Qu'est-ce qu'une plante ?

3- La vie plantée des végétaux

Introduction : qu'est-ce qu'une plante ?

§ Petit débroussaillage classificateur / systématique

Pour vous qu'est-ce qu'une plante ?

• Vert, photosynthèse, chlorophylle, racines, graine,pistil, pollen, terre, eau, soleil, sève lumière, sépales, pétales, fleur, arbre,
• ça sent bon, ça se mange, se fume, médicament, allergie,phytothérapie, mauvaise herbe, potager, se cultive ou naturelle,
• être vivant sans cerveau mais ça ressent, pousse, se reproduit, vie, minéraux,
• abeilles,
• végétal,

petit vocabulaire, de l'utilisation des termes :

classification, systématique, nomenclature, taxonomie, cladistique…

© classification plantes

Légender les innovations partagées sur la classification ©

Plante , fleur, Angiospermes,

le port des végétaux : http://dnb35.ac-rennes.fr/pedagogie/svt/applic/veget/veget.htm

herbacé, buissonnant, arborescent

Quelques sites de classification végétale

classif simplifiée : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/html/peda/svt/classifs/terminale/htm/tab_vivant_t.htm#

Tree of life : http://tolweb.org/Life_on_Earth/1

complet mais complexe : http://fr.wikipedia.org/wiki/Photo-guide_taxinomique_du_monde_végétal#Acc.C3.A8s_par_l.27arbre_phylog.C3.A9n.C3.A9tique_d.C3.A9taill.C3.A9

images Biodidac : http://biodidac.bio.uottawa.ca/thumbnails/catquery.htm?kingdom=Plantae

cours fac : http://www.creaweb.fr/bv/

université Wisconsin : http://botit.botany.wisc.edu/

université Berkeley : http://www.ucmp.berkeley.edu/help/taxaform.html

clef : http://www.affo-nature.org/la-naturatheque/fiches-pratiques/cl%C3%A9s-de-d%C3%A9termination.html

herbier de Jussieu : http://abiris.snv.jussieu.fr/flore/herbier.php

ex d'herbiers en images : http://herbierfrance.free.fr/ ; http://botania.free.fr/

http://bioeco.free.fr/index.htm

dessins : http://biodidac.bio.uottawa.ca/thumbnails/catquery.htm?kingdom=Plantae

http://www.florelaurentienne.com/flore/Groupes/Synopsis.htm

on limitera notre étude au cas des angiospermes

§ Quelles sont les causes des mutations ?

§ des zèbres pas tous rayés pareil

gene-rayures3.odp

d'où viennent les rayures ? : http://bigbrowser.blog.lemonde.fr/2012/02/09/zzz-dou-viennent-les-rayures-du-zebre/

Énigme résolue ? Les rayures des zèbres éloignent les taons ! : http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/zoologie/d/enigme-resolue-les-rayures-des-zebres-eloignent-les-taons_36632/

Les hotes de la glossine et la transmission de la maladie : http://www.fao.org/docrep/009/p5178f/P5178F07.htm

Repartition geographique des glossines : http://www.fao.org/docrep/009/p5178f/P5178F06.htm

différents Zèbres : http://www.docudharma.com/diary/27953/pique-the-geek-20111023-all-about-zebras

§ Comment les variantes de gènes (allèles) sont elles nées ?

§ Quelles sont les causes des mutations ?

2.4/ Mutations et naissance de nouveaux allèles

2.4.1/ Agents mutagènes et causes des mutations

A1 : Effet mutagène des UV sur levure ade2 / expérience in vitro

\1S TP UV levures ade2.odt

Manuel p86 à 89

http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/mutations/lev_mut.html

http://www.didier-pol.net/4MUT-LEV.html

http://www.snv.jussieu.fr/vie/informations/2/22ADN/mutagenese/levureADE/levureade.htm

http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/lycee/iprnob/ade2/

http://www.jeulin.fr/fr/a-a1000004266-edc1000005/ressource/1001176/Influence-de-l-irradiation-aux-UV-sur-une-culture-de-levure.html

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=365

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=1874

correction du CR /10

intro : pb → hyp (→ conséquences vérifiables) /2pts

mat&met : culture en milieu stérile ; irradiation aux UV ; incubation ; comptage /4

résultats & interp : tableau → graphe % de réversion /2

conclusion : => Les UV sont mutagènes et létaux ; levure ade2, chaine de synthèse de l'adénine, coloration, réversion /2

bonus : impact moléculaire des UV sur l'ADN : http://www.web-books.com/MoBio/Free/Ch7F5.htm

