jeudi 15 janvier 2015

§ Comment les êtres vivants se sont-ils diversifiés au cours de l'évolution ?

A5/ Observation de lichens et de champignons / µscop

[mycos = fungus = champignon]
Symbiose algue + champignon

A6/ Symbiose entre une algue et une salamandre / doc www → diapo

l'algue Oophila amblystomatis et la salamandre Ambystoma maculatum : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/98426822/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160729734281#contenu ;
associations (dont symbioses) par exemple
Exemples de diversification du vivant non génétique
autres Exemples de diversification du vivant non génétique :

§ Quel est le lien entre gènes et protéines ?

B222/ Gènes et environnement

L’ensemble des protéines qui se trouvent dans une cellule (phénotype moléculaire) dépend :
- du patrimoine génétique de la cellule (une mutation allélique peut être à l’origine d’une protéine différente ou de l’absence d’une protéine) ;
- de la nature des gènes qui s’expriment sous l’effet de l’influence de facteurs internes et externes variés.

B/ Gènes et environnement/ schéma ©

Mots clefs : Phénotype moléculaire, microscopique, macroscopique, expression génétique, protéine, facteurs d'expression, variabilité

§ protéines = phénotype moléculaire => liées au gène … mais comment ?

§ Quel est le lien entre gènes et protéines ?

2.3/ Protéines, expression primaire de l’information génétique.

2.3.1/ Macromolécules à séquence dans la cellule

A1/ Prétest de biochimie / rappel de 2nde

Une macromolécule
est un polymère
comme par exemple
... formé de monomères ...
comme par exemple
… formés d'atomes
glucide
Polyoside
amidon, cellulose, saccharose
Oses
glucose, fructose, désoxyribose, ribose
CHO
lipide
Polyglycéride, …
huile, beurre
acides gras
Acide oléique, Acide butyrique
CHO
protide
Polypeptide
mélanine, albumine, hémoglobine, PAH
acides aminés
Acide glutamique, Acide aspartique, phenylalanine, méthionine, ...
CHON
acide nucléique
Polynucléotide
ADN, ,
Nucléotides
adénosine, cytidine, guanidine, thymidine,
CHONP
Métabolisme
molécule / macromolécule
polymère / monomère
molécule organique = CH

A2/ Découpage d'une protéine à différentes échelles / schémas

formule chimique des acides aminés puis de la liaison peptidique : http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/acideamine/acideamine.htm
Formule générale des acides aminés :
formule de la liaison peptidique

lundi 12 janvier 2015

§ Comment le cœur et les poumons fonctionnent-ils pendant un effort ?

§ Comment le cœur et les poumons fonctionnent-ils pendant un effort ?

22- Circulation and respiration during an effort

A1/ Anatomie cardiaque fonctionelle / logiciels

Réaliser un schéma fonctionnel du cœur avec le logiciel « Coeur » du dossier « labosvt »
Animations + Logiciels anatomie cardiaque :
http://www.biologieenflash.net/sommaire.html → cœur humain ; cycle card ; cycle card+graphe ECG
Coeur, oreillette, ventricule, artère, veine, valvule, myocarde,
capillaire,
double circulation en série, circulation générale en parallèle.
systole, diastole
volume d’éjection systolique
débit cardiaque ; pression artérielle

A2/ Dissection de l'appareil coeur-poumons / porc

Résumer sous forme de mots, phrases ou schéma vos observations

A3/ Anatomie pulmonaire fonctionelle / logiciels

Réaliser un schéma fonctionnel du cœur avec le logiciel « pulmo » du dossier « labosvt »
http://www.biologieenflash.net/sommaire.html → biologie humaine → différents systèmes ; système respiratoire ;
alvéoles, bronches, bronchioles, diaphragme, côtes et muscles, ...
fréquence ventilatoire
volume courant
débit ventilatoire

vendredi 9 janvier 2015

Un biomarqueur épigénétique pour éviter des chimiothérapies inutiles

Grâce à leur expertise en épigénétique, les chercheurs du CNRS et de l'Institut Curie ont pu mettre au jour un nouveau marqueur pronostique. En l'analysant, il est désormais envisageable de distinguer parmi les femmes atteintes de la forme la plus fréquente des cancers du sein, les luminaux A, si leur tumeur est de bon ou de mauvais pronostic. Ce nouveau biomarqueur va permettre de prescrire une chimiothérapie aux femmes qui en ont réellement besoin, en épargnant aux autres un traitement inutile. Ces résultats sont publiés dans la revue Molecular Oncology.

