concerne l’ensemble de la filière agroalimentaire depuis la production primaire, animale et végétale jusqu’au consommateur en passant par l’industrie agroalimentaire, les métiers de bouche, le transport et la distribution (« de la fourche à la fourchette »). Son objectif est d'harmoniser le niveau de sécurité sanitaire en impliquant l'ensemble des acteurs de la chaîne alimentaire, soumis ainsi aux mêmes exigences, en officialisant la responsabilité des professionnels et en optimisant les contrôles des autorités sanitaires.

HACCP Hazard analysis and critical control point : méthode d’analyse des dangers et des points critiques pour leur maitrise

Les Guides des bonnes pratiques d'hygiène

Le recours aux guides de bonnes pratiques d’hygiène (GBPH) est fortement encouragé par la réglementation du Paquet hygiène. Un guide de bonnes pratiques d'hygiène et d’application des principes HACCP (GBPH) est un document de référence conçu par une branche professionnelle pour les professionnels de son secteur. Les guides ont pour objectif d’aider les professionnels à maîtriser la sécurité sanitaire des aliments et à respecter leurs obligations réglementaires.

Le règlement

(CE) n°2073/2005 est un texte d'application du "Paquet hygiène". Il fait la distinction entre les critères de sécurité qui indiquent "l'acceptabilité d'un produit ou d'un lot de denrées alimentaires, applicable aux produits mis sur le marché" et les critères d'hygiène des procédés qui indiquent "l'acceptabilité du fonctionnement d'un procédé de fabrication". Le non-respect d'un critère d'hygiène de procédé entraîne des actions correctives destinées à maintenir l'hygiène du procédé

Conclusion

« une bactérie pathogène ne pourrait pas causer de maladie s’il n’y avait pas d’hôte. Certaines souches de S.aureus utilisent une sur-stimulation du syst.immunitaire humain pour déclencher un choc toxique.

Il est aussi probable, concernant la pandémie récente (non alimentaire) causée par le virus Ebola en Afrique de l’Ouest, que les solutions de maîtrise de la maladie puissent ne pas être uniquement dépendantes des recherches sur l’agent pathogène maus aussi d’études menées sur les personnes qui n’ont pas été atteintes par la maladie malgré une mise en contact avec le virus (Casadevall & Pirofski 2014).

Une infection dépend toujours du contexte dynamique entre une bactérie et son hôte. Il est donc toujours important de prendre en compte à la fois le microorganisme et la sensibilité de l’hôte.

Par ailleurs, les études génomiques récentes à grande échelle montrent que les frontières entre une bactéire pathogène, opportuniste ou commensale sont de plus en plus floues. »

F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017. p.32

Références

F.Dubois, S.Dramsi, L.Guille. Risques microbiologiques alimentaires. Lavoisier Paris 2017.

Dromigny, Eric : "les critères microbiologiques des denrées alimentaires". Lavoisier, Paris 2021.

M.A.Selosse, Jamais seul.

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https://www.anses.fr/fr/content/le-paquet-hygiène

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https://www.sciencefriday.com/educational-resources/fermentation-makes-great-food/

Dictionnaire médical de l' Académie de Médecine – version 2023 : https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=archées

"À la frontière du vivant : les viroïdes" : http://isyeb.mnhn.fr/fr/actualites/la-frontiere-du-vivant-les-viroides-2737

Deltasatellite : https://viralzone.expasy.org/7778

Virus-associated small satellite RNAs and viroids display similarities in their replication strategies : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682215000641

E. coli producteurs de shigatoxines (STEC) : définitions, virulence et propriétés des souches entérohémorragiques (eHeC) : https://be.anses.fr/sites/default/files/BEP-mg-BE50-art6.pdf

Pathogenèse E.coli : http://www.ecl-lab.ca/fr/ecoli/pathogenesis.asp

Structure des aliments et effets nutritionnels https://www.quae.com/extract/2612

Bureau Veritas, des services d’essais, d'inspection et de certification (TIC). : https://www.bvna.com/fr/industrie-agroalimentaire/services/analyse-alimentaire/microbiologie-alimentaire

M.-A. SELOSSE, 2021 (Fromages au lait cru) : une extinction biologique et culturelle en cours ?

