samedi 9 février 2019

Microbiote: des bactéries qui nous veulent du bien

30.07.2014, par
Bactérie Proteus Vulgaris
Bactérie Proteus vulgaris vue au microscope électronique à balayage (grossissement x16000). Cette bactérie est naturellement présente dans le microbiote intestinal mais peut devenir pathogène chez les sujets immuno-déprimés.

vendredi 8 février 2019

Microbiote intestinal (flore intestinale)

Une piste sérieuse pour comprendre l’origine de nombreuses maladies
Notre tube digestif abrite pas moins de 1012 à 1014 micro-organismes, soit 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps. Cet ensemble de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes constitue notre microbiote intestinal (ou flore intestinale).
Son rôle est de mieux en mieux connu et les chercheurs tentent aujourd’hui de comprendre les liens entre les déséquilibres du microbiote et certaines pathologies, en particulier les maladies auto-immunes et inflammatoires.

 

A3 : Observation de gonades mâles au microscope

Coupes testicules.odg
https://www.superprof.fr/ressources/svt/schema-svt15/tous-niveaux-svt15/organe-reproduction-male-dessins.html
http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/photossql/photos.php?RollID=images&FrameID=Coupe_testicule_rat_objx10
A partir de la puberté, le fonctionnement des organes reproducteurs est continu chez l’homme,
Les testicules produisent des spermatozoïdes de façon continue.
réflexion sur la notion de temps (suite)

jeudi 7 février 2019

§ comment l'organisme se défend-t-il contre une infection ?

A3 : Observation des cellules du sang / frottis sanguin au µscopes

dessin+légende+titre
PJC : trouver un max de cellules différentes, justifier par un dessin, si possible légéndé
comparer frottis sanguin normal et d'une personne infectée : quelle différence ?

Bilan : la réaction inflammatoire

La réaction inflammatoire aiguë en est un mécanisme essentiel. Elle fait suite à l'infection ou à la lésion d'un tissu et met en jeu des molécules à l'origine de symptômes stéréotypés (rougeur, chaleur, gonflement, douleur).
Mots-clefs : macrophages, monocytes, granulocytes, phagocytose, mastocytes, médiateur chimique de l'inflammation, réaction inflammatoire, médicament anti-inflammatoire.
TEST

réflexion sur la notion d'échelle de temps

mercredi 6 février 2019

§ Qu’est-ce que l’évolution ? Qu'est-ce qui fait évoluer ?


A4 : Modélisation de la dérive génétique / maquette + logiciel

tirage de dès avec tableur : =ENT(ALEA()*6+1)
tirage de dés avec une calculatrice : casio : RANINT#(1,6)
OPTN → NUM → PROBA ou STAT → RAND → #RANDINT → (1,6) → EX : à chaque EX on obtient un nouveau tirage des dés.
on peut aussi utiliser un dés virtuel en ligne
démarche sur logiciel :
Effectuer 4 tirages (2 couleurs / 10 individus puis 100 individus ; 5 couleurs / 10 individuds puis 100 individus) , suivre sur plusieurs générations et noter le nombre de générations nécessaires pour obtenir une population uniforme (toutes les boules de la même couleur).
C2E10 et C5E10 ; C2E50 et C5E50 ; C2E100 et C5E100
noter la couleur de fin et le nb de générations
autre logiciel plujs ocmplexe : prg → SVT → logiciel évolution allélique
dérive génétique # taille de la population
dérive génétique, genetic drift
La dérive génétique est une modification aléatoire de la diversité des allèles. Elle se produit de façon plus marquée lorsque l’effectif de la population est faible.

Bilan : 4 forces évolutives

Diap / Evolution_forces.odp
Migration = changement de lieu d'un organisme provoquant l'isolement de certains génômes, donc une évolution différente et éventuellement un croisement avec une nouvelle population et dans ce cas l'apport de nouveaux gènes pour la population.
Mutation = provoque l'apparition de nouveaux allèles par modification de gènes c'est-à-dire d'une séquence de nucléotides (bases) dans l'ADN.
Sélection = filtre à allèles par l'intermédiaire du milieu, de la reproduction, de l'alimentation, de la prédation, ...
Dérive [drift] = modification aléatoire de la fréquence des allèles dans une population
La diversité des allèles est l’un des aspects de la biodiversité.
La dérive génétique est une modification aléatoire de la diversité des allèles. Elle se produit de façon plus marquée lorsque l’effectif de la population est faible. Mutations, migrations, dérive génétique et sélection naturelle peuvent conduire à l’apparition de nouvelles espèces.