UV mutagènes et létaux

AM : Revue de presse sur l’influence d’agents mutagènes / articles

Séléctionner un article – lire & relever les mots clefs – construire un tableau :

agent mutagène / cible / action moléculaire / effets secondaires / preuves / modifications observées

http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/medecine/d/implants-mammaires-pip-nouvelles-recommandations_29527/

http://www.futura-sciences.com/fr/news/t/medecine/d/les-tapis-puzzle-retires-de-la-vente_26627/

http://www.futura-sciences.com/fr/question-reponse/t/thermique/d/traitement-de-la-laine-de-mouton-mitin-et-sel-de-bore-dangereux_312/

http://www.techno-science.net/forum/viewtopic.php?t=21057

http://www.techno-science.net/forum/viewtopic.php?t=20913

http://www.inrp.fr/Acces/biotic/genetic/mutation/html/mutagen.htm

Comprendre la mutagenèse somatique grâce à la cartographie des dommages à l’ADN : http://www.medecinesciences.org/index.php?Itemid=129&option=com_article&access=doi&doi=10.1051/medsci/2010262193&type=pdf

agents mutagènes : chimiques ou radiation

chimiques : imitent ou modifient la structure de l'ADN

radiation : rupture de brin, mutation, enchevêtrement de l'ADN

EV : Cas du Xeroderma pigmentosum / docs

BB 01.2016.odt

https://www.orpha.net/data/patho/Pub/fr/XerodermaPigmentosum-FRfrPub3253.pdf

http://acces.ens-lyon.fr/acces/ressources/dyna/adn-du-genotype-au-phenotype/le-phenotype-xerodermique/ressources/tableaux-des-alleles-des-genes-de-reparation-de-ladn-xpa-xpc-xpf/

http://raymond.rodriguez1.free.fr/Documents/Cellule-genome/xeroderma/xeroderma.htm

http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=2610

http://www.didiersvt.com/cd_1s/html/c10/c10a3.htm

http://ghr.nlm.nih.gov/gene/ERCC3

modification de Séquence, un ou plusieurs nucléotides
substitution, délétion , addition=insertion,

A2 : Modélisation d'un système de réparation cellulaire / logiciel

Mutations induites par les UV : La Réparation N.E.R :

définitions : http://www.futura-sciences.com/fr/comprendre/glossaire/definition/t/vie/d/melanocyte_194/

Manuel p88-89 : XPA est un réparateur d'ADN, c'est une protéine codée par le gène xpa, le but du tp est de visualiser les contacts entre XPA et l'ADN grâce au logiciel Rastop

Rastop → menu fichier → ouvrir 1vas.pdb → menu editer → selectionner tout → bouton boules & baton → fenêtre propriétés → protéiques → bouton nouvelle sélection → palette de couleurs → jaune pâle → bouton sphéres de Van de Waals → zoomer sur la zone de contact en tre ADN et protéine, pivoter.

liste de fiches techniques : http://pedagogie.ac-toulouse.fr/svt/serveur/bankact/index.php?d=e&m=4

système enzymatique de réparation cellulaire

§ Comment fait-on bouger un bras ?

§ Comment fait-on bouger un bras ?

2.4- Moteurs de l'effort

A1/ Dissection de pattes de lapin

2_TP dissection patte.odt

© 2_TP dissection patte.odg

chez l'humain : http://www.zygotebody.com/#nav=0.1,97.58,57.3

dissection en diapo : http://youtu.be/u1qfg9LehzM

fiche TP à télécharger : http://www.cndp.fr/ecole/sciences/classeurs/fiches_eleves/ch_word/ch60.doc

Patte rat : http://biodidac.bio.uottawa.ca/Thumbnails/searchresults.htm?maxrows_old=&StartRow=1&maxrows=64&sujet=&formattype=diagbw&auteur=&keyword=muscle&phylum=mammalia&datesoumis

schéma imprimable (gif) : http://pst.perso.libertysurf.fr/svtiufm/crpe/crpe1996.htm

mots clefs : muscle, os, cartilage, tendon, ligament

AM/ Opération virtuelle du genou /net

http://www.edheads.org/activities/knee/knee1/index.htm  ; http://www.edheads.org/activities/knee/

§ Comment se fait la coordination des fonctions de respiration et de circulation ?