M.-A. SELOSSE, 2021 Podcast « Le vin au microscope ».

La vache est un carnivore opportuniste - Marc André Selosse : https://www.youtube.com/watch?v=OECSCbvBVNQ

Les Aliments Fermentés - Marc-André SÉLOSSE : https://www.youtube.com/watch?v=PbaBOpEtHnE

Microbiote: des bactéries qui nous veulent du bien : https://lejournal.cnrs.fr/articles/microbiote-des-bacteries-qui-nous-veulent-du-bien

https://www.who.int/fr/news/item/01-12-2021-tripartite-and-unep-support-ohhlep-s-definition-of-one-health

https://www.inrae.fr/alimentation-sante-globale/one-health-seule-sante

codex alimentarius : https://www.fao.org/fao-who-codexalimentarius/search/fr/?cx=018170620143701104933%3Aqq82jsfba7w&q=methodes+d'analyses&cof=FORID%3A9 https://www.anses.fr/fr/content/évaluation-des-risques-biologiques-dans-les-aliments https://www.anses.fr/fr/content/le-paquet-hygiène https://tice.agrocampus-ouest.fr/pluginfile.php/29732/mod_resource/content/2/higiene-alimentaire/html/d4e1881_2.html#navigation

WHO: Five keys to safer food : https://youtu.be/ONkKy68HEIM?si=O6wclKBJ6TQ2_X8w

Règlement (CE) n o 2073/2005 : https://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/?uri=celex%3A32005R2073#ntc19-L_2005338FR.01000801-E0019

https://tice.agrocampus-ouest.fr/pluginfile.php/29732/mod_resource/content/2/higiene-alimentaire/html/d4e1881_2.html#navigation https://genie-alimentaire.com/spip.php?article190

https://microbenotes.com/instruments-used-in-microbiology-lab/

1/ introduction inductive : du cas à la généralisation

L'analyse de contenu qualitative peut être réalisée de manière inductive ou déductive. L'analyse inductive signifie que les thèmes et les catégories sont déduits des données elles-mêmes, tandis que dans l'analyse déductive, les thèmes et les catégories sont définis à l'avance. https://www.gospeech.com/fr/blog/methodes-de-recherche-qualitatives 19 juin 2024

1,1/ étude d'un cas pour faire école

À partir d'un article de presse : https://www.ouest-france.fr/economie/consommation/alerte-a-la-listeria-des-produits-de-la-marque-vegan-jay-joy-retires-de-la-vente-8a986866-98c7-11ed-838e-db5cb73079c3

Vérification des données : https://www.pasteur.fr/fr/file/3252/download?token=nuSFUB9S#page=1&zoom=auto,-158,842

Recherches complémentaires

"Listeria is the causative agent of the human disease listeriosis. Listeriosis is contracted through contaminated food. Pregnant women are especially vulnerable, when bacteria may cross the placenta to infect the baby, who has no immunity. A mother may only experience mild influenza-like symptoms yet may lose her baby. Others that are also vulnerable include the elderly, persons with cancer (especially of the bowel) and those on immunosuppressive drugs. Listeria is also one of the causes of bacterial meningitis. Gram positive, regular, non-sporing, rod prokaryote. Zoonotic microorganism, domestic mammals, rodents and birds contaminate water, vegetables and cheese, which, if ingested by humans, can cause listeriosis, meningitis, septicaemia, encephalitis, food poisoning and risk of spontaneous abortion in pregnant women, an aerobic motile bacteria which is carried by domestic and wild animals. It is transmitted to humans by eating infected animal products." Science Photo Library

Histoire

1918 premier cas humain décrit par Dumon et Cotoni chez un soldat atteint de méningite

1926 Canada, Murray, Webb et Swann décrivent 6 cas de mononucléose infectieuse chez le lapin et le cobaye et en rendent responsable un germe qu’ils nomment Bacterium monocytogenes

1927 Afrique du Sud, Harvey Pirie isole le même germe que Murray chez la gerbille, atteinte de la maladie de la rivière Triger, il le nomme Listerella hepatolytica en l’honneur de Sir John Lister, chirurgien anglais émule de Louis Pasteur, à l'occasion du 100^e anniversaire de la naissance de Lister