Voyage moléculaire au sein de la paroi bactérienne

Des chercheurs de l'Institut de biologie structurale (IBS - CEA/CNRS/Université Joseph Fourier) révèlent avec précision les rouages moléculaires de la synthèse d'une paroi bactérienne. Cette étude a été réalisée grâce à l'utilisation de la technique de "spectroscopie RMN du solide"1 sur une enzyme, la L,D-transpeptidase, qui participe à la synthèse de la paroi bactérienne. Les résultats obtenus sont déterminants pour la conception de nouvelles molécules antibiotiques contre lesquelles les bactéries n'auraient pas de mécanisme de résistance. Ces résultats sont publiés le 24 décembre dans le Journal of the American Chemical Society.

§ Génétique ou environnement ? Nature ou culture ? Inné ou acquis ?

A4/ Protéine thermomètre chez Arabidopsis thaliana / article PrLaSce

© protéine thermomètre plantes

B222/ Gènes et environnement

L’ensemble des protéines qui se trouvent dans une cellule (phénotype moléculaire) dépend :
- du patrimoine génétique de la cellule (une mutation allélique peut être à l’origine d’une protéine différente ou de l’absence d’une protéine) ;
- de la nature des gènes qui s’expriment sous l’effet de l’influence de facteurs internes et externes variés.

B/ Gènes et environnement/ schéma ©

Mots clefs : Phénotype moléculaire, microscopique, macroscopique, expression génétique, protéine, facteurs d'expression, variabilité
FT SVT : RESTITUTION ORGANISEE DES CONNAISSANCES
un compromis entre connaissances, méthode et temps

On demande d'exposer, sans support documentaire fourni, des connaissances acquises au cours de l'année sur un point du programme. La question fait apparaître les limites du sujet. D'éventuels schémas sont explicitement demandés. La réponse doit être organisée comme le demande son titre (introduction-développement-conclusion). L'exposé doit être scientifiquement et grammaticalement correct, illustré de schémas, tableaux ou graphiques. L'évaluation prend en compte les connaissances, la qualité du plan et celle des expressions écrites et graphiques.

1/ DISSECTION / EXTRACTION
�� Prendre le temps de lire et relire le sujet, ainsi que ses commentaires de manière calme et critique. Cette lecture conditionne dans une large proportion la qualité de la copie. Le candidat doit être attentif à la formulation du texte et en particulier, doit porter son attention sur : les adjectifs et leurs accords ; les articles et les prépositions ; la ponctuation.
�� Repérer les mots-clefs pour déterminer le sens et les limites du sujet, pour éviter les hors sujets, en recherchant la définition de tous ses termes. Rechercher les problèmes qu'il soulève.
�� Repérer le verbe-clef qui renseigne sur la nature du travail demandé : montrer, décrire, expliquer, comparer, ...

2/ ÉBULLITION / SÉLÉCTION
�� Recenser toutes les idées et connaissances se rapportant de près ou de loin au sujet (mots clefs, schémas). Utiliser les interrogations réflexes (Qui Que Quoi Comment Où Quand Pourquoi ?)

3/ ORGANISATION / PLANIFICATION
�� Faire un tri, Classer ces idées, les associer, en fonction : du temps disponible et des connaissances du candidat (supprimer les arguments d'importance secondaire ou difficilement exploitables)
�� Construire le plan. Organiser les arguments en grands paragraphes. Prévoir le contenu et les subdivisions de chaque paragraphe. Dans ce plan :
- Dégager les idées essentielles : structuration en 2 à 4 §, comportant des titres.
- Respecter la démarche scientifique : en partant des faits et non des interprétations.
- Partir d'exemples ou d'expériences précis pour ensuite les généraliser.
- Penser aux transitions entre les parties qui aident à le correcteur à suivre le fil du raisonnement.

