FT : logiciels banques de séquences moléculaires
On dispose de plusieurs logiciels pour le
traitement des séquences des gènes :
- SeqaidII : ce logiciel gratuit est
déjà assez ancien ; il comporte néanmoins de multiples fonctions
d'analyse, de conversion et de comparaison des séquences :
http://www.inrp.fr/Acces/biogeo//genemol/seqaid.htm ;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC321006/
- Anagène :
logiciel sous windows diffusé
par le CNDP. Version de démonstration téléchargeable.
- Genigen
FT fournies au TP de Bac (ECE) :
http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?m=1&sm=1
A3 : Comparaison des gènes des globines / logiciel Anagène
Ouvrir le logiciel Anagène
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Ouvrir les fichiers « béta », « alpha 1 », « gammaA » et « delta » des « gènes de globines »
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Sélectionner « béta » comme séquence de référence
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Réaliser une « comparaison avec discontinuité » avec « alpha 1 », « gammaA » et « delta ».
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Afficher le pourcentage d’identité des différentes globines (bouton « i »)
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Recommencer en choisissant une autre globine comme référence.
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Présenter vos résultats dans un tableau à double entrée
Qd vous avez fini :
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Comparez les genes homéotiques de différents eucaryotes : comparer les séquences « .adn » des gènes homéotiques « boxB4 » et « boxAntp » - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.
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Comparez les genes des opsines
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