1929 démonstration de la pathogénicité humaine

1940 nom de Listeria monocytogenes proposé à la nomenclature

1979 première éclosion documentée de listériose d'origine alimentaire chez 23 patients dans un hôpital de Boston

1981 cause alimentaire / épidémie Canada

1998 déclaration obligatoire France

Classification

Domaine : Bacteria

Embranchement : Firmicutes

Classe : Bacilli

Ordre : Bacillales

Famille : Listeriaceae

genre : Listeria (Le genre Listeria comporte 21 espèces répertoriées. L. monocytogenes, L. innocua, L. ivanovii subsp. ivanovii et subsp. londoniensis, L. seeligeri, L. welshimeri, L. grayi biovar grayi et biovar murrayi, ainsi que L. marthii, L. rocourtiae, L fleischmannii subsp. fleischmannii et subsp. coloradensis, et L. weihenstephanensis, plus récemment décrites. Deux espèces sont pathogènes. L. ivanovii, pathogène pour les animaux et rarement pour l’humain, L. monocytogenes, pathogène pour les deux.)

espèce : monocytogenes (considérée à tort dans les années 1920 comme responsable de mononucléose infectieuse)

13 sérovars (ou serovar, également appelé sérotype ou serotype) désigne une propriété antigénique permettant d'identifier une cellule ou un virus par des méthodes sérologiques, sur la base des caractéristiques de leur antigène ou protéines. La technique est souvent appelée le sérogroupage ou sérotypage ou ‘whole genome sequencing’ (WGS.)

En microbiologie, ce terme désigne, au sein d'une espèce, une population ou une souche présentant des propriétés antigéniques particulières.
Les noms des sérovars bactériens s'écrivent, à la suite du nom latin du germe, en caractères romains avec une initiale majuscule ( ex. dans un texte en romain : Salmonelle enterica sérovar Typhi). https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=serovar

5 génosérogroupes = groupe PCR déterminés par amplification en chaîne par polymérase. (PCR)

L’espèce L. monocytogenes est divisée en 13 sérovars fondés sur les antigènes somatiques et flagellaires. Depuis 2005, ces sérovars ont été remplacés par cinq génosérogroupes déterminés par PCR: IIa (sérovars 1/2a et 3a), IIb (sérovars 1/2b et 3b), IIc (sérovars 1/2c et 3c), IVb (sérovars 4b, 4d et 4e) et L (autres sérovars). Parmi ceux-ci, les génosérogroupes IVb, IIa et de IIb (par ordre d’importance) sont les plus reliés aux cas humains (EURL-L. monocytogenes, 2019). Ces dernières années, il a été démontré que le sous-typage fondé sur la séquence du génome complet (WGS) permet une discrimination supplémentaire substantielle et, par conséquent, peut être utile aux enquêtes sur les flambées épidémiques. Au sein de l’UE, la listériose constitue l’une des maladies prioritaires pour lesquelles une surveillance supranationale renforcée par une connaissance de la séquence du génome complet a été instaurée en 2018 (Van Walle et al., 2018). https://food.ec.europa.eu/document/download/78e1d571-12d5-470d-a07a-347f250ee3b8_fr?filename=biosafety_fh_guidance_listeria-monoc_profel_fr.pdf

PCR réaction de polymérisation en chaîne

PFGE typage moléculaire par électrophorèse en champs pulsé

Séquençage ARNr16S

Gram +

isolé ou en chaînettes, non sporulé

mobile à 20-25 °C / flagelle péritriche

petit bacille : 0,5 à 2 µm x 0,5 µm

Metabolisme

psychrophile [psychro : froid ← ψυχρός][philo, phile : ami ← φίλος]

halophile [halo : sel ← ἄλος]

saprophyte [sapro : pourri, moisi ← σαπρός][phyto, phyte : qui pousse ← φυτόν]

Aéro-anaérobie facultatif : la présence d'oxygène en petite quantité est préférable pour le développement de la bactérie mais elle peut s'en passer

fermente de nombreux glucides sans production de gaz : Glucose → ac.lactiq, acétiq, butyriq, isovalériq

catalase positive (en bactériologie systématique pour l'identification des bactéries. Il s'agit de mettre en contact une colonie de la bactérie à étudier en présence d'eau oxygénée (à 10 volumes). Une effervescence (dû à un dégagement de dioxygène) signe la présence d'une catalase.)