The diversity of alleles is one aspect of biodiversity. Genetic drift is a random modification of the diversity of alleles. It occurs most dramatically when the population size is low. Mutation, migration, natural selection and genetic drift can lead to the emergence of new species.


Genetic drift, alleles, mutation, natural selection, migration
dérive génétique, allèles, mutation, sélection naturelle, migration

C/ Pour-suivre

Modélisation :
Modéles multi-agents :
Modèles divers
Banque de données alléliques :
La science, l’évolution et le créationnisme : http://www.academie-sciences.fr/enseignement/Darwin_260108.pdf

lundi 4 février 2019

§ comment l'organisme se défend-t-il contre une infection ?

A0 : Petit jeu

§ Etude d'un cas / numération globulaire

© \immuno_analyse de sang.odg
Globules = cellules = _cytes
blanc = leuco_

§ comment l'organisme se défend-t-il contre une infection ?

3,1/ L'immunité innée

3,1,1/ La réaction inflammatoire, un exemple de réponse innée

§ Qlq heures à qlq jours après une blessure que se passe-t-il ?

A1 : Schématisation de la réaction de l'organisme à une agression

Le quadrilatère de Celsus1 : tumor, rubor, calor, dolor
symptômes stéréotypés (gonflement, rougeur, chaleur, douleur)
© immuno-reaction inflammatoire.odg
  • surlignez les « gros mots »
  • recopiez-les et classez-les en 3 catégories selon qu'ils concernent le niveau
    • macroscopique (visible à l'oeil nu),
    • cellullaire (visible au microscope) ou
    • moléculaire (invisible mais détectable)
  • séparez également ce qui est
    • chose (élément, matière, structure) de ce qui est
    • action (événement, phénomène, fonction)
  • formulez les questions qui sont à résoudre

§ Qu'est-ce que la phagocytose ?

A2 : Eléctronographies et schématisation de la phagocytose / MET

Diapo : phagocytose.odp
Phagocytose en animation :
macrophages = phagocyte
monocytes & granulocytes peuvent devenir phagocytes
Phagocytose (= macro-endocytose) :
  1. Reconnaissance – adhésion (= opsonisation)
  2. Internalisation / puits membranaire → phagosome
  3. Fusion phagosome / lysosome → phagolysosome
  4. Digestion cellulaire / enzymes lysosomales
  5. Evacuation des déchets / exocytose

A3 : Observation des cellules du sang / frottis sanguin au µscopes

\immuno_analyse de sang.odg ©
PJC : trouver un max de cellules différentes, justifier par un dessin, si possible légéndé
comparer frottis sanguin normal et d'une personne infectée : quelle différence ?

A4 : Quelques molécules (anti)inflammatoires

Diapo : immuno_aspirine.odp
COX = cyclooxygénase
Nouvelles molécules anti-inflammatoires d'origine microbienne : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1659.htm
médiateurs chimiques de l'inflammation, réaction inflammatoire, médicaments anti-inflammatoires

Bilan : la réaction inflammatoire

La réaction inflammatoire aiguë en est un mécanisme essentiel. Elle fait suite à l'infection ou à la lésion d'un tissu et met en jeu des molécules à l'origine de symptômes stéréotypés (rougeur, chaleur, gonflement, douleur).
Mots-clefs : macrophages, monocytes, granulocytes, phagocytose, mastocytes, médiateur chimique de l'inflammation, réaction inflammatoire, médicament anti-inflammatoire.

C : Sitographie/ la réaction inflammatoire

1Aulus Cornelius Celsus, francisé en Celse, est un polygraphe (auteur non spécialiste qui écrit sur des sujets variés) de l'Antiquité. il semble cependant certain qu'il ait vécu au temps de l'empereur Auguste (de la fin du Ier siècle av. J.-C.. au début du Ier siècle). né à Vérone, il écrivit le De Artibus, ouvrage aujourd'hui disparu, une vaste encyclopédie couvrant des domaines aussi variés que l'agriculture, l'art militaire, la rhétorique, la philosophie, la jurisprudence et la médecine. Celse était un encyclopédiste. Selon le jugement de Quintilien (XII, c ri), il traitait avec un intérêt égal l'agriculture, l'art militaire et la médecine ….

vendredi 1 février 2019

A2 : représentation graphique des changements pubertaires

© Tailles gonades.ods
et anatomie HF.odt
Tailles gonadesCo.ods
http://www.ac-grenoble.fr/savoie/pedagogie/docs_pedas/mue/index.php?num=995
http://acces.ens-lyon.fr/biotic/procreat/determin/html/puberNor.htm
https://www.cler.net/Education-affective-et-sexuelle/Tous-nos-articles/Mon-corps-Puberte/La-puberte-a-quel-age
L'être humain devient apte à se reproduire à la puberté.
Durant la puberté, les caractères sexuels secondaires apparaissent, les organes reproducteurs du garçon et de la fille deviennent fonctionnels.

jeudi 31 janvier 2019

§ Quelle est l'évolution de l'homme ?