© 2 EV QCM santé3.odt

A2 : Schématisation de la boucle de régulation nerveuse

Reprendre sch'bilan précédent et ajouter le contrôle nerveux

Schéma-bilan 2©

=> nerfs ortho et para sympathiques, centre de régulation bulbaire, barorecepteurs, nerf sensitifs de Cyon & Hering, inhibition, activation
control loop [boucle de régulation]

B23/ Une boucle de régulation nerveuse

La pression artérielle est une grandeur contrôlée par plusieurs paramètres. Par exemple, il existe une boucle réflexe de contrôle de la fréquence cardiaque (dont la pression artérielle dépend par l’intermédiaire du débit) :
- des capteurs (barorécepteurs) sont sensibles à la valeur de la pression artérielle ;
- un centre bulbaire intègre les informations transmises par des nerfs sensitifs issues des barorécepteurs et module les messages nerveux en direction de l’effecteur (cœur) ;
- les informations sont transmises du centre à l’effecteur par des nerfs orthosympathiques accélérateurs et parasympathique modérateur.
La boucle de régulation contribue à maintenir la pression artérielle dans d'étroites limites autour d'une certaine valeur. A l’effort, l’organisme s’écarte de cette situation standard.
Blood pressure is a size controlled by several parameters. For example, there is a reflex control loop of heart rate (which depends on blood pressure through the flow) :
- Sensors (baroreceptors) are sensitive to the value of blood pressure;
- Bulbar center integrates information from baroreceptors and modulates nerve signals in the direction of the effector (heart);
- Information is transmitted from the center to the effector by orthosympathetic and parasympathetic nerves.
The feedback loop helps to maintain blood pressure within narrow limits around a certain value. During the effort, the body deviates from this standard situation.

C/ pour-suivre

- Animation « la régulation du fonctionnement cardiaque » : http://www.ac-creteil.fr/biotechnologies/doc_heartregulation.htm

- simulation de la régulation du rythme cardiaque : http://svt.ac-creteil.fr/spip.php?article630

§ comment la glycémie est-elle régulée ?

§ comment la glycémie est-elle régulée ?

A8 : Expérience historique de Claude Bernard / foie lavé

© TSS TP foie lavé.odt

exp foie lavé : http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biologie/ress/alimentation/foi_glu.html

extraction du glycogène : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/glyco.htm

A9 : observation de coupes foie et pancréas / µscop

observation d'hépatocytes : http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/ATP/cel-foie.htm

coupe pancréatique : http://musibiol.net/biologie/cours/glycemie/index.htm

dissection et coupes foie // pancréas : http://www.ac-rennes.fr/pedagogie/svt/cartelec/cartelec_lyc/premiere_s/regulation/foie-pan/foie-pan.htm

acinus = ensemble de cellules autour d'un canal (pancréatique) sécrétant une substance dans le milieu extérieur (tube digestif) = cellules exocrines

îlots de Langerhans = ensemble de cellules sécrétant dans le milieu intérieur (sang + lymphe + liquide intersticiel) = cellules endocrines

cellules alpha, en périphérie, productrices de glucagon,

cellules béta au centre, productrices d'insuline,

quelles étapes in vivo ?

A2 : Electronographie du phénomène in vitro / MET

© \Synthese proteines MET.odg

Diapo : synthese_proteines_MET.odp

transcription et phénomène d'amplification. (manuel p.41)

transcription : fabrication d'ARN à partir d'ADN

http://www.sciencephoto.com/media/210576/enlarge ;

3 étapes : initiation - élongation – terminaison

http://www.sciencephoto.com/media/415768/enlarge

amplification

traduction et phénomène d'amplification. (manuel p.45) :

traduction : fabrication de polypeptide à partir d'ARN
en 3 étapes : initiation - élongation – terminaison

http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/Page2/COURS/7RelStructFonction/2Biochimie/1SyntheseProteines/3Figures/4Organites/2Ribosomes/6Polysome.gif ;

http://www.incertae-sedis.fr/gl/docu1090_566_interpretation_electronographie_synthese_proteique.htm#renvoi00 ;

amplification

http://www.incertae-sedis.fr/gl/docu1090_563_ribosomes.htm ;

http://www.incertae-sedis.fr/gl/docu1090_564_relation_ribosomes_arnm.htm ;

http://www.dematice.org/ressources/PCEM1/Histologie/P1_histo_009/Web/res/Figure%208.png

ribosomes, poly(ribo)somes

autres photos :

http://raymond.rodriguez1.free.fr/Textes/1s13.htm

maturation

B : schématisation sur la synthèse des protéines

© synthese_proteines_schbil.odg

Diapo synthese_proteines_schbil.odp

glossaire : http://www.nature.ca/genome/02/022_f.cfm

Diapo des détails synthèsedesprotéines :

brin codant de l’ADN→ ARNpm → ARNm → polypeptide → protéine
transcription, maturation, traduction, maturation

phénomène	Transcription	Traduction	Réplication = duplication
plan de fabrication	ADN brin transcrit	ARNm brin codant	ADN entier
matière première	ribonucléotides AUGC	20 acides aminés	désoxyribonucléotides ATGC
machine	ARN polymérase	Ribosome	ADN polymérase
produit	ARN	polypeptide	ADN entier
localisation	nucléoplasme	cytoplasme	nucléoplasme