hydrolyse l’esculine

Oxydase négative

D-xylose négative

produit lécithinases

L-rhamnose positive

β-hémolytique (L. monocytogenes croît facilement en 24 h sur milieux ordinaires ou gélose au sang ou sur milieux sélectifs (acide nalidixique 40 µg/ml, colimycine 4 µg/ml, ou trypaflavine 45 µg/ml). Il est immobile à 37°C, et mobile (péritriche) à 22°C. Les colonies sont petites (1 mm), S smooth, à bords réguliers, transparentes, irisées bleu vert, entourées d'une zone d'hémolyse ß sur gélose au sang.)

API : Analytical Profile Index : This is a method used to identify bacteria based on biochemical reactions between the bacteria and various chemicals placed in the API wells. This produces a pattern of colour changes on the API strip which is a signature for a particular species of bacterium,in this case Listeria monocytogenes.

Pathologie

listériose, listerellose, maladie du silo

Durée moy. d’incubation : 18 j.

Symptômes : Fièvre, Myalgie, Dorsalgie, Céphalée, Ataxie … troubles ψ ...coma

2 formes :

• - invasives (Tableau) → septicémie, ménigites, abcès, avortement, infection neonatale

• - non-invasives rares → gastroentérites fébriles

Population sensible = personnes à risque → Taux de mortalité : 20-30 %

• femmes enceintes

• Personnes âgées > 80 ans

• Cancer, hémopathie, dialyse, diabète 1 DID, hépatopathie (cirrhose), maladie auto-immune, SIDA, transplantation d’organe, chimiothérapie, corticothérapie, trait. immunosuppresseur,

relation dose-effet inconnue

relation dose-réponse dépend de l’état immunitaire de l’hôte, voire de la virulence de la souche => seul l’état immunitaire de l’hôte est pris en compte dans les relations dose-réponse publiées.

pénétration-invasion : " Les bactéries adhèrent aux cellules par l'internaline, une protéine de surface 80 kDa, qui interagit avec la E-cadhérine, récepteurs exprimés sur certaines cellules (intestinales…).. ceci induit la phagocytose des bactéries. Une 2ème protéine de surface apparentée à l'internaline, InlB, agit pour favoriser l'entrée dans certaines cellules telles que les hépatocytes. Les bactéries sont dans les phagosomes et gagnent le cytoplasme grâce à la listériolysine O (exotoxine hémolytique) et d'une phospholipase C. Dans le cytoplasme, les bactéries se multiplient et polymérisent l'actine F en actine G, créant des "comètes" d'actine qui propulsent les bactéries hors des cellules. Ceci est due à la protéine ActA et permet la dissémination des bactéries de cellules à cellules. Dans les cellules adjacentes, les bactéries sont entourées d'une double membrane qu'elle détruise par l'action de la listériolysine O et d'une autre phospholipase." http://www.microbes-edu.org/etudiant/listeriam.html

" L’épithélium de la villosité intestinale est constitué d’entérocytes, de cellules caliciformes sécrétrices de mucus et de cellules M. Les cellules caliciformes expriment de la E-cadhérine accessible à la lumière intestinale. La villosité placentaire est recouverte d’un épithélium appelé syncytiotrophoblaste, résultat de la fusion des cellules du cytotrophoblaste sous-jacentes. Le syncytiotrophoblaste exprime de la E-cadhérine accessible au sang maternel dans lequel se trouvent les bactéries. Listeria monocytogenes traverse les cellules caliciformes sécrétrices de mucus de l’intestin ainsi que le syncytiotrophoblaste du placenta. La PI3-kinase est constitutivement activée dans les cellules caliciformes intestinales, InlA seule est donc suffisante à l’invasion bactérienne. La PI3-kinase est faiblement activée dans le syncytiotrophoblaste, ce qui explique l’action conjointe d’InlA et d’InlB pour l’invasion cellulaire de Lm. Inl : internaline ; PI3-K : phospho-inositide 3-kinase ; Lm : Listeria monocytogenes." https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/full_html/2016/07/medsci20163206p557/F1.html