2,4,3/ Un regard sur l'évolution de l'Homme par les fossiles

A1 : Comparaison de fossiles de la lignée humaine / logiciels

tableau de comparaison©
télécharger le logiciel « crânes »
FT fournies au TP de Bac (ECE) : logiciel Crane (version 24/10/2009) : (docodtpdf)
hominines.exe
utiliser le logiciel « Homininés » : http://www.svt.ac-versailles.fr/spip.php?article762
télécharger le logiciel  « Homininés » : https://edu-nuage.ac-versailles.fr/index.php/s/3csqsWFat46M5td/download
FT fournies au TP de Bac (ECE) : logiciel Homininés (version 24/10/2009) : (docodtpdf)

A2 : Revue de presse sur l'évolution de l'homme / articles scientifiques

2001-2012 : l'évolution de l'homme, revue de presse : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/html/peda/svt/evolhom/default.htm#KLINK
21/04/2010 Une nouvelle espèce d'australopithèque pourrait être à la racine du genre Homo..http://www.pourlascience.fr/ewb_pages/a/actualite-un-australopitheque-si-humain-24963.php
29/09/2010 film « Ao, le dernier Neandertal » : http://www.larecherche.fr/content/actualite-archeologie/article?id=28469
14 janvier 2011 : Découverte en Erythrée d'un nouvel hominidé par une équipe de chercheurs franco-italienne : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/2075.htm?&theme1=3
06/10/2011 Neandertal, « notre nouvel ancêtre » : http://www.larecherche.fr/content/actualite-sapiens/article?id=30599
3/11/2011 L'Homme moderne arrivé en Europe plus tôt que prévu : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/2336.htm
15 février 2016 : morphologie interne du crâne de l'Homme de Florès nous renseigne sur ses origines : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/4421.htm
Bruniquel : une grotte qui change notre vision de Néandertal : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/4563.htm

A3 : chronologie actuelle de la lignée humaine

> 7,2 millions d'années (Ma) : Graecopithecus freybergi. Découverte en 1944 à Pyrgos Vassilissis au nord-ouest d'Athènes, le fragment fossile de mandibule de ce primate a été passé l'an dernier au crible des scanners, révélant une fusion des racines de deux prémolaires, caractère que l'on retrouve principalement chez les hominidés. Ce caractère s'ajoute à un autre, propre à notre lignée : la taille réduite des canines.
> 7 Ma : Sahelanthropus tchadensis. Découvert en 2001 au Tchad, Toumaï a remis en question la théorie de l'« East Side Story » situant l'apparition de la lignée humaine en Afrique de l'Est, après la formation du grand rift qui a modifié localement le climat.
3,2 Ma : Australopithecus afarensis. Découverte en Ethiopie en 1974, Lucy était dotée d'une locomotion en partie bipède. Elle a longtemps été considérée comme la représentante d'une espèce à l'origine de la lignée humaine avant d'être écartée des ancêtres directs du genre Homo.
> 2,5 Ma : Homo habilis. 1,30 m de haut, 30 kg. Cette créature bipède a façonné les premiers bifaces en fracassant de simples cailloux l'un contre l'autre. Vers 1,5 Ma, ils étaient capables de construire des abris sommaires.
> 1,8 Ma : Homo ergaster. Notre ancêtre quitte définitivement la vie arboricole. Il découvre l'usage du feu mais ne le maîtrise pas encore.
> 1 Ma : Homo erectus. Il se tient debout et domestique le feu.
> 300.00 ans :  Homo sapiens invente l'art et colonise la Terre.
> 250.000 ans : Néandertal enterre ses morts et taille la pierre.
premiers primates - 65 à -50 Ma
DAC avec les chimpanzés -10 à -7 Ma
face réduite, mandibule parabolique,
dimorphisme sexuel peu marqué sur le squelette,
bipédie & trou occipital, course à pied
production d'outils,
pratiques culturelles
arbre Pr la Sce de 200?: 0914_chapt1_960.png

A3 : Conclusion philosophicoscientifique / videoconférence

Michel Morange – L’Homme et le Singe – écouter la conclusion http://www.canal-u.tv/video/universite_de_tous_les_savoirs/l_homme_et_le_singe_michel_morange.3800
Différence génétique : https://www.youtube.com/watch?v=Tj2XnuesaFM

