FT : logiciels banques de séquences moléculaires
On dispose de plusieurs logiciels pour le
traitement des séquences des gènes :
- SeqaidII : ce logiciel gratuit est
déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions
d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences :
http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/
- Anagène :
logiciel sous windows diffusé
par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.
- Genigen
FT fournies au TP de Bac (ECE) :
http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1
A4 : Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène
Ouvrir le logiciel Anagène
-
Ouvrir les fichiers « béta »,
« alpha 1 », « gammaA » et « delta »
des « gènes de globines »
-
Sélectionner « béta » comme
séquence de référence
-
Réaliser une « comparaison avec
discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA »
et « delta ».
-
Afficher le pourcentage d’identité des
différentes globines (bouton « i »)
-
Recommencer en choisissant une autre
globine comme référence.
-
Présenter vos résultats dans un tableau à
double entrée
Qd vous avez fini :
-
Comparez les genes homéotiques :
comparer les séquences « .adn » des gènes homéotiques
« boxB4 » - prendre les informations « i »
pour avoir les % d'identité – construire un tableau des
identités, appelé matrice en phylogénèse.
-
Comparez les genes des opsines
→ matrice [tableau] des différences ou
des identités selon choix de comparaison simple ou avec
discontinuité sous Anagène :
Tableau de comparaison des identités des globines
obtenu par alignements avec discontinuité :
Ouvrir les fichiers « béta »,
« alpha 1 », « gammaA » et « delta »
des « gènes de globines »
Sélectionner « béta » comme
séquence de référence
Réaliser une « comparaison avec
discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA »
et « delta ».
Afficher le pourcentage d’identité des
différentes globines (bouton « i »)
Recommencer en choisissant une autre
globine comme référence.
Présenter vos résultats dans un tableau à
double entrée
Comparez les genes homéotiques :
comparer les séquences « .adn » des gènes homéotiques
« boxB4 » - prendre les informations « i »
pour avoir les % d'identité – construire un tableau des
identités, appelé matrice en phylogénèse.
Comparez les genes des opsines
|
% identités
|
Béta
|
Alpha1
|
Delta
|
GammaA
|
|
Béta
|
100
|
59.4
|
92.6
|
75.9
|
|
Alpha1
|
|
100
|
59.7
|
58.3
|
|
Delta
|
|
|
100
|
76.1
|
|
GammaA
|
|
|
|
100
|
Tableau de comparaison des différences des
globines obtenu avec comparaison simple :
|
% différences
|
Béta
|
Alpha1
|
Delta
|
GammaA
|
|
Béta
|
0
|
40,6
|
7.4
|
24.1
|
|
Alpha1
|
68.9
|
0
|
70.0
|
70.7
|
|
Delta
|
7
|
69.0
|
0
|
23.9
|
|
GammaA
|
24.1
|
69.7
|
23.9
|
0
|
→ groupes emboîtés
manuel p.23
Aucun commentaire:
Enregistrer un commentaire