" Les gènes de virulence de L. monocytogenes sont répartis en un îlot chromosomique de pathogénicité autour du gène hly (codant pour la listériolysine O), avec en amont, l'opéron lécithinase rassemblant les gènes mlp (codant une métalloprotéase zinc-dépendante nécessaire à la maturation de la phosphatidyl-choline phospholipase C) et les gènes actA et plcB , et en aval l'opéron prfA, comprenant le gène prfA . Les gènes inlA et inlB se trouvent à une certaine distance sur le chromosome. L'ensemble des gènes de virulence est contrôlé par l'activateur transcriptionnel PrfA." http://www.microbes-edu.org/etudiant/listeriam.html

Transmission

ubiquiste (présent partout à la fois) ,

tellurique (de la terre, infection ayant pour origine des microbes qui se trouvent dans le sol), très largement répandue dans l’environnement, et résistante dans le milieu extérieur (sol, lacs, rivières, eaux d’égouts ou de baies, la végétation principalement en décomposition, etc.)

Psychrotrophe (capable de survivre à basses températures) => résiste au froid

+ capacité à persister dans les ateliers et les équipements agro-alimentaires.

+ peut échapper à la pasteurisation

zoonose : dont le pathogène peut être transmis de l'animal aux humains et inversement

6 à 30 % des bovins, ovins, porcins, caprins et poulets hébergent naturellement cette bactérie dans leur tube digestif.

• ensilages mal faits (acidification insuff.)

• contamination des ruminants.

• excréments d’animaux

transmission par voie alimentaire 99 % des cas, à tous les stades de la chaîne alimentaire

transmission directe possible mais rare :

• fœtus in utero par passage transplacentaire des bactéries ou durant l’accouchement

• vétérinaires et fermiers après mise bas d’un animal infecté ou lors d’avortements liés à une listériose animale.

• transmission nosocomiale rare

" direct or indirect evidence that plants can serve as habitats for Listeria monocytogenes, the causative agent of the food-borne life-threatening disease listeriosis. The mechanisms involved in the complex interplay between plants and this bacterium are addressed, and whether this pathogen elicits an immune response in plants is discussed. The combination of plant intrinsic factors, extrinsic biotic factors, and abiotic environmental factors draws the boundaries of plant habitat colonization by L. monocytogenes." https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mbo3.1255

Épidémiologie

taux de létalité élevé (de 25 à 30 %)

taux d’hospitalisation très élevé (> 92 %)

300 cas /an en France

sporadiques [σποραδικός « sporadikos » disséminé, dispersé par opposition à épidémique et endémique]

Incidence française (Nombre de cas apparus pendant une année au sein d'une population.) : 4,9 cas de listériose/million d’habitants ; 5,2 cas pour 100 000 naissances

In the United States, an estimated 2,500 persons become seriously ill with listeriosis each year. Of these, 500 die.

Prévalence (Nombre de cas de maladies enregistrés pour une population déterminée et englobant aussi bien les nouveaux cas que les anciens cas.) : 70 épidémies dans le monde dont 7 en France

• langue de porc en gelée (en 1992 et 2000)

• rillettes (1993 et 2000)

• brie (1995)

• pont l’évêque (1997)

• époisses (1999)

• tartinettes (2002)

• mortadelle (2003)

Traitements

Sensible à tous les désinfectants (qlq souches résistantes à des ammoniums quaternaires) autorisés en IAA – Industries Alimentaires et Agricoles

Température 30’ à 60°C, 0,2 à 2’ à 70°C, D65 °C : 0,2 à 2 min, Z : 7,5 °C (4 à 11 °C)

Ionisation D10 = 0,56 kGy (0,25 – 0,77) Le gray (Gy) représente l'énergie d'un rayonnement ionisant

Lyophilisation à vérifier

Pressions 400 à 600 MPa 5 à 10 min à 20 °C ➞ 3 à 8 réductions décimales log10

pH > 10, à pH équivalent, l’acide acétique est plus inhibiteur que l’acide lactique qui est plus inhibiteur que l’acide citrique