A3 : Animations virtuelles sur la synthèse des protéines / web

http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/ADN_Prot/ADN_ARN/ADN_ARN2.html

http://www.youtube.com/watch?v=KvYEqGb7XN8

http://www.youtube.com/watch?v=B6O6uRb1D38

http://www.biomultimedia.net/archiv/traduc.htm#anim1

http://www.nature.com/focus/rnai/animations/animation/animation.htm

animation synth protéine (2'50'') : http://www.youtube.com/watch?v=NJxobgkPEAo&feature=related

anim° complète avec facteurs de régulation (2'04'') : http://www.youtube.com/watch?v=bk7PW1FKMTI&feature=related

chorégraphie originale sur synth protéique (13'11''): http://www.youtube.com/watch?v=u9dhO0iCLww&feature=related

http://www.youtube.com/watch?v=Nmqhdozuf7Y&feature=related

http://www.youtube.com/watch?v=D3fOXt4MrOM&feature=related

B232 : la synthèse des protéines

Les portions codantes de l’ADN comportent l’information nécessaire à la synthèse de chaînes protéiques issues de l’assemblage d’acides aminés.
Chez les eucaryotes, la transcription est la fabrication, dans le noyau, d’une molécule d’ARN pré-messager, complémentaire du brin transcrit de l’ADN.
Après une éventuelle maturation, l’ARN messager est traduit en protéines dans le cytoplasme.
Un même ARN pré-messager peut subir, suivant le contexte, des maturations différentes et donc être à l’origine de plusieurs protéines différentes.
La séquence des nucléotides d’une molécule d’ADN représente une information. Le code génétique est le système de correspondance mis en jeu lors de la traduction de cette information. À quelques exceptions près, il est commun à tous les êtres vivants.

Les gènes des lève-tôt

Les femmes et les personnes âgées seraient plus matinales que les hommes. C’est en partie génétique : on a découvert 15 gènes associés à ce rythme de vie.

Bénédicte Salthun-Lassalle

© Darren Baker / Shutterstock.com

[BLOG] Post 18 : Des bactéries qui surfent dans l'espace

Serpent à pattes

archéologie - dans mensuel n°503 daté septembre 2015 à la page 15 (53 mots) | Payant

Un serpent disposant de quatre petites pattes a été identifié à partir d'un fossile entreposé au musée de Solnhofen, en Allemagne. Le Tetrapodophis amplectus, qui vivait au début du Crétacé (125-112 millions d'années), illustre comment certains lézards ont évolué et progressivement perdu leurs membres.
D.M.Martill et al., Science, 349, 416, 2015.
http://www.larecherche.fr/actualite/archeologie/serpent-a-pattes-01-09-2015-201154

Épigénétique : comment atteindre des gènes inaccessibles ?

Des biologistes ont mis en évidence le fonctionnement des "remodeleurs de chromatine", des enzymes-clé dans les cellules. Ils ont découvert comment le matériel génétique, compacté dans le noyau de la cellule doit être remodelé pour permettre à la machinerie cellulaire d'accéder aux gènes. Ces travaux pilotés par des chercheurs d'un laboratoire CEA/CNRS/Université Paris-Sud, dans le cadre d'une collaboration internationale avec l'Université de l'Etat de Pennsylvanie (USA) et l'Université de Guangzhou (Chine), paraissent dans Nature le 4 février (en ligne le 27 janvier).

Les soins parentaux existaient déjà il y a 500 millions d'années

Parmi les premiers animaux marins, certains couvaient déjà leurs œufs, protégeant la croissance de leurs embryons. C'est la découverte que viennent de faire deux paléontologues en réexaminant, avec des techniques d'imagerie et d'analyse chimique poussées, des fossiles de Waptia fieldensis, un petit arthropode ressemblant à une crevette, découvert il y a un siècle dans les schistes de Burgess, un site fossilifère exceptionnel de l'ouest du Canada. Il vivait il y a environ 500 millions d'années, à l'époque où sont apparus la plupart des grands groupes d'animaux actuels, ce qui montre que les comportements de soins parentaux sont apparus très tôt dans l'évolution des animaux. Issus d'une collaboration entre le Laboratoire de géologie de Lyon : Terre, planètes et environnement (CNRS/Université Claude Bernard Lyon 1/ENS de Lyon), le Musée royal de l'Ontario et l'Université de Toronto au Canada, ces travaux sont publiés le 17 décembre 2015 dans la revue Current Biology.