4/ RÉDACTION / ILLUSTRATION
�� Prendre beaucoup de soin à rédiger au brouillon une introduction et une conclusion. Tous les aspects de l'introduction sont fondamentaux et conditionnent la suite. La conclusion doit être connue avant même la rédaction du devoir afin de posséder un fil conducteur et d'éviter les hors-sujets.

- L'INTRODUCTION
1/ Annonce le sujet (et ses limites) en dégageant les principaux problèmes, la problématique : ancrage dans le passé
2/ Annonce le plan : ancrage dans le futur

- LA CONCLUSION
1/ Répond à la problématique de départ, comprend un bilan des principales idées de l'exposé.
2/ Elle apporte un élément d'ouverture (élargir le cadre du sujet)
Elle peut être accompagnée d'un schéma-bilan.

- LE DEVELOPPEMENT
Numéroter et rédiger des titres où apparaissent des idées fortes qui seront alors détaillées dans le paragraphe.
Une idée = un paragraphe, éviter de « caser une tranche de cours », toujours hors sujet.
�� Le devoir doit être convenablement illustré. Chaque grande idée doit être accompagnée d'une illustration, même lorsque ce n'est pas demandé dans le sujet, un schéma est toujours bienvenu.
- Les schémas sont destinés à illustrer les faits exposés. Ils doivent avoir une valeur explicative, être intégrés dans le texte.
- Les schémas doivent posséder un titre précis. Une illustration sans titre + légende + échelle + unités n'a aucune valeur.
- Les schémas doivent être grands et enrichis de couleurs.
5/ RELECTURE
garder quelques minutes pour relire, pour que ce qui est fait le soit bien :
�� chasse aux erreurs - orthographe – légendes
�� soulignage des titres et mots clefs
« On fait la science avec des faits comme une maison avec des pierres, mais une accumulation de faits n'est pas plus une science qu'un tas de pierres n'est une maison. » Henri Poincaré
« Toute science est nécessairement formée de trois choses : la série des faits qui constitue la science, les idées qui les rappellent, les mots qui les expriment, ... quelque certains que fussent les faits, quelque justes que fussent les idées qu'ils auraient fait naître, ils ne transmettent que des expressions fausses si nous n'avons pas des expressions exactes pour les rendre. » Antoine Laurent de Lavoisier (1743-1794)

A3/ Transgénèse naturelle entre un virus et une algue / article CNRS ©

© gene_transfert.odt
Échange de gènes entre une microalgue et un virus géant : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1648.htm
Transgénèse
Transfert viral
plasmide bactérien
transferts horizontaux de gènes
autres exemples de transferts horizontaux de gènes :
  • Les ascidies dont la paroi contient de la cellulose
  • L’origine symbiotique des chloroplastes et des mitochondries
  • Les Gènes Volants : mise en évidence de la dissémination à grande échelle des éléments transposables par transferts horizontaux chez les plantes : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/3427.htm

A4/ Histoire de la domestication du blé / diaporama

Polyploidisation ble.odp
Hybridation et polyploïdisation

jeudi 8 janvier 2015

§ Diversité des mutants de Drosophila melanogaster

§ Comment les êtres vivants se sont-ils diversifiés au cours de l'évolution ?

2,2/ L'évolution des individus / diversification du vivant

Il s'agit ici de donner une idée de l'existence de la diversité des processus impliqués, sans chercher une étude exhaustive. En outre, nous montrerons qu'une diversification des êtres vivants n'est pas toujours liée à une diversification génétique. La variété des mécanismes de diversification à l'oeuvre et l'apport de la connaissance des mécanismes du développement ont permis de faire des progrès dans la compréhension des mécanismes évolutifs.
10 décembre : TP diversité / anagène