Bilan : Un regard sur l'évolution de l'Homme par les fossiles

Les premiers primates fossiles datent de - 65 à -50 millions d'années. Ils sont variés et ne sont identiques ni à l'Homme actuel, ni aux autres singes actuels. La diversité des grands primates connue par les fossiles, qui a été grande, est aujourd'hui réduite. Le genre Homo regroupe l'Homme actuel et quelques fossiles qui se caractérisent notamment par une face réduite, un dimorphisme sexuel peu marqué sur le squelette, un style de bipédie avec trou occipital avancé et aptitude à la course à pied, une mandibule parabolique, etc... La production d'outils complexes et la variété des pratiques culturelles sont associées au genre Homo, mais de façon non exclusive. La construction précise de l'arbre phylogénétique du genre Homo est controversée dans le détail.

Bilan/ Schéma

Mots clefs : Homo sapiens, chimpanzé, chronologie d'expression de certains gènes, développement pré et postnatal , l'information génétique et l'environnement
premiers primates - 65 à -50 Ma
ancêtre commun, face réduite, dimorphisme sexuel, bipédie, trou occipital, course à pied, mandibule parabolique
Production d'outils, pratiques culturelles
arbre phylogénétique
lignee humaine.doc
© TS-schilA4.odg

C : Sitographie hominienne / WWW

Lucy.odp
\06 Lucy.mp3
ma fille Lucy / Juliette Nouredinne :

A6 : Quelques crânes du Crétacé

comparaison cranes cretace.odg

A7 : Construction d'une frise chronologique

echelle stratigraphique.odg

Bilan


mercredi 30 janvier 2019

§ Qu’est-ce que l’évolution ? Qu'est-ce qui fait évoluer ?

CORRECTION DU DS

A3 : Petits jeux sur la séléction naturelle / internet

Jeu sur la séléction naturelle : http://svt.spip.ac-rouen.fr/spip.php?article284
http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/1362398401903/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1231096120932
Méthode
"Sélection naturelle" est une application proposée par l'université du Colorado. Elle permet de simuler la sélection naturelle sur une population de lapins dans laquelle il est possible de créer des mutations mais également de modifier les facteurs de l'environnement (prédation, nourriture, climat).
Ce laboratoire permet de contrôler les mutations et les facteurs de l'environnement d'une population de lapins. On considère 3 gènes dont les mutations entraînent l'apparition d'un deuxième allèle :
  • Le gène responsable du caractère "couleur du pelage" avec l'allèle "blanc" que l'on peut muter pour obtenir l'allèle "brun".
  • Le gène responsable du caractère "longueur de la queue" avec l'allèle "courte" que l'on peut muter pour obtenir l'allèle "longue".
  • Le gène responsable du caractère "longueur des dents" avec l'allèle "petites" que l'on peut muter pour obtenir l'allèle "grandes".
Il faut utiliser cette application afin d'éprouver plusieurs hypothèses que l'on peut écrire sous la forme :
Je fais l'hypothèse que (le phénotype de lapin choisi) aura (plus ou moins) de chances de survivre sous l'influence (type de facteur de sélection) dans le (facteur de l'environnement choisi) parce que... (comment ce phénotype est un avantage à la survie ou non).

Méthode
  1. Vous devez faire au moins une hypothèse pour chacun des trois types de phénotype.
  2. Pour chaque vérification, vous devez avoir un témoin (sans mutation)
  3. Pour le témoin : - Une fois l'application lancée, ajouter un e-camarade et attendre la troisième génération. 
  4. - A la troisième génération, arrêter la simulation et noter les effectifs de lapin ayant le phénotype testé.
  5. - Ajouter le facteur de sélection et continuer la simulation.
  6. - Arrêter la simulation à la fin de la 7ème génération et noter les effectifs.
  7. Pour l'expérience test :- Une fois l'application lancée, ajouter un e-camarade, créer une mutation (celle dont le phénotype correspondant est éprouvé dans l'hypothèse) et attendre la troisième génération. 
  8. - A la troisième génération, arrêter la simulation et noter les effectifs de lapin ayant le phénotype testé.
  9. - Ajouter le facteur de sélection et continuer la simulation.
  10. - Arrêter la simulation à la fin de la 7ème génération et noter les effectifs.
  11. Répéter l'opération pour chaque hypothèse.
  12. Réaliser un tableau à double entrée pour comparer les Phénotypes sauvage et mutant dans le cas de l'expérience TEMOIN, Effectif après 3 générations / 7 générations / EXPERIENCE Effectif après 3 générations / 7 générations / Conclusion

sélection naturelle, natural selection

Sélection = filtre à allèles par l'intermédiaire du milieu, de la reproduction, de l'alimentation, de la prédation, ...