Surveillance

LNR étudie les souches des plans de surveillance et de contrôle de la DGAL et de la DGCCRF

CNR reçoit et étudie les souches des alerteschaque semaine

DGAL Direction Générale de la Santé

CNR Centre National de Référence

LNR Laboratoire national de référence

DGCCRF Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des Fraudes

règlement (CE) n°183/2005

critères de sécurité du règlement (CE) n°2073/2005 modifié « absence dans 25 g » ou « inférieur ou égal à 100 ufc/g » cfu/g colony forming unit (unité de mesure pour dénombrer les Listeria dans les aliments)

méthode normalisée de référence pour la recherche (NF EN ISO 11290-1) et pour le dénombrement (NF EN ISO 11290-2)

Recommandations

Producteurs

qualité sanitaire des ensilages :

• maîtrise de l’acidification

• contaminations tellurique

• contaminations fécales

• Isoler les animaux malades

• hygiène de la traite

• refroidissement rapide du lait

Opérateurs

• bonnes pratiques d’hygiène

• bonne maîtrise de l’environnement de production

• nettoyabilité complète+ séchage des locaux et des équipements

• plan de surveillance de la contamination

• chaîne du froid

• DLC date limite de consommation

• tests de vieillissement NF V01-003

• tests de croissance NF V01-009

• Microbiologie prévisionnelle ↔ historique des résultats de l’entreprise ↔ procédé de transformation

Consommateurs

• Réfrigérateur tenu < +4°C

• A! produits crus

• Nettoyer aliments souillés

• Pas d’aliments non emballés sur étagères

• Nettoyer ustensiles et surfaces de travail

• Laver les mains

• Laver les légumes et herbes aromatiques

• Conserver les restes < 3 jours

• Réchauffer à T interne >+70 °C

• A! DLC date limite de consommation

• consommer le plus rapidement possible les produits à la coupe

• A! les fromages au lait cru surtout à pâte molle, le fromage vendu râpé, la croûte des fromages, les poissons fumés, les coquillages crus, le tarama, les graines germées crues et les produits de charcuterie cuite /pers.à risque

Thérapeutique

L. monocytogenes est sensible à la plupart des antibiotiques actifs sur les bactéries à Gram+ telles pénicillines (AMX, amoxicilline), aminoglycosides (K, kanamycine; GM, gentamicine) à l'exception notable des céphalosporines de 2 ème et 3ème génération (FOX, céfoxitine; CXM, céfuroxime; CAZ, ceftazidime; CTX, céfotaxime; MOX, latamoxef), le triméthoprime-sulfaméthoxazole et la rifampicine.

Le traitement de choix d'une listériose neuroméningée est l'association ampicilline-aminoside. Chez l'adulte, l'ampicilline est administrée par voie veineuse à la dose de 200 mg/kg/jour. Chez le nouveau-né et l'enfant, la dose d'ampicilline est portée à 400 mg/kg/jour pendant les premiers jours de l'infection.

References

P.Piveteau : risques microbiologiques alimentiares. Lavoisier Paris 2017. p.481

Eric Dromigny : les critères microbiologiques des denrées alimentaires". Lavoisier, Paris 2021.

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https://sante.gouv.fr/soins-et-maladies/maladies/maladies-infectieuses/article/listeriose

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https://www.pasteur.fr/sites/default/files/rubrique_pro_sante_publique/les_cnr/listeria/cnr-listeria-rapport-2012-site-web.pdf

https://www.sciencesetavenir.fr/sante/qu-est-ce-que-la-listeria-la-bacterie-de-la-listeriose_163421

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https://fr.wikipedia.org/wiki/Listeria_monocytogenes

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https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/biosecurite-biosurete-laboratoire/fiches-techniques-sante-securite-agents-pathogenes-evaluation-risques/listeria-monocytogenes.html

http://unt-ori2.crihan.fr/unspf/2009_Angers_Cottin_ListeriaMonocytogenes/co/zModule_cas05.html

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https://www.academie-medecine.fr/croissance-microbienne-et-froid-etude-du-cas-particulier-de-listeria-monocytogenes/

https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2019/07/BACTERIE_Listeria.pdf

https://www.vigilab.com/documentation/fiches-microbiologie/listeria-sp-et-l-monocytogenes