A1/ Comparaison de gènes homéotiques / logiciel Anagène

manuel p.38 : ouvrir le logiciel Anangène – dossier « boxthm » ou « TerminalesS » - ouvrir les fichiers « .adn » des gènes homéotiques– comparer les séquences - prendre les informations « i » pour avoir les % d'identité – construire un tableau des identités, appelé matrice en phylogénèse.
© Historique des gènes homéotiques
différents mutants homéotiques : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/gen-dros.htm
Développement embryonnaire et gènes sélecteurs : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/homeotique/index.html
© schémas de comparaison hoxb6/Antp
gènes homéotiques, homologies moléculaires de séquences

A2/ Découverte des membracides / diaporama

Diapo gene_membracides
Modification des gènes de développement et apparition d’une troisième paire d’ailes chez les membracidés (cf ressource sur le site svt de nantes ) : http://www.blogg.org/blog-50595-billet-des_ailes_brisent_un_dogme_scientifique-1320793.html#.UOFdOeS88dV
Des insectes à 3 paires d'ailes : http://www2.cnrs.fr/presse/communique/2173.htm
Body plan innovation in treehoppers through the evolution of an extra wing-like appendage : http://www.nature.com/nature/journal/v473/n7345/abs/nature09977.html
Membracidés : un nouveau plan d'organisation chez les insectes : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/35540154/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1160729734281
la Famille des Membracides: http://aramel.free.fr/INSECTES10-8'.shtml
Gènes de développement
chronologie et intensité d'expression
autres exemples :
  • Modification des gènes hox et disparition des membres chez les serpents

A2/ Comparaison d'allèles phénylcétonuriques / Anagène

différents niveaux de phénotypes :
macroscopique : troubles digestifs, lésions cutanées et retard mental important
microscopique : cytotoxicité
moléculaire : PAH non fonctionnelle
  • => excés de Phe => phénylcétone toxique dans le sang et l'urine,
  • => manque de Tyr => de Mélanine => pâleurs
individus homozygotes :
Homozygote : [identique ; oeuf] se dit d'une cellule qui possède deux allèles identiques pour un gène, opposé de hétérozygote.

Anagène → fichier → banque de séquences → la phenylalanine hydroxylase
remplir la première colonne du tableau (attention avec bases complémentaires)

 
Allèle ADN transcrit : nucléotides
phenorm Référence
phe1 A 165 Ø
phe2 TAG 284-286Ø
phe3 G 331 A
phe4 C 473 T
phe5 CT 663+664 Ø
phe6 T 696 C
phe7 G 727 A
Phe8 C 735 T
phe9 C 782 T
phe10 C 814 A
phe11 C 838 T
phe12 A 896 G
phe13 G 1038 Ø
phe14 GAG 1093-1095 Ø
phe15 C 1223 T
phe16 G 1222 A
phe17 T 1241 C
rôle de l'alimentation sur le génotype

A3/ Comparaison de gènes sur banque de séquences / logiciel anagène

Protocole / Manuel p 64
  • drépanocytose : fichier → thèmes d'étude → relation pheno-génotype → phénotype drépanocytaire → comparer les séquences → comparaison simple → noter les différences
  • albinisme : fichier → banque de séquences → tyrosinase → tyrcod1 & tyralba1 → comparer → comparaison simple → noter les différences
  • groupes sanguins : fichier → banque de séquences → système ABO des groupes sanguins
Charger des séquences - « acod.adn », « bcod.adn » et « ocod.adn » sont les allèles du gène des groupes sanguins [« .cod.adn » = ADN, « .pro » = protéine]
Comparer (alignement avec discontinuité) - combien de bases (nucléotides) en commun ? Différents ?
gène, allèles, génotype
allèle, géne, génotype, homo/hétérozygote

lundi 5 janvier 2015

plan de la partie 1 :
Table des matières
Theme 1 - The Earth in the Universe, life and evolution of life : a planet inhabited 1
§ Où la vie est-elle possible ? 1
§ La terre est la seule à abriter la vie, mais qu'est-ce que la vie ? 1
§ quelle est la composition chimique du vivant ? 1
§ Comment les êtres vivants (cellules) utilisent-ils les molécules ? 1
§ Qu'est-ce que le matériel génétique ? 1
§ Quelles sont les preuves de la parenté des êtres vivants ? 1
§ Qu'est-ce qui fait évoluer ? 2
§ Quel est le fruit de l'évolution ? 2