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https://www.creative-diagnostics.com/listeria-monocytogenes-based-vaccines.htm

Alice Lebreton, Hélène Bierne, Pascale Cossart. Les multiples stratégies de Listeria. Pour la science, 2012, 412, pp.42-49. hal-01204374

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https://www.researchgate.net/figure/Common-routs-of-entry-for-Listeria-in-food-processing-facilities_fig3_359084731

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https://www.researchgate.net/figure/Nombre-de-cas-de-listeriose-declares-par-an-en-France-entre-1999-et-2013_fig2_263483910

Maintenant, c’est à vous !

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MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE

6 x 3h cours L3 & Lpro + 2 x 3h de TD LPro MRI2A

1. Lundi 15/09 de 13H30 à 16H30 

2. Lundi 22/09 de 13H30 à 16H30 

3. Lundi 29/09 de 13H30 à 16H30 

4. Lundi 06/10 de 13H30 à 16H30 + exposés

5. Lundi 13/10 de 14H à 17H + exposés

6. Lundi 17/11 de 13H30 à 16H30 + exposés

7. Lundi 25/11 de 13H30 à 16H30 TD (exposés) LPro MRI2A .

8. Lundi 02/12 de 13H30 à 16H30 TD (exposés) LPro MRI2A .

Exposés / 2 ou 3 étudiants :

• mise en situation / cas historique relayé dans les médias

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• QQQCOQP µb, aliment, gestion cas, méthode, normes, répercution éco, sociale, sécu-sanitaires

• élaboration d'un diaporama

• présentation < 1h

• questions

Notes :

• contrôle continu = Exposés

• examen final = devoir surveillé terminal (DST) = QCM+QRC+rédac / 30 pts

Traces :

• Moodle

• Blog : https://biogeologue.blogspot.com/search/label/L3

• Tableau partagé à remplir : https://lite.framacalc.org/328t4o5nye-a307

Plan :

• introduction inductive : du cas à la généralisation

  • étude d'un cas pour faire école

  • généralisation alimentaire pour donner des idées d'exposés

  • microbiologie générale

vers l'"infiniment" petit (et au delà ?):

1. parasitologie : zoologie :

• plan phylogénétique

2. mycologie :

• Taille, forme

• Composition & Métabolisme

• Croissance & Reproduction

• Classification & Evolution

• Biotopes & Réservoirs

• Application & Utilisation

3. bactériologie :

• Taille, forme

• Composition & Métabolisme

• Croissance & Reproduction

• Classification & Evolution

• Biotopes & Réservoirs

• Application & Utilisation

4. virologie :

• Taille, forme

• Composition & Métabolisme

• Croissance & Reproduction

• Classification & Evolution

• Biotopes & Réservoirs

• Application & Utilisation

• conclusion et ouverture :

  • ± quelques problèmes de classification

  • ± histoire de la microbiologie

  • ± techniques d'analyses µbiologiques

  • ± microbiote

Glossaire des acronymes et abréviation

AFSSA : Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments

ANSES : Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail

EFSA : European Food Safety Authority

BEH : Bulletin Epidémiologique Hebdomadaire

CAC : Codex alimentation Commission

CNR : Centre National de Référence

DDASS : Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales

DGAL : Direction Générale de la Santé

DGCCRF : Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des Fraudes

DGS : Direction Générale de la Santé

DO : Déclaration Obligatoire

HACCP : Hazard analysis and critical control point : méthode d’anlayse des dangers et des points critiques pour leur maitrise

InVS : Institut de Veille sanitaire

LNS : Laboratoire National de la Santé

MN : Materno-neonatal

MONALISA : Multicentric Observational National Analysis of LISteriosis and ListeriA PHRC

NCT01520597

PFGE : Pulsed Field Gel Electrophoresis : Electrophorèse en gel pulsé

PMS : plan de maitrise sanitaire

RNSP : Réseau National de Santé Publique

RNTMT : Réseau National Téléinformatique sur les Maladies Transmissibles

TIAC : Toxi Infection Alimentaire Collective

YOPI : Young, Old, Pregnant, Immunodeficient : population à risque, personnes